Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -2 3 5 0 -4 2 0 -2 -1 -4 -4 3 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 0 18 44 0 0 9 0 0 0 0 0 23 0 0 0 6 0 0 0 0 0.62 0.26 2 E -2 3 -1 -2 -5 1 2 -3 -2 -4 -4 5 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 20 0 0 0 4 15 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.44 3 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 2 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 22 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0.91 0.55 4 V -3 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 1 0 1 -4 -1 5 -5 -2 -3 0 7 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 17 0 0 25 0 4 0 0 44 3 1.00 0.61 5 L -2 -1 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 1 -4 -1 2 -4 -3 -2 -3 0 6 0 4 0 0 0 0 0 0 0 4 8 0 0 10 0 0 0 0 2 72 0.84 0.61 6 Q 1 -1 1 -2 -4 4 2 -3 -2 -3 -3 2 4 -4 0 0 0 -4 -3 -2 12 0 6 0 0 20 15 0 0 0 0 14 17 0 4 5 7 0 0 1 0.42 0.66 7 P -3 -3 3 5 -5 1 2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 3 0 -2 -5 -4 -5 0 0 16 43 0 6 12 0 0 0 0 0 0 0 17 6 0 0 0 0 0.95 0.71 8 R -3 7 -1 -3 -5 1 -2 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 0 75 2 0 0 5 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 1.39 0.73 9 S -2 -1 -1 2 -4 5 3 -3 -2 -5 -4 3 -3 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 0 0 2 12 0 32 16 0 0 0 0 20 0 0 0 15 3 0 0 0 0.73 0.73 10 I -3 -2 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 6 3 -4 0 -2 -5 -4 -3 -4 1 2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 53 26 0 0 0 0 0 0 0 5 14 0.90 0.73 11 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 -1 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 1.23 0.73 12 V -1 1 -4 -5 0 -3 -4 -5 -4 2 1 -3 3 2 -4 -2 0 -4 -2 4 3 9 0 0 2 0 0 0 0 12 11 0 9 10 0 1 7 0 0 36 0.51 0.73 13 P -3 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 9 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.72 0.73 14 G -2 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.90 0.73 15 E -3 -3 -1 7 -5 1 3 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 0 -5 -4 -5 0 0 0 65 0 7 21 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 0 0 0 1.26 0.73 16 L -1 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -5 2 5 -3 1 -1 -4 -4 -2 -4 -3 3 4 0 0 0 3 0 0 0 0 7 61 1 1 2 0 0 2 0 0 19 0.78 0.73 17 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 4 5 -4 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 57 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0.94 0.73 18 A 5 -3 -2 -2 -3 -2 -2 1 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 2 2 -4 -4 -1 56 0 0 2 0 0 2 11 0 0 0 0 0 0 0 16 12 0 0 2 0.71 0.73 19 E -1 -1 -2 2 -4 1 5 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 0 3 -5 -4 -3 4 2 0 10 0 6 47 3 0 0 0 2 0 0 0 3 23 0 0 0 0.75 0.73 20 G 0 -3 3 3 -4 -2 -1 5 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 7 0 17 16 0 0 4 50 0 0 0 2 0 0 0 2 1 0 0 0 0.88 0.72 21 E -1 -1 2 3 -5 0 2 -3 -3 -4 -4 1 0 -5 5 0 -1 -5 -4 -3 3 2 10 18 0 3 15 0 0 0 0 9 3 0 30 5 2 0 0 1 0.72 0.73 22 F -3 0 -1 1 -4 -1 -2 -4 -2 1 -1 2 -2 5 -4 -1 -3 -2 4 -1 0 5 3 7 0 3 2 0 0 8 4 14 0 28 0 5 0 0 17 4 0.49 0.73 23 Q -1 2 0 -2 -4 3 1 -4 1 -1 -1 3 0 0 -3 -1 0 -4 0 -1 4 13 3 0 0 13 11 0 3 3 5 23 3 4 0 2 5 0 4 4 0.32 0.73 24 I 2 0 0 -3 -3 -3 -2 -3 -3 2 0 -1 -2 -3 2 1 0 -4 -3 2 20 5 6 0 0 0 2 0 0 15 6 2 0 0 9 14 3 0 0 16 0.27 0.71 25 P -2 -3 0 -2 -4 -2 0 5 -3 -2 -3 0 -3 -4 4 0 -2 -4 -4 -2 1 0 4 0 0 0 8 43 0 3 3 5 0 0 22 6 0 0 0 4 0.70 0.68 26 W 0 3 -2 -2 -4 0 2 0 2 -3 -2 0 -3 -2 0 -1 -3 6 2 -3 8 19 0 0 0 4 19 6 6 2 4 3 0 0 6 3 0 12 8 0 0.44 0.70 27 S -1 -3 1 -1 -4 0 -1 5 -3 -5 -4 -3 -4 -4 -4 2 -2 -4 -1 -4 2 0 5 2 0 5 4 55 0 0 2 0 0 0 0 22 0 0 3 0 0.87 0.73 28 P -1 -3 -1 -3 -3 -3 -3 -1 -4 0 -2 -1 -3 -4 4 -1 5 -5 -4 -1 2 0 3 0 0 0 0 4 0 6 3 4 0 0 24 0 50 0 0 4 0.79 0.73 29 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 4 -1 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 0 7 -1 1 1 0 1 0 0 1 1 11 3 1 1 0 19 1 1 1 0 53 5 1.16 0.66 30 I -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -3 4 1 -3 -1 -1 -3 -3 0 1 1 5 1 1 1 1 0 1 1 1 0 24 8 1 0 1 1 1 4 2 7 45 0.61 0.62 31 L -1 -1 -1 -1 -2 -1 0 -2 -1 0 1 -1 -1 2 -1 0 -1 0 5 -1 4 2 2 3 1 2 6 3 1 6 12 3 1 7 2 9 3 1 29 3 0.32 0.39 32 K -1 2 1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 0 0 4 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -2 0 3 14 8 2 1 2 3 3 1 6 11 30 1 1 2 3 2 0 1 8 0.27 0.47 33 I -2 0 -2 3 -4 2 4 -4 -2 1 -1 0 -2 -1 -3 -2 -2 -4 -3 0 2 5 0 16 0 8 36 0 0 9 4 5 0 2 0 0 0 0 0 9 0.48 0.69 34 N -2 -3 4 3 -4 -2 -1 5 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -5 0 0 27 17 0 0 4 47 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0.98 0.71 35 S -2 0 5 3 -4 -2 -2 4 -2 -4 -3 -1 -4 -4 -3 0 -2 -4 -4 -4 0 5 30 18 0 0 0 34 0 0 2 3 0 0 0 5 0 0 0 0 0.77 0.69 36 K -1 3 1 -2 -5 0 0 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -2 3 18 7 0 0 1 2 0 0 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 2 1.01 0.72 37 Y -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -3 5 0 -4 -1 -1 -4 -3 -1 -2 5 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 36 3 0 0 0 0 0 3 0 29 27 0.87 0.73 38 Y -3 2 -4 -5 3 -3 -4 -5 -1 1 -2 -3 -2 2 -5 -3 -3 0 8 -1 0 12 0 0 8 0 0 0 0 10 0 0 0 5 0 0 0 0 64 3 1.26 0.73 39 S 3 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 6 -1 -5 -4 -3 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 73 0 0 0 0 1.04 0.73 40 T 1 -1 -2 1 -3 -2 -2 -3 -3 -3 0 1 -2 -4 -3 4 3 -5 -4 -3 14 1 0 9 0 0 0 0 0 0 11 11 0 0 0 36 18 0 0 0 0.47 0.73 41 V -1 -4 -1 -4 -3 -1 -4 -5 -4 3 2 -4 -1 0 -4 -1 -1 -4 -3 5 3 0 4 0 0 3 0 0 0 15 16 0 0 4 0 4 3 0 0 48 0.61 0.73 42 V -1 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 -4 3 2 -4 3 -1 -4 -3 0 -3 3 4 5 0 0 0 3 0 0 0 0 16 17 0 7 2 0 0 7 0 11 33 0.55 0.73 43 G -2 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.90 0.73 44 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 4 -4 3 1 -5 -4 -1 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 50 0 7 4 0 0 3 0 0 17 0.79 0.73 45 F 2 -4 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -4 2 0 -1 -1 1 -4 0 -2 -4 -3 5 16 0 0 0 0 0 3 0 0 7 7 4 0 5 0 7 0 0 0 51 0.56 0.73 46 D -1 -2 3 3 -4 -1 4 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -4 -3 2 0 -4 0 -4 3 1 14 19 0 0 32 0 0 0 0 2 0 0 0 18 6 0 4 0 0.64 0.73 47 V -3 -1 -4 -4 -3 -2 -4 -5 -4 4 0 0 -1 3 -2 -2 -2 -3 -1 3 0 3 0 0 0 1 0 0 0 34 6 6 0 12 2 4 0 0 1 28 0.55 0.72 48 K -1 4 -1 0 -4 0 0 -4 -2 -2 -4 4 -3 -2 -3 0 0 -4 0 -2 3 31 2 6 0 3 4 0 0 2 0 25 0 2 0 7 7 0 5 3 0.52 0.73 49 D -3 -1 3 4 -5 -1 4 1 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 0 2 19 31 0 0 27 11 0 0 0 2 0 0 0 5 3 0 0 0 0.76 0.72 50 T -3 0 4 4 -4 -1 1 1 -2 -4 -5 2 -4 -5 -1 -1 0 -5 -4 -4 0 5 21 27 0 0 8 9 0 0 0 17 0 0 2 3 7 0 0 0 0.60 0.72 51 Q -1 1 -2 1 -4 0 -2 -2 -1 -1 0 3 -1 -2 -3 1 1 -4 0 1 3 9 0 7 0 3 0 2 1 3 8 25 1 1 0 9 10 0 4 12 0.22 0.72 52 F -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 1 -4 -1 3 -5 -4 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 12 0 0 13 0 0 0 0 0 39 0.88 0.73 53 E -1 3 2 -1 -4 0 2 -1 -2 -3 -4 2 -3 -1 -3 2 -1 -5 -3 0 2 19 10 1 0 2 14 5 0 0 0 16 0 3 0 18 2 0 0 10 0.36 0.73 54 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 0 -4 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 5 0 0 3 0 0 0 0 0 77 1.10 0.73 55 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 0 -4 -1 -2 -5 -4 -2 -4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 3 19 1.23 0.73 56 P -3 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 9 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.72 0.73 57 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -2 0 1 -5 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 4 0 5 0 0 0 0 0 3 1.11 0.73 58 E 0 0 0 -1 -4 1 4 -2 -2 -4 -4 2 -3 -5 -3 1 1 -5 -4 -4 9 4 3 1 0 6 39 2 0 0 0 15 0 0 0 13 7 0 0 0 0.60 0.73 59 G -1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.85 0.67 K Lambda Standard Ungapped 0.1417 0.3187 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1914 0.3163 PSI Gapped 0.0586 0.2670