Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -3 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -6 -4 -5 -6 9 -3 -4 -6 -6 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.96 1.19 2 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 3 -5 3 1 -4 -4 -4 -5 -3 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 36 25 0 8 7 0 1 0 0 0 22 1.04 1.45 3 N -2 2 4 1 -5 0 1 -3 6 -4 -2 2 -2 -4 -5 0 1 -6 -2 -4 2 12 18 6 0 3 7 1 18 1 3 13 1 0 0 5 7 0 1 1 0.58 1.49 4 Y -2 0 3 2 0 -1 0 -1 7 -5 -5 0 -3 -2 -4 0 0 -3 0 -4 2 4 13 10 2 2 6 5 30 0 0 6 1 2 1 6 6 0 3 1 0.72 1.49 5 P -2 -2 -3 -5 -2 -2 -3 -4 0 2 2 -2 3 1 3 -3 0 -2 2 1 3 2 1 0 1 1 1 1 3 13 20 3 9 5 13 1 7 0 6 11 0.37 1.48 6 V -2 -5 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -5 1 -2 -3 -3 -2 7 -3 -4 -6 -5 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 8 3 1 0 2 67 1 0 0 0 17 1.77 1.48 7 V 2 -3 -4 -6 3 -5 -5 -4 -5 4 1 -5 -1 0 -5 -1 -1 -5 -1 4 15 1 1 0 6 0 0 1 0 26 12 0 1 3 0 4 3 0 2 26 0.67 1.51 8 T 3 -5 -3 -5 6 -3 -2 -1 -5 0 -1 -4 -1 0 -1 2 1 -5 -2 -2 24 0 1 0 15 0 2 5 0 7 7 0 1 3 4 19 8 0 1 2 0.50 1.51 9 I -2 -5 -5 -6 4 -4 -5 -5 -3 3 0 -5 -1 -1 -5 -2 1 -5 -4 6 3 0 0 0 7 0 0 0 1 12 8 0 1 3 0 3 9 0 0 53 0.96 1.53 10 S -1 -1 -2 -3 -2 -3 -4 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 4 6 -6 -5 -3 3 3 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 0 1 0 29 59 0 0 0 1.27 1.54 11 V -2 -5 -6 -6 2 -5 -5 -5 -3 1 1 -5 1 6 -6 -3 -2 -4 1 4 3 0 0 0 4 0 0 1 0 6 14 0 3 32 0 2 2 0 4 29 0.91 1.55 12 A 3 -4 -2 -5 4 -4 -4 4 -1 -2 -3 -4 -2 -4 -5 1 0 -2 -2 0 28 0 2 0 8 0 0 32 2 2 2 0 1 0 0 10 5 1 2 6 0.68 1.56 13 K -3 1 -2 -2 -3 -1 -1 -5 -4 2 0 4 -1 3 -4 -2 -3 -5 0 1 1 7 1 2 1 2 4 0 0 12 9 31 1 13 1 3 1 0 2 8 0.49 1.55 14 V -3 -4 -1 -5 -5 -4 -4 -5 -1 5 0 -3 -2 4 -6 -4 -2 -2 2 3 1 0 3 0 0 0 1 1 2 34 7 1 0 21 0 1 1 0 7 18 0.84 1.54 15 D -2 -2 2 4 -4 -1 0 5 -3 -6 -5 0 -5 -6 -2 -1 -4 -6 -6 -6 1 1 9 20 0 2 7 49 1 0 1 5 0 0 2 3 0 0 0 0 1.02 1.53 16 K -3 -1 3 4 -2 0 1 3 0 -5 -5 1 -4 -4 -3 0 -1 -6 -3 -5 1 4 15 21 1 4 10 21 2 0 0 8 0 1 1 7 3 0 1 0 0.57 1.53 17 Y -2 1 1 -2 -1 2 2 -3 4 0 -2 0 -2 0 -5 -1 0 -1 3 0 2 7 6 2 1 9 16 1 9 5 3 6 1 3 0 5 6 1 9 8 0.27 1.52 18 L -1 -4 -4 -5 1 -3 -5 -5 2 3 2 -4 1 2 -1 -2 -2 -4 2 2 4 1 1 0 3 1 0 0 5 19 23 0 3 8 4 2 1 0 8 15 0.49 1.50 19 V -3 -4 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 4 3 -4 1 1 -6 -5 -3 -5 -2 4 1 1 0 0 2 0 0 0 0 26 26 1 3 5 0 0 1 0 1 35 0.97 1.47 20 V 0 -5 -6 -6 0 -4 -5 -6 -6 3 2 -5 1 -1 -5 -3 -1 2 -3 5 8 0 0 0 2 1 0 0 0 16 20 0 3 2 0 1 4 3 1 40 0.81 1.47 21 D -5 -4 0 8 -6 -3 -1 -4 1 -6 -7 -4 -6 -6 -4 -2 -4 -7 -3 -6 0 0 3 91 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 2.16 1.47 22 P 1 -5 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 -3 1 -4 -1 -5 7 -3 -2 -6 -5 -2 12 0 0 0 1 0 0 0 0 1 14 0 2 0 67 1 2 0 0 2 1.73 1.47 23 D -2 -4 3 1 2 -3 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -5 -2 3 5 -2 -4 -3 1 0 13 8 4 0 2 1 0 1 1 1 1 0 2 20 44 1 0 1 0.83 1.42 24 L 1 0 -2 0 -4 0 -1 -1 1 -1 2 0 -2 1 -2 0 -2 -1 4 -1 11 5 2 5 0 5 3 4 3 3 20 6 0 5 2 6 2 1 14 4 0.19 1.42 25 D -1 0 -1 2 -4 1 5 -4 -1 -2 -1 0 -3 -3 0 -2 -3 -6 -3 -3 4 5 2 12 0 6 42 0 1 2 7 6 0 1 5 1 1 0 1 2 0.64 1.47 26 E -4 -3 -3 -1 -7 1 7 -5 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 4 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.07 1.47 27 E -1 -2 -3 3 -6 0 6 -4 -3 -3 -4 -2 0 -5 -4 -2 -2 -1 -5 -3 4 1 0 15 0 2 65 1 0 1 1 1 2 0 0 1 2 1 0 2 1.22 1.42 28 S 2 0 0 -1 0 2 0 -3 -1 -2 -1 1 -1 -4 -2 3 -1 -5 -3 -2 21 4 4 4 2 10 6 1 1 2 7 7 2 1 1 20 3 0 1 2 0.27 1.42 29 I 0 -1 -3 -3 6 -1 -2 -3 -3 1 1 -2 0 -2 -5 -1 -1 -3 -1 3 7 4 1 1 19 3 3 2 1 8 14 2 2 2 0 4 3 0 2 21 0.46 1.42 30 M 3 -2 -3 -4 3 -2 -3 0 -4 -1 0 -3 5 -3 -4 3 -1 -5 -4 -2 28 3 1 0 7 2 1 7 0 2 8 1 15 0 0 21 2 0 0 2 0.56 1.42 31 D -1 -1 0 5 -2 0 2 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -3 1 0 -5 -3 -2 4 4 4 35 1 4 13 5 1 1 3 2 1 1 1 11 7 0 1 3 0.54 1.42 32 A 3 -4 -2 -3 0 -4 -2 4 -4 -2 -2 -3 -1 -4 -3 1 2 -2 -3 1 22 0 1 1 2 0 2 30 0 2 3 1 2 1 1 11 11 0 1 9 0.53 1.42 33 K -1 4 -1 3 0 0 -1 -3 0 -2 -1 1 -2 0 -5 1 0 -5 -3 -2 4 20 2 18 2 3 3 1 2 3 6 10 1 4 0 12 6 0 1 3 0.35 1.47 34 I -3 -5 -4 -6 0 -5 -6 -6 -5 3 4 -5 6 0 -6 -4 -4 -5 -4 2 1 0 1 0 2 0 0 0 0 19 37 0 24 4 0 1 0 0 0 12 1.05 1.47 35 S -2 -4 3 -4 -1 -3 -4 -4 -1 0 -1 -4 1 -3 -1 2 5 -5 -2 2 1 0 12 0 1 0 0 0 2 4 4 0 3 1 3 13 39 0 1 14 0.67 1.47 36 F -2 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 5 0 -5 1 2 -4 -4 -2 -5 -1 5 3 0 0 0 1 0 0 0 0 31 6 0 3 8 1 1 1 0 2 45 1.08 1.47 37 S 3 -5 -4 -5 -1 -4 -4 1 -5 0 -3 -4 -2 -3 -4 2 3 -5 -3 3 29 0 0 0 1 0 0 11 0 6 1 0 1 1 0 13 16 0 1 20 0.59 1.46 38 Y -1 -5 -5 -6 0 -4 -5 -2 -2 2 1 -5 5 1 -5 -2 1 -2 0 4 4 0 0 0 2 0 0 4 1 10 12 0 19 6 0 3 7 1 3 30 0.66 1.47 39 T -2 -3 6 3 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 0 -3 -5 0 3 -6 -4 -4 2 1 37 19 1 1 0 2 1 1 1 1 3 1 0 6 23 0 0 0 0.93 1.57 40 P 1 1 0 1 -4 1 3 -1 -2 -2 -4 2 -2 -6 2 1 -2 -6 -4 -3 12 6 3 6 0 6 18 5 1 2 1 12 1 0 10 12 2 0 0 1 0.35 1.56 41 D -1 1 4 4 -1 1 1 -2 3 -5 -5 1 -5 -1 -5 0 -1 -5 0 -5 4 6 17 22 1 5 9 2 8 1 1 7 0 2 0 7 4 0 3 0 0.51 1.56 42 L -1 1 0 0 -4 -2 -1 6 -2 -6 -4 0 -3 -3 -4 -1 -4 -5 -3 -5 3 9 5 5 0 1 4 59 1 0 2 5 0 1 0 3 0 0 1 0 1.02 1.53 43 K -2 2 2 1 -3 1 4 -2 3 -2 -4 2 -1 -4 -4 -1 0 -5 -3 -3 3 10 9 8 0 5 26 3 7 2 1 12 2 0 0 5 5 0 1 1 0.47 1.52 44 I -3 -4 -4 -6 1 -5 -4 -6 -5 6 3 -3 1 1 -5 -5 -3 -5 -2 2 1 1 1 0 2 0 1 0 0 42 23 1 3 6 0 0 1 0 1 15 0.94 1.53 45 V -1 -2 -3 -4 9 -4 -4 -4 -2 1 -2 -4 -3 -4 -5 -1 1 -2 -3 3 4 2 1 1 42 0 1 1 1 8 2 0 0 0 0 5 8 1 1 20 1.22 1.55 46 G 2 -4 -1 -3 2 -1 1 3 0 -4 -2 -2 -2 -2 -4 2 0 -1 -2 -1 20 0 2 1 5 3 11 21 2 0 5 1 1 1 0 13 7 1 1 4 0.36 1.52 47 I -2 -5 -6 -6 -2 -4 -5 -6 -5 5 2 -5 6 -1 -5 -3 -1 -5 -4 3 2 0 0 0 1 1 0 0 0 28 21 0 18 2 0 2 3 0 0 21 0.95 1.56 48 Q -2 1 -1 -3 -5 6 -1 -4 4 -2 -3 0 0 -2 -5 -1 -1 -5 0 0 2 6 3 1 0 44 2 0 11 2 2 4 2 1 0 5 3 0 4 6 0.85 1.63 49 K -1 -1 -3 -4 -5 1 0 1 -2 -4 -2 6 1 -4 -4 -1 -1 -6 -3 -4 4 1 0 0 0 4 4 9 1 1 4 58 4 1 0 5 3 0 1 1 0.95 1.61 50 S 0 0 -2 -2 -3 -3 -2 2 -2 -1 -1 -3 1 -3 2 2 2 -5 -3 -1 8 5 2 2 0 1 2 15 1 3 7 1 3 1 11 17 16 0 1 4 0.30 1.59 51 G 0 -3 -2 -2 -2 -3 -1 7 -2 -6 -3 -3 -4 -5 -5 -2 -1 -5 -4 -5 6 1 1 1 1 1 5 74 1 0 3 1 0 0 0 1 3 0 0 0 1.42 1.59 52 K -1 -2 -1 0 -1 -2 2 4 -1 -2 -3 0 1 -4 -1 0 0 -4 -2 -2 4 2 3 4 2 1 14 35 1 3 3 5 3 0 3 8 5 0 1 3 0.43 1.61 53 G 1 -2 -1 -2 -1 -2 0 5 -3 -1 -3 1 -1 -4 -2 0 0 -5 -3 0 10 1 2 2 2 2 6 39 0 3 3 8 1 1 2 6 6 0 1 6 0.49 1.62 54 S 1 -3 -2 -2 -2 -3 0 2 -2 -2 -1 -3 0 -3 3 3 0 -4 -2 -2 9 1 1 2 1 0 7 13 1 2 6 0 2 1 14 27 6 0 1 3 0.38 1.64 55 M -3 -6 -6 -5 -2 -4 -6 -6 -5 3 4 -6 1 5 -5 -4 -2 -1 -2 2 2 0 0 0 1 0 0 0 0 14 37 0 2 23 0 0 2 1 1 15 0.93 1.66 56 S -1 -3 0 3 -4 0 0 -3 2 -4 -3 -1 -2 -4 0 4 3 -6 -5 -3 3 1 4 14 0 4 4 1 5 1 3 4 1 0 4 32 17 0 0 1 0.55 1.66 57 L 0 2 -4 -2 -1 2 1 -3 0 0 -1 1 1 -2 4 -2 -1 -2 -1 0 6 10 0 2 1 8 10 2 2 5 7 7 3 1 19 3 4 1 2 5 0.28 1.69 58 Q 0 -1 0 4 -5 2 4 -2 -1 -5 -4 0 -3 -6 -3 2 -1 -6 -5 -4 7 3 4 20 0 8 25 3 1 0 1 5 1 0 1 16 3 0 0 1 0.61 1.68 59 D -2 -2 -2 1 -3 3 4 -4 -2 -1 -1 0 -1 -4 -4 0 2 -6 -4 1 2 1 1 7 0 12 27 0 1 3 7 5 1 0 0 8 14 0 0 10 0.46 1.69 60 I -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 5 4 -6 4 1 -6 -4 -3 -5 -3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 34 34 0 9 5 0 1 1 0 1 14 1.06 1.67 61 D -3 -1 2 1 -1 3 0 -4 -2 0 2 1 3 0 -2 -1 -2 -5 -1 -1 1 2 9 8 1 12 5 1 1 6 18 8 8 5 2 3 2 0 2 5 0.25 1.68 62 Q 0 2 1 2 -6 3 3 -3 1 -4 -4 3 -2 -4 -4 0 -1 -6 -2 -4 7 9 6 10 0 15 16 1 4 1 1 16 1 1 0 5 4 0 1 1 0.47 1.69 63 A 2 -5 -5 -6 8 -5 -5 -4 -4 0 1 -4 6 -3 -5 -2 -3 -5 -5 -1 19 0 0 0 35 0 0 1 0 5 10 1 21 1 0 2 1 0 0 3 1.31 1.68 64 E -1 -3 -4 -6 -1 -5 -3 -4 -6 4 3 -4 3 -2 -5 0 0 -4 -3 2 4 1 1 0 1 0 1 1 0 28 26 1 8 1 0 6 6 0 0 14 0.67 1.68 65 N 0 1 2 3 -6 1 3 -3 -2 -5 -4 2 -1 -6 -4 1 -1 -6 -4 -4 7 8 9 17 0 7 21 2 1 0 1 11 2 0 0 9 3 0 0 1 0.53 1.68 66 T -1 0 -1 -4 -3 -1 -3 -5 -2 3 3 0 2 -2 -5 -2 1 -5 -2 2 6 4 3 1 0 2 2 0 1 17 28 5 5 1 0 2 9 0 1 12 0.41 1.69 67 A 6 -4 -4 -5 0 -4 -4 2 -5 -3 -5 -4 -4 -5 -4 1 -1 -3 -5 -2 68 1 0 0 2 0 0 12 0 1 0 0 0 0 0 11 3 0 0 1 1.21 1.68 68 R -1 1 -2 -4 1 2 0 -3 0 0 0 3 1 -1 -5 1 0 -2 -1 0 5 7 1 0 3 9 6 2 2 5 10 19 3 3 0 9 4 1 2 8 0.22 1.68 69 S 0 2 0 0 -4 2 2 -3 0 -2 -3 3 -2 -5 -4 1 0 -6 -3 0 6 9 5 6 0 7 14 1 3 3 2 20 1 0 0 9 6 0 1 7 0.35 1.69 70 T 1 4 -3 -5 -3 -1 -3 1 -1 1 -2 3 -2 -4 -5 -2 -2 -6 -4 1 11 21 1 0 1 2 1 12 2 9 4 20 1 0 0 1 2 0 0 11 0.46 1.69 71 A 3 -2 -4 -4 2 -3 -3 3 -1 1 -3 -3 -3 -3 -4 1 0 -4 -2 1 26 2 0 0 5 1 1 19 2 9 1 1 0 1 0 12 5 0 2 11 0.46 1.70 72 V 0 2 0 -2 -5 2 2 -2 -2 -2 -2 4 -1 -3 -1 -1 -1 -6 -4 -1 9 11 5 2 0 8 11 3 1 2 4 27 2 1 3 5 3 0 0 4 0.40 1.70 73 K 0 0 -2 1 -2 2 5 -3 0 -4 -4 3 -2 -4 -3 0 -1 -4 -3 -2 7 4 1 8 1 9 35 1 2 1 1 15 1 1 1 5 3 0 1 3 0.59 1.70 74 L -4 -4 -5 -6 -4 -5 -5 -7 -6 4 5 -5 1 -1 -6 -4 -2 -2 -1 2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 24 50 0 2 1 0 0 2 1 2 14 1.05 1.70 75 L -2 3 1 -2 0 0 -3 -5 3 2 0 -1 0 2 -5 -1 2 -3 0 0 3 14 8 2 2 4 1 0 7 10 10 3 2 9 0 4 12 0 2 6 0.28 1.69 76 E 0 -1 0 2 -6 2 4 -2 -1 -3 -5 3 -4 -6 -3 0 -1 -6 -5 -3 9 2 5 9 0 7 29 2 1 1 1 21 0 0 1 8 4 0 0 1 0.60 1.69 77 E 1 -2 -3 -2 -4 1 0 -4 -1 2 3 1 0 1 -3 -1 -2 -5 -1 -1 14 2 1 2 0 6 7 1 1 11 24 10 3 5 1 4 3 0 2 3 0.25 1.70 78 L -3 -5 -6 -6 -3 3 -5 -6 -5 4 4 -4 1 -2 -6 -5 -4 -5 -1 1 1 0 0 0 0 13 0 0 0 28 41 0 3 1 0 0 0 0 2 8 0.96 1.69 79 K -2 3 0 2 -6 2 1 -3 0 -4 -2 4 2 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -2 3 15 5 11 0 9 10 2 2 1 4 27 5 0 0 3 2 0 0 2 0.55 1.66 80 K -1 1 0 1 -6 2 3 -4 -3 -5 -6 5 -5 -6 -3 0 -2 -6 -5 -4 5 7 5 6 0 9 23 1 0 0 0 33 0 0 1 8 2 0 0 1 0.78 1.64 81 H 4 -2 -2 -4 -2 1 0 -3 -2 1 -2 0 -2 -4 -4 1 0 -6 -3 1 42 2 1 0 1 6 7 1 1 7 4 5 1 1 0 9 4 0 1 8 0.51 1.63 82 L -4 -5 -5 -7 -4 -5 -5 -6 -6 3 5 -5 2 -1 -6 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 61 0 5 1 0 0 0 0 0 17 1.20 1.60 83 G 3 -2 4 -3 -4 -1 -2 4 -4 -5 -5 -1 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 29 1 23 0 0 2 2 36 0 0 1 3 0 0 0 2 0 0 0 0 0.93 1.32 84 I -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 2 -2 -5 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 36 0 5 0 0 0 0 0 0 18 1.04 0.98 K Lambda Standard Ungapped 0.1319 0.3119 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1886 0.3188 PSI Gapped 0.0577 0.2670