Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -3 -2 -1 -3 -4 -1 -2 -4 7 -3 -3 -2 -2 1 -4 -2 -3 0 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 0 1.22 0.31 2 S -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -3 6 3 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 16 0 0 0 1.29 0.93 3 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -2 9 -6 -3 -4 -1 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 1 0 0 7 0 2.07 0.97 4 Y -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -3 1 -4 -3 -4 -3 2 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 95 0 2.26 0.97 5 Q -3 0 0 0 -5 5 0 -3 7 -5 -3 0 -3 -4 -4 0 0 -5 -2 -5 1 5 2 5 0 29 5 1 36 0 2 4 0 0 0 5 5 0 0 0 0.99 0.97 6 F -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -3 -5 -3 6 -6 -4 -4 8 7 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 21 47 0 1.90 0.97 7 V 0 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -5 3 5 -4 4 -2 -5 -3 -2 -4 -3 1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 14 55 0 12 0 0 1 1 0 0 7 0.90 1.05 8 M -3 -2 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -4 0 3 -1 9 -2 -5 -3 -3 -4 -3 1 0 1 0 0 0 2 0 0 0 3 21 4 59 0 0 1 0 0 0 8 1.30 1.06 9 T -1 2 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -3 -3 -3 3 -3 -5 -4 1 6 -5 -4 -3 3 11 1 0 0 2 0 0 0 1 2 18 0 0 0 11 52 0 0 0 0.87 1.06 10 V -3 -1 -1 -4 -5 4 0 -5 2 -2 0 -1 -2 4 -5 -2 -3 -2 5 -1 2 2 3 0 0 24 6 0 5 1 11 2 0 18 0 1 0 0 23 4 0.69 1.06 11 R -4 7 -3 -4 -5 -1 -2 -5 -3 -3 -4 1 -1 -5 -3 -3 -3 -5 -4 0 0 82 0 0 0 1 1 0 0 1 0 4 2 0 1 0 0 0 0 8 1.57 1.06 12 G -1 -3 4 1 -5 0 1 5 3 -6 -6 -1 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -5 3 1 24 9 0 4 7 40 7 0 0 3 0 0 1 1 1 0 0 0 0.85 1.06 13 R 0 2 0 -2 -5 -2 -1 0 -2 -5 -4 2 -3 -5 6 1 -2 -5 -3 -3 10 11 4 1 0 0 2 6 0 0 1 13 0 0 36 10 2 0 1 2 0.76 1.07 14 H -1 1 2 1 -5 -1 -1 -4 3 -5 -4 5 -3 -5 1 1 -1 -5 -2 -3 4 6 10 8 0 1 3 0 8 0 1 36 0 0 7 9 4 0 1 2 0.57 1.07 15 D -3 -2 2 7 -5 -3 0 -3 -3 -2 -5 -2 -5 -6 -2 1 0 -6 -5 -5 0 2 10 65 0 0 2 1 0 2 0 1 0 0 1 11 6 0 0 0 1.25 1.07 16 D -1 -2 -1 4 -5 -1 3 -3 2 -4 -3 -2 -3 -5 5 -1 -3 -6 -4 -4 5 1 1 27 0 2 23 1 6 1 2 1 1 0 25 3 1 0 0 1 0.84 1.07 17 K -1 0 -2 -2 -4 -1 0 -5 -2 4 0 1 0 0 -4 -3 -2 -5 -2 3 4 4 2 2 0 2 8 0 1 29 6 12 2 5 0 1 2 0 1 20 0.41 1.07 18 G 3 -1 -2 -3 -2 1 -1 3 -4 -4 -4 -1 -2 -5 -3 3 1 -5 -4 -1 24 3 1 0 1 6 3 20 0 0 0 3 1 0 1 25 8 0 0 4 0.51 1.07 19 R -1 3 0 2 -5 3 2 -3 1 1 -2 0 0 -4 -4 -1 -2 -5 -2 0 4 17 3 11 0 18 11 1 4 10 4 5 2 0 0 3 2 0 1 5 0.35 0.91 20 L -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -4 -1 4 -5 -1 7 -5 -4 0 -2 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 0 0 52 0 0 7 0 0 0 1.23 0.91 21 A 6 -4 -4 -4 1 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 -2 94 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.36 0.91 22 E -2 -1 5 4 -5 0 3 -2 0 -5 -5 0 -4 -5 -4 -2 -1 -5 -2 -5 2 2 37 21 0 3 20 1 2 0 0 6 0 0 0 0 4 0 1 0 0.85 0.91 23 E 1 -3 3 2 -1 0 0 -1 3 -3 0 -2 -2 -2 -4 0 -2 6 -1 -3 13 0 13 15 1 5 7 4 7 1 10 1 1 1 0 7 1 10 2 1 0.36 0.91 24 I 4 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -3 -4 3 -1 -3 4 -3 -4 -2 -1 -5 -4 2 48 0 0 0 0 0 0 0 0 19 2 0 15 0 0 0 1 0 0 15 0.77 0.91 25 F 1 -4 -4 -5 -4 -1 -3 -2 0 -3 -2 -4 -2 7 -5 0 -3 -1 4 -1 13 0 0 0 0 3 1 2 2 0 1 0 0 52 0 6 0 0 16 3 1.01 0.91 26 D -2 1 0 1 -2 2 2 -4 3 0 1 1 -2 1 -4 -2 -2 -4 2 -3 2 7 4 10 1 8 14 1 8 6 16 8 1 6 0 1 1 0 7 0 0.25 0.91 27 D -2 -3 1 7 -5 -2 2 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 4 0 4 84 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 0.75 28 L -2 -2 -2 1 -4 2 -2 -2 7 -1 0 -2 -1 -3 0 1 0 -4 -1 -2 1 1 0 9 0 9 0 2 37 5 10 0 1 0 4 10 7 0 1 1 0.62 0.75 29 A 1 -3 2 2 -3 1 -1 0 -3 -4 -3 -2 0 -4 -2 3 3 -4 -2 -2 10 0 8 11 0 6 1 6 0 0 1 0 3 0 1 31 18 0 1 1 0.43 0.75 30 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 8 -6 -4 -4 -1 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 9 0 1.88 0.75 31 P -3 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 9 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.73 0.75 32 K -3 3 -2 -3 -5 -1 -1 -4 -3 -1 -4 7 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 15 0 0 0 0 0 0 0 5 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.75 33 H -2 -1 -1 -1 -4 5 1 -3 6 -3 -3 -1 -1 -2 -3 -1 0 -3 2 -3 1 1 2 3 0 38 9 1 22 1 1 1 1 1 0 3 5 0 8 1 0.74 0.75 34 D 1 -3 -2 -1 -3 -1 2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 5 2 -4 -4 -3 12 0 0 2 0 1 16 0 0 1 2 0 0 0 0 52 11 0 0 0 0.73 0.86 35 D -2 1 2 2 -4 2 1 -2 -1 -4 -4 2 -1 -3 -3 0 3 -5 -3 -2 2 6 10 14 0 10 7 2 1 0 0 15 2 1 0 7 20 0 1 2 0.42 0.89 36 D -3 -3 2 7 -5 -2 1 -2 1 -4 -5 -2 -5 -5 -4 1 -1 -6 -4 -5 1 0 11 64 0 1 5 1 4 1 0 1 0 0 0 8 3 0 0 0 1.21 0.89 37 F -4 -3 -5 -5 -5 -4 -5 -5 0 -1 -2 -4 -2 6 -5 -4 -4 0 7 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 42 0 0 0 0 52 0 1.67 0.89 38 N -3 -3 1 5 -5 0 3 -1 5 -5 -5 -2 -4 -5 -1 -1 -2 -5 -1 -5 1 0 5 40 0 3 21 5 17 0 0 0 0 0 3 2 2 0 2 0 0.91 0.89 39 I -2 0 0 0 -3 1 6 -3 -2 -2 -3 0 -3 -5 0 -1 0 -5 -4 -2 2 4 4 2 1 3 62 1 0 2 2 4 0 0 4 2 6 0 0 2 0.86 0.89 40 L -2 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 45 40 0 0 0 0 0 0 0 0 11 1.01 0.89 41 S -1 -1 0 -3 0 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -4 -3 6 0 -5 0 -3 1 4 3 0 2 0 0 0 0 5 3 0 0 0 0 78 2 0 3 0 0.99 0.89 42 D -2 3 2 4 -5 1 1 -3 2 -5 -4 1 -4 -5 -4 1 1 -5 -4 -4 1 20 9 21 0 4 9 1 4 0 1 7 0 0 0 13 8 0 0 1 0.54 0.89 43 Y -4 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 2 -3 -3 -4 -3 2 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 5 0 0 0 0 92 0 2.15 0.89 44 I -3 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 1 0 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 78 0 3 3 0 0 0 0 0 4 1.15 0.89 45 E -3 -2 -2 -1 -6 2 7 -4 1 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 0 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 7 83 0 3 0 0 3 0 0 0 0 5 0 0 0 1.42 0.89 46 T 0 -2 -3 0 -3 -1 3 -4 -2 -2 2 -2 3 -1 -4 -1 1 4 -1 -2 8 1 0 6 0 2 21 0 1 0 26 1 9 2 0 4 9 6 1 0 0.37 0.89 47 H -3 -1 6 -1 -5 2 1 -2 3 -5 -3 0 -4 -3 -4 0 -2 -5 0 -5 0 1 54 1 0 8 8 1 7 0 3 5 0 1 0 6 1 0 4 0 0.91 0.89 48 G 4 -4 -3 -3 -3 -2 -3 3 1 -2 -3 -3 -3 -4 0 1 -1 -5 -4 1 38 0 0 1 0 1 0 26 3 2 1 0 0 0 5 10 3 0 0 9 0.60 1.00 49 D 0 -2 1 3 -4 -1 -1 -1 2 -4 -4 -3 -2 -4 3 2 1 -4 2 -3 6 2 6 16 0 2 4 5 6 0 1 0 1 0 14 19 10 0 7 1 0.41 1.00 50 F -3 -4 -4 -2 2 -4 -2 -3 2 -2 -2 -4 -3 5 -1 -1 -4 -1 7 -3 1 0 0 2 4 0 3 1 5 1 2 0 0 24 4 5 0 0 47 0 1.15 1.00 51 T 0 -4 0 -1 -4 0 -2 -2 -2 -1 4 -3 -2 -2 1 2 1 -4 -2 -1 7 0 4 3 0 5 1 2 1 3 41 0 0 0 6 15 8 0 1 4 0.35 1.00 52 L -3 -1 -1 1 -4 0 2 -1 0 -1 -1 -1 3 2 3 0 -1 -4 -2 -1 1 2 2 7 0 3 13 6 3 3 6 4 9 12 17 7 3 0 1 4 0.26 0.95 53 P 3 -2 3 -3 -3 -3 -2 -1 -3 -4 -3 -2 -2 -3 1 4 1 -2 -2 -3 22 1 13 0 0 0 1 2 0 0 2 1 1 1 7 40 6 1 1 0 0.62 1.00 54 M -1 -4 -4 -5 -4 0 -4 -5 -4 1 3 -4 8 -2 -5 -2 -1 -4 -3 0 5 0 0 0 0 4 0 0 0 6 29 0 46 0 0 2 4 0 0 4 1.05 1.00 55 S 0 -1 1 1 -4 -1 1 0 -2 -3 -3 0 -2 -5 -4 3 3 -5 -2 -1 7 3 7 7 0 2 8 7 0 1 1 4 0 0 0 26 22 0 1 5 0.39 1.00 56 V 0 -4 -4 -1 2 -1 -2 -5 -2 4 0 -4 -2 -3 -4 -3 2 -5 -2 3 7 0 0 4 5 3 2 0 1 29 8 0 0 0 0 0 16 0 1 23 0.54 1.00 57 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -6 -3 -2 0 -5 -2 9 -6 -5 -4 -1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 90 0 0 0 0 2 0 2.02 1.00 58 D -1 -3 -1 8 -6 -2 0 -4 -3 -5 -6 0 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 4 0 0 90 0 0 1 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.84 1.00 59 D -1 1 -1 4 -5 2 4 -3 0 -4 -4 1 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -5 4 7 1 27 0 9 35 0 2 0 1 7 0 0 0 4 1 0 0 0 0.78 1.00 60 L 4 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -1 -4 2 3 -4 1 -2 -4 0 -2 -4 -4 0 37 0 0 0 0 0 0 5 0 12 28 0 3 1 0 7 1 0 0 6 0.56 0.99 61 Y -5 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 2 -6 -5 -5 12 5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 76 18 0 3.07 0.99 62 E -2 0 1 2 -5 3 5 -2 -2 -4 -1 -1 -3 -3 -4 -1 -2 -5 -3 -2 3 4 6 11 0 16 40 2 0 0 7 1 0 1 0 3 1 0 1 4 0.62 0.99 63 E -1 1 -2 2 -5 1 3 -4 -1 -1 1 0 2 -4 -4 -1 -2 -4 0 -2 4 7 1 14 0 7 25 0 1 3 16 6 5 0 0 3 2 0 4 1 0.36 0.99 64 Y -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 2 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 95 0 2.32 0.99 65 T -3 -1 -3 -3 -4 3 2 -5 -3 2 3 1 1 -3 -4 -2 0 -4 -4 -2 1 3 0 0 0 15 14 0 0 11 36 8 3 0 0 2 7 0 0 1 0.47 0.97 66 E -2 -2 2 2 -5 3 6 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 3 0 9 11 0 13 55 0 0 2 2 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0.93 0.89 67 W -1 -1 2 -2 -4 -1 1 -3 -1 -4 -4 4 -3 -1 -4 -1 -1 9 -1 -4 4 0 12 1 0 1 9 0 1 0 0 33 0 1 0 5 4 29 1 0 0.99 0.73 68 L -3 -3 2 -3 -1 -2 2 -4 -3 0 3 1 5 -2 -4 -3 -1 -4 0 0 0 0 10 0 2 0 14 0 0 3 29 8 23 0 0 0 2 0 4 4 0.46 0.72 69 K -1 2 -2 -2 -4 5 0 -3 -2 -4 -4 5 0 -5 -3 0 -2 -4 -3 -4 5 6 0 0 0 28 3 0 0 0 0 47 3 0 0 8 0 0 0 0 0.83 0.68 70 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -1 7 -5 -3 -3 1 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 0 0 0 32 0 1.26 0.35 K Lambda Standard Ungapped 0.1448 0.3249 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1881 0.3167 PSI Gapped 0.0576 0.2670