Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -4 -3 -2 6 -7 3 5 -5 -3 -6 -6 2 -5 -7 -4 -3 -4 -6 -5 -6 0 0 0 40 0 13 36 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 1.37 1.56 2 R -3 6 -3 -4 -6 1 -3 -4 -3 -2 -4 6 -4 -6 -5 -2 -3 -6 -4 -3 1 38 1 0 0 7 0 0 0 3 1 42 0 0 0 3 1 0 0 2 1.26 1.76 3 R -2 4 0 -2 -4 2 2 -4 -2 -5 -4 4 -4 -6 3 -2 -1 -6 -4 -3 3 19 5 1 0 8 11 1 1 0 1 26 0 0 14 3 3 0 0 2 0.68 1.83 4 Y -2 3 -5 -4 -5 -2 -3 -6 -1 -2 4 -4 2 2 -1 -2 -3 2 4 -2 3 15 0 1 0 1 2 0 1 1 35 0 6 8 3 4 1 2 16 2 0.66 1.85 5 L -3 -3 -6 -7 -4 -4 -5 -7 -4 2 4 -2 1 -2 -5 -5 -1 -1 -4 4 2 1 0 0 0 0 0 0 1 11 45 3 2 1 0 0 3 1 0 28 0.94 1.89 6 P -1 -3 -2 -2 -5 -3 -3 -2 -3 -5 -5 -2 -4 -6 5 4 4 -6 -6 -4 4 1 1 2 0 1 1 2 1 0 0 1 0 0 30 33 21 0 0 0 1.06 1.89 7 L -4 -5 -5 -7 -5 -4 -5 -7 -5 4 5 -5 -1 0 -4 -6 -4 -4 3 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 25 51 1 1 3 1 0 0 0 11 4 1.12 1.90 8 S 3 -3 -1 2 -3 1 5 -2 -4 -4 -5 -1 -5 -6 -1 0 -1 -7 -6 -3 23 1 3 11 1 5 35 3 0 1 0 2 0 0 3 7 3 0 0 2 0.71 1.93 9 Q 2 0 -2 2 -6 4 4 -4 -1 -5 -5 1 -4 -4 -3 -3 0 -6 -3 -2 15 4 1 10 0 16 29 0 1 0 1 9 0 1 1 1 6 0 1 4 0.63 1.96 10 A 7 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -5 -3 -4 -2 -4 -6 -2 -1 -3 -6 -4 -2 83 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1 2 0 0 1 3 1 0 0 2 1.50 1.96 11 R -4 8 -3 -4 -1 -1 -2 -5 -3 -3 -4 0 -5 -4 -3 -4 -3 -6 -4 -1 1 76 0 0 1 2 2 0 0 2 1 4 0 1 1 1 1 0 0 5 1.69 1.97 12 K 4 0 -1 0 -5 0 3 -3 -2 -5 -5 2 -5 -5 -4 1 -2 -6 -5 -4 39 5 3 6 0 4 16 1 1 0 1 13 0 0 0 8 2 0 0 0 0.68 1.97 13 S -2 3 7 -2 -6 0 -1 -4 0 -5 -4 2 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -4 4 13 48 1 0 4 3 1 2 0 2 11 1 0 1 4 3 0 0 1 1.03 1.98 14 G 3 5 -3 -3 -3 -3 -3 1 -1 -5 -5 4 -4 -4 -1 -1 -3 -6 -3 -4 20 27 1 1 1 0 1 11 1 0 1 24 0 1 3 4 1 0 1 1 0.73 1.97 15 F -2 -3 -5 -4 -1 -3 -2 -4 0 -1 1 -3 -1 5 2 -3 1 0 1 2 4 1 0 1 1 1 3 1 2 2 15 2 1 23 11 2 9 1 5 13 0.49 1.95 16 Q 0 2 -1 0 -3 3 0 -3 2 -3 -4 3 -3 -4 3 -1 -1 -6 -4 0 9 11 3 5 1 12 4 2 5 1 1 20 0 1 12 4 3 0 1 6 0.41 1.92 17 M -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -3 5 1 -3 -1 0 1 -1 0 0 -2 1 5 2 1 1 1 1 1 3 1 35 14 1 1 4 7 5 5 1 1 9 0.52 1.89 18 D -2 -3 1 7 -6 -2 1 -2 -3 -5 -5 -2 -5 -4 -2 0 -2 -6 -5 -5 3 1 6 64 0 1 6 3 1 1 1 1 0 1 2 5 2 0 0 1 1.36 1.84 19 W -1 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 3 -3 -4 -3 11 1 1 5 1 1 1 0 1 2 1 1 2 2 1 3 11 2 1 1 50 3 11 1.85 1.77 20 L 3 -1 0 1 -2 0 2 -2 -1 -2 -2 0 -1 -3 -2 1 1 -2 -2 -1 20 3 3 9 1 3 11 3 1 2 4 6 1 1 2 11 9 1 2 5 0.20 1.68 21 S 2 -1 2 2 -5 -2 -2 0 -2 -3 -3 0 -3 -4 -1 3 2 -2 -4 -3 15 4 11 10 0 2 2 8 1 1 3 5 1 1 3 20 11 1 1 2 0.34 1.85 22 E -1 -1 0 2 -3 -1 2 -3 2 -3 -3 0 -2 -1 -1 -1 -1 -3 6 -2 5 4 4 11 1 3 12 2 4 1 3 5 1 2 4 5 5 0 28 3 0.52 1.78 23 P 0 -2 0 0 -2 -1 0 -3 1 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 3 -1 1 1 8 2 5 5 1 3 7 2 3 3 3 2 1 4 15 4 18 1 6 8 0.25 1.66 24 H 0 0 -1 -2 -3 2 0 -4 1 -1 -1 1 -1 -3 5 -3 0 -5 -4 1 7 4 3 2 1 8 5 1 3 3 5 8 2 1 31 1 7 0 0 9 0.53 1.78 25 P 0 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -2 2 -3 -3 -4 -2 7 -3 -3 -6 -3 1 7 1 1 1 1 1 0 1 1 11 2 1 0 2 58 1 1 0 1 9 1.42 1.83 26 V 0 -1 -3 -2 -1 -1 -1 -2 -1 0 -2 -2 -2 0 4 -1 0 -4 0 4 7 4 1 2 1 3 3 4 2 4 3 3 1 4 17 4 7 0 3 26 0.34 1.68 27 K 1 2 -2 -3 -2 1 1 -2 1 -2 -3 3 -2 -2 0 -2 1 -5 -2 0 13 10 1 1 1 7 7 2 3 3 2 21 1 2 5 2 10 0 1 7 0.30 1.68 28 P -2 -3 -5 -5 -5 -2 -4 -5 1 -3 -4 -4 -5 -3 8 -2 -3 -6 -2 -5 3 1 0 0 0 1 0 0 3 2 2 0 0 2 79 2 2 0 2 0 2.18 1.77 29 T 1 2 2 -2 -5 1 0 -3 1 -2 -2 2 -1 -5 3 0 0 0 -5 -2 12 10 8 2 0 5 5 2 3 2 3 13 1 0 16 7 7 1 0 2 0.33 1.85 30 F -2 -1 -2 2 -5 1 -2 -3 0 -2 0 0 1 5 -2 -1 -1 1 0 -1 3 4 2 12 0 6 2 2 2 2 9 5 3 26 2 5 4 2 3 4 0.39 1.86 31 I -2 -3 -3 -3 0 -2 -3 -4 -5 1 4 -3 0 0 2 -2 2 5 1 -2 3 1 1 2 2 2 2 1 0 7 33 2 2 4 9 2 13 8 5 2 0.49 1.88 32 G -2 -1 -1 0 -5 -1 -1 6 -4 -5 -3 -1 -5 -1 -5 -1 -4 3 -1 -3 3 3 3 6 0 3 5 56 0 0 3 4 0 2 0 3 0 4 2 3 0.93 1.76 33 T -1 1 0 -1 -5 0 -1 -2 1 2 -1 -1 1 -4 1 0 1 2 0 2 4 9 4 3 0 4 4 3 4 11 7 3 3 0 6 7 10 3 3 13 0.15 1.89 34 Q -1 0 1 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 0 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.12 1.89 35 V -2 -2 -3 -4 -4 -2 0 -3 -3 3 -1 -1 0 -3 -3 -3 1 -6 -2 5 3 2 1 1 0 2 6 2 1 14 4 4 2 1 1 2 8 0 1 43 0.59 1.85 36 F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -3 -6 -2 3 3 -3 -1 5 -5 -4 -3 1 -1 2 2 1 1 1 0 0 2 0 1 14 29 2 1 21 0 1 1 2 2 15 0.66 1.84 37 E -2 2 -1 2 -3 1 3 -4 -1 -3 -2 3 -2 -4 -1 -2 -1 -5 -1 -2 3 10 3 11 1 6 19 1 2 2 4 19 1 1 3 2 4 0 2 3 0.34 1.75 38 E -1 -2 3 5 -3 -1 0 2 1 -4 -4 0 -4 -4 0 0 -2 -5 -1 -4 4 2 13 27 1 3 6 13 4 1 2 6 0 1 4 6 1 0 2 1 0.43 1.68 39 Y -2 -4 -3 -3 -3 -2 -1 -5 -2 4 0 -2 0 2 -2 -3 -2 1 5 1 3 0 1 1 1 1 4 1 1 22 9 2 2 8 2 1 3 2 23 8 0.55 1.70 40 D -1 -1 1 4 -3 0 -1 -3 -2 -5 -5 0 -5 -6 5 1 -1 -6 -5 -4 4 3 5 26 1 4 2 1 1 0 1 4 0 0 27 11 4 0 0 1 0.73 1.73 41 L -3 -5 -5 -4 -4 -2 -5 -6 -3 3 5 -3 1 -1 -1 -4 -3 -1 -4 1 2 0 0 1 0 2 0 0 1 15 53 2 3 1 4 1 1 1 0 8 0.80 1.71 42 Q 2 -1 0 2 -3 1 3 -2 1 -5 -4 1 -3 -4 -2 1 -1 -5 -3 -4 17 2 5 9 1 6 20 3 4 0 1 9 1 1 2 10 3 0 1 1 0.33 1.69 43 K -2 0 -2 4 -5 1 4 -4 2 -3 -2 0 -2 -4 -3 -2 0 -5 -2 -3 4 5 1 21 0 6 29 1 5 1 4 6 1 1 1 1 6 0 1 2 0.55 1.72 44 L -2 -5 -5 -5 -2 -2 -4 -6 -5 4 4 -3 -2 0 -5 -3 -3 -4 2 2 3 0 0 0 1 2 1 0 0 20 36 2 0 3 0 2 1 0 7 16 0.66 1.71 45 V 2 1 -2 -2 -2 -1 0 -2 -2 1 0 -2 1 2 -5 -1 -1 3 0 1 15 9 2 2 1 3 8 3 1 7 8 2 3 7 0 4 3 3 3 11 0.12 1.71 46 D -1 1 -1 1 -5 1 1 -1 1 -3 -4 0 2 -1 4 0 -2 3 -2 -3 5 6 2 8 0 6 10 5 4 2 1 5 6 2 21 6 2 3 1 1 0.33 1.61 47 Y -1 -2 -1 -3 1 -2 -3 -3 3 -2 -1 -3 0 3 -5 -2 -2 3 7 0 4 2 3 2 3 1 1 2 6 2 6 2 2 11 0 3 2 3 35 8 0.73 1.51 48 I -4 -5 -5 -2 1 -4 -5 -5 1 5 3 -5 1 2 -5 -4 -3 -4 0 1 1 0 0 3 3 0 0 0 3 40 23 0 4 10 0 0 0 0 3 7 0.82 1.40 49 D -4 0 4 6 -5 -3 1 -4 0 -5 -3 -1 -5 -5 -2 0 -3 1 -1 -5 0 5 21 44 0 0 7 0 2 0 3 2 0 0 2 6 0 2 2 0 0.97 1.41 50 W -4 -2 -2 -4 -4 -1 1 -5 -1 -2 1 -1 1 -1 -1 -3 -2 10 0 -2 1 3 2 0 0 2 9 1 2 2 13 3 4 2 4 2 3 45 2 2 1.44 1.40 51 K -2 1 1 0 -4 4 -1 -2 0 2 -2 1 1 -2 -2 -1 1 -5 -1 -1 2 7 6 5 0 21 2 3 2 14 3 8 4 2 2 4 9 0 2 4 0.29 1.40 52 P 2 -2 3 -3 -4 1 -1 -1 -3 -2 -2 -2 4 0 3 -1 -1 -4 1 -2 17 1 15 0 0 5 3 5 0 1 4 2 12 4 14 5 4 0 5 3 0.36 1.35 53 F -3 -2 -3 -3 -3 2 -2 -4 4 -2 1 1 -2 3 -3 -2 1 -2 3 1 1 1 0 1 0 12 1 1 11 1 12 12 0 12 1 1 12 0 11 12 0.37 0.79 54 F -3 -1 -2 -3 -1 -4 -4 -3 0 1 0 1 0 7 -5 -3 -2 1 2 -1 2 3 2 2 2 0 0 3 2 7 8 9 3 43 0 2 2 2 5 3 0.78 1.56 55 D 0 1 0 -1 -4 1 -2 2 4 -1 -2 0 1 -1 -2 0 1 0 0 -3 6 8 4 4 0 7 2 17 9 4 4 6 4 2 2 6 7 1 3 2 0.20 1.54 56 V 2 0 -2 -4 1 3 -2 -2 3 -1 1 -2 -3 0 -1 0 1 -5 -4 1 14 4 2 0 3 14 2 2 8 3 12 2 0 3 4 7 10 0 0 9 0.24 1.56 57 W -4 -2 -3 -6 -5 -1 -5 -4 0 -2 0 -5 -1 2 -3 -4 -5 11 1 -3 1 2 1 0 0 3 0 1 2 2 8 0 1 9 2 1 0 58 3 2 2.20 1.71 58 Q -2 -1 -1 1 -5 3 2 4 -4 -3 -4 0 -1 -5 -3 -1 -3 5 -4 -5 3 3 2 7 0 12 13 33 0 1 2 7 2 0 1 5 2 8 0 0 0.64 1.81 59 L -2 -2 -5 -6 -1 -2 -5 -1 -5 0 4 -3 4 3 -3 -3 -4 2 1 0 2 2 0 0 2 2 0 6 0 5 45 1 8 11 1 2 0 3 4 5 0.69 1.84 60 R 0 4 -1 -2 -6 0 -3 1 2 -2 -3 4 0 -2 -1 -1 -2 -6 -1 -3 8 20 3 2 0 4 0 10 5 2 3 27 3 2 3 4 2 0 2 1 0.50 1.99 61 G -1 1 -2 -3 -5 -1 -3 5 1 -4 -4 1 -1 -1 0 -2 -3 2 -2 -4 4 8 2 1 0 3 1 49 3 1 2 7 2 2 5 2 2 3 1 1 0.78 1.97 62 K 0 2 2 -1 0 0 -1 0 2 -2 -3 3 -4 -2 -1 0 -1 -6 -1 -1 8 12 8 3 2 5 3 7 4 2 3 20 0 2 3 7 5 0 2 4 0.25 2.01 63 Y -2 2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 1 -2 -2 1 1 1 -1 -2 -2 3 5 -1 4 11 2 2 2 3 2 6 3 2 4 8 4 6 3 4 3 3 21 5 0.35 1.92 64 P -1 0 -1 1 -5 -1 -1 1 1 -1 -2 0 1 -5 4 0 -1 -5 -4 -2 5 6 3 8 0 3 4 9 4 4 5 7 3 0 21 7 4 0 0 3 0.27 1.89 65 N 1 2 0 1 -4 1 0 2 -2 -3 -3 1 -2 -4 -2 1 0 -1 -2 -2 12 10 5 7 0 5 5 16 1 1 3 9 1 1 2 8 6 1 1 2 0.18 1.85 66 R -1 2 -2 -1 -4 -1 0 -2 -3 4 0 1 -1 -4 -1 -1 -2 -1 -3 -2 6 11 2 4 0 3 7 3 1 26 8 10 1 0 3 4 2 1 1 2 0.29 1.90 67 G 0 -2 -1 1 -4 -2 0 2 -4 -3 2 -2 -1 1 -4 0 -2 0 -2 -1 7 2 3 7 0 2 7 17 0 1 23 3 2 6 1 7 2 1 1 3 0.18 1.89 68 F -2 -1 0 2 -4 2 1 -3 -1 -2 -1 0 0 3 -3 -1 0 1 3 -2 4 3 4 9 0 8 10 2 1 3 5 6 2 10 1 4 6 2 11 3 0.18 1.90 69 P -2 -2 -1 4 -5 -2 2 -3 2 -3 -3 -1 -1 -2 3 1 -2 1 -2 -1 3 2 2 21 0 2 14 2 4 1 2 3 2 2 16 9 3 2 1 5 0.41 1.98 70 K -1 2 -2 2 -2 1 4 -2 -2 -3 -4 3 -1 -2 -1 -2 -2 -5 -1 -3 6 10 2 11 1 6 23 3 1 1 2 15 2 2 3 3 2 0 2 2 0.37 2.10 71 I 0 -1 -1 0 -1 -1 2 -3 1 2 1 0 0 -1 -3 -3 -1 -5 -1 2 7 3 3 5 1 2 13 2 3 13 14 5 2 2 1 2 3 0 2 12 0.14 2.09 72 F -1 0 -2 -1 1 -2 2 -3 -4 -1 1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 0 3 4 4 2 4 3 2 14 2 0 2 15 2 1 5 6 1 2 2 3 20 0.20 2.08 73 N 0 0 0 1 -5 -1 2 2 -1 -2 -2 0 -2 -1 -2 -1 -2 1 3 -2 7 5 5 6 0 3 15 14 2 2 4 5 1 2 2 3 2 2 10 2 0.17 1.99 74 D 0 -1 0 3 0 1 3 -1 1 -3 -2 1 -4 -3 -2 -1 0 -5 -1 -3 7 3 5 14 2 6 21 4 3 2 4 7 0 1 3 4 5 0 2 2 0.25 2.01 75 K 1 -1 -1 0 -5 1 2 2 -1 -3 -3 2 -1 -2 -1 -2 -1 1 -5 -3 12 4 3 6 0 5 14 15 2 1 3 14 1 2 3 2 4 2 0 2 0.23 2.01 76 G 1 -2 -1 0 -1 0 1 1 -1 -2 -1 0 0 3 1 -2 -1 3 -1 -2 11 2 3 5 1 4 9 10 1 2 7 6 2 10 7 3 4 4 2 3 0.08 1.90 77 E -1 2 -2 -1 0 1 3 -3 0 -1 1 0 0 -2 -5 -2 -2 2 -1 -1 5 10 2 3 2 7 20 2 2 4 14 5 2 2 0 2 2 3 2 5 0.19 1.94 78 A 4 0 -2 -1 0 -1 0 -2 -1 -2 -3 0 -1 -5 2 -1 -2 1 -5 -2 37 5 2 4 2 3 5 2 2 2 2 7 2 0 9 4 2 2 0 3 0.38 2.01 79 R -1 0 1 0 -5 1 0 0 2 0 -1 0 2 -5 1 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 0 6 0.06 1.78 80 K -1 1 -1 0 -5 2 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171 V 0 -4 0 -4 2 -4 -4 -4 -4 1 0 -1 4 1 -4 -1 0 -4 -3 4 6 0 4 0 5 0 0 1 0 7 8 5 10 5 0 5 6 0 0 36 0.51 1.24 172 A 1 -3 -1 -4 1 3 -3 -2 -4 -1 -2 -1 0 -4 -4 1 4 -5 -4 2 9 0 3 0 3 14 0 3 0 3 3 3 3 0 0 11 30 0 0 14 0.47 1.27 173 C 0 -5 0 -4 5 -4 -4 3 -5 2 -1 -4 2 -4 -5 0 1 -5 -4 2 6 0 5 0 11 0 0 22 0 10 6 0 5 0 0 6 9 0 0 17 0.50 1.48 174 F -1 -1 -3 -1 1 -1 -1 3 4 0 -1 -1 1 2 -1 -1 -1 -4 0 0 4 3 0 4 3 3 3 22 11 6 5 3 4 8 3 4 3 0 3 7 0.25 1.43 175 G -1 -2 -1 -1 0 0 0 5 0 -1 -2 -1 -4 -2 -1 0 0 -5 -1 -2 6 2 3 3 2 4 8 37 2 4 4 4 0 2 4 5 6 0 2 2 0.41 1.60 176 V 1 -1 -2 0 1 -1 2 -1 -3 3 -1 0 0 -1 -1 -2 -2 -4 -3 2 11 4 2 5 2 2 12 4 1 15 5 5 2 3 4 3 2 0 1 12 0.12 1.89 177 E 1 1 -2 3 -5 -1 3 -3 0 -1 -3 -2 0 -4 -3 1 -2 -5 -4 -1 14 9 2 14 0 3 21 2 2 4 2 2 2 1 1 11 2 0 1 4 0.33 1.86 178 E 0 -1 -2 3 -4 -1 5 -3 -1 -4 -4 0 -5 -4 -1 -1 -1 -6 -4 -3 7 3 1 15 0 2 42 2 2 1 1 5 0 1 3 4 3 0 0 1 0.69 1.92 179 L -1 0 -5 -4 -3 -1 -2 -4 3 2 2 1 2 1 -3 -4 -1 1 3 0 5 4 0 1 0 3 3 1 6 9 21 8 4 5 2 0 4 2 9 5 0.25 1.90 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