Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -1 5 0 -1 -4 1 0 -2 -1 -3 -3 4 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0.62 0.05 2 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.51 0.33 3 S 1 -2 3 3 -3 -2 -2 -1 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 4 2 -5 -4 -3 11 0 17 16 0 0 0 3 0 0 0 4 0 0 0 35 13 0 0 0 0.59 0.67 4 H -3 -2 7 0 -4 0 -2 -3 1 -5 -4 -1 -4 -5 -4 1 0 -6 -4 -4 0 1 73 3 0 3 0 0 3 0 1 2 0 0 0 10 4 0 0 1 1.30 0.84 5 M 1 0 -2 -1 -4 -3 -1 -4 -4 -2 -2 -3 7 -4 3 2 2 -5 -4 -1 10 5 1 3 0 0 3 0 0 0 0 0 34 0 13 16 12 0 0 4 0.66 0.99 6 Y -4 -4 -4 -6 -5 -4 -4 -5 0 -4 -3 -4 -3 1 -5 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 2.48 1.04 7 L -3 -5 -5 -4 -3 -4 -4 -5 -3 1 0 -4 -3 -1 7 -3 -1 -2 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 8 7 0 0 3 53 1 3 1 0 24 1.28 1.04 8 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.11 1.04 9 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -2 -5 -5 0 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.08 1.04 10 I -3 -5 -4 -4 -5 -4 -5 5 -4 1 -1 -4 0 4 -5 -3 -1 -4 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 55 0 11 5 0 2 22 0 0 4 0 0 2 1.02 1.07 11 L -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 6 3 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 25 0 0 0 0 0 0 0 0 20 1.19 1.07 12 A -1 -5 -5 -5 -1 -4 -5 0 -5 3 1 -5 0 -3 -5 -2 -2 -5 -4 5 5 0 0 0 1 0 0 7 0 18 11 0 1 0 0 3 0 0 0 53 0.84 1.07 13 V -1 -5 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 5 2 -5 0 -2 -5 -4 -3 2 -3 4 5 0 0 0 2 0 0 0 0 33 22 0 2 1 0 0 0 2 0 32 0.87 1.06 14 G 1 -4 -3 -4 -1 -4 -4 7 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 10 0 0 0 1 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.70 1.06 15 R -2 4 -2 -4 -2 -1 -1 -3 -3 -3 -1 4 2 -4 2 -2 -1 -5 -4 -2 1 29 1 0 1 2 2 1 0 0 8 29 6 0 12 2 4 0 0 2 0.67 1.06 16 N -1 -3 2 2 -4 -2 0 -1 -3 -4 -3 -2 0 -5 -3 4 4 -5 -4 -3 3 1 8 9 0 0 4 5 0 0 2 1 3 0 0 32 31 0 0 0 0.63 1.07 17 S 2 0 0 0 -1 -1 2 0 -2 -1 -2 1 -3 -5 3 0 -1 -5 -4 -1 15 6 4 4 1 2 17 8 1 4 4 8 0 0 13 6 3 0 0 5 0.24 1.06 18 N -3 0 2 5 -3 0 1 2 -3 -5 -5 0 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -5 0 4 11 42 1 3 6 17 0 0 1 5 0 0 0 7 2 0 0 0 0.79 1.03 19 G -1 0 0 -2 -1 -2 -3 6 -3 -4 -4 1 -4 -4 -1 -1 -3 -4 -4 -4 3 6 5 2 1 1 1 62 0 1 1 8 0 1 3 2 1 0 0 1 0.99 0.95 20 S 2 0 0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -2 -3 4 -3 -3 2 0 0 1 -2 -1 18 4 4 3 0 2 3 3 1 1 3 27 0 1 11 6 5 2 1 5 0.33 0.94 21 F -1 -2 -4 -4 0 -3 -4 -4 -2 0 1 -2 0 5 -2 -3 -2 4 2 4 4 2 1 1 2 0 1 1 1 4 11 3 1 23 2 1 2 5 7 29 0.55 0.97 22 V 3 -4 -3 -4 1 0 -3 -1 -4 2 -1 -3 0 -2 -3 -2 1 -4 -3 3 29 0 0 0 3 4 1 4 0 12 4 1 2 1 0 1 10 0 0 26 0.46 1.00 23 A 5 -4 -4 -4 -2 -3 -4 0 -4 0 -3 -3 -3 0 -4 -1 -1 -4 -1 1 65 0 0 0 0 0 0 8 0 4 1 0 0 5 0 3 2 0 2 11 0.85 1.06 24 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -4 -6 0 -4 -3 -4 -3 1 -5 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 2.51 1.07 25 R -1 5 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -2 -3 6 -5 -4 -4 6 -1 -4 6 34 0 0 0 0 0 1 0 0 3 0 0 44 0 0 0 13 0 0 1.29 1.07 26 V -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 6 2 -5 0 -3 -5 -4 -2 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 13 0 1 0 0 0 1 0 0 33 1.19 1.07 27 S -2 -4 -2 -4 1 -3 -4 -4 -4 -2 -2 -3 8 -3 -4 4 2 -4 -4 -2 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 49 0 0 33 14 0 0 0 1.22 1.12 28 S -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 6 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 4 -2 -5 -5 -5 1 0 0 0 0 0 0 62 0 0 0 0 0 0 0 37 0 0 0 0 1.41 1.12 29 R -4 8 -2 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -6 -5 0 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 0 98 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2.09 1.12 30 S -1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -1 -5 -5 -3 -4 -5 -3 7 -1 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 1.64 1.12 31 F 0 -2 -3 -2 -5 -2 4 -4 -3 -3 -2 -3 -3 6 1 0 -2 -3 -1 -1 9 1 1 1 0 1 29 0 0 1 3 0 0 36 6 6 1 0 1 4 0.72 1.12 32 P 0 -3 6 -2 -5 -1 -3 -3 1 -5 -5 -3 -5 -6 6 0 -3 -6 -5 -5 7 0 45 0 0 2 0 1 3 0 0 0 0 0 36 6 0 0 0 0 1.34 1.12 33 N -2 -2 5 0 -4 -2 -2 -3 -1 -5 -5 -3 -4 -5 -4 6 -1 -6 -4 -5 0 2 33 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 62 0 0 0 0 1.25 1.12 34 R -4 8 -3 -4 -6 0 -2 -5 -3 -6 -5 1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 0 94 0 0 0 3 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.01 1.12 35 T -2 2 6 -1 -5 1 -1 -3 -1 -2 -5 2 -3 -3 -4 -2 -1 -5 -2 -3 3 11 51 1 0 6 3 0 1 2 0 14 0 1 0 1 2 0 1 2 0.92 1.12 36 T 2 6 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 1 -2 -1 0 -2 -4 -2 -1 -5 -4 -1 20 56 0 0 0 0 0 0 0 8 3 0 2 1 0 1 3 0 0 5 0.95 1.12 37 S -2 1 -4 -4 0 -1 0 -5 -4 4 -1 1 -2 -4 -4 -1 0 -5 -4 5 2 8 0 0 2 3 5 0 0 21 2 8 0 0 0 4 6 0 0 40 0.60 1.12 38 I -2 -2 -5 -1 -4 -3 -1 -5 -2 0 1 -2 0 7 -5 -3 -2 -3 -1 1 3 2 0 5 0 0 4 0 1 5 13 3 2 48 0 1 2 0 0 11 0.82 1.12 39 Q -1 3 -1 -2 -4 -1 2 -4 2 -1 -2 0 -1 0 -4 -1 0 -5 -2 3 5 20 3 1 0 1 13 0 5 3 3 4 2 4 0 5 5 0 1 26 0.37 1.11 40 E -1 0 -1 3 -5 0 4 1 -1 -3 -3 0 -4 -5 -1 -1 -1 -4 -3 -1 4 4 2 18 0 3 30 13 1 2 2 5 0 0 3 5 3 0 1 5 0.45 1.12 41 E -2 -1 2 5 -3 -1 3 1 -3 -4 -5 0 -4 -4 -4 -1 1 -5 -4 -4 3 3 11 32 0 2 20 10 0 1 0 4 0 1 0 3 8 0 0 0 0.65 1.11 42 R 1 1 1 -1 -5 -2 2 4 -4 -4 -4 0 -3 -5 -2 0 2 -5 -5 -3 11 8 7 3 0 0 14 30 0 1 1 4 0 0 2 4 14 0 0 1 0.49 1.12 43 V 0 -2 -1 3 -3 -2 3 -2 -4 0 1 -3 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -4 3 7 2 3 20 0 1 18 4 0 5 14 0 0 1 0 1 0 0 0 23 0.41 1.09 44 A 1 -2 -1 -1 -4 -1 -2 4 -4 -3 -3 -2 -2 -1 -4 0 2 3 0 -2 13 1 2 3 0 2 3 35 0 1 2 1 1 3 0 6 17 4 4 2 0.50 1.09 45 V -2 -5 -5 -4 -3 -5 -5 -3 -5 6 -1 -5 0 -1 -5 -4 -1 -5 -4 4 2 0 0 1 0 0 0 2 0 54 2 0 1 1 0 0 3 0 0 34 1.15 1.11 46 V -1 2 -3 -3 -2 -1 -1 0 -1 1 1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -3 -1 2 4 15 1 1 1 3 4 7 1 9 15 3 4 2 3 3 4 0 2 18 0.19 0.93 47 P -2 4 0 -2 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -3 -1 -3 -3 6 -2 2 -5 -1 -3 3 26 5 2 0 0 0 0 0 4 2 2 0 1 35 1 14 0 2 1 0.88 1.08 48 V -2 0 -2 -2 -4 2 -2 -3 -3 -3 -1 2 -2 -4 -4 -2 5 -5 -3 1 1 4 1 1 0 11 2 1 0 0 5 15 0 0 0 0 47 0 1 10 0.71 1.09 49 E 2 -2 -1 3 -4 2 4 -1 -3 -4 -4 0 -3 -4 1 -2 0 -4 -4 -3 19 1 2 17 0 8 28 5 0 0 1 4 0 0 7 1 6 0 0 1 0.53 1.02 50 G 4 -3 -3 -1 -3 -3 0 1 -3 -3 -1 -3 -3 3 3 -2 -2 -3 -1 -3 34 1 1 3 0 1 7 11 0 1 7 1 0 14 16 1 2 0 1 1 0.50 0.98 51 H -1 -3 0 3 -1 -3 1 -2 2 -2 -3 -2 -3 4 1 0 1 -3 0 -2 6 1 5 16 1 0 8 2 6 1 1 1 0 22 8 8 8 0 2 3 0.36 1.05 52 E -2 -1 -1 6 -5 -2 4 -2 -3 -2 -5 -2 -4 -5 1 -2 0 -5 -3 -3 3 4 1 43 0 0 25 2 0 2 0 1 0 0 7 1 5 0 1 2 0.87 1.06 53 R 2 -1 -2 -1 -3 -1 0 -2 0 -3 -1 1 -3 -4 4 2 -1 -4 -4 -3 19 3 1 4 0 2 6 3 2 1 7 8 0 0 25 15 3 0 0 1 0.47 1.00 54 D 1 -2 0 3 -4 0 -1 -2 -2 -4 -2 2 -3 -4 2 3 -1 -4 -4 -3 14 1 4 17 0 3 3 2 1 1 3 16 0 0 8 21 3 0 0 1 0.40 1.01 55 V -2 -1 -1 -3 -4 -1 1 -3 -3 1 2 4 2 -3 -2 -2 -1 -4 -3 0 3 2 2 1 0 1 10 2 0 8 20 28 6 0 2 2 4 0 0 8 0.36 1.04 56 F -2 -2 -3 -4 -3 -3 0 -1 -4 0 2 -3 2 2 -4 -1 3 -4 -2 2 2 2 1 0 0 1 8 4 0 3 21 0 5 10 0 5 21 0 1 15 0.34 1.07 57 R -1 0 1 5 -5 -1 3 -4 1 -4 -4 2 -4 -5 -3 0 0 -5 -4 -2 4 5 5 32 0 2 20 0 4 0 0 11 0 0 0 5 7 0 0 4 0.63 1.06 58 N -4 -4 5 5 -5 -3 -2 -3 1 -3 -5 -3 -5 -5 4 0 -2 -6 -5 -5 0 0 31 36 0 0 0 0 4 2 0 0 0 0 18 6 2 0 0 0 1.11 1.11 59 P -3 -4 -3 0 -4 -3 -3 -4 0 -5 -5 -3 -4 -5 8 2 -1 -5 -4 -4 0 0 0 4 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 71 17 2 0 0 0 1.83 1.07 60 Y -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -3 -1 5 -4 -1 -1 -5 -4 -2 -2 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 2 0 35 0 1.25 1.08 61 I -3 -1 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 0 -4 -1 -3 -5 -4 -1 -5 -3 3 0 4 0 0 0 0 0 0 0 73 4 0 0 0 0 0 2 0 0 14 1.28 1.04 62 A 0 -4 -4 -4 -2 -4 -3 -4 1 6 -1 -4 -2 0 -4 2 0 -4 -3 1 8 0 0 0 1 0 1 0 4 52 3 0 0 3 0 17 6 0 0 4 0.75 1.04 63 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -4 -6 -1 -4 -3 -4 -3 1 -5 -4 -4 3 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 98 0 2.47 1.08 64 N 2 0 5 -2 -2 -2 0 -3 3 -4 -5 -3 -4 -4 2 0 -1 -5 1 -1 22 5 30 1 1 1 5 0 8 0 0 0 0 0 11 4 3 0 5 4 0.60 1.08 65 C 3 -5 -4 -4 7 -4 -4 -3 -5 -4 -4 -4 -4 -5 6 -2 -3 -5 -5 -1 24 0 0 0 29 0 0 1 0 0 0 0 0 0 41 1 0 0 0 4 1.50 1.08 66 I 0 -5 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -5 4 1 -4 2 -2 -5 -2 -3 -5 -1 5 9 0 0 0 0 1 0 0 0 22 11 0 5 1 0 2 0 0 2 47 0.85 1.08 67 R -1 7 -2 -2 -5 0 -2 -3 -3 -1 -1 2 -1 -4 -4 -3 -2 -5 -4 -2 4 60 0 1 0 2 0 1 0 3 7 13 2 0 0 0 2 0 0 3 1.03 1.06 68 I 0 1 -3 -2 -3 -1 0 -4 1 2 0 0 -2 -2 -3 -1 0 0 -3 4 6 9 1 2 0 3 6 1 4 12 7 5 0 1 1 3 6 2 0 31 0.31 1.08 69 V -1 -2 -1 -1 -3 -2 -3 -2 -1 0 3 -3 2 2 -3 -1 -1 -1 0 2 5 2 3 3 0 2 1 4 1 4 32 0 5 7 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