Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -2 1 -1 -2 -4 1 0 -2 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.29 2 M -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -3 4 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 81 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.29 3 K -2 4 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0.93 0.33 4 V -2 -1 -2 -1 -3 4 3 -3 -2 1 -1 -1 3 -3 -3 -1 1 -3 -2 1 0 0 0 0 0 31 22 0 0 12 0 0 12 0 0 0 12 0 0 11 0.40 0.33 5 K -2 5 2 -2 -4 4 0 -3 -1 -4 -3 3 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 47 12 0 0 25 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0.78 0.33 6 A 3 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 1 -2 -2 -1 -3 4 0 -1 -4 -3 3 36 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 20 7 0 0 0 30 0.50 0.33 7 T -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 1 -3 2 -2 -3 -2 1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 4 0 5 0 0 0 7 0 0 77 0.68 0.33 8 K 1 2 4 -1 -4 0 -1 -2 -1 -4 -4 5 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 12 5 25 0 0 0 0 0 0 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 0 0.66 0.33 9 G 4 -2 -2 -2 -2 -2 -2 3 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 3 -1 -4 -3 -2 49 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0.62 0.33 10 E -1 -2 -1 -1 -3 0 4 3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -2 2 -1 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 42 25 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 12 0.49 0.33 11 G 2 -3 -1 -2 -3 -2 -2 4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 2 2 -1 -4 -3 -3 22 0 0 0 0 0 0 42 0 0 0 0 0 0 12 24 0 0 0 0 0.67 0.33 12 D -3 -2 3 6 -5 2 2 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 16 68 0 10 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.37 13 G -1 -3 2 -2 -3 0 -2 5 -2 -3 -3 -2 3 -3 -3 -1 1 -4 -3 -3 0 0 13 0 0 5 0 57 0 0 0 0 15 0 0 0 10 0 0 0 0.74 0.37 14 G 1 -2 3 2 -2 -1 0 3 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 -1 0 -3 -3 -2 11 1 16 16 0 1 6 31 0 1 2 1 0 1 1 1 6 0 1 1 0.39 0.30 15 I 2 -4 -3 -4 7 -3 -3 -3 -4 2 -1 -3 -1 1 -3 -1 1 -3 -2 2 20 0 0 0 30 0 0 0 0 13 0 0 0 7 0 0 13 0 0 17 0.57 0.37 16 T -1 -2 3 -2 2 -2 1 -3 -2 -1 -1 -2 0 2 -3 0 1 -3 1 1 3 0 21 0 5 0 13 0 0 0 4 0 3 10 0 8 12 0 5 17 0.21 0.37 17 S 2 -2 -1 -2 -2 -2 -2 2 -3 -1 -3 -2 -2 -3 -2 3 4 -4 -3 -2 18 0 0 0 0 0 0 21 0 5 0 0 0 0 0 23 33 0 0 0 0.48 0.37 18 E -2 -2 1 4 -4 -1 2 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 4 1 1 -5 -4 -3 0 0 5 36 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 19 14 11 0 0 0 0.68 0.37 19 G 2 -3 -1 1 -3 -2 -2 5 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 0 2 -4 -4 -3 23 0 0 8 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0.69 0.37 20 N -2 0 4 -1 -4 3 0 -2 -1 -3 -1 4 0 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 28 0 0 18 0 0 0 0 6 45 3 0 0 0 0 0 0 0 0.63 0.38 21 A 5 -3 -3 -3 5 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -1 75 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0.82 0.41 22 L -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -2 0 4 -4 0 2 -4 -3 0 -1 4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 10 0 0 6 0 19 0 0.72 0.44 23 Y -3 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 0 -2 -1 1 3 3 -4 -3 -2 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 12 8 0 0 0 0 59 8 0.93 0.44 24 N 1 -2 6 0 -4 -1 0 3 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -3 0 -1 -5 -4 -4 12 0 59 0 0 0 6 20 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0.83 0.44 25 N -1 -1 5 1 -4 1 -1 0 1 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 2 -4 -3 -3 4 0 43 4 0 6 0 5 3 0 0 15 0 0 0 7 12 0 0 0 0.58 0.44 26 A 2 0 -1 -2 1 -1 0 -1 3 -3 -3 1 -2 -4 -2 2 3 -4 -2 -2 17 5 0 0 3 0 4 3 9 0 0 12 0 0 0 18 28 0 0 0 0.38 0.44 27 F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -2 3 3 -1 -4 -1 6 -4 -3 -3 -1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 4 9 22 0 0 0 55 0 0 0 0 0 10 0.80 0.44 28 M -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 3 -3 6 -1 -4 -3 -2 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 26 0 34 0 0 0 0 0 0 33 0.74 0.46 29 Y 1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -1 -1 0 -3 3 1 -4 -2 -2 0 7 2 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 12 0 0 0 0 0 50 20 0.76 0.46 30 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -1 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.03 0.46 31 Y -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -3 4 2 -4 0 4 -4 -4 -2 -2 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 16 0 0 24 0 0 0 0 9 16 0.66 0.46 32 V -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 3 3 -3 0 -2 -3 -2 4 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 33 0 0 0 0 0 34 0 0 8 0.56 0.46 33 T 3 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -2 5 1 -4 -3 -2 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 6 0 0 0 0.77 0.46 34 T -1 -2 2 5 -3 -1 1 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 3 -5 -4 -3 4 0 9 45 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 15 23 0 0 0 0.72 0.46 35 K -2 0 3 2 2 -1 0 -3 2 -3 -3 4 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 0 0 0 18 14 5 0 4 0 5 0 0 42 0 0 0 0 3 0 0 10 0.49 0.46 36 P 0 -3 1 5 -4 0 -1 -1 -3 -4 -4 -2 -4 -5 5 -1 -2 -5 -4 -4 9 0 7 38 0 5 0 3 0 0 0 0 0 0 36 3 0 0 0 0 0.96 0.46 37 G -2 -3 5 4 -4 -2 -1 3 -2 -4 -5 -2 -4 -3 -3 -1 0 -4 1 -4 0 0 36 29 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 6 0 0.77 0.46 38 M -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 6 -4 2 -1 -4 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 5 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.49 39 K 0 2 -1 -2 -4 1 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 5 7 0 0 0 5 0 0 0 0 0 79 0 0 0 3 0 0 0 0 0.97 0.49 40 Y -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -1 -1 -2 -3 -2 2 -4 -2 2 6 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 21 13 36 21 0.85 0.52 41 V 3 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 0 0 -3 -1 -3 -3 -1 2 -4 -3 5 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 12 0 0 53 0.61 0.52 42 K -2 2 -1 -2 -4 -1 -1 -3 -2 -3 -3 5 -3 -4 -3 1 2 -4 -3 -1 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 0 14 17 0 0 4 0.70 0.52 43 W -3 -4 -5 -5 5 -4 -5 -4 -4 2 -1 -4 -2 4 -5 -3 -3 9 0 2 0 0 0 0 18 0 0 0 0 12 0 0 0 18 0 0 0 33 0 18 1.21 0.52 44 E -1 -2 -2 -1 -4 0 5 -3 3 -3 0 1 0 -3 0 -1 0 -4 -3 -3 3 0 0 0 0 0 49 0 9 0 14 8 2 0 4 3 6 0 0 0 0.53 0.52 45 H -2 -2 2 -2 -4 -1 1 2 1 -3 -3 2 -3 2 -3 1 2 -3 0 -3 0 0 10 0 0 0 8 19 4 0 0 16 0 10 0 12 18 0 4 0 0.33 0.52 46 D -1 -2 2 5 -4 1 2 -3 1 -4 -5 1 -4 -5 -3 1 -2 -5 -3 -4 4 0 9 47 0 5 14 0 4 0 0 9 0 0 0 8 0 0 0 0 0.75 0.50 47 S 1 -3 3 4 -3 0 -1 3 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 1 1 -5 -4 -3 10 0 20 25 0 3 0 21 0 0 0 0 0 0 0 10 12 0 0 0 0.55 0.50 48 G -1 -3 1 2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -5 0 0 7 13 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.29 0.50 49 V -2 -1 -3 -3 5 1 -2 -4 -3 0 -1 2 -2 3 -3 -1 -1 -3 -1 1 0 3 0 0 18 10 0 0 0 4 4 19 0 20 0 5 4 0 0 15 0.39 0.50 50 V -1 -3 2 -3 -3 -3 -3 -1 -3 4 -1 -1 -1 -2 -4 -1 1 -4 -3 4 3 0 12 0 0 0 0 4 0 29 0 4 0 0 0 3 7 0 0 39 0.46 0.50 51 T -1 -3 -1 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 -2 -3 -1 -2 2 0 3 -3 2 4 3 0 3 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 10 6 23 0 10 38 0.44 0.50 52 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 5 3 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 35 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0.79 0.50 53 E -2 -2 3 3 -5 0 6 -3 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 0 0 15 12 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 1.01 0.50 54 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.50 55 E -3 -2 -1 5 -5 3 5 -3 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 36 0 14 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.50 56 P 0 -3 -3 -2 -4 1 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 8 -1 -2 -5 -4 -3 7 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 83 2 0 0 0 0 1.90 0.37 57 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.44 0.37 58 C -2 -2 -4 -5 9 -3 -4 -4 -4 -1 1 -3 4 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -1 0 2 0 0 61 0 0 0 0 0 16 0 20 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.37 59 R -2 5 -1 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -3 5 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0.97 0.37 60 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -2 -1 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 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