Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -6 -7 -5 -4 -6 -6 -5 1 1 -5 10 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 7 0 86 0 0 0 0 0 0 0 2.50 1.76 2 V 2 -4 -4 -4 1 -3 -3 -5 -4 1 -2 -3 7 -4 -2 -1 -1 -3 -4 4 14 1 1 1 2 1 1 1 0 5 2 1 24 0 2 6 3 0 0 33 0.80 1.93 3 K 0 2 0 0 -4 1 1 -3 -3 -4 -5 5 -2 -4 -1 0 -1 -4 -4 -2 9 9 4 5 0 5 10 1 0 1 1 37 1 1 3 7 4 0 0 3 0.59 1.88 4 E -2 0 -1 3 -3 2 4 -2 -1 -4 -4 3 -3 -3 -2 -1 -2 -4 -1 -4 2 4 3 14 1 9 28 3 1 1 1 17 0 1 2 5 3 0 2 1 0.58 1.91 5 T -2 3 -2 -2 -3 0 -1 -4 -2 -2 -2 4 2 -4 -1 0 3 -3 -2 -2 2 14 2 2 0 4 4 1 1 3 3 24 5 1 3 6 19 0 1 3 0.48 2.01 6 K -4 -3 4 7 0 -3 -1 -4 -3 -6 -6 0 -6 -6 -5 0 1 -7 -4 -6 1 1 17 53 2 0 3 1 0 0 0 5 0 0 0 7 8 0 1 0 1.29 2.11 7 L -3 -5 -5 -6 0 -5 -6 -5 4 -4 1 -5 -3 3 1 -5 -5 3 8 -4 2 0 0 0 2 0 0 1 9 1 15 0 0 12 7 0 0 4 46 0 1.42 2.14 8 Y -5 -5 -5 -7 -4 -5 -6 -6 -1 -4 -4 -5 -4 1 -7 -5 -5 0 10 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 3 0 0 0 0 92 0 2.85 2.15 9 D 1 0 -2 3 -2 1 4 -2 -2 -5 -5 3 -3 -6 -5 0 -2 -4 -5 -4 11 4 1 17 1 6 29 3 1 0 1 15 1 0 0 6 2 0 0 1 0.65 2.17 10 L -2 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -6 -5 5 1 -5 0 -2 -5 -4 0 -3 -4 5 4 1 1 1 1 1 1 0 0 32 13 1 2 2 0 1 7 0 0 33 0.92 2.17 11 L -4 -5 -7 -6 -2 -5 -7 -7 -7 -2 7 -5 0 -2 -5 -6 -5 -2 -4 -2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 92 0 1 1 0 0 0 1 0 1 1.81 2.17 12 G -3 -3 1 -1 -3 0 1 6 -1 -6 -6 -2 -4 -5 -6 -2 -4 -4 -5 -6 1 1 6 3 1 4 10 65 1 0 1 3 0 0 0 2 0 0 0 0 1.33 2.19 13 V -2 -4 -6 -6 0 -5 -6 -6 -7 3 2 -6 -1 -2 -6 -4 -3 -6 -5 6 2 1 0 0 2 0 0 1 0 15 20 0 1 2 0 1 1 0 0 54 1.20 2.17 14 S 0 -1 1 2 -3 0 1 -2 0 -5 -5 1 -3 -5 3 3 0 -4 -4 -4 6 3 7 10 1 4 10 3 2 0 1 8 1 0 14 24 5 0 0 1 0.46 2.19 15 P -2 4 -2 -3 -4 0 0 -4 0 -4 -4 3 -1 -4 4 -1 -2 -2 -2 -3 4 23 1 2 0 5 5 1 2 1 2 17 1 1 23 5 3 1 1 2 0.68 2.20 16 S -2 -2 3 4 -3 -1 0 0 -1 -5 -4 1 -3 -3 -4 2 2 -2 -2 -5 3 2 14 20 1 3 5 8 2 1 2 7 0 1 0 13 14 1 1 1 0.47 2.20 17 A 6 -4 -4 -3 2 -4 -3 -2 -4 -3 -3 -4 -2 -3 -3 0 -2 -3 -4 -1 71 1 0 1 4 0 2 2 0 1 2 0 1 1 1 7 2 0 0 4 1.22 2.19 18 N -2 -3 0 3 -3 -3 -2 -2 -3 -5 -4 -3 -3 -4 -2 5 4 -3 -4 -3 2 1 4 13 0 1 2 2 1 0 2 1 0 1 2 39 26 0 0 1 0.85 2.20 19 E 1 -1 -2 3 -3 3 2 -2 -1 -2 -2 0 -2 -3 1 0 -1 -3 -2 -2 10 3 2 16 1 11 14 3 1 3 5 6 1 1 8 6 4 0 1 3 0.28 2.20 20 Q 1 0 -1 3 -4 1 4 -2 -1 -4 -5 1 -2 -3 -3 0 -1 -3 -4 -3 12 6 3 16 0 5 26 3 1 1 1 9 1 1 1 7 3 0 1 2 0.48 2.21 21 E -2 -2 -3 3 -4 3 6 -3 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -3 -3 -1 -6 -4 -3 4 1 1 15 0 11 45 2 1 1 2 1 1 1 1 1 4 0 0 2 0.86 2.19 22 L -4 -5 -6 -4 -2 -6 -5 -7 -6 7 1 -4 -1 -3 -4 -4 -3 -6 -3 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0 66 12 1 1 1 1 1 1 0 1 7 1.41 2.17 23 K -3 4 -2 -2 -3 0 -1 -4 -1 -4 -4 6 -3 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -4 2 19 2 2 1 3 3 1 1 1 2 51 1 1 1 1 3 1 1 1 1.04 2.24 24 K 0 3 -1 -1 -3 1 -1 -4 -1 -3 -4 5 -3 -4 -4 1 -1 -2 -3 -4 9 14 2 3 1 5 4 1 1 1 2 37 1 1 1 8 3 1 1 1 0.61 2.23 25 G 6 -2 -2 -4 -1 0 -3 -2 -1 -3 -4 -2 -2 -4 -3 0 -2 -2 -2 -2 62 2 2 1 1 4 1 3 1 1 1 2 1 1 1 6 1 1 1 2 0.93 2.22 26 Y -4 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -4 1 -3 -3 -3 -2 4 -6 -4 -3 1 9 -3 1 1 1 1 1 1 0 1 2 1 2 2 1 14 0 1 1 2 62 1 1.76 2.20 27 R -3 6 -2 -3 -2 -1 -2 -4 1 -3 -3 2 -2 -1 -3 -2 -3 0 2 -4 1 47 2 2 1 2 2 1 4 2 3 11 1 2 1 2 1 1 7 1 0.90 2.23 28 K -2 3 0 -1 -1 1 0 -3 1 -2 -3 5 -1 -2 -5 -1 -1 0 -2 -2 4 17 4 3 1 6 4 2 3 2 3 29 1 2 0 5 4 1 2 3 0.45 2.21 29 A -1 0 -2 -3 0 1 -2 -3 -1 -1 4 0 2 -1 -3 -3 -2 1 -1 -1 4 5 2 2 2 6 3 2 2 3 41 6 4 2 2 2 2 2 2 3 0.39 2.21 30 A 5 -1 -2 -3 0 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -2 1 -2 -2 1 -2 -6 -1 0 42 3 2 2 2 2 2 2 2 3 4 2 4 2 2 12 3 0 2 6 0.47 2.21 31 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 32 K -2 2 0 -2 0 2 1 -3 0 -2 -1 4 0 -1 -1 -1 0 1 -1 -1 4 9 4 2 2 8 9 2 2 3 5 21 2 2 3 5 6 2 2 4 0.19 2.14 33 Y -2 -1 -1 -2 2 0 -1 -2 3 -1 0 -1 1 1 -1 -1 -1 5 5 -2 4 3 3 3 3 4 4 3 7 3 8 3 4 5 3 4 4 7 18 3 0.28 2.09 34 H -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 35 P -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -5 0 0 0 -5 -4 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 0 0 6 0.06 1.89 36 D -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 37 K -2 1 0 0 1 0 0 -2 1 -2 -2 4 0 -1 -1 -1 -1 2 0 -1 4 8 4 5 3 4 6 3 4 3 3 22 3 3 3 5 4 2 3 4 0.17 2.17 38 P -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 39 T -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 40 G -1 -2 2 2 1 -1 0 3 1 -2 -3 -1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 6 3 8 12 2 3 6 19 4 3 3 4 3 3 3 5 3 3 2 3 0.16 2.23 41 D -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 42 T -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 43 E -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 44 K -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 45 F -2 -2 -1 -2 1 -1 -2 -2 1 -1 -2 0 2 6 -2 -2 -2 2 1 -2 4 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 6 5 31 3 3 3 3 5 3 0.45 2.23 46 K -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 47 E -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 48 I -2 -5 -1 -2 1 -1 -2 -2 0 4 1 -2 1 0 -5 -2 -1 -5 0 2 4 0 3 3 3 3 3 3 3 25 12 3 3 3 0 4 3 0 3 15 0.32 2.08 49 S -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 50 E -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 51 A 5 -2 -5 -2 1 -1 -2 -2 0 -1 -2 -2 0 -1 -1 -1 -1 -5 -1 -1 45 3 0 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 3 0 3 3 0.48 2.13 52 F -3 -1 -1 -3 0 -1 -3 -3 2 -1 -3 -2 0 3 -6 -3 -2 4 7 -2 2 3 3 2 2 2 2 2 5 4 2 3 3 9 0 2 2 5 40 2 0.92 2.15 53 E 0 -2 0 3 -1 1 4 -3 -1 -2 -4 0 -1 -3 -3 0 -1 -6 -2 -3 7 2 4 13 1 7 30 2 1 3 1 4 1 1 1 8 3 0 2 2 0.41 2.16 54 I -2 -3 -2 -3 0 -3 -2 -4 -2 4 -1 -3 0 -2 -6 -3 2 -1 -2 5 3 1 2 1 2 1 3 1 1 21 5 1 2 1 0 1 12 1 1 33 0.60 2.16 55 L -3 -3 -6 -6 -5 -5 -6 -4 -6 0 6 -5 0 -1 -6 -3 -4 -5 -1 -1 3 2 0 0 0 0 0 2 0 5 73 0 2 2 0 2 0 0 2 3 1.18 1.98 56 N -1 1 -1 -3 -1 -1 -3 0 -1 -2 -1 0 0 -3 -3 5 2 -6 -3 -3 4 7 2 1 1 3 1 7 1 2 6 6 2 1 1 36 10 0 1 2 0.40 2.01 57 D -3 -3 3 7 -2 -2 -1 -4 -1 -4 -5 -3 -3 -6 -3 -2 -2 -2 -3 -3 2 1 11 61 1 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 3 2 1 1 2 1.28 2.02 58 P 1 -2 -2 0 -3 -1 2 -3 -2 -3 -4 1 -3 -3 6 -1 -1 -6 -3 -3 11 2 1 6 1 2 12 2 1 1 1 9 1 1 32 4 3 0 1 2 0.59 2.04 59 Q 0 0 1 1 -3 2 4 -3 0 -2 -3 2 -1 -4 -4 0 0 -2 -2 -1 7 5 6 9 1 10 24 2 2 2 2 10 2 1 1 6 6 1 1 5 0.34 2.07 60 K -1 3 -2 -3 -3 0 0 -4 -2 -3 -1 6 -1 -4 -4 0 -1 -2 -3 -4 4 12 1 1 1 3 5 1 1 2 6 48 1 1 1 6 4 1 1 1 0.83 2.11 61 R -4 8 -3 -4 -4 -1 -2 -5 -2 -5 -5 2 -3 -6 -5 -4 -4 -1 -4 -5 1 79 1 1 0 1 1 1 1 1 1 9 1 0 0 1 1 1 1 1 1.91 2.12 62 E 3 3 -1 -1 -3 1 1 -1 0 -4 -3 3 -2 -2 -4 0 -1 -3 -3 -4 22 16 3 4 0 6 10 4 2 1 3 15 1 2 1 6 3 0 1 1 0.40 2.13 63 I 2 1 0 -2 -3 2 1 -4 -1 2 0 1 0 -3 -5 -1 -2 0 -3 0 14 9 5 3 1 8 10 1 1 13 10 7 2 1 0 3 2 1 1 6 0.21 2.14 64 Y -5 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -6 1 -3 -3 -4 -3 2 -5 -4 -4 1 9 -3 1 1 1 0 1 1 1 1 2 1 2 1 0 6 1 1 1 2 79 1 2.30 2.12 65 D -4 -3 1 8 -4 -2 0 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -7 -5 -3 -4 -7 -3 -6 1 1 5 77 0 2 4 1 1 1 1 3 0 0 0 1 1 0 1 0 1.85 2.12 66 Q -1 4 0 -2 -3 4 1 -4 0 -3 -2 3 0 -2 -4 -1 -2 -3 -3 -4 5 23 5 2 0 19 8 1 2 2 3 15 2 2 0 4 2 0 1 1 0.58 2.11 67 Y -3 0 -2 -4 -3 -1 -3 1 2 -2 -2 -2 -1 5 -5 -2 0 1 6 -1 2 6 2 1 1 2 2 11 5 2 4 2 1 19 0 3 6 1 25 4 0.64 2.07 68 G -3 1 -3 -1 -2 -2 -2 6 -2 -4 -2 -3 -3 -5 -4 -2 -4 -3 -3 -4 1 7 1 4 1 2 3 65 1 1 5 1 1 1 1 2 1 0 1 1 1.20 2.07 69 L -1 0 0 -1 -2 0 3 -4 5 0 -1 0 2 0 -1 -1 -2 -3 -1 -2 6 5 4 3 1 3 20 1 13 6 8 7 4 4 4 5 3 0 2 2 0.29 2.05 70 E 1 0 0 3 -4 2 3 -2 0 -4 -4 -1 -1 -4 0 0 -1 0 -2 -4 13 5 4 16 0 9 21 3 2 1 1 3 2 1 6 7 3 1 1 1 0.42 2.04 71 A 3 -1 -1 1 -3 -1 -2 4 -2 -2 -4 -3 -2 -3 -1 0 -2 1 -3 -3 27 4 3 7 1 2 3 27 1 3 2 1 1 1 3 6 2 2 1 2 0.47 2.06 72 A 1 -1 -1 -2 -3 -1 -2 0 -3 1 2 -3 1 2 -3 0 -2 -1 -1 1 12 3 3 2 0 3 3 9 1 6 22 1 3 7 2 9 3 1 2 8 0.17 2.07 73 R -1 4 0 0 -4 2 1 -1 0 -5 -4 4 -2 -1 -1 0 -1 -2 -1 -4 4 21 4 6 0 8 9 4 2 0 1 20 1 2 3 6 3 1 2 1 0.44 2.06 74 S 1 -1 1 -1 -4 3 1 2 -1 -5 -4 -1 -1 -2 1 2 -1 -2 -3 -4 9 4 7 3 0 13 9 15 2 0 1 4 2 2 6 16 4 1 1 1 0.31 2.10 75 G 0 -1 -1 0 -5 0 -1 6 0 -5 -5 -2 -1 -3 -2 0 -2 -4 -2 -4 9 4 3 4 0 4 4 49 2 1 1 2 2 1 2 8 2 0 2 1 0.79 2.08 76 G 1 -1 0 -2 -4 0 -2 6 0 -2 -5 -3 -1 0 -2 0 -2 -2 -4 -3 9 4 4 2 0 4 2 48 3 2 1 1 2 4 2 6 2 1 0 2 0.74 2.06 77 P 1 -2 -1 -2 -4 2 -3 1 -1 -5 -5 -3 0 -2 6 0 -1 -4 -2 -4 11 3 3 2 0 8 1 12 2 0 0 1 3 2 37 8 4 0 1 1 0.77 2.07 78 S 0 1 1 2 -4 -1 -2 3 -2 -5 -5 -3 -3 -2 0 3 1 -4 -4 -4 7 7 6 10 0 2 2 24 1 0 1 1 1 2 4 22 8 0 0 1 0.48 2.08 79 F -1 -2 -4 -4 -3 -3 -4 1 0 -3 -3 -4 1 7 -3 -1 -2 3 4 -2 6 2 1 1 0 1 1 12 2 1 2 1 3 41 1 5 3 4 12 2 0.93 2.03 80 G -1 1 1 3 -6 -1 -3 6 -2 -6 -6 -2 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -5 -5 4 7 6 15 0 3 1 50 1 0 0 2 1 1 1 3 3 0 0 0 0.96 2.02 81 P -4 -6 -6 -5 -6 -5 -5 -6 -6 -6 -7 -4 -6 -7 9 -4 -5 -7 -7 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 3.18 1.84 K Lambda Standard Ungapped 0.1328 0.3093 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1571 0.3186 PSI Gapped 0.0481 0.2670