Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -4 6 2 -3 -6 5 2 -4 -2 -6 -5 2 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 41 9 0 0 25 13 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 1.12 1.14 2 P -2 -4 -2 -2 -5 -2 -1 -3 -4 -5 -5 -1 -5 -6 8 0 0 -6 -5 -5 1 0 2 1 0 1 3 1 0 0 0 3 0 0 76 5 7 0 0 0 2.00 1.28 3 V -1 -3 -5 -1 -4 -4 1 -6 -5 2 1 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -5 -3 6 3 1 0 4 0 0 9 0 0 7 13 1 0 0 1 3 0 0 1 57 0.86 1.34 4 N -2 -2 -1 3 -6 1 6 -5 -3 -5 -6 2 -3 -6 -3 -1 -2 -6 -5 -5 2 1 2 15 0 4 55 0 0 1 0 12 0 0 1 4 2 0 0 1 1.14 1.63 5 H -1 -2 -2 3 -6 2 5 -4 2 -5 -5 0 -3 -3 -3 -1 -1 -6 -1 -2 6 2 1 13 0 9 45 1 6 0 0 4 1 1 1 4 3 0 2 3 0.82 1.65 6 L 1 -2 -6 -6 -4 -5 -5 -5 -5 1 4 -5 1 3 -6 -4 -2 -5 -2 2 12 2 0 0 0 0 0 1 0 7 45 0 3 12 0 0 2 0 1 14 0.78 1.66 7 V -3 2 -2 -2 -3 0 3 -4 -1 1 0 4 1 -4 -5 -2 0 -6 -5 0 1 9 1 2 1 4 20 0 1 8 9 27 4 1 0 2 5 0 0 6 0.48 1.69 8 K -1 4 -1 0 -6 0 1 -3 -2 -4 -5 6 -3 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -2 5 19 2 4 0 3 7 1 1 1 1 47 1 0 0 3 4 0 0 2 0.91 1.69 9 E 0 2 -3 -3 -6 2 1 -5 -1 -3 -3 5 2 -6 -4 -1 -1 -6 -3 -3 7 10 1 1 0 9 10 0 2 1 2 43 5 0 0 4 4 0 1 1 0.78 1.70 10 I 0 -5 -5 -3 2 -5 -5 -4 -3 5 0 -5 3 -1 -5 1 2 -2 -2 2 8 0 0 1 5 0 0 1 1 31 6 0 8 3 0 12 12 0 1 12 0.62 1.71 11 D -1 0 2 2 -3 0 2 -2 -2 0 -3 4 -3 -3 -5 0 0 -2 -2 -1 4 4 11 10 0 4 12 3 1 5 3 24 1 1 0 5 5 1 1 5 0.35 1.70 12 M 1 -1 2 0 -2 -1 1 -2 -3 -3 0 -1 1 -5 -2 3 1 -6 -4 -3 12 3 10 5 1 3 10 2 0 1 8 4 4 0 2 23 9 0 0 2 0.31 1.69 13 L 0 -4 -3 0 0 -5 -5 -5 -5 4 4 -3 3 -1 -6 -3 0 -5 -4 -1 7 1 2 7 2 0 0 1 0 28 35 1 6 2 0 1 5 0 0 3 0.72 1.68 14 L -2 -3 -6 -6 0 -5 -6 -5 -6 4 4 -4 1 0 -6 -3 -1 -5 -3 2 3 1 0 0 2 0 0 0 0 22 47 1 3 3 0 2 4 0 1 12 0.91 1.72 15 K -1 1 -1 2 -6 1 3 -4 -1 -2 -2 4 -1 -6 -5 0 0 -1 -3 -3 4 5 2 13 0 6 18 1 1 2 5 26 2 0 0 6 5 1 1 2 0.50 1.74 16 E -3 -2 -1 2 -6 0 7 -5 0 -6 -4 -3 -5 -3 -2 -2 -3 -6 -3 -5 2 1 3 10 0 2 72 0 2 0 2 0 0 1 2 1 1 0 1 0 1.45 1.71 17 Y -5 -4 -3 -6 0 -5 -5 -6 -2 -3 -2 -5 -4 5 -6 -4 -3 1 8 -3 0 1 1 0 2 0 0 0 0 1 4 0 0 23 0 1 1 2 63 1 1.91 1.73 18 L -2 -5 -3 -3 -3 -4 -2 -6 -3 0 4 -4 1 5 -6 -3 -3 -1 2 1 3 0 1 1 0 1 4 0 1 4 36 1 3 27 0 2 1 1 6 9 0.80 1.78 19 L -1 -3 2 0 0 0 2 -2 3 -2 -1 -1 -2 -4 -5 3 0 -6 -3 0 5 1 10 4 2 4 12 3 8 2 6 3 1 1 0 25 5 0 1 8 0.34 1.78 20 S 0 -3 2 -3 -2 -3 -1 0 2 2 0 -3 0 -2 -3 3 -1 -6 -5 0 6 1 10 1 1 1 5 6 4 14 9 1 2 2 1 27 4 0 0 6 0.34 1.77 21 G -2 3 1 -2 0 1 -1 4 0 -4 -3 2 -3 -3 0 -1 -3 -2 -1 -3 3 17 7 2 2 6 3 27 2 1 3 10 1 1 4 5 1 1 3 1 0.43 1.77 22 D -4 -3 3 7 -2 0 -1 -3 -4 -1 -3 -2 -1 -4 -5 0 -2 -7 -3 -3 0 1 13 56 1 4 3 1 0 5 3 2 1 1 0 5 2 0 1 2 1.13 1.74 23 I -2 -3 -3 -2 0 -2 0 -4 -2 3 3 0 2 -1 -3 -2 0 -5 -1 2 3 1 1 2 2 1 6 1 1 15 27 5 4 2 1 3 7 0 3 15 0.36 1.69 24 S -1 -2 2 3 -2 0 4 -2 0 -5 -4 3 -2 -3 -2 -1 0 -6 -3 -3 6 1 9 17 1 4 23 4 2 0 2 16 1 1 2 4 5 0 1 2 0.47 1.65 25 E -1 -3 -1 2 -6 -1 7 -3 -3 -5 -5 -1 -5 -5 -4 -3 -1 -5 -2 -2 4 0 2 11 0 2 67 2 0 0 0 3 0 0 0 0 3 0 2 3 1.28 1.62 26 A 5 -5 -5 -5 0 -4 -2 -1 -5 2 -1 -4 -1 1 -4 -1 -1 -5 0 2 49 0 0 0 2 0 2 4 0 10 4 0 2 5 0 2 4 0 3 12 0.70 1.68 27 E 1 -1 -4 -2 2 -1 1 -2 0 2 1 -2 1 -1 -5 -1 -1 -5 -1 2 11 3 0 2 4 3 11 3 2 13 15 2 3 3 0 5 4 0 2 14 0.22 1.71 28 H 0 3 0 0 -1 3 1 -2 0 -2 1 -1 0 -2 -4 -1 0 0 -1 -1 8 16 4 5 1 13 11 3 2 2 13 2 2 1 0 5 5 1 2 5 0.22 1.71 29 C 0 -2 -2 0 9 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -3 -1 -2 -5 1 -1 -4 2 -2 6 2 2 6 38 2 2 3 2 4 4 2 2 2 0 11 3 0 7 2 0.93 1.71 30 L -1 -4 -5 -5 -4 0 -4 -5 -4 2 2 -4 2 4 0 -4 -1 3 1 3 5 0 0 0 0 4 0 1 0 12 18 0 6 15 5 0 5 4 5 18 0.51 1.45 31 K -1 1 0 1 1 3 0 -2 1 -1 -2 3 1 -5 -1 -1 0 -5 -4 -1 6 9 4 8 3 14 6 4 3 3 4 16 3 0 3 4 6 0 0 4 0.25 1.45 32 E -1 -2 -2 3 -4 0 6 -3 -4 -6 -5 -1 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -4 4 1 1 16 0 3 62 2 0 0 1 3 0 0 1 4 1 0 0 1 1.28 1.81 33 L -3 -3 -6 -3 -5 -5 -5 -6 -4 1 6 -3 3 -1 -6 -4 -3 -2 -2 0 1 2 0 2 0 0 1 0 0 7 71 1 5 2 0 1 1 1 1 5 1.18 1.83 34 E -1 -1 4 1 -1 1 2 1 -2 -3 -4 2 -4 -3 1 -2 -3 -3 -4 -2 4 3 22 8 1 6 13 9 1 2 2 14 0 1 6 2 1 0 0 3 0.43 1.77 35 V 2 -4 -3 -2 1 -2 -1 -3 -1 -1 -1 0 1 -2 -1 3 -1 -5 -2 3 17 0 1 3 3 1 3 2 1 2 6 5 3 1 4 20 4 0 1 22 0.34 1.80 36 P -2 -1 -2 -2 -5 -1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -5 -4 7 0 -2 -6 -5 -3 3 3 2 2 0 3 8 3 2 1 1 3 0 1 57 7 2 0 0 2 1.34 1.80 37 H -1 -1 1 0 -4 -1 1 0 6 -4 -3 -1 -3 3 -2 2 0 -3 -1 -3 5 3 5 6 0 2 8 6 20 0 2 3 1 11 2 16 6 0 2 1 0.46 1.82 38 F -3 1 -1 -4 -5 -1 -3 -5 0 -3 1 -1 1 6 -5 -3 -2 -3 4 -2 2 8 3 1 0 3 2 1 2 0 14 4 3 35 0 2 2 0 16 2 0.82 1.82 39 H -3 -1 1 -3 -5 -2 -3 -2 8 -1 1 -2 0 -2 -5 -3 -4 -2 3 -2 2 4 6 1 0 1 1 3 42 3 17 2 3 1 0 1 0 0 10 2 1.11 1.80 40 H -1 -2 -1 -2 -3 -3 -1 -3 8 -4 -4 -3 -3 2 4 0 -2 1 1 -3 5 2 3 2 1 0 3 2 34 1 1 1 1 8 21 6 2 2 4 2 1.00 1.79 41 E -1 -1 -2 -1 -5 1 5 -4 -1 0 -1 1 -1 -3 -4 -1 -1 -2 -2 0 4 3 2 3 0 5 42 1 2 6 5 7 1 1 0 5 3 1 1 8 0.57 1.81 42 L -2 -4 -6 -2 0 -4 -6 -5 -5 1 2 -5 4 6 -6 -5 -4 -4 -2 3 4 1 0 3 2 1 0 1 0 7 22 0 10 29 0 0 0 0 0 20 0.90 1.82 43 V -2 -6 -6 -4 -2 -5 -6 -6 -6 2 0 -5 -1 -2 -2 -4 -1 -6 -4 6 3 0 0 1 0 0 0 0 0 11 7 0 1 1 2 1 3 0 0 69 1.34 1.83 44 Y -3 2 0 0 -3 -1 1 -4 0 -5 -4 4 -2 -1 -4 2 -1 -3 4 -3 2 11 4 5 1 2 7 1 2 0 1 22 1 2 1 15 4 0 15 2 0.51 1.82 45 E -2 3 0 -3 -4 2 4 -4 0 -1 -1 2 -1 -3 -5 -1 -1 -6 -2 -2 4 13 3 1 0 9 25 1 3 5 7 13 2 1 0 5 4 0 1 3 0.43 1.82 46 A 4 -5 -4 -4 0 -4 -5 1 -5 1 1 -3 1 0 -5 -1 -2 5 -3 0 32 0 1 1 2 1 0 12 0 9 15 1 3 4 0 4 2 7 1 5 0.53 1.78 47 I -3 -4 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 2 0 -5 -3 -2 -5 -1 4 1 1 0 0 2 0 0 0 0 31 23 0 4 3 0 2 2 0 2 29 0.95 1.78 48 V -2 -2 3 -1 -2 -1 1 -3 -3 1 0 -1 0 -1 -5 1 2 -5 -3 2 3 2 12 3 1 2 9 1 0 7 7 4 3 2 0 13 13 0 1 16 0.27 1.79 49 M -1 -2 -1 1 -1 -1 -1 -4 2 1 2 0 5 0 -5 1 -1 -5 -1 -2 5 2 3 9 1 3 5 1 5 8 18 5 13 5 0 9 3 0 2 3 0.26 1.84 50 V 4 -4 -2 -4 -1 -4 -4 -1 -5 -2 -3 -4 -1 -4 -4 2 2 -5 -4 2 39 0 2 0 1 0 0 5 0 2 1 0 1 1 0 18 12 0 1 16 0.72 1.81 51 L -3 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -6 -4 3 4 -5 5 3 -6 -4 -3 -4 -2 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 14 46 0 14 13 0 1 1 0 1 6 1.04 1.81 52 E -4 -3 -2 4 -6 -1 7 -4 -2 -6 -6 -2 -3 -5 -4 -1 -4 -6 -5 -4 1 0 1 22 0 2 65 1 1 0 0 1 1 1 1 3 0 0 0 1 1.51 1.79 53 S 0 5 -1 -1 -3 -1 -1 -1 0 -3 -4 3 -2 -3 -4 1 -2 -5 -2 -4 9 28 2 3 1 2 4 5 2 2 1 21 1 1 0 13 2 0 1 1 0.54 1.75 54 T -2 -1 0 -1 -2 -2 -1 0 -1 -1 -3 4 1 -3 -2 3 0 -4 -4 -3 2 2 4 4 1 1 3 8 1 3 3 31 3 1 2 22 5 0 0 2 0.46 1.69 55 G 1 -1 3 3 -4 1 -1 1 -2 -4 -3 0 -1 -4 -1 0 1 -4 -3 -3 10 3 13 15 0 6 4 12 1 1 3 5 1 1 4 6 9 0 1 2 0.26 1.55 56 E -2 0 0 3 -5 1 4 -4 -1 1 -3 0 0 -4 1 -1 -2 -5 -4 -2 3 4 3 15 0 6 25 1 2 8 3 6 3 1 8 5 2 0 0 2 0.40 1.79 57 S 2 1 -1 3 -2 0 1 -3 2 -4 -4 0 -1 -5 0 1 1 -6 -3 -1 15 6 2 15 1 4 11 1 5 1 1 6 1 0 5 9 10 0 1 4 0.28 1.86 58 A 1 5 -1 0 3 -1 1 -4 -2 -2 -3 1 -3 -2 -3 -1 0 -2 -2 0 10 29 2 6 6 2 7 1 1 2 2 7 1 1 1 3 7 1 1 7 0.41 1.81 59 F 0 2 -2 -2 -1 0 4 -3 -1 0 -1 -1 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 2 7 13 1 2 1 3 29 2 1 6 6 2 2 2 2 3 3 1 1 13 0.34 1.70 60 K -1 0 1 3 -4 1 2 -1 4 -3 -3 2 -3 -4 -1 -2 0 -3 -2 -3 5 4 7 16 0 6 15 4 9 1 3 11 1 1 4 2 5 0 1 2 0.33 1.76 61 M 3 -1 -3 -4 -2 0 -2 -3 1 -1 2 -2 4 -2 0 -1 -2 -4 -4 -1 22 4 1 1 1 5 3 2 4 3 22 2 12 1 5 4 2 0 0 4 0.34 1.75 62 I -1 -4 -5 -5 -2 -3 -5 -2 -5 3 2 -2 6 -1 -5 -2 0 -2 -2 3 5 1 0 0 1 1 0 3 0 16 18 2 18 2 0 3 6 1 1 20 0.62 1.85 63 L 2 -3 -3 -3 4 -4 -2 2 -5 -1 1 -3 0 -2 -3 1 0 0 -2 1 19 1 1 1 8 0 2 14 0 3 15 1 3 2 1 11 5 1 1 10 0.32 1.75 64 D 0 1 1 2 -3 1 1 -2 -1 -3 -2 4 0 -5 -3 1 -1 -3 -3 -3 6 7 5 13 0 7 7 3 1 1 4 25 2 0 1 9 3 0 1 2 0.38 1.68 65 L -3 -3 -4 -6 -2 -5 -6 -6 -5 -1 6 -5 0 0 -6 -4 -2 -5 -2 0 2 1 1 0 1 0 0 0 0 2 78 0 2 4 0 1 2 0 1 4 1.31 1.78 66 L -3 -5 -6 -4 -2 -5 -4 -6 0 2 5 -4 1 4 -5 -5 -3 -4 -2 0 1 0 0 1 1 0 1 0 2 9 60 1 2 14 0 0 1 0 1 5 1.05 1.77 67 K 1 0 -1 -2 -1 0 1 -2 3 -1 -1 3 -2 -1 -4 1 -1 -5 0 1 12 4 3 2 2 4 8 2 6 4 6 19 1 2 0 9 3 0 4 9 0.22 1.77 68 S 1 0 0 0 -1 3 1 -2 4 -2 -2 -1 -3 -1 -3 1 -1 -5 2 -1 11 4 5 5 1 12 10 3 9 2 4 4 1 3 1 13 3 0 7 4 0.25 1.75 69 L 0 -3 -5 -4 2 -4 -5 -4 -5 -1 5 -3 2 0 -5 -2 -3 -2 -4 -1 9 2 0 1 4 0 0 1 0 2 62 1 5 4 0 3 1 1 0 2 0.93 1.73 70 W 0 0 -1 -2 2 -3 -3 -2 1 1 1 -1 -1 1 -4 0 -1 2 2 2 8 6 3 2 4 1 1 3 3 7 14 3 1 6 1 8 4 3 7 14 0.19 1.73 71 K -1 1 0 1 -2 2 2 -2 -1 -2 -3 3 -4 -2 -3 2 0 -5 -2 -2 4 6 4 8 1 8 15 3 2 3 2 17 0 2 1 14 5 0 1 2 0.32 1.76 72 S 1 1 -1 0 -2 1 3 -2 -1 -4 -3 3 -4 -5 -2 2 1 -6 -5 -3 11 6 3 5 1 5 16 3 2 1 2 15 0 0 2 17 9 0 0 1 0.39 1.77 73 S -2 0 2 -1 1 -1 -1 4 0 -4 -3 3 -4 -4 -2 0 -1 -5 -3 -2 2 4 10 3 3 2 4 32 2 1 2 17 0 1 2 7 3 0 1 3 0.50 1.74 74 T -1 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -4 1 3 3 -2 1 -1 -3 -2 0 -5 -2 3 4 1 2 3 1 1 1 1 4 16 26 3 2 2 1 2 6 0 2 21 0.44 1.76 75 I -2 -5 -4 -6 2 -5 -5 -5 -5 4 4 -4 1 1 -5 -4 -3 -5 -2 3 3 0 1 0 4 0 0 1 0 26 37 1 2 5 0 1 1 0 1 17 0.87 1.77 76 T -2 -4 1 0 -4 -2 -1 -2 -2 -5 -4 -2 -4 -5 1 4 4 -6 -5 -4 2 0 7 5 0 1 3 2 1 0 1 2 0 0 7 37 30 0 0 1 0.84 1.78 77 I 0 -1 -2 -2 -3 1 0 -1 -1 -1 -1 1 1 -1 3 1 1 -3 -3 -1 9 3 1 1 1 7 7 4 1 3 7 9 3 2 15 11 9 0 1 5 0.20 1.78 78 D 1 -1 1 4 -5 1 3 -2 0 -3 -4 -1 -3 -3 -2 1 0 -1 -2 -1 11 3 6 20 0 5 20 3 2 1 1 3 1 1 2 10 5 1 1 4 0.39 1.78 79 Q 0 -2 1 3 -1 6 0 -2 2 -3 -4 -2 -1 -5 -3 0 -2 -5 -4 -2 6 1 5 14 1 43 3 4 4 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