Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 6 0 2 0 0 0 0 0 0 41 1.19 0.95 2 P -3 -4 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 8 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 95 3 0 0 0 0 2.66 0.98 3 P 0 1 1 2 -3 1 2 -3 0 -5 -5 -1 -4 -5 5 -1 -2 -5 -1 -3 9 6 6 14 1 8 13 1 2 0 0 3 0 0 29 3 1 0 2 2 0.65 1.02 4 G -1 -4 0 0 -5 -1 3 6 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -5 -5 -5 3 0 4 3 0 3 20 64 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1.19 1.02 5 L -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -5 0 5 -5 0 5 -5 -5 -4 -3 -1 -2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 73 0 0 23 0 0 0 0 1 0 1.24 1.02 6 T 0 3 -2 -3 -4 1 -1 1 1 -3 -4 1 -3 -3 4 -1 3 -5 -2 -2 6 14 0 0 0 7 3 9 3 1 0 8 0 1 20 3 19 0 1 2 0.46 1.02 7 E -1 -3 2 3 -5 1 5 -3 -1 -3 -4 -1 -2 -5 -3 0 1 -5 -4 -4 4 0 12 18 0 6 40 1 1 1 1 3 1 0 0 5 7 0 0 1 0.73 1.02 8 L -1 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 2 -2 -5 -4 -2 -4 -3 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 18 62 0 5 0 0 0 1 0 0 11 1.00 1.02 9 L -4 -4 -6 -6 0 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 4 -2 -5 -3 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 3 81 0 9 0 0 2 0 0 0 3 1.25 1.02 10 Q -2 0 -2 -2 -1 5 3 -3 0 -4 0 3 -1 -5 -4 -1 -3 0 -4 -4 1 4 1 1 2 31 21 1 1 0 12 19 1 0 0 3 0 1 0 0 0.68 1.01 11 G -1 -2 -1 3 -1 2 3 4 0 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 -2 -5 -5 -4 3 1 1 19 2 9 20 34 2 0 0 2 0 0 0 5 1 0 0 1 0.70 1.01 12 Y -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -3 1 2 -5 0 7 -6 -5 -4 -2 5 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 22 0 1 51 0 0 0 0 17 2 1.28 1.01 13 T 2 -4 -3 -3 0 -3 -3 -2 -4 0 -3 -3 -3 -4 -2 2 6 -5 -4 0 15 0 0 0 2 0 0 2 0 5 0 0 0 0 1 13 57 0 0 5 0.89 1.01 14 V -3 4 -4 -4 0 -2 -2 -5 -2 1 -1 3 -1 -4 -4 -3 -2 -5 -4 4 1 25 0 0 2 1 2 0 1 9 2 20 1 0 0 0 2 0 0 35 0.68 1.01 15 E 3 -3 -1 0 -4 0 5 -3 0 -5 -4 -1 -4 -5 -3 1 0 -5 -4 -3 23 0 3 4 0 2 49 1 2 0 1 3 0 0 0 9 5 0 0 1 0.80 1.01 16 V 1 -5 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 2 -1 -4 -2 0 -5 -3 -2 -4 1 6 13 0 0 0 2 0 0 0 0 7 3 0 0 3 0 0 0 0 6 67 0.99 1.01 17 L -4 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 1 0 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 74 0 3 2 0 0 0 0 0 2 1.18 1.00 18 R -3 7 -3 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -2 0 1 -2 -4 -4 -2 -2 -5 -4 -2 0 69 0 0 1 1 2 2 0 2 9 7 1 0 0 2 2 0 0 3 1.18 1.01 19 Q 0 0 1 0 -5 1 4 -4 4 -3 -1 -1 -2 -5 -4 0 1 -5 -3 -3 7 4 6 5 0 6 37 0 11 1 6 1 1 0 0 6 10 0 1 1 0.54 1.01 20 Q -2 3 1 -3 -5 7 0 -1 0 -5 -5 2 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 2 14 7 0 0 60 1 5 1 0 0 9 0 0 0 2 0 0 0 0 1.16 1.01 21 P -1 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 2.68 1.01 22 P 1 -1 0 2 -4 1 3 0 0 -3 -3 0 -2 -5 3 1 0 -5 -4 -2 11 2 3 13 0 5 18 6 2 1 2 6 1 0 13 10 5 0 0 2 0.33 0.96 23 D -4 -3 4 7 -2 -2 -1 -3 -1 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -1 -3 -6 -4 -5 0 0 24 67 1 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.47 0.96 24 L -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 -1 -2 -2 -5 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 44 0 0 0 2 0 0 0 0 15 1.05 1.01 25 V -3 -4 -2 -5 -1 -4 -3 -5 0 3 1 -4 -2 -1 1 -3 -2 -3 4 4 1 0 2 0 1 0 1 0 2 14 14 0 0 1 8 1 2 0 19 33 0.62 1.01 26 E 0 0 -1 4 -3 3 3 0 -2 -3 -3 -1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -3 -2 9 4 2 24 1 14 21 7 1 2 2 3 0 0 0 2 4 0 1 2 0.47 1.01 27 F -3 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -1 -3 -2 -5 -1 8 -3 -4 -4 5 4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 73 2 0 0 8 13 0 1.76 1.01 28 A 5 -4 -3 -4 0 -3 -3 1 -4 0 -3 -3 -3 -4 -3 2 -1 -5 -4 0 62 0 0 0 2 0 0 9 0 5 1 0 0 0 0 14 1 0 0 5 0.86 1.02 29 V 5 -4 -4 -4 0 -2 -3 -2 -2 1 -1 -3 -1 -4 -4 1 -1 -5 -3 3 52 0 0 0 1 1 1 1 1 7 4 1 1 0 0 8 1 0 1 20 0.68 1.02 30 E 0 0 1 4 -5 2 3 -2 0 -4 -5 1 -4 -3 -4 0 -2 -5 -4 -3 6 5 7 25 0 10 23 2 2 1 0 8 0 1 0 6 2 0 0 2 0.56 1.02 31 Y -4 -2 -3 -5 -5 -3 -4 -5 3 -4 -3 -4 0 2 -5 -4 -4 0 9 -4 0 2 1 0 0 0 0 0 7 0 0 0 2 6 0 0 0 0 81 0 1.97 1.02 32 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -2 0 -5 0 8 -6 -5 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 2 88 0 0 0 0 0 2 1.92 0.99 33 T 0 1 2 1 -4 2 1 -2 -1 -4 -4 1 -2 -5 -4 1 4 -5 -4 -3 9 7 8 6 0 10 9 1 1 0 1 7 1 0 0 9 30 0 0 1 0.46 1.00 34 R 1 4 1 0 -2 1 1 -2 0 -5 -4 3 -1 -4 -4 -1 0 -5 -4 -3 11 25 8 4 1 7 7 2 2 0 0 23 1 0 0 1 6 0 0 1 0.52 1.01 35 L -2 -3 -6 -6 -4 -3 -5 -6 -5 0 6 -4 2 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 3 1 0 0 0 1 0 0 0 1 88 0 3 0 0 0 1 0 0 2 1.27 0.99 36 R -2 3 -1 -3 -2 1 -3 -5 -2 0 3 1 0 -3 -4 0 -3 -4 -2 -2 2 20 4 1 1 7 0 0 1 5 38 10 2 0 0 9 0 0 1 1 0.48 0.98 37 E -1 1 2 2 -5 2 5 -4 -3 -1 -4 1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -3 6 7 8 11 0 9 38 0 0 6 1 9 0 0 0 2 3 0 0 1 0.60 0.96 38 A 2 -1 1 -1 -4 1 2 -1 -3 -2 -2 1 -2 -1 -4 1 2 -5 -4 -1 16 2 7 2 0 7 16 4 0 2 4 9 1 3 0 9 11 0 0 5 0.23 0.97 39 R -3 7 -2 -3 -6 2 -2 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 79 0 0 0 9 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 0.89 K Lambda Standard Ungapped 0.1429 0.3220 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2043 0.3180 PSI Gapped 0.0625 0.2670