Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 0 -2 5 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -4 -3 0 5 -5 -3 -2 7 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 52 0 0 0 0.92 0.60 2 M -3 -2 -4 -5 -4 3 -3 -5 -3 -1 0 -3 9 -3 -4 -3 -2 -4 -3 -2 0 1 0 0 0 18 0 0 0 0 1 0 79 0 1 0 1 0 0 0 1.75 1.02 3 E 1 -3 -1 0 -5 1 6 -4 -3 -5 -5 -1 -1 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 15 0 3 4 0 3 64 0 0 0 0 1 1 0 1 6 1 0 0 2 1.03 1.04 4 T 1 -1 3 2 -4 -1 0 -2 -3 -4 -5 0 -4 -5 -1 2 4 -1 -4 -4 13 2 13 12 0 1 4 1 0 0 0 6 0 0 2 15 29 1 0 0 0.53 1.04 5 L -1 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 0 -1 -5 -4 -3 -4 -3 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 4 86 0 0 1 0 0 0 0 0 3 1.26 1.04 6 C 2 0 0 -3 5 0 0 -2 0 -3 -2 -1 -3 -5 -3 3 3 -5 -4 -2 15 6 4 0 11 4 6 2 2 0 4 3 0 0 1 20 20 0 0 3 0.42 1.03 7 Q 1 2 0 2 -5 2 4 -3 0 -5 -4 1 -4 -5 -4 2 0 -5 -4 -3 12 9 4 12 0 8 25 1 2 0 1 7 0 0 0 13 4 0 0 1 0.48 1.04 8 R -2 7 -2 -4 -2 -1 -2 -5 3 -5 -2 0 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 3 82 1 0 1 1 0 0 7 0 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.56 1.03 9 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -4 0 5 -5 -1 6 -6 -3 -4 -3 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 59 0 0 35 0 2 0 0 2 0 1.22 1.03 10 N -1 -3 3 6 -5 -2 0 -2 -2 -5 -3 -3 -1 -5 -4 1 -1 -6 -5 -3 5 1 14 55 0 0 3 1 1 0 4 0 2 0 0 10 4 0 0 1 1.01 1.03 11 V 5 -4 -4 -2 -1 -3 -2 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 0 -2 -3 -1 2 65 0 0 3 1 1 2 0 0 0 0 0 1 0 0 6 0 0 2 19 0.89 1.03 12 C -1 -4 -5 -5 5 -1 -4 -5 -5 1 4 -4 0 -3 -5 -4 -1 -4 -2 3 4 0 0 0 13 4 0 0 0 5 47 0 1 0 0 0 3 0 1 21 0.80 1.03 13 Q -3 -1 -2 -3 -5 8 0 -4 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -2 -4 -2 -5 1 0 0 0 0 94 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 0 1.90 1.03 14 D -3 -3 1 4 -6 0 6 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -4 1 0 5 26 0 1 62 1 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 1.27 1.03 15 K 0 2 0 -2 -5 4 1 -2 -1 -1 -3 3 -1 -5 -4 -2 1 -5 -4 -1 9 9 4 1 0 22 8 3 1 3 1 23 1 0 0 1 9 0 0 4 0.46 1.03 16 I -4 -3 -4 -5 -4 4 -2 -5 -4 4 4 -3 2 -3 -5 -4 -3 -4 -4 -1 0 0 0 0 0 25 2 0 0 24 45 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0.89 1.05 17 L -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 4 -4 8 -1 -5 -3 -2 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 49 0 43 2 0 1 2 0 0 0 1.32 1.07 18 T -1 -2 3 4 -2 1 3 -2 -1 -4 -4 -2 -2 -5 -4 0 3 -5 -4 -3 4 1 13 22 1 6 20 2 1 0 1 1 1 0 0 4 22 0 0 1 0.62 1.07 19 H -4 -3 -5 -6 2 -4 -5 -6 4 3 5 -5 0 -2 -5 -4 -3 -4 -1 -1 0 1 0 0 5 0 0 0 10 21 60 0 1 1 0 1 0 0 1 2 0.98 1.07 20 Y -4 -4 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -1 4 0 -5 -2 2 -5 -4 -4 -1 8 -2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 24 7 0 0 4 0 0 0 0 64 0 1.56 1.07 21 E -3 -2 -3 0 -6 0 7 -5 -2 -6 -5 -1 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 2 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.88 1.07 22 N 1 1 1 -2 -4 2 1 -4 -2 -5 -3 4 -3 -5 -4 2 1 -5 -4 -4 10 8 7 1 0 8 8 0 0 0 3 33 0 0 0 14 8 0 0 0 0.55 1.07 23 D 0 -4 1 6 -5 -1 1 4 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -2 -2 -3 -6 -5 -5 7 0 6 47 0 2 7 27 0 0 0 0 0 0 1 2 1 0 0 0 1.05 1.14 24 S 0 -1 -1 0 -2 -2 -1 -2 -1 -5 -4 -1 -4 -5 2 6 -1 -6 -4 -4 6 2 1 5 1 0 3 2 2 0 1 3 0 0 12 60 2 0 0 1 0.86 1.15 25 T -1 0 3 1 -5 1 0 0 2 -3 -3 2 -4 -3 -2 0 4 -5 -2 -3 3 3 13 9 0 6 5 7 5 1 1 14 0 1 1 4 25 0 1 1 0.39 1.14 26 D -3 -1 2 5 0 -1 -1 -3 0 -5 -3 2 -4 -5 -4 0 2 -6 -5 -4 1 3 8 41 2 2 2 1 2 0 3 12 0 0 0 6 16 0 0 0 0.76 1.14 27 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 3 6 -5 0 -2 -5 -5 -4 -4 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 80 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1.37 1.14 28 R 0 0 1 2 -1 3 4 -2 0 -4 -5 1 -4 -5 -2 0 0 0 -2 -3 7 4 5 10 1 15 26 2 2 1 0 9 0 0 1 7 6 1 2 1 0.46 1.14 29 D 0 -3 0 6 1 -2 0 -3 -2 -5 -4 -2 -4 -5 -4 3 0 -6 -5 -2 8 1 2 47 3 1 5 0 1 0 2 2 0 0 0 20 6 0 0 3 0.86 1.14 30 H -3 -2 -3 -3 -1 7 -1 -5 7 0 -4 -2 -1 -5 -3 -3 -3 -5 -3 -1 1 0 0 0 2 56 0 0 27 6 1 0 2 0 1 0 0 0 0 5 1.35 1.14 31 I -3 -4 -5 -5 -1 -4 -1 -6 -5 7 1 -5 -1 -3 -5 -4 -1 -5 -3 2 1 1 0 0 1 0 5 0 0 66 11 0 0 0 0 0 2 0 1 11 1.13 1.14 32 D -3 1 0 1 -2 2 4 -4 -2 -3 0 3 0 -5 -4 -1 0 -3 -3 -2 1 5 3 9 1 11 25 0 1 1 9 17 3 0 0 4 7 0 1 2 0.43 1.14 33 Y -4 -3 -3 -5 -5 -2 -3 -5 8 -3 -2 -4 -3 2 -5 -3 -4 -2 7 -4 0 0 0 0 0 1 0 0 44 1 2 0 0 6 0 1 0 0 44 1 1.79 1.14 34 W -5 -5 -6 -7 -1 -3 -5 -5 -4 -5 -3 -5 -4 1 -6 -5 -5 12 3 -4 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 2 0 0 3 0 0 0 85 7 1 3.39 1.14 35 K -1 0 2 1 -3 3 2 1 1 -5 -3 2 -2 -3 -4 0 -1 -5 -2 -5 4 5 10 9 1 13 16 10 3 0 2 15 1 1 0 6 3 0 2 0 0.38 1.14 36 H 1 -4 -2 -5 4 -3 -5 -3 0 0 4 -4 -1 -1 -3 -2 0 -4 1 -2 14 0 2 0 9 1 0 1 3 3 53 0 0 1 1 3 5 0 4 0 0.67 1.14 37 M -3 -3 -1 -5 -1 -1 -3 -6 -5 3 3 -3 2 -3 -5 -3 0 -5 -4 5 1 1 3 0 1 3 1 0 0 15 24 1 6 0 0 1 5 0 0 38 0.70 1.14 38 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -6 -5 2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 2.01 1.14 39 L -2 3 -3 -3 -1 3 -1 -4 2 -3 0 5 0 -4 -4 -2 -1 0 0 -3 2 17 0 1 1 13 2 1 4 1 9 38 2 0 0 1 3 1 3 2 0.65 1.14 40 E -3 -3 -3 0 -6 1 7 -5 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 2 0 4 87 0 0 2 3 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1.60 1.14 41 C 1 -3 6 -2 4 3 -2 -1 3 -5 -5 -2 -2 -4 -4 0 -2 -5 2 -4 11 0 37 0 8 17 0 3 8 0 0 1 1 0 0 7 1 0 7 0 0.80 1.14 42 A 3 -4 -5 -5 -3 -4 -3 -2 -5 1 0 -4 3 -4 -4 -2 -1 -5 -4 5 29 0 0 0 0 0 2 2 0 7 5 0 7 0 0 1 4 0 0 43 0.74 1.14 43 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 3 -2 -5 -5 -1 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 62 0 6 0 0 0 5 0 5 5 1.03 1.14 44 Y -3 -4 -5 -5 -2 0 -2 -4 -3 -1 5 -4 3 2 -5 -4 -4 -1 4 -2 2 0 0 0 1 5 3 1 0 1 54 0 8 8 0 0 0 1 16 1 0.86 1.14 45 Y -3 -4 -2 -5 3 -4 -4 -5 5 -4 -4 -4 -3 4 -5 -4 -2 -1 8 -3 2 0 2 0 6 0 0 0 17 0 0 0 0 13 0 0 2 0 58 1 1.62 1.14 46 K 3 -2 -4 -5 1 -3 -4 -3 -1 -3 -2 2 -2 2 -4 -3 -1 -2 6 -2 25 2 0 0 3 0 0 1 1 0 3 15 1 9 0 0 3 0 35 2 0.81 1.14 47 A 6 -4 -4 -4 1 -3 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -1 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 88 0 0 0 3 0 0 3 0 1 1 0 1 0 0 1 1 0 0 1 1.36 1.14 48 R -2 8 0 -4 -6 -1 -2 -4 -1 -6 -5 1 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 3 83 5 0 0 0 0 1 1 0 0 6 0 0 0 0 1 0 0 0 1.70 1.14 49 E -2 2 -3 -2 -5 5 3 -3 -1 -5 -4 5 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -2 2 8 0 0 0 25 17 1 1 0 1 37 0 0 0 3 2 0 0 3 0.88 1.14 50 M -1 2 1 -2 0 2 3 -3 2 -4 -2 4 2 -5 -4 0 -2 -5 -4 -4 5 12 8 0 2 8 20 1 4 0 3 24 6 0 0 5 1 0 0 0 0.52 1.13 51 G -2 -3 0 -2 -5 -3 -4 7 -2 -6 -5 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -6 1 1 5 1 0 1 0 89 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.79 1.14 52 F -3 -2 -5 -6 -4 -4 -5 -6 3 4 2 -2 3 0 -5 -4 -3 -2 4 1 0 2 0 0 0 0 0 0 7 28 23 2 8 3 0 0 0 0 16 10 0.74 1.14 53 K -1 0 0 -2 -1 0 -2 -3 1 -2 -1 3 2 -4 -2 1 4 -5 -3 -2 3 4 5 2 1 4 1 1 4 2 7 17 5 0 1 10 30 0 0 3 0.40 1.14 54 H -3 6 1 -3 -3 0 -3 -4 5 -5 -4 2 -2 -5 -4 0 1 -1 -2 -3 1 43 7 0 1 3 0 0 15 0 1 9 1 0 0 7 8 1 1 2 0.87 1.14 55 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 0 0 -5 -5 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 55 0 1 3 0 0 0 0 0 21 1.07 1.14 56 N -2 -4 2 -2 -3 -3 -4 7 -4 -6 -6 -4 -2 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -4 0 0 8 1 1 0 0 85 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 0 1 1.69 1.14 57 H -3 -4 -3 -5 2 -3 -4 -1 6 -1 4 -4 5 1 -3 -4 -4 -3 3 -2 1 0 1 0 4 0 0 5 18 2 37 0 16 4 1 0 0 0 10 1 0.80 1.14 58 Q -3 0 -1 -3 0 7 -1 -4 3 -3 -3 -2 -3 0 -4 -2 2 0 0 -3 0 3 3 0 3 58 1 0 7 1 1 0 0 4 0 1 13 1 3 1 1.04 1.13 59 V 0 -1 -2 -4 -1 -1 -3 -3 1 -2 -2 -2 1 -2 6 -2 -1 -5 -1 1 6 4 2 0 2 3 0 2 3 2 2 2 4 2 49 2 3 0 2 12 0.94 0.97 60 V -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 2 -5 -1 0 -5 -4 0 -4 -3 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 16 23 0 0 4 0 0 4 0 0 48 0.85 0.97 61 P 0 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -4 -1 -3 -4 -5 8 -3 -3 -6 -5 -4 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 83 0 0 0 0 0 2.16 0.97 62 T 1 -3 -1 -3 1 -1 -3 -2 0 -2 -2 -2 -3 -5 5 3 2 -5 -4 -1 14 0 2 0 3 2 0 2 2 2 2 2 0 0 25 22 16 0 0 4 0.59 0.97 63 L -2 -2 -4 -5 1 0 -4 -5 -4 -1 5 1 2 1 -2 -2 0 -4 -3 -2 3 1 0 0 3 5 0 0 0 1 56 8 5 5 2 3 6 0 0 0 0.63 1.07 64 A 3 -1 -1 -3 -2 4 -1 -2 1 -3 -1 0 -1 -4 -2 1 0 -5 -4 -1 31 3 3 1 1 19 1 1 3 1 7 5 1 0 1 13 5 0 0 4 0.40 1.07 65 V 1 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -5 2 -1 -4 -2 -3 -4 -2 1 -5 -4 6 11 0 0 0 0 0 0 2 0 9 1 0 0 0 0 2 9 0 0 67 1.00 1.07 66 S 1 -3 -2 -3 5 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -3 6 2 -5 -4 -4 7 0 0 0 12 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 68 10 0 0 0 1.11 1.07 67 K 0 0 -3 -2 -1 3 5 -4 -1 -5 -5 4 -4 -6 -4 -2 -2 -5 -4 -5 6 4 0 0 2 10 50 0 1 0 0 23 0 0 0 1 2 0 0 0 0.98 1.07 68 N 3 -3 1 -2 -1 2 1 -1 3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 2 1 -4 3 -4 25 0 7 1 1 8 7 4 6 1 2 2 0 0 0 13 9 0 12 0 0.39 1.07 69 K -2 2 3 -3 -4 0 0 -3 -1 -5 -5 6 -1 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -5 1 8 16 0 0 2 5 1 1 0 0 63 1 0 0 2 1 0 0 0 1.12 1.07 70 A 6 -4 -4 -4 0 -3 -3 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 0 -2 -5 0 -3 90 0 0 0 2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 4 0 1.36 1.07 71 L -3 3 -3 -3 4 -1 -2 -4 3 -5 -4 6 -2 -3 -4 -2 -3 -2 0 -4 0 14 0 0 10 0 0 0 8 0 1 60 1 1 0 1 0 1 3 0 1.11 1.07 72 Q -1 -2 0 2 -5 5 4 -3 -1 -3 -3 1 -2 -4 -4 -1 -1 -5 -4 -2 4 1 3 13 0 31 24 1 1 1 2 9 1 0 0 4 4 0 0 2 0.68 1.07 73 A 6 -4 -4 -4 1 -3 -3 -1 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -1 91 0 0 0 3 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 2 1.38 1.07 74 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 8 -1 -5 0 -2 -5 -3 -3 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 1 0 0 2 0 0 0 2 1.71 1.07 75 E -1 -1 -2 -2 -2 1 5 0 1 -4 -1 2 1 -5 -4 -1 0 -5 -3 -4 3 3 1 0 1 5 46 7 4 0 6 11 4 0 0 4 5 0 1 0 0.64 1.07 76 L -3 -4 -5 -6 -4 0 -4 -5 -4 2 3 -4 9 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 4 0 0 0 8 21 0 61 0 0 0 0 0 0 7 1.43 1.07 77 Q -2 -2 -3 -3 -2 6 1 -1 6 -1 -3 -1 1 -4 -4 0 -1 -5 -2 1 1 1 0 0 1 38 7 4 19 4 2 2 3 0 0 6 2 0 1 10 0.73 1.07 78 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 4 -2 -4 -4 -3 -4 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 11 63 0 13 0 0 1 0 0 0 7 1.00 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159 Y -3 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -1 1 -4 -4 -5 -4 4 -6 -2 -4 5 8 -4 1 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0 17 0 3 0 6 66 0 1.85 1.30 160 Y -3 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 0 0 -3 -5 -3 4 -6 -4 -3 -1 8 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 6 0 0 0 18 0 0 2 0 63 8 1.70 1.30 161 V -3 0 0 2 1 -2 1 -5 -2 0 -1 -2 3 -1 -5 -3 2 6 -2 1 1 5 4 10 3 2 11 0 1 6 6 2 7 2 0 1 14 11 1 12 0.39 1.30 162 H -1 -2 -1 4 0 0 3 -5 6 -3 -3 0 1 -3 -2 -3 -3 0 0 0 4 2 1 21 2 4 17 0 22 1 2 5 4 1 1 1 1 1 2 7 0.61 1.30 163 E -2 -3 2 3 0 0 3 3 1 -5 -4 -1 -3 -5 -2 1 0 -6 -2 -5 2 1 10 15 2 4 21 21 3 0 2 2 1 0 1 8 5 0 1 0 0.51 1.30 164 G -2 -4 1 0 -1 -1 -1 6 -2 -6 -5 -2 -5 -6 -3 -1 1 -5 -4 -4 2 0 6 4 1 2 5 63 1 0 0 2 0 0 1 3 9 0 0 0 1.09 1.30 165 I -2 -2 1 3 2 1 2 -2 3 1 -1 -2 -1 1 -5 -2 -1 -5 0 0 2 2 5 15 4 6 16 2 6 7 7 2 2 6 0 3 4 0 3 8 0.24 1.30 166 R -3 5 -2 -4 -6 1 -2 -5 -1 -3 -4 6 -4 -4 -4 -2 -2 -6 -3 -2 0 32 2 0 0 4 1 0 1 1 1 51 0 0 0 1 2 0 0 3 1.17 1.30 167 T -2 0 0 -1 0 0 -2 -2 4 1 -3 -3 -1 -4 -5 -1 3 -5 -3 4 1 6 5 4 2 5 2 4 11 6 0 1 1 0 0 4 17 0 1 29 0.43 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