Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -5 -5 5 7 -7 -4 -2 -4 -4 -7 -7 -4 -6 -7 -5 -3 -4 -8 -6 -7 0 0 28 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 1.89 2 Y 1 -5 -4 -5 -4 -5 -5 -5 1 -3 -4 -5 -3 4 4 0 -4 5 7 -3 11 0 1 0 0 0 0 0 3 2 1 0 1 13 18 6 0 8 33 1 1.17 1.97 3 K -4 -1 -4 -4 -7 -1 -2 -5 -2 -4 -5 8 -3 -7 -5 -3 -4 -7 -5 -3 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 0 93 0 0 0 0 0 0 0 2 2.10 1.98 4 T -2 -3 1 -2 -5 -2 -4 -1 -3 -5 -5 -3 -2 -5 -5 5 5 -6 -5 -4 3 1 7 2 0 1 0 4 1 0 1 1 1 0 0 40 39 0 0 0 1.11 2.03 5 I 1 3 -3 -3 -3 2 0 -5 -1 1 1 2 0 -1 -4 0 -1 -4 -2 -1 12 18 1 1 1 8 5 0 2 7 12 12 2 3 0 8 3 0 1 5 0.29 2.05 6 L -5 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 0 6 -5 0 1 -6 -6 -5 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 89 1 1 4 0 0 0 0 0 2 1.75 2.04 7 Q -3 -2 0 -4 -5 8 -2 -5 1 2 -2 -2 0 -4 -5 -3 -3 -5 -1 -3 2 1 5 0 0 64 1 1 4 10 4 1 3 1 0 1 1 0 2 1 1.42 2.09 8 E -3 -3 -3 -1 -5 2 7 -5 -3 -4 -6 -2 -4 -7 -5 -3 -3 -6 -6 -4 2 1 1 2 0 7 81 1 0 1 0 1 0 0 0 1 1 0 0 1 1.81 2.09 9 I -3 -2 -4 -6 -1 -4 -4 -6 0 2 2 -2 0 2 -6 -5 -2 9 5 -1 2 2 1 0 2 1 1 0 2 10 20 2 2 8 0 0 2 24 17 4 1.11 2.11 10 T 2 -5 -5 -6 6 -3 -5 -2 -4 0 2 -4 0 -2 -5 0 2 -4 -3 1 18 0 0 0 18 1 0 3 0 5 19 0 2 1 0 7 11 0 1 11 0.63 2.09 11 Q 0 -1 -2 -3 -4 8 -2 -3 2 -4 -2 -2 -1 -5 -5 -2 -2 -5 -4 -3 9 2 1 1 0 66 1 2 5 1 3 1 2 0 0 2 2 0 0 2 1.47 2.09 12 K 2 3 -2 -3 -4 1 -1 0 0 -4 -5 4 -3 -5 -4 1 -2 -6 -5 -3 17 14 1 1 0 7 3 7 2 1 1 29 1 0 1 9 3 0 0 1 0.59 2.11 13 R -2 4 3 0 -3 1 1 -4 3 -3 -1 2 -1 -2 -5 -1 -1 -4 -1 -3 3 20 14 4 1 6 8 1 7 1 5 13 1 2 0 3 4 0 2 2 0.44 2.12 14 W -3 1 1 -2 -1 0 -3 4 3 -4 -3 3 -2 0 -3 -1 -2 -1 2 -4 2 8 6 2 1 3 1 28 7 1 3 16 1 4 1 5 2 1 6 1 0.46 2.06 15 K -3 2 -1 -1 -2 0 -1 -1 1 -1 2 4 1 -1 -3 -1 -3 4 0 -2 2 9 3 3 1 3 4 5 3 3 17 22 3 3 1 4 1 6 3 2 0.31 2.10 16 E 0 -1 -1 0 -1 0 2 1 0 0 -3 1 -2 -4 3 0 -1 -4 -4 1 6 3 3 4 2 4 12 10 2 6 3 7 1 1 15 7 4 0 1 10 0.21 2.08 17 R -1 -1 -1 -1 -2 0 -1 -3 -1 0 3 -1 0 -3 1 -1 1 -3 -3 1 5 3 3 3 1 4 4 3 2 5 27 5 2 1 7 5 9 0 1 10 0.20 2.09 18 P -2 -5 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 2 -1 -4 -2 -2 7 -3 -3 -6 -5 0 3 0 1 1 1 1 1 1 1 12 6 1 1 2 58 2 2 0 0 6 1.43 1.99 19 E -2 1 -1 0 -3 1 3 -4 0 0 -2 1 -2 1 -4 0 1 -2 -3 1 3 6 3 4 1 7 21 1 2 6 3 8 1 5 0 7 9 1 1 12 0.27 2.12 20 Y -5 -3 -4 -4 -6 -5 -4 -6 -1 -4 -4 -4 -4 4 -6 -3 -5 0 9 -4 0 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 0 13 0 2 0 1 76 1 2.33 2.10 21 R -2 3 0 0 -3 2 3 -4 0 -1 -3 2 -3 -4 -4 0 1 -2 -3 0 3 13 4 6 1 7 21 1 2 4 2 14 1 1 1 5 9 1 1 6 0.39 2.13 22 L -2 -4 -4 -3 2 -3 -2 -5 -3 2 3 -4 1 0 -3 -2 2 -2 -1 3 2 1 1 2 3 1 3 1 1 11 23 1 3 4 1 3 14 0 2 23 0.48 2.06 23 I -2 -3 -2 -3 0 -1 0 -4 -2 3 1 -1 -1 -2 -4 -2 0 -5 0 4 3 1 2 2 2 3 8 1 1 18 15 4 1 2 1 2 7 0 4 25 0.42 2.07 24 S 0 1 0 1 -2 2 3 0 0 -4 -4 2 -2 -3 -3 2 -1 -6 -3 -4 6 7 5 8 1 8 21 7 2 1 2 11 1 1 1 13 4 0 1 1 0.36 2.13 25 V -2 0 -1 0 0 2 5 -3 -1 0 -3 0 -2 -3 -3 0 0 -1 -2 0 4 6 3 4 2 8 32 1 1 7 3 4 1 1 1 6 7 1 1 7 0.41 2.10 26 E -2 0 0 -1 -2 1 3 -2 1 -2 -3 1 -1 -2 -2 3 2 -1 -1 -2 3 5 4 4 1 6 16 3 3 3 2 9 1 2 2 18 13 1 2 2 0.29 2.07 27 G -2 -2 0 -1 -2 0 -2 6 -2 -4 -4 -1 -2 -3 -3 -2 -2 -5 -3 -4 2 2 5 3 1 4 2 63 1 1 2 3 1 1 1 3 2 0 1 1 1.11 2.06 28 P -1 -2 1 0 -2 0 0 -2 0 -2 -3 -1 -1 -2 6 -1 -1 -1 -2 -2 5 2 7 5 1 4 7 3 2 3 3 4 1 2 39 4 3 1 1 2 0.71 2.04 29 H 1 -2 -1 4 -1 0 1 0 1 -3 -3 -1 -1 -3 2 1 -1 -1 -2 -3 13 2 3 20 1 4 9 6 3 2 2 3 2 1 11 8 3 1 1 2 0.31 2.04 30 H -3 -1 2 -2 -1 -1 -2 -1 9 -3 -3 -1 -1 -2 -2 -2 -2 0 -1 -3 2 4 8 2 2 3 3 5 47 2 3 3 1 2 2 3 2 2 2 2 1.18 1.98 31 K 1 0 3 3 0 1 0 -2 1 -2 -2 0 0 -2 -2 0 0 -5 -1 -2 12 6 12 15 2 5 6 3 3 2 4 6 3 2 2 6 5 0 2 3 0.21 2.00 32 K -2 3 -1 -2 0 2 -1 -2 0 -2 -3 4 -1 -2 3 -2 -1 1 -5 -3 3 14 2 2 2 8 3 3 2 2 3 26 2 2 16 3 4 2 0 2 0.51 2.06 33 K -2 2 -1 -2 0 1 2 -2 2 0 -1 0 1 0 -2 -1 1 1 -1 1 2 11 3 2 2 6 12 3 4 6 6 4 3 4 3 5 10 2 2 9 0.15 2.07 34 F 0 1 -4 -4 3 -3 0 -4 3 1 0 -3 3 2 -4 0 -3 5 2 0 8 8 0 0 7 0 8 1 7 8 8 0 7 7 0 8 0 7 7 8 0.36 1.34 35 I -1 0 -1 -2 0 -1 0 -3 1 2 -2 0 0 -1 -5 -1 3 3 0 2 4 6 2 2 2 3 5 2 4 10 4 6 2 2 0 4 20 4 3 14 0.25 1.66 36 V 0 -2 -4 -5 3 -1 -2 -3 2 1 -2 -4 2 0 -5 0 0 -4 2 4 9 2 0 0 6 2 2 2 5 7 3 0 6 3 0 8 4 0 8 30 0.46 1.67 37 E 0 1 1 -1 0 1 3 -1 1 -1 -2 0 -1 -3 -4 0 1 0 -2 -1 7 8 5 2 2 7 22 5 3 4 4 6 1 1 0 7 9 1 1 4 0.23 1.67 38 A 0 -5 -5 -6 5 -5 -5 -2 -6 1 0 -5 0 -1 -5 -3 -2 1 -4 6 8 0 0 0 13 0 0 3 0 5 7 0 2 3 0 2 2 2 0 53 0.99 1.66 39 K -2 1 -1 -2 1 -1 0 -4 0 1 -1 1 0 1 -2 0 1 3 3 0 2 8 3 2 3 3 7 1 2 7 7 9 2 5 2 8 8 5 9 8 0.15 1.73 40 I -2 -4 -1 -4 -1 -3 -4 -3 -2 4 2 -4 0 1 -4 -3 -1 -1 -2 4 3 1 3 1 1 1 1 2 1 24 17 1 2 5 1 1 3 1 1 29 0.61 1.79 41 K -1 0 4 3 -2 -1 1 3 1 -4 -4 0 -2 -4 -1 -1 -2 -2 -1 -4 5 4 17 16 1 3 11 20 3 1 1 5 1 1 3 3 2 1 2 1 0.45 1.88 42 E -2 -2 2 3 -6 0 2 4 -2 -4 -3 -1 -3 -4 -3 -1 -1 -2 -4 -4 2 2 9 15 0 3 15 33 1 1 3 4 1 1 1 4 4 1 1 1 0.62 1.90 43 Y -2 -1 -3 -3 -2 0 0 -2 0 2 1 1 1 1 -4 -3 -1 -1 2 3 2 3 1 1 1 5 6 3 3 11 13 10 3 5 1 2 3 1 6 19 0.25 1.94 44 R -1 1 -2 -2 0 0 2 -3 0 1 1 2 0 -2 -2 -1 0 0 2 0 6 7 2 3 2 4 11 2 2 7 12 11 3 1 2 5 6 1 7 6 0.12 1.97 45 T 2 -4 -3 -4 1 -2 -1 4 -3 -2 -4 -4 -2 1 -2 0 1 -2 1 -1 14 1 0 1 3 2 5 35 1 2 1 1 1 6 2 7 9 1 5 4 0.53 1.99 46 L -2 1 -2 -3 -1 1 2 -4 0 1 -1 1 -1 -2 0 0 2 -1 -1 1 3 7 1 1 1 6 14 1 2 10 5 7 1 2 4 8 14 1 2 10 0.21 2.00 47 G 2 -4 -3 -4 -2 -4 -2 7 -3 -5 -5 -4 -3 -5 -3 -2 -3 -6 -6 -4 14 1 0 1 1 1 3 72 0 0 1 0 1 1 1 2 1 0 0 1 1.51 2.00 48 E -1 0 -1 -2 0 1 2 -3 -1 0 -3 1 -1 -2 -3 1 2 1 -1 1 4 6 2 2 2 7 14 2 1 6 3 9 2 2 1 10 14 2 2 9 0.21 2.01 49 G 1 -4 -3 -3 -1 -4 -3 7 -3 -5 -6 -4 -3 -2 -3 -1 -4 -3 -3 -5 13 0 1 1 1 0 2 70 1 0 0 0 1 2 1 3 1 0 1 0 1.44 2.03 50 K -2 3 1 -3 -3 -2 -3 -1 3 -5 -4 3 -3 -2 1 2 1 -3 0 -4 3 16 5 1 1 1 1 5 6 1 1 19 1 2 8 17 9 0 3 1 0.48 2.04 51 S -2 -2 3 -4 -2 -3 -4 -3 -2 -4 -6 -2 -3 -6 -5 6 3 -6 -5 -4 1 1 12 0 1 1 0 1 1 1 0 2 0 0 0 62 17 0 0 1 1.27 2.01 52 K -4 3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -2 -1 -3 7 -3 -6 -5 -3 -3 -6 -3 -2 1 16 0 0 0 1 0 0 1 4 2 69 1 0 0 1 1 0 1 3 1.52 1.98 53 K -3 4 -3 -4 -7 1 -3 -4 -1 -6 -5 7 -3 -7 -5 -3 -3 -6 -5 -5 1 18 0 0 0 5 0 1 1 0 0 70 0 0 0 1 1 0 0 0 1.65 1.96 54 E 1 -1 -2 1 -4 2 4 -3 0 -1 -1 2 -1 -4 -5 -1 -2 -6 -4 -2 10 3 2 8 0 8 30 1 2 4 8 12 1 1 0 3 2 0 0 3 0.45 1.96 55 A 7 -5 -5 -5 -2 -4 -4 -2 -5 -4 -4 -4 -4 -6 -4 0 -3 -6 -5 -3 90 0 0 0 1 0 0 2 0 1 1 0 0 0 0 5 1 0 0 1 1.73 1.91 56 E -2 -1 -3 -2 -4 3 6 -5 -1 -5 -6 3 -4 -6 -5 -3 -3 -6 -4 -6 2 2 0 1 0 10 63 0 1 0 0 17 0 0 0 1 1 0 1 0 1.41 1.89 57 Q -3 1 0 -2 -4 7 0 -4 1 -3 -2 1 1 -3 -5 -2 -2 -6 -3 -4 2 6 5 2 0 52 6 0 3 2 4 9 4 1 0 2 2 0 1 1 1.05 1.89 58 R 1 0 3 1 -3 1 1 -3 2 -2 -1 1 1 -3 -5 1 -2 -6 -3 -3 13 6 15 8 0 7 10 1 5 2 7 8 4 1 0 10 2 0 1 2 0.30 1.88 59 A 7 -5 -5 -5 1 -4 -4 -3 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -1 88 0 0 0 3 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 2 1 0 0 3 1.66 1.83 60 A 7 -5 -5 -5 -1 -4 -4 -3 -5 -4 -5 -4 -3 -5 -4 0 -3 -6 -5 -3 92 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 4 1 0 0 1 1.75 1.79 61 E -1 3 -1 -3 -2 2 3 -3 1 -2 -3 4 0 -3 -5 -1 -1 -3 0 -3 6 13 2 1 1 10 21 1 3 3 3 22 2 1 0 4 3 0 3 1 0.49 1.82 62 E 1 0 1 1 -3 1 1 -2 0 -1 1 2 -1 -3 -5 -1 -1 -4 -4 0 10 4 8 8 1 7 10 3 3 4 12 13 2 1 0 4 3 0 0 7 0.17 1.83 63 L 5 -5 -5 -6 1 -4 -5 -2 -4 -1 0 -4 4 -1 -4 -2 -1 -6 -3 0 58 0 0 0 3 0 0 2 0 4 8 0 11 2 0 1 4 0 0 5 0.96 1.82 64 I -4 -6 -6 -7 1 -5 -6 -7 -4 2 5 -6 1 0 -5 -6 -4 4 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 9 65 0 2 4 0 0 0 5 6 5 1.20 1.81 65 K -1 2 1 0 -3 2 4 -4 0 -2 -2 2 -1 -4 -4 0 -2 -1 -3 -3 6 12 6 6 1 10 24 1 2 2 4 14 2 1 0 5 2 1 1 1 0.44 1.80 66 L 1 2 -1 -3 -3 2 -1 -4 0 0 0 3 0 -2 -5 0 -1 0 1 -1 14 10 3 1 1 8 4 1 3 6 8 18 2 2 0 6 4 1 5 3 0.25 1.80 67 L -4 -6 -7 -7 -3 -5 -6 -6 -3 3 6 -5 2 -1 -6 -6 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 13 77 0 5 2 0 0 0 0 0 1 1.46 1.78 68 E -4 -2 3 1 -6 4 4 -5 -3 -6 -6 4 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -6 0 0 14 8 0 20 28 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 1.68 K Lambda Standard Ungapped 0.1312 0.3112 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1741 0.3166 PSI Gapped 0.0533 0.2670