Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 3 -5 -4 -5 -5 -5 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -5 28 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.75 1.65 2 I -1 -3 -3 -5 -3 -3 -4 -1 -6 4 2 -3 3 -3 -3 -3 1 -6 -3 4 5 1 1 1 0 1 1 5 0 20 17 2 6 0 1 2 8 0 1 28 0.61 1.89 3 D 0 -1 0 5 -4 -1 4 -4 -3 -5 -5 0 -4 -4 -1 1 -2 -4 -6 -2 8 3 4 31 0 2 24 1 0 0 0 5 0 1 3 10 2 0 0 4 0.72 1.97 4 P -3 -3 -1 -3 -4 -2 -1 -4 -4 -5 -6 -2 -4 -5 8 -2 -2 -7 -5 -4 2 1 3 1 0 1 4 1 0 0 0 2 1 0 77 3 2 0 0 1 2.09 1.99 5 F -1 0 -1 -2 -3 1 -1 -2 1 0 -4 0 -2 1 4 1 0 -5 2 0 6 5 2 2 0 6 4 4 4 5 1 7 1 6 17 11 5 0 8 6 0.25 2.01 6 T -2 0 -2 -3 -3 3 0 1 -3 0 0 0 -1 -3 -1 0 2 -4 -2 1 3 5 2 1 0 11 7 10 0 6 9 6 1 1 3 6 15 0 2 11 0.19 2.01 7 G 0 -1 -2 -4 1 -2 -1 3 -1 -2 -1 0 0 -1 4 -1 -1 -3 -1 -1 8 3 2 1 3 2 4 23 1 2 6 5 2 3 19 3 4 0 2 5 0.34 2.00 8 E -3 3 -3 -3 -2 3 2 -5 1 -4 -2 3 -2 -1 -4 -2 -1 -2 4 -2 1 14 0 1 1 15 12 0 4 1 3 19 1 3 1 2 4 0 15 3 0.61 2.06 9 A 4 -5 -5 -5 5 -4 -5 -2 -4 -2 -3 -5 -2 -3 -4 -3 -3 -4 0 5 40 0 0 0 11 0 0 3 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 3 35 1.06 2.09 10 I -4 5 -4 -5 -3 0 -1 -5 -3 3 -2 3 -1 -4 -5 -4 -1 -4 -2 3 0 26 0 0 0 3 4 0 1 14 3 17 1 0 0 1 4 0 1 21 0.71 2.09 11 A 6 -4 -4 -5 -1 -4 -5 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -5 -4 -1 -1 -3 -2 1 76 0 0 0 1 0 0 2 0 1 1 0 1 0 0 2 3 0 1 10 1.36 2.09 12 K -3 0 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -2 2 5 0 2 -3 -5 -3 -2 -3 -4 0 2 5 1 1 0 3 2 1 1 10 54 5 5 0 1 2 2 0 0 7 0.80 2.09 13 F -4 -2 -4 -5 0 -2 -4 -5 3 -4 -4 -3 -2 4 -6 -4 -4 3 8 -4 1 2 1 0 2 2 1 1 7 1 1 2 1 16 0 1 0 3 59 1 1.77 2.09 14 N -1 -3 2 7 -4 -2 0 -3 -3 -5 -6 -2 -4 -5 1 1 -1 -7 -5 -5 4 2 9 53 0 2 4 1 1 0 0 2 0 0 8 9 3 0 0 0 1.13 2.08 15 F -5 -5 -3 -5 0 -5 -5 -6 0 -4 -3 -5 -3 6 -5 -5 -4 1 8 -4 1 0 1 0 2 0 0 0 2 0 1 0 0 37 0 0 0 1 50 0 1.96 2.10 16 N 0 -1 1 2 0 2 3 -3 0 -2 -3 1 -2 -4 -2 0 2 -3 -3 0 6 3 6 10 2 8 19 1 2 2 2 8 1 1 2 6 13 0 1 7 0.29 2.09 17 G 5 -3 -3 -3 -3 -2 -3 3 -3 -5 -5 -2 -3 -6 3 1 -2 -6 -4 -4 43 1 1 1 0 2 1 18 0 0 1 2 0 0 16 8 2 0 1 1 0.84 2.07 18 D -1 2 1 1 -3 5 2 -2 -1 -3 -4 0 -2 -5 -3 0 1 -3 -4 -2 6 11 6 7 1 22 13 3 2 1 2 6 1 0 1 7 7 0 0 2 0.44 2.08 19 T -1 0 3 2 -1 2 2 1 2 -3 -3 0 -3 -3 -3 1 0 -2 -2 -4 4 5 13 12 1 7 13 10 4 1 2 5 1 1 1 10 6 1 2 1 0.31 2.04 20 Q 0 -2 -1 4 -3 0 3 -2 -1 -4 -4 0 -2 -4 4 0 -1 -3 -4 -3 8 2 3 20 1 3 19 2 2 1 1 4 1 1 19 8 3 0 1 2 0.54 2.00 21 V -2 -1 2 5 -2 0 1 2 -1 -4 -5 -2 -3 -4 -3 0 0 -2 -3 -3 3 3 10 35 1 4 7 14 2 1 1 2 1 1 1 6 6 1 1 2 0.63 1.98 22 E -3 -3 -2 3 -1 0 6 -3 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -2 -2 -6 -3 -4 1 1 1 15 1 3 62 2 1 1 2 1 1 1 1 3 2 0 1 1 1.25 1.95 23 M -3 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -2 2 6 -3 1 -2 -4 -5 -3 -1 -2 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 8 73 1 3 1 1 0 1 1 1 4 1.28 1.94 24 S 0 -2 1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -4 -4 -2 -2 -3 0 5 2 -6 -2 -3 5 2 6 4 1 2 5 4 2 1 1 2 1 1 5 42 13 0 1 1 0.60 2.03 25 F -3 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -4 -5 1 3 -3 1 7 -6 -4 -3 -4 0 0 2 0 0 0 1 0 0 1 0 6 25 2 3 47 0 1 1 0 1 7 1.22 2.04 26 R -2 2 -1 0 0 3 2 -3 1 -3 -3 3 0 -3 -1 0 0 -1 -2 -1 4 11 3 4 2 12 11 2 3 2 3 16 2 1 4 6 5 1 1 5 0.26 2.19 27 K 1 1 -2 -2 -1 0 3 -3 -1 -2 -4 3 -1 -2 3 -2 -2 -6 -2 -1 11 8 1 2 1 5 16 2 1 2 2 21 2 2 12 2 3 0 1 4 0.39 2.17 28 G -2 -2 1 0 -1 -2 -2 6 0 -6 -6 -2 -1 -2 -2 -2 -3 1 -2 -3 2 2 6 5 2 2 2 55 2 0 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 0.89 2.16 29 E -1 -1 -1 5 1 1 3 -2 0 -2 -3 -1 0 -5 -5 -2 -1 2 -1 -2 5 3 3 28 3 6 17 3 3 3 3 3 3 0 0 3 3 3 3 3 0.44 2.15 30 R -2 0 -1 -1 1 0 1 -3 0 2 0 1 0 -1 -2 -2 0 2 0 1 3 6 3 3 3 4 9 3 3 11 7 7 3 3 3 3 6 2 3 12 0.06 2.14 31 I -3 -6 -6 -6 -1 -3 -6 -6 -6 6 2 -4 1 1 -3 -4 -4 -5 0 3 1 0 0 0 1 1 0 0 0 40 18 1 4 5 1 1 0 0 3 18 0.92 2.12 32 T -2 0 -1 -1 -1 0 2 -4 1 0 0 -1 -1 0 -4 -1 3 0 2 0 3 5 3 3 1 4 11 1 4 6 8 4 2 3 1 5 17 1 6 7 0.13 2.12 33 L -3 -4 -1 -3 -2 -3 -4 -4 -2 4 2 -3 -1 -3 -4 -4 -3 -6 -2 5 1 1 4 1 1 1 1 1 1 21 16 1 1 1 1 1 1 0 1 38 0.75 2.13 34 L -3 -2 -4 -4 0 -2 -3 -5 0 4 3 -3 0 0 -4 -3 0 -1 0 2 2 3 1 1 2 1 2 1 3 20 30 1 2 3 1 2 6 1 3 11 0.43 2.11 35 R -2 2 1 2 -2 1 4 -1 0 -4 -4 1 -2 -2 -3 1 -1 -2 -1 -3 3 9 6 9 1 6 23 4 2 1 1 7 1 2 1 10 3 1 2 2 0.31 2.12 36 Q -2 2 -2 0 -3 2 2 -4 0 -3 -4 4 0 -2 0 -1 -1 -2 -1 -2 3 12 2 6 1 10 11 1 2 1 1 23 3 2 4 4 4 1 2 3 0.35 2.14 37 V -1 -2 -1 1 0 0 1 -2 0 1 -1 -2 0 -3 -1 1 1 -2 -1 2 5 2 3 8 2 4 10 3 3 8 5 2 3 1 3 10 8 1 2 13 0.08 2.14 38 D -3 -3 2 6 -2 -1 2 -1 -1 -5 -5 -2 -4 -4 -1 2 -2 -3 -2 -4 2 1 10 41 1 2 11 5 1 1 1 1 1 1 3 13 2 0 1 1 0.82 2.19 39 E -1 -2 0 4 -3 0 3 1 -2 -5 -4 0 -3 -4 1 0 -2 -3 -4 -4 5 2 5 26 1 4 21 11 1 1 1 4 1 1 8 7 2 0 1 1 0.57 2.19 40 N -3 -3 2 4 -3 -1 1 5 1 -5 -5 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -1 -3 -5 1 1 9 20 0 3 8 41 3 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 0.88 2.19 41 W -6 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -3 -1 -7 -5 -5 13 -1 -5 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 2 0 0 1 89 1 1 3.92 2.18 42 Y -4 -5 -5 -6 3 -4 -5 -5 -3 -3 0 -5 1 1 -5 -3 -3 11 3 -3 1 0 0 0 6 1 0 1 1 1 10 0 3 5 0 2 1 53 10 2 2.17 2.19 43 E -3 2 -3 -2 -2 1 3 -5 -1 -1 0 2 1 0 -4 -2 0 2 2 -1 2 12 1 2 1 6 19 1 1 3 8 13 3 4 0 3 5 2 7 5 0.33 2.17 44 G 2 -3 -4 -4 0 -4 -4 6 -5 -4 -5 -3 -3 -6 -4 -3 -4 -2 -5 0 17 1 0 0 2 1 1 63 0 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 8 1.31 2.15 45 R -3 4 -3 -2 0 1 3 -4 0 -2 -3 2 0 -2 -5 -1 1 -2 -1 0 2 23 1 2 2 5 20 1 3 2 3 10 2 1 0 5 9 1 3 7 0.46 2.11 46 I -2 -1 1 -2 4 -3 -3 -3 1 2 3 -1 1 -1 -3 0 -2 -3 0 1 3 4 6 2 7 1 1 2 3 10 26 4 4 2 1 8 3 0 3 11 0.31 1.98 47 P -2 1 4 2 -1 1 1 -1 2 -2 0 0 -1 -3 0 -1 -2 -3 -2 -2 4 8 20 11 1 5 8 4 5 2 9 6 2 1 4 5 2 0 2 3 0.27 2.04 48 G 0 2 0 0 -2 -1 -1 5 -1 -3 -3 0 -2 -4 -2 0 -2 -5 -3 -2 6 11 4 4 1 2 3 40 1 1 2 5 1 1 2 8 3 0 1 3 0.57 1.94 49 T -1 -1 1 2 -2 0 -1 2 0 -2 -2 0 -2 -3 -2 1 3 -2 -2 -1 5 4 7 9 1 4 4 14 3 2 4 5 1 1 2 11 16 1 1 5 0.20 1.71 50 S -1 -1 1 1 -2 -1 0 4 -1 -3 -3 -1 -2 -2 -1 1 -1 -2 -2 -2 4 3 6 8 1 3 5 34 1 2 4 4 1 2 3 9 4 1 1 3 0.40 1.65 51 R -1 4 -1 -1 -1 3 2 -3 0 -3 -3 3 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -2 -2 4 22 3 3 2 13 11 2 2 2 3 19 2 1 1 3 2 0 1 3 0.50 1.98 52 Q -2 2 -3 -3 -2 2 3 -5 -1 0 -3 1 -2 -2 -3 0 2 -2 -2 2 3 12 1 1 1 8 18 1 1 6 2 7 1 2 1 7 13 1 2 13 0.34 2.13 53 G -3 -5 -4 -4 -4 -4 -5 7 -3 -6 -6 -5 -5 -5 -5 -3 -5 -4 -5 -6 1 0 0 0 0 0 0 93 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.24 2.19 54 I -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -2 3 3 -4 2 3 -6 -4 -3 7 4 0 1 1 0 1 0 1 0 0 1 14 29 1 5 11 0 1 1 13 13 5 0.95 2.21 55 F -2 -6 -6 -7 -3 -6 -7 -7 -5 3 -1 -6 -2 7 -6 -5 -4 -2 0 4 3 0 0 0 1 0 0 0 0 14 3 0 0 51 0 0 1 0 2 24 1.53 2.18 56 P -4 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -6 -6 -4 -4 -7 9 -4 -4 -7 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 95 1 0 0 0 0 3.00 2.15 57 I 3 0 -2 -2 -2 -2 -1 0 0 -2 -3 0 -2 -3 -4 4 -1 -4 -3 0 27 5 1 2 1 1 4 6 2 3 2 4 1 1 1 28 4 0 1 6 0.46 2.16 58 T 0 -3 7 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -4 -5 -2 -3 -5 -3 3 0 -7 -4 -3 7 1 51 2 1 2 3 2 0 1 1 2 1 0 1 19 6 0 0 1 1.14 2.16 59 Y -5 -3 -4 -6 0 -4 -6 -7 2 -3 -3 -5 -3 5 -6 -4 -5 -1 9 -3 0 1 1 0 2 0 0 0 4 1 1 0 1 19 0 1 0 0 66 1 2.08 2.14 60 V -3 -5 -6 -7 0 -5 -6 -6 -5 2 1 -6 -1 -1 -6 -5 0 -3 -5 6 1 0 0 0 2 0 0 0 0 10 11 0 1 2 0 0 5 0 0 67 1.38 2.11 61 D -2 1 -2 0 -4 4 5 -5 1 -5 -5 2 -2 -6 -5 -2 -1 -4 -3 -3 4 6 1 4 0 16 42 0 3 1 0 12 1 0 0 3 4 0 1 2 0.91 2.09 62 V -2 -1 -5 -3 -3 -3 2 -6 -4 2 2 0 0 -1 3 -3 -2 -3 -3 3 3 3 0 1 1 1 12 0 0 13 18 5 2 2 15 1 2 0 1 19 0.47 2.08 63 I -4 -4 -4 -5 0 -4 -3 -6 -4 5 3 -4 1 -1 -5 -4 -3 -4 -1 3 1 1 1 1 2 1 2 0 0 32 30 1 3 2 0 1 1 0 2 19 0.89 2.08 64 K -2 1 -1 0 -5 2 3 -3 -2 -4 -4 3 -3 -4 3 0 -1 -4 -4 -3 3 7 2 6 0 10 21 2 1 1 1 19 1 1 14 6 4 0 0 2 0.55 1.96 65 R -2 3 0 -1 -2 3 4 -3 0 -3 -4 1 -2 -6 -2 -1 -1 -6 -3 -1 4 18 4 3 1 11 29 2 3 2 1 8 1 0 2 4 3 0 1 4 0.55 1.90 66 P -3 -3 -4 -3 -6 -3 -3 -4 -4 -5 -6 -3 -5 -7 8 -2 -3 -7 -6 -4 2 1 1 1 0 1 1 1 0 0 0 1 0 0 87 2 1 0 0 1 2.54 1.84 67 L -4 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 2 6 -6 2 -3 -6 -6 -4 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 75 0 4 0 0 0 0 0 0 12 1.43 1.64 K Lambda Standard Ungapped 0.1432 0.3216 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1828 0.3170 PSI Gapped 0.0559 0.2670