Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 2 1 -4 9 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 6 0 83 0 0 0 0 0 0 0 1.62 0.79 2 N -3 3 3 -2 -5 0 2 -4 -2 -4 -5 6 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 0 15 14 1 0 3 12 0 0 1 0 52 0 0 0 0 2 0 0 1 0.91 0.84 3 T -2 -2 3 -1 -3 -2 -1 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -5 -3 3 6 -5 -4 -2 0 1 14 3 0 0 3 0 0 0 0 1 0 0 0 20 58 0 0 1 0.94 0.85 4 F -2 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -4 3 4 -5 3 4 -5 -4 -3 -3 2 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 16 39 0 8 21 0 0 0 0 7 8 0.79 0.85 5 Y -1 -2 -4 -5 -4 -2 -4 -5 0 -2 -1 -3 -2 3 -5 -2 -2 2 8 -2 5 1 0 0 0 2 0 0 0 2 4 1 1 8 0 2 2 2 69 2 1.41 0.87 6 D -4 -4 -1 8 -6 -2 2 -4 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 90 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.85 0.87 7 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 3 1 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 10 0 0 0 0 0 0 0 0 76 1.20 0.89 8 Q -2 2 0 -3 -5 7 -1 -3 -2 -2 1 0 1 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 2 12 3 0 0 57 0 1 0 2 15 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0.93 0.91 9 Q -2 0 0 -2 -5 7 2 -3 -2 -5 -3 1 -1 -5 -4 -1 -2 -4 -4 -3 3 2 3 1 0 69 9 1 0 0 2 5 2 0 0 2 2 0 0 1 1.20 0.91 10 L -3 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -1 0 5 -5 1 4 -5 -4 -3 2 2 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 2 68 0 3 15 0 0 0 3 6 1 1.00 0.89 11 L -4 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 1 1 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 2 5 0 0 0 0 0 0 1.35 0.89 12 K -3 2 -2 -3 -5 0 -1 -3 -2 -5 -3 7 0 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 9 0 0 0 1 2 1 1 0 2 82 3 0 0 0 0 0 0 0 1.33 0.89 13 T -3 5 -1 -3 -5 4 -1 -3 -1 -5 -4 4 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 0 35 2 0 0 18 2 1 1 0 0 28 0 0 1 6 5 0 0 1 0.87 0.89 14 F -4 -5 -3 -5 -5 -5 -5 -5 1 -3 -2 -5 -2 8 -6 -4 -4 -1 6 -2 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 65 0 0 0 0 29 1 1.68 0.89 15 G -2 -2 -1 -1 -5 -1 -4 7 -1 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -5 0 2 2 3 0 3 0 87 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.61 0.89 16 H -1 -4 -3 -5 0 -3 -4 -5 -1 5 0 -4 -1 2 -4 -2 3 -3 2 1 6 0 1 0 2 1 0 0 2 35 4 0 1 8 0 2 24 0 7 9 0.57 0.89 17 I -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -3 4 0 -5 0 5 -5 -4 -3 -2 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 5 0 2 29 0 0 0 0 22 10 1.02 0.89 18 V -3 -5 1 -5 -3 -5 -5 -5 -5 6 -1 -5 -1 -3 -5 -3 -3 -5 -4 4 0 0 7 0 0 0 0 0 0 56 1 0 0 0 0 2 0 0 0 34 1.11 0.94 19 Y -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 4 -3 -1 -4 -3 2 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 5 0 0 2 0 0 0 0 85 0 2.00 0.94 20 F -3 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -5 -4 1 0 -4 3 4 -4 -2 4 -4 -2 3 0 0 0 3 0 0 0 0 0 8 8 0 10 16 0 1 34 0 0 21 0.68 1.01 21 G -1 0 -3 -2 -5 -3 -3 6 -4 -6 -6 3 -5 -6 -2 -2 -2 -5 -5 -5 2 5 0 1 0 0 0 65 0 0 0 22 0 0 1 2 2 0 0 0 1.22 1.01 22 D -3 -2 4 6 -6 -2 0 -3 -1 -5 -6 3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 2 0 24 45 0 0 3 0 1 0 0 23 0 0 0 2 0 0 0 0 1.13 1.01 23 R -4 7 -2 -4 -6 -1 0 -5 -1 -5 -3 2 -1 -5 2 -3 -3 -5 -1 -5 0 70 1 0 0 1 4 0 1 0 1 8 2 0 9 0 0 0 2 0 1.33 1.01 24 E -3 -2 0 -1 -2 0 1 -3 -2 2 3 2 1 -3 -4 -1 -2 -5 -4 -1 1 1 4 4 1 4 11 2 1 15 35 12 3 0 0 4 1 0 0 2 0.35 1.01 25 L 2 -4 -1 3 -4 -2 -3 1 0 -4 -1 -4 0 -2 -4 -1 -2 7 4 -2 21 0 3 16 0 1 0 13 2 0 5 0 3 1 0 2 2 14 15 2 0.58 1.01 26 E -2 -2 -1 7 -5 -1 1 -3 -2 -4 -5 -2 2 -5 -4 -2 -1 -6 -3 -5 4 2 0 73 0 1 5 1 1 1 0 1 6 0 0 1 4 0 1 0 1.34 1.01 27 I -3 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 1 -2 -5 -3 -3 -1 1 -1 1 0 0 0 2 0 0 0 0 40 45 0 3 0 0 2 0 1 6 0 0.97 1.01 28 E -1 -3 -2 1 -5 2 6 -3 2 -2 -2 -2 -2 -2 -4 0 -3 -5 -2 -3 4 0 1 5 0 6 63 1 4 3 3 0 1 2 0 5 0 0 1 2 0.93 1.01 29 F -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 5 -5 7 1 -5 -5 -3 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 58 0 29 6 0 0 0 0 1 3 1.18 1.01 30 M -1 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -4 2 0 -4 9 -2 -5 -2 -2 0 -3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 12 1 0 77 0 0 2 1 1 0 2 1.65 1.01 31 L 1 -2 -3 -1 -5 3 5 -3 -2 -3 -1 1 1 -4 -4 -1 -2 -5 -4 -3 13 1 0 1 0 13 46 1 1 1 5 8 5 1 0 2 2 0 0 1 0.71 1.01 32 D 0 -3 -2 2 -4 3 2 -3 -2 3 1 -1 3 -2 -4 -2 -2 -5 0 -1 7 0 1 13 0 13 14 1 1 19 11 2 8 1 0 3 2 0 3 1 0.34 1.01 33 E -3 -2 -2 1 -6 0 7 -4 -2 -6 -5 -1 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 4 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.80 1.01 34 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 3 -2 -5 -5 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 50 0 6 0 0 0 0 0 0 13 1.05 1.01 35 K -3 5 0 2 -5 0 1 -2 1 -5 -5 4 -3 -5 -4 -1 0 -5 -4 -5 1 28 4 12 0 3 7 2 3 0 0 32 1 0 0 2 5 0 0 0 0.76 1.01 36 E -1 1 2 1 -5 1 5 -2 1 -5 -4 0 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -5 6 7 10 5 0 4 47 2 4 0 1 5 0 0 0 6 4 0 0 0 0.74 1.01 37 L -3 -4 -6 -6 -4 -3 -5 -6 -5 1 6 -5 3 -1 -5 -5 -3 -4 -3 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 6 81 0 7 1 0 0 0 0 0 3 1.21 1.01 38 Y -3 0 -2 -5 -5 -2 -3 -5 4 -4 -2 -1 -3 3 -5 -3 -4 1 8 -3 1 6 2 0 0 1 1 0 11 0 3 3 0 9 0 1 0 1 59 2 1.36 1.05 39 M -3 2 0 3 -5 3 3 -3 1 -5 -3 3 -2 -5 -4 -2 -1 -5 -3 -5 1 11 4 18 0 16 19 1 3 0 2 18 1 0 0 1 3 0 1 0 0.62 1.05 40 N 3 -3 1 -3 -4 -1 -1 -1 2 -3 0 -3 1 -1 -4 3 -2 2 3 -3 24 0 8 1 0 2 3 3 6 1 8 0 4 2 0 22 1 3 10 0 0.38 1.05 41 H -2 1 1 0 -5 3 1 4 2 -6 -5 1 -2 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -5 2 6 7 4 0 16 7 38 6 0 0 9 1 0 0 3 1 0 0 0 0.67 1.05 42 M -2 -5 -6 -6 0 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 4 1 -5 -5 -3 -4 -3 2 2 0 0 0 2 0 0 0 0 11 58 0 10 6 0 0 0 0 0 11 0.96 1.05 43 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 3 -5 2 0 -5 -5 -3 -5 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 64 22 0 5 3 0 0 0 0 0 6 1.23 1.05 44 E -3 -2 -1 6 -5 0 4 -4 -3 -5 -5 -2 -3 -6 -3 2 1 -6 -5 -5 1 1 1 41 0 3 25 0 0 0 0 1 1 0 1 16 10 0 0 0 0.95 1.05 45 K 0 2 1 -1 -5 2 -1 -3 0 -2 -4 4 -2 -5 -1 -1 0 -5 -2 -1 8 12 7 3 0 8 2 1 2 3 0 32 1 0 3 3 7 0 1 5 0.45 1.11 46 E -2 1 0 3 -6 2 4 -3 2 -5 -3 3 -3 -5 -3 -1 -1 -6 -4 -4 2 8 4 16 0 8 28 1 5 0 3 18 0 0 1 2 4 0 0 0 0.60 1.11 47 Q -3 -2 -1 4 -5 1 4 -4 -3 -2 -3 -1 -2 -3 -4 -2 3 -5 -4 -1 1 1 2 26 0 7 33 0 0 2 3 1 1 1 0 0 18 0 0 5 0.73 1.11 48 W -4 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -3 -2 -5 -1 5 -6 -4 -4 4 8 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 27 0 0 0 4 65 0 1.92 1.11 49 A 1 0 -4 -2 -4 4 -2 -4 -4 1 3 -2 2 -1 -4 -2 0 -5 -4 0 11 5 0 2 0 21 1 0 0 9 31 2 5 3 0 2 5 0 0 4 0.43 1.11 50 R -2 1 0 -1 -5 4 1 -3 -1 -2 -2 3 3 -5 -3 1 2 -5 -4 -2 3 8 5 3 0 17 8 1 1 2 3 16 8 0 1 9 14 0 0 2 0.39 1.11 51 A 6 -4 -4 -4 3 -3 -3 -1 -4 -2 -3 -3 0 -5 -3 1 -2 -5 -4 -2 79 0 0 0 5 0 0 2 0 2 1 0 2 0 0 7 1 0 0 2 1.17 1.11 52 A -2 2 -3 -2 -5 0 1 -5 -4 2 1 3 4 -4 -4 -2 -3 2 -4 0 3 13 1 2 0 3 8 0 0 11 15 23 11 0 0 2 1 3 0 5 0.43 1.12 53 A -1 -1 -4 -5 -4 -3 -5 -2 1 0 5 -3 3 -1 -5 -2 -2 0 -3 -1 5 4 0 0 0 1 0 3 4 4 59 1 7 2 0 3 2 1 0 3 0.69 1.10 54 V -2 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -6 6 2 -5 0 -2 -5 -4 -2 -5 -2 4 3 0 0 0 1 0 0 0 0 53 13 0 1 0 0 0 1 0 1 25 1.08 1.10 55 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 4 5 -5 0 -2 -5 -5 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 71 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.27 1.10 56 R -1 6 2 -3 -5 1 -1 -4 -1 -1 -4 3 -2 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -3 4 42 9 0 0 6 3 0 1 4 0 20 1 0 0 4 4 0 0 1 0.81 1.09 57 K -3 5 0 -3 -5 5 -1 -3 5 -5 -5 2 -2 -5 -4 0 -2 -5 -2 -4 0 29 4 0 0 26 1 1 17 0 0 11 1 0 0 7 1 0 1 1 0.93 1.09 58 E -2 2 -2 -1 -6 0 7 -4 0 -6 -5 0 -4 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 2 11 1 0 0 0 82 0 2 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1.48 1.05 59 L -3 3 -3 -4 -5 -1 -2 -5 8 1 1 1 1 -3 -5 -3 -3 -5 0 -2 1 19 0 0 0 2 2 0 35 11 12 7 4 0 0 1 0 0 3 3 0.83 1.03 60 E 0 5 2 -1 -5 3 2 -4 -2 -5 -4 2 -4 -5 -4 0 -3 -5 -4 -5 6 33 10 2 0 15 14 0 0 0 1 11 0 0 0 8 0 0 0 0 0.73 1.00 61 Q -3 4 -1 -2 -5 4 3 -4 -2 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 21 2 0 0 22 17 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.75 62 T -1 -2 -1 -2 4 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 3 4 -4 -3 2 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 44 0 0 17 0.52 0.32 K Lambda Standard Ungapped 0.1382 0.3234 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2125 0.3184 PSI Gapped 0.0651 0.2670