Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 -2 -2 2 -6 5 6 -4 -2 -6 -5 -1 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 9 0 25 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.40 0.99 2 Y -4 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -2 -5 2 2 -6 -5 -4 10 7 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 5 6 0 0 0 46 38 0 2.29 1.17 3 K -4 6 -1 -4 -6 0 -2 -4 1 -5 -4 6 -4 -5 -4 -3 -3 0 -2 -5 0 41 2 0 0 3 0 0 4 0 1 46 0 0 0 0 1 1 1 0 1.28 1.18 4 M 4 0 -2 -1 -4 4 2 -3 -2 -3 -4 0 0 -5 -4 0 -1 -5 -4 -3 40 4 1 3 0 20 15 1 1 1 1 3 2 0 0 4 3 0 0 1 0.64 1.18 5 M -1 -4 -3 -3 -1 0 -4 -5 5 -2 -1 -4 5 5 -5 -3 -4 -2 5 -3 5 0 0 1 2 5 0 0 16 2 4 0 15 27 0 1 0 0 23 0 1.01 1.20 6 M -3 0 -2 -1 -5 2 4 -5 -3 -3 -2 4 5 -5 -4 -3 -2 -5 -4 -1 1 4 1 2 0 9 28 0 0 1 3 26 18 0 0 0 2 0 0 5 0.75 1.20 7 A 5 -1 1 -4 -4 -2 -1 -3 -4 -3 -2 2 -2 -3 -4 1 -2 -5 -4 -2 60 2 7 0 0 1 3 0 0 1 3 12 0 1 0 7 1 0 0 1 0.79 1.20 8 R -2 8 -3 -3 -6 -1 -2 -4 -1 -6 -5 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 3 90 0 1 0 1 1 1 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.88 1.20 9 V 3 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -5 3 -1 -1 0 -4 -4 -2 -1 -5 -4 5 31 1 0 0 0 0 0 1 0 15 3 3 2 0 0 1 3 0 0 39 0.76 1.22 10 A 0 0 1 2 -5 2 2 -3 0 -5 -5 6 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 10 2 5 10 0 8 13 1 2 0 0 48 0 0 0 1 0 0 0 0 0.88 1.23 11 A 4 0 -1 -2 -4 1 1 -2 -2 -4 -4 3 -3 -5 -4 0 -1 -5 -3 -2 43 3 2 1 0 7 8 1 1 0 1 20 1 0 0 7 3 0 1 3 0.63 1.23 12 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 -1 6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 2 1 0 0 0 0 0 0 1.63 1.23 13 P -2 -5 -5 -4 -5 -2 -4 -2 -5 -5 -6 -4 -5 -6 9 -2 -2 -6 -6 -5 1 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0 92 1 2 0 0 0 2.60 1.25 14 E 2 -1 0 1 -5 0 4 -1 0 -4 -4 2 -4 -6 2 0 -1 -6 -5 -3 18 2 4 6 0 2 27 4 2 0 1 11 0 0 11 6 2 0 0 1 0.49 1.25 15 D -3 -2 2 6 -6 -2 3 -2 -1 -6 -6 -3 -5 -6 3 -1 -3 -6 -5 -6 1 1 7 52 0 1 15 3 2 0 0 0 0 0 13 4 0 0 0 0 1.17 1.25 16 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 3 -4 -3 -4 -4 2 -6 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 1 0 0 3 0 0 0 0 89 0 2.37 1.25 17 Q -2 5 -2 -4 -2 5 -1 -2 1 -5 -2 1 -3 -3 -4 -2 -3 -2 2 -4 3 37 1 0 1 32 1 3 3 0 4 6 0 1 0 1 1 0 7 0 0.94 1.25 18 F 2 -3 0 -2 -4 0 1 -3 -1 3 -2 0 -1 1 -4 0 2 -5 -1 -1 17 1 5 2 0 3 9 1 1 17 3 6 1 7 0 5 16 0 1 4 0.24 1.25 19 V 5 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -5 -1 -3 -4 -3 -4 -3 -1 0 -5 -4 4 52 0 0 2 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 0 2 6 0 0 35 0.95 1.25 20 F 1 -5 -4 -6 -3 -3 -5 -4 -2 0 -2 -5 1 2 -5 -4 -3 8 7 0 13 0 1 0 0 1 0 1 1 4 3 0 3 8 0 0 0 20 37 8 1.21 1.25 21 K -2 1 0 1 -2 1 4 -2 -2 -5 -5 5 -3 -6 -4 -3 -2 -6 -3 -5 3 7 4 7 1 5 26 3 0 0 0 41 0 0 0 0 2 0 0 0 0.85 1.25 22 K 4 -2 -3 -2 -4 1 4 -2 -3 -4 -5 2 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -5 -4 45 1 0 0 0 4 32 2 0 0 0 15 0 0 0 1 1 0 0 0 0.91 1.25 23 I -4 -5 -6 -6 -1 -3 -5 -6 -2 6 2 -5 4 0 -5 -5 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 1 1 0 0 1 54 17 0 10 3 0 0 0 0 0 11 1.12 1.25 24 Q -2 0 1 -1 -3 6 3 -4 0 -4 -5 3 -4 -2 -4 -2 -1 -5 -3 -4 2 2 6 2 1 42 22 0 1 1 0 15 0 2 0 1 3 0 1 0 0.95 1.25 25 N -1 5 1 -2 -5 -1 -2 -2 0 -2 -3 4 -4 -5 -4 0 -1 -6 -4 -4 5 34 7 1 0 1 1 3 2 3 2 32 0 0 0 6 3 0 0 1 0.79 1.25 26 Y -4 -4 2 -4 -5 -4 -4 -5 3 -4 -4 -3 -4 1 -5 -3 -4 -1 9 -4 0 0 10 0 0 0 0 0 7 0 0 1 0 2 0 1 0 0 79 0 2.01 1.25 27 M -3 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 6 3 -5 -5 -3 -4 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 8 51 0 21 12 0 0 1 0 1 4 1.08 1.24 28 W -3 -4 -4 -5 -4 -2 -4 -5 -2 -2 -1 -4 5 4 -5 -3 -1 10 2 -3 1 0 1 0 0 2 0 0 1 1 4 0 16 20 0 2 4 40 6 1 1.61 1.18 29 N -3 0 3 -3 -5 0 0 -3 3 -1 -3 3 -1 -3 1 0 1 -4 4 -2 1 4 13 1 0 3 4 1 7 3 2 17 1 0 7 6 8 0 16 3 0.40 1.24 30 F 0 -3 -3 -5 -2 -4 -3 -1 4 0 -2 -4 -1 6 -5 -1 -1 0 4 2 9 1 1 0 1 0 1 4 9 4 1 0 1 31 0 5 3 1 12 16 0.66 1.24 31 S 2 -2 -3 -3 -4 -4 -4 5 -4 -3 -4 -4 -4 -5 -3 2 0 -5 -5 -2 15 2 0 1 0 0 0 52 0 2 1 0 0 0 1 16 5 0 0 4 0.92 1.23 32 A 1 -3 -2 4 -3 -3 -2 2 -4 -1 -3 0 -3 -5 4 0 -1 -5 -2 -2 11 1 1 21 0 0 1 15 0 4 3 5 1 0 23 6 3 0 1 3 0.54 1.21 33 G -2 -4 -2 -2 -4 -4 -4 3 -2 1 -1 -4 -2 4 -4 -1 2 -4 -2 2 2 0 2 2 0 0 1 22 1 7 5 0 1 21 1 5 13 0 0 18 0.49 1.22 34 N -2 -2 1 5 -5 -1 1 -2 -3 -5 -5 -1 -4 -3 -1 2 3 -6 -4 -4 1 2 4 36 0 1 9 3 0 0 0 4 0 1 2 14 20 0 0 1 0.73 1.23 35 G -2 -5 -3 -3 -5 -4 -4 6 0 -5 0 -4 -3 -4 -3 -2 -2 7 -4 -4 2 0 1 1 0 0 0 63 2 0 11 0 0 0 1 2 2 14 0 1 1.29 1.24 36 M -1 4 -1 3 -3 1 1 -2 -3 -4 -3 0 2 -1 -1 -1 0 1 0 -2 6 21 2 18 0 6 7 3 0 0 2 4 7 3 3 4 6 2 3 3 0.33 1.17 37 D -1 -2 4 4 -4 -1 2 -2 -3 -2 -3 -2 -4 -4 -4 1 1 -5 -4 -1 5 1 22 23 0 2 11 2 0 3 3 1 0 0 0 12 10 0 0 4 0.53 1.16 38 M -2 -4 -2 -1 -2 -4 -4 1 -3 1 4 -3 5 0 -5 -1 0 -3 -3 0 2 0 2 4 1 0 1 11 1 7 36 1 18 3 0 4 5 0 0 4 0.53 1.20 39 L -1 -2 -3 -3 -4 -3 -1 -4 -1 1 2 0 6 0 -4 -1 1 -4 -1 2 6 1 1 1 0 0 4 0 2 8 15 6 22 3 0 5 7 0 2 16 0.44 1.19 40 H -1 2 -1 0 -5 1 1 -1 1 -4 -4 0 -4 0 4 0 1 -5 -3 -2 5 13 2 4 0 7 8 5 4 0 1 4 0 5 23 8 9 0 1 3 0.41 1.22 41 I -2 -5 -5 -6 -1 -4 -4 -5 -5 5 2 -5 6 -3 -2 -4 -2 -5 -3 2 2 0 0 0 1 0 1 1 0 38 15 0 24 0 2 0 1 0 1 14 0.99 1.23 42 Q -2 -4 -5 -6 -4 0 -5 -6 -1 -1 5 -5 2 5 -5 -4 -3 -1 -1 -1 3 0 0 0 0 5 0 0 2 2 53 0 5 25 0 0 1 1 1 2 0.96 1.24 43 Y -2 -2 1 3 -3 0 3 1 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -2 1 1 -2 1 -3 2 2 6 19 0 4 17 12 0 1 1 2 0 0 2 13 9 1 6 2 0.39 1.24 44 E -2 -4 1 5 -6 -1 2 4 0 -6 -6 -3 -5 -6 -4 0 -3 -6 -5 -4 2 0 5 40 0 2 13 29 2 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 1 0.98 1.25 45 L 0 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -1 4 4 -5 0 0 -5 -4 -3 -5 -3 3 7 0 0 0 0 0 0 0 2 25 40 0 1 4 0 1 0 0 0 21 0.86 1.25 46 I 2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 3 4 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -2 2 18 0 0 1 0 0 0 0 0 14 50 0 0 0 0 0 2 0 1 14 0.83 1.25 47 D -2 -4 -2 6 -4 -2 3 2 -1 -4 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -4 -4 3 0 0 55 0 1 21 14 2 1 0 0 0 0 0 3 1 0 0 1 1.20 1.25 48 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 0 6 -5 3 3 -6 -5 -4 -1 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 78 0 5 11 0 0 0 1 0 1 1.34 1.25 49 F -5 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -2 3 -6 0 8 -6 -5 -5 6 0 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 25 0 1 63 0 0 0 10 0 0 1.69 1.25 50 E -3 -2 -3 -1 -6 1 7 -5 -3 -6 -3 -2 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 1 1 0 1 0 3 91 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.78 1.25 51 A 0 2 -1 0 -5 3 5 -3 -3 -4 -4 -1 -2 -6 -4 -1 -2 -5 -5 -2 7 12 2 3 0 16 47 1 0 1 1 1 1 0 0 4 2 0 0 3 0.83 1.25 52 G 4 -3 -2 -4 -2 -3 -3 4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 3 2 -5 -5 -4 35 1 1 0 0 0 1 31 0 0 0 0 0 0 0 19 12 0 0 0 0.85 1.25 53 A 6 -4 -4 -4 -3 0 -3 -3 -4 -3 -4 -2 -3 -5 -4 0 -2 -5 -4 2 72 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 2 0 0 0 6 1 0 0 14 1.11 1.25 54 A 5 -3 -3 -4 -3 -1 -1 -2 -3 0 -2 -2 -2 -2 -4 0 -1 -5 -4 0 62 1 1 0 0 2 4 2 0 5 3 2 1 2 0 5 3 0 0 7 0.77 1.25 55 E -1 0 2 6 -6 0 3 -3 -1 -4 -3 -3 -2 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 6 4 9 47 0 3 19 1 1 1 3 0 1 0 0 3 1 0 0 0 0.95 1.25 56 G -2 -3 1 -1 -5 0 -2 7 0 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -2 -6 1 1 8 2 0 5 2 75 2 0 0 2 0 0 0 1 0 0 2 0 1.43 1.25 57 R -3 2 -3 -3 -5 4 0 -5 -3 -1 -1 4 -3 -5 -4 -1 3 -5 -4 0 1 11 0 1 0 17 3 0 0 4 6 27 0 0 0 2 22 0 0 6 0.63 1.25 58 Q -1 -1 -1 0 -5 -1 -1 1 1 -5 -5 1 -5 -6 5 3 -1 -6 -5 -4 4 4 2 5 0 2 4 11 4 0 0 9 0 0 32 21 3 0 0 1 0.73 1.25 59 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 3 1 -5 -2 -3 -3 -4 -3 -5 -4 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 16 8 0 0 0 1 0 0 0 0 73 1.34 1.25 60 L -1 4 -2 -2 -5 2 0 -3 2 -2 3 0 -2 -3 -4 -1 1 -5 -2 -2 4 22 1 2 0 10 4 2 5 1 26 5 1 0 0 3 10 0 1 1 0.39 1.25 61 D 0 -3 -1 5 -5 1 5 -2 -2 -5 -4 -2 -4 -4 -4 -1 -1 -6 -5 -4 8 0 2 32 0 4 43 2 0 0 1 0 0 1 0 4 3 0 0 1 0.99 1.16 62 I -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 2 -5 -1 -1 -5 -4 -3 -5 -4 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 29 17 0 1 2 0 0 0 0 0 49 1.09 1.16 63 T -3 -5 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 2 -4 -1 -3 -5 -3 4 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 20 0 0 1 0 0 31 0 0 32 0.86 1.16 64 G -2 -5 -3 -3 -5 -4 -4 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -3 -5 -6 -6 0 0 0 1 0 0 1 97 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2.07 1.16 65 E -2 -2 1 5 -5 -1 4 -1 -2 -6 -6 -1 -5 -6 -1 0 0 -6 -5 -5 2 2 5 38 0 1 31 4 1 0 0 3 0 0 2 7 5 0 0 0 0.91 1.16 66 D -4 -4 1 8 -6 -3 0 -4 -3 -6 -6 -2 -6 -6 -4 -3 -3 -7 -6 -6 0 0 5 92 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2.06 1.16 67 V -2 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 3 -1 -3 1 -4 5 -3 -3 -5 -2 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 18 4 1 3 0 29 1 0 0 2 40 1.02 1.16 68 A 4 -2 -3 -3 -4 -2 0 -1 -4 -1 -3 2 -3 -5 -2 -1 -1 -5 -4 3 42 2 0 1 0 1 5 5 0 3 0 12 0 0 2 3 2 0 0 24 0.57 1.16 69 S 3 -3 -3 1 -4 -2 4 2 -4 -4 -3 0 -4 -5 -4 -1 0 -5 -5 -3 31 0 0 6 0 0 31 16 0 1 2 4 0 0 0 3 5 0 0 1 0.65 1.16 70 F -5 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -2 -2 -6 -2 9 -6 -5 -5 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 98 0 0 0 0 1 0 2.38 1.16 71 A 4 -5 -5 -5 9 -4 -5 -4 -5 0 -4 -4 -3 -5 -4 0 -2 -5 -5 0 37 0 0 0 46 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 5 1 0 0 6 1.49 1.16 72 D 0 -3 -1 6 -5 -2 4 -4 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 0 -1 -6 -5 -4 8 0 1 48 0 0 28 0 0 0 1 1 0 0 0 8 2 0 0 1 1.09 1.16 73 E 3 -3 1 2 -4 0 4 0 -3 -5 -4 -2 -4 -5 -4 0 2 -5 -5 -3 27 0 6 13 0 3 26 5 0 0 1 1 0 0 0 6 11 0 0 1 0.57 1.16 74 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -3 1 5 -5 1 5 -6 -5 -3 -3 0 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 8 57 0 3 25 0 0 1 0 2 2 1.10 1.15 75 V 3 -5 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -5 3 3 -4 3 -2 -5 -3 -2 -5 -4 3 26 0 0 0 0 1 0 0 0 17 24 0 6 1 0 0 1 0 0 23 0.69 1.15 76 A 1 3 -2 1 -5 2 0 3 0 -3 -4 3 -4 -5 -4 1 -3 -5 -4 -4 12 13 1 8 0 8 4 19 2 2 1 19 0 0 0 10 0 0 0 1 0.45 1.13 77 N -2 -3 4 5 -5 2 2 3 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -4 -5 3 0 23 29 0 10 11 19 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0.86 1.11 78 A 3 -2 -1 -3 -2 0 3 1 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -3 3 0 -5 -1 -3 32 2 3 0 0 3 21 9 0 0 0 1 0 0 0 22 3 0 3 1 0.54 1.03 79 K -2 3 -1 -2 -5 1 2 -2 -3 -5 -5 6 -4 -5 1 -2 -1 -5 -4 -5 3 14 2 1 0 4 13 2 0 0 0 52 0 0 5 1 2 0 0 0 0.90 1.01 80 T -2 1 1 -3 -3 1 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -3 3 6 -5 -4 -3 1 7 6 0 0 7 0 0 0 0 0 1 0 0 0 22 57 0 0 1 0.95 0.97 81 Y -4 -1 -5 -6 -5 -4 -5 -5 -2 -4 -3 -4 -3 3 -6 -4 -4 10 7 -4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 9 0 0 0 44 41 0 2.17 0.94 82 V -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 3 -2 -4 -3 3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 6 0 10 0 0 0 20 0 0 13 0.80 0.68 K Lambda Standard Ungapped 0.1349 0.3216 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2106 0.3163 PSI Gapped 0.0645 0.2670