Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 2 -4 2 -3 -4 -3 -3 -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 6 3 -6 -5 -4 16 0 8 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 55 18 0 0 0 1.00 1.29 2 K -4 2 -4 -1 -7 5 4 -4 -4 -6 -4 5 -2 1 -5 -3 -3 -6 -4 -4 0 12 0 2 0 22 23 1 0 0 1 30 1 6 0 1 1 0 0 1 0.94 1.70 3 E -5 0 -1 7 -2 2 3 -5 1 -6 -3 -2 -6 -6 -5 -2 -3 -7 -3 -5 0 5 2 53 1 7 20 0 3 0 3 2 0 0 0 2 1 0 1 1 1.25 1.82 4 F -4 -6 -7 -7 -1 -5 -7 -7 -4 -3 0 -5 -1 9 -7 -5 -5 -3 4 -1 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 6 1 1 73 0 1 0 0 11 4 2.00 1.92 5 I -1 0 0 0 -4 3 -3 -5 5 2 1 -1 0 -4 -4 -1 -1 -6 1 0 5 5 5 5 0 13 1 0 14 13 12 3 2 0 1 5 4 0 5 7 0.38 1.95 6 E 0 2 -2 4 -6 1 4 -1 -2 -5 -3 1 -3 -6 -4 0 -1 -3 -6 -5 8 10 1 21 0 5 25 4 1 0 3 9 1 0 0 8 4 0 0 0 0.57 1.95 7 F -3 -1 -2 -6 -1 -3 -4 -5 -5 -1 -2 -4 -1 9 -7 -2 -4 -3 1 -2 2 4 3 0 1 1 1 1 0 3 3 1 1 71 0 3 1 0 3 2 1.69 1.96 8 L -4 -2 -3 -5 -3 -3 -5 -7 -6 2 6 -4 2 -3 -6 -5 -2 -5 -3 -1 0 3 2 1 0 2 1 0 0 10 71 1 4 0 0 0 2 0 1 3 1.23 1.97 9 K -1 2 0 0 -3 1 2 -2 0 -4 -5 5 -3 -4 -4 0 -2 -6 -4 -2 6 10 4 6 1 7 12 3 2 1 0 33 0 1 1 7 2 0 0 4 0.57 1.94 10 T 0 1 1 0 -3 3 0 -2 -2 -1 -1 -1 0 -3 -1 2 2 -5 -2 -4 7 8 7 6 1 14 6 3 1 4 5 3 3 1 3 14 12 0 1 1 0.25 1.85 11 F -3 -2 1 -3 3 -2 -3 -4 -2 -1 4 -2 5 3 -4 -2 -3 -1 0 -1 2 2 8 1 5 2 1 2 1 2 33 3 12 13 1 3 1 1 4 4 0.55 1.82 12 H -3 4 0 -4 -4 3 0 -1 7 -5 -1 2 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -2 -4 2 20 4 0 0 13 4 4 25 0 7 12 1 0 1 2 1 0 1 1 0.85 1.94 13 K -2 4 -2 -2 -6 -1 1 -4 -2 -5 -4 5 -3 -3 4 0 0 -6 -4 -3 3 20 2 2 0 2 8 1 1 0 1 29 1 1 16 6 6 0 0 2 0.72 1.98 14 T 1 -3 0 -1 -3 -1 -2 -3 1 -3 -1 0 -4 -3 4 4 2 -3 -5 -2 9 1 3 3 0 2 2 1 3 1 7 6 0 1 16 26 13 0 0 2 0.47 1.97 15 G 5 -2 -1 -5 4 -3 -3 1 -5 -1 -3 -2 -2 0 -1 2 -3 -6 -5 -2 40 2 3 0 7 1 1 10 0 3 3 3 1 4 3 13 1 0 0 3 0.56 1.98 16 Q 1 1 -3 3 -3 4 2 -4 2 -3 -3 0 -2 -4 -2 0 0 -3 -1 -3 11 8 1 13 1 17 11 1 5 2 3 6 1 1 2 7 5 0 2 2 0.34 2.02 17 E -2 -1 0 5 -3 0 4 -4 0 -4 -6 -1 -5 -5 4 -2 -2 -7 -6 -4 3 3 4 27 1 3 25 1 2 1 1 3 0 0 17 3 2 0 0 1 0.79 2.02 18 I -2 -5 -5 -5 -3 -4 -2 -6 -3 4 3 -1 1 2 -4 -5 -3 -5 -3 4 3 0 0 0 0 0 3 0 1 23 25 4 3 8 1 0 1 0 1 23 0.71 2.05 19 Y 2 -1 -2 0 -2 -1 -2 -3 0 0 1 -1 -1 0 -4 -1 -1 -4 1 3 18 4 2 6 1 2 2 2 2 5 14 3 2 4 1 4 3 0 4 18 0.18 2.02 20 K -2 4 -3 -2 -4 3 -1 -5 0 -3 -5 5 -2 -5 -5 1 -2 -6 -2 -4 2 23 1 3 0 11 3 0 2 2 0 35 1 0 0 10 2 0 2 1 0.82 2.06 21 Q -2 0 0 0 -3 3 0 -4 1 -5 -3 1 -2 1 -3 2 0 -3 4 -4 4 6 5 5 1 15 5 1 3 0 2 9 1 5 2 15 5 0 14 1 0.37 2.07 22 T -3 -4 -6 -5 3 -6 -6 -7 -3 5 3 -4 0 1 -6 -4 0 -6 -3 3 1 1 0 1 6 0 0 0 1 33 22 1 2 6 0 1 5 0 1 18 0.85 2.07 23 K -2 5 -1 0 -4 2 -1 -1 0 -5 -4 4 -2 -5 -5 -1 -1 -6 -3 -6 3 33 2 5 0 7 4 4 2 1 2 25 1 1 0 4 4 0 1 0 0.78 2.08 24 L 1 0 1 -1 -3 3 -1 -1 2 -4 -2 -1 -1 -5 -5 4 -1 -6 -1 -4 10 6 7 4 0 11 4 5 5 1 4 3 1 0 0 29 4 0 2 1 0.40 2.06 25 F -2 -4 -5 -6 -3 -5 -4 -6 0 -3 0 -2 -1 9 -6 -3 -4 -1 0 -3 4 1 0 0 1 0 1 0 2 1 8 3 1 70 0 2 1 0 2 1 1.71 2.07 26 L -3 -3 -3 -5 1 -4 -4 -5 -4 4 4 -4 3 -3 -5 -5 -1 -4 -2 3 2 1 2 1 3 1 1 1 0 24 31 1 8 1 0 0 3 0 1 17 0.75 2.08 27 E -1 0 1 1 -3 2 3 -3 0 -2 -3 1 -1 -3 -3 1 2 -6 -3 0 4 5 6 7 1 9 15 2 3 2 3 7 2 1 1 11 14 0 1 6 0.26 2.07 28 G -1 0 2 1 -3 2 2 1 -1 -4 -4 1 1 -3 -4 3 0 -3 -3 -4 5 5 8 6 0 9 11 9 1 1 1 8 3 1 0 21 7 0 1 1 0.34 2.07 29 M -3 -4 -1 -4 -5 -5 -5 -6 -5 2 2 -4 5 6 -3 -4 -3 -4 2 0 2 1 4 1 0 0 1 1 0 11 17 1 13 35 1 1 2 0 6 5 0.95 2.07 30 H -2 0 1 -1 -2 1 2 -1 3 -3 -1 2 0 -5 -2 2 -1 -5 -2 0 4 4 6 3 1 6 11 5 6 2 7 13 2 0 2 15 4 0 1 6 0.19 1.97 31 Y 0 -1 2 -1 -5 2 1 -1 1 -3 -2 0 0 2 -2 1 0 -2 1 -1 8 4 9 3 0 8 10 4 3 2 5 6 2 7 2 10 6 1 4 4 0.12 1.95 32 K -2 0 1 -2 -2 2 -1 -3 2 -2 0 4 1 -3 -1 0 -2 -5 4 -2 2 5 7 2 1 9 3 2 4 3 8 22 3 1 3 6 3 0 12 3 0.34 2.05 33 R 0 4 0 -2 -3 0 0 -1 2 -3 -1 3 -1 -4 -1 0 -1 -5 -3 -3 8 19 4 2 1 5 7 4 4 2 7 18 2 1 4 8 3 0 1 1 0.31 1.95 34 D -2 0 1 2 -2 1 1 -1 -1 -2 0 -1 -1 -4 2 0 0 -5 -2 -1 4 5 7 13 1 6 10 5 2 2 11 3 2 1 10 6 7 0 1 4 0.16 1.93 35 L -1 0 -3 -2 -2 1 -1 -3 -2 0 2 1 2 0 -1 0 0 5 0 0 5 4 1 2 1 6 4 2 1 4 17 9 5 4 3 8 5 7 4 6 0.19 1.87 36 S 0 -2 2 0 -4 -2 -3 -1 -1 -3 -1 -1 4 -3 1 3 2 -5 -2 -2 7 2 9 5 0 2 2 5 2 2 5 4 9 1 6 23 12 0 1 3 0.31 1.93 37 I 1 -1 -2 -5 -3 -2 -3 -2 0 2 2 -2 1 -2 2 0 0 -5 -3 2 11 3 2 0 1 2 2 3 2 12 16 2 4 1 11 8 6 0 1 14 0.25 1.95 38 E -1 0 0 4 -6 2 4 -4 2 -4 -4 0 -3 -4 -1 -1 -3 -6 -2 -3 5 4 4 24 0 8 29 1 5 1 2 5 1 1 4 3 2 0 1 2 0.68 1.98 39 E -3 1 0 2 -4 1 5 -3 1 -1 -1 0 -2 -3 -2 -2 -2 -5 -2 -2 2 7 4 12 0 6 35 2 3 4 8 4 1 1 3 2 3 0 1 2 0.51 1.99 40 Q 0 0 -2 1 -3 5 -1 -4 0 -1 1 2 1 -2 -2 -3 -2 -5 0 -2 7 4 2 7 0 23 4 1 2 4 14 12 4 2 2 2 2 0 3 3 0.36 2.05 41 S 1 0 -3 -3 -1 0 -1 0 -1 0 -2 -1 0 -4 -1 3 1 -6 -3 1 12 5 1 1 1 4 3 7 1 6 4 4 2 0 4 24 9 0 1 11 0.25 2.04 42 E -1 0 0 3 -4 1 4 -2 1 -4 -2 4 -2 -6 -2 -1 -1 -6 -3 -4 6 5 4 13 0 5 22 3 3 1 4 20 1 0 2 4 3 0 1 1 0.47 2.03 43 C 0 0 -3 -3 4 -2 -3 -4 0 3 3 -1 4 -1 -3 -1 -1 -3 -2 0 7 6 1 2 7 2 2 1 3 14 22 3 8 3 1 6 4 0 2 6 0.32 2.04 44 A -1 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -3 -4 4 1 -3 0 0 -2 -3 -1 -5 -2 5 6 3 1 1 1 1 1 2 0 22 14 1 2 4 2 2 3 0 1 32 0.62 2.04 45 Q -3 -1 2 -1 -5 6 2 -2 3 -2 -3 0 0 -4 -3 0 -2 -3 -2 -2 1 3 8 3 0 35 10 3 6 3 3 5 2 1 1 7 3 0 1 3 0.64 2.02 46 D -1 -1 2 5 -6 0 2 -1 1 -4 -4 1 -1 -4 -3 0 0 -6 -3 -4 5 4 8 33 0 5 12 4 3 1 1 7 2 1 1 6 5 0 1 1 0.60 2.03 47 F -3 -4 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -2 2 1 -3 1 7 -4 -3 -2 -3 1 0 2 1 1 3 1 2 2 1 1 10 14 1 3 42 1 2 2 0 4 5 0.88 2.03 48 Y -4 -1 -3 -3 -2 -2 -4 -5 -1 2 3 -1 1 2 -3 -3 -2 -1 5 0 1 4 1 2 1 2 1 1 1 11 28 5 3 7 1 2 3 1 22 5 0.59 1.99 49 H 0 1 1 1 -2 4 1 -3 3 -2 -3 -1 -2 -3 -5 1 2 -5 -3 -3 8 8 5 8 1 19 9 2 7 2 3 3 1 1 0 8 10 0 1 2 0.37 2.05 50 N -2 1 2 0 -3 0 1 -2 -1 -2 -2 1 1 3 -3 1 -1 -1 1 -2 4 8 11 5 1 4 10 3 1 2 4 9 4 11 2 9 4 1 5 3 0.19 2.08 51 V -2 -5 -5 -4 3 -3 -4 -4 -3 4 3 -3 5 1 -3 -2 -1 -5 -1 2 4 0 0 1 5 1 1 1 1 21 21 2 14 6 2 3 3 0 2 12 0.60 2.08 52 A 1 -1 -1 0 -2 -1 1 -3 1 0 1 -1 1 -1 -4 1 1 -5 1 -1 12 4 3 4 1 2 9 2 3 4 14 4 3 3 1 12 9 0 5 5 0.12 2.10 53 E -1 -1 1 3 -2 2 3 -1 0 -2 -1 0 -2 -4 -2 -1 -1 -2 -3 -3 6 3 6 18 1 10 21 4 2 2 6 6 1 1 2 3 4 1 1 2 0.37 2.14 54 R 0 4 -1 -2 1 1 1 -4 0 -2 -2 4 -2 -2 -5 -2 -2 0 0 -2 8 22 3 2 3 7 8 1 3 2 5 21 1 2 0 3 2 1 3 3 0.45 2.12 55 M -1 -1 -3 -3 0 -1 -3 -4 -1 2 3 -1 5 2 -3 -3 -2 -5 -1 -1 4 3 1 2 2 3 2 1 2 9 31 4 16 8 1 2 2 0 2 4 0.50 2.14 56 Q -2 2 1 -1 -1 2 1 -1 1 -1 1 1 1 -2 -2 0 -2 -5 -2 -3 3 11 6 4 1 8 11 4 4 3 14 7 4 1 3 6 3 0 2 2 0.13 2.19 57 T 0 -1 1 -1 0 1 0 -2 2 -1 -3 -1 1 -2 0 2 1 0 -1 0 8 4 6 4 2 5 5 3 4 4 3 3 3 2 5 16 9 1 2 7 0.09 2.21 58 R -3 2 0 0 0 -1 0 -3 3 -2 -1 0 0 0 -2 -1 -1 7 1 -2 2 10 4 6 2 3 6 2 6 2 7 7 2 5 2 5 3 15 4 3 0.38 2.20 59 G 0 2 -1 -1 2 2 -1 -1 1 -2 -1 1 0 0 0 0 -1 2 0 -2 8 9 4 4 4 9 4 5 3 3 5 8 3 4 4 8 3 3 3 3 0.09 2.19 60 K -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 61 V 1 -1 -1 -1 1 -1 -2 -1 0 0 2 -2 2 0 -1 -1 -1 4 0 0 10 3 3 3 3 3 3 5 3 5 20 3 4 4 3 5 3 6 4 7 0.14 2.08 62 P -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 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210 M -2 -2 -2 -1 -2 2 0 -2 -2 2 2 -1 5 -1 -2 -1 0 -2 -2 1 4 2 2 4 1 8 6 3 1 10 17 4 14 2 2 4 5 1 1 8 0.25 1.70 211 T -1 -1 1 1 -2 1 0 0 2 -2 -2 0 -1 -2 -2 3 2 -5 -3 -2 4 3 7 9 1 5 5 7 4 2 5 5 1 2 2 20 11 0 1 3 0.20 1.76 212 G -2 -2 -1 -1 -4 -2 -3 6 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -2 0 -2 -5 -4 -3 3 2 3 4 0 1 1 62 1 1 1 2 1 1 2 8 3 0 0 2 1.10 1.73 213 E -3 -2 -3 0 -6 0 7 -4 -2 -4 -5 0 -2 -6 -3 -1 -3 -6 -4 -3 2 1 1 4 0 3 73 1 1 1 1 4 1 0 1 3 1 0 1 2 1.45 1.88 214 D 2 -3 -2 0 -3 0 2 1 -1 -1 0 -2 1 -1 -1 0 0 -3 -1 -1 17 1 2 6 0 4 13 10 1 4 9 2 3 2 4 7 6 0 2 5 0.14 1.90 215 G 2 -2 -1 -2 -3 0 0 5 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -2 2 -3 -3 -2 -4 13 3 2 2 1 4 5 45 1 1 2 1 1 1 2 13 1 0 2 1 0.76 1.88 216 Y -4 -5 -4 -6 -3 -4 -4 -6 -1 -2 -3 -4 -2 4 -6 -5 -3 0 9 -3 1 0 1 0 1 1 1 0 1 2 2 1 1 12 0 0 1 0 73 2 2.08 1.90 217 Y 0 -4 -4 -5 7 -5 -5 -5 0 -3 -2 -5 1 2 -4 -1 -2 4 7 -2 9 1 1 1 18 0 1 0 2 1 3 0 4 8 1 4 2 4 36 3 1.15 1.92 218 F -3 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -4 0 5 -6 -1 5 -6 -4 -3 5 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 5 52 0 1 19 0 1 1 6 2 6 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