Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -4 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 3 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 95 0 2.00 0.68 2 S -1 -2 0 1 -3 2 -1 -2 0 -4 -4 -1 -3 -4 -1 5 1 -5 -3 -3 0 0 3 6 0 12 0 0 3 0 0 2 0 0 1 66 6 0 0 0 0.80 0.68 3 N -2 -3 4 6 -4 0 -1 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -1 0 1 -6 -4 -4 2 0 27 51 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 7 9 0 0 0 1.02 0.70 4 E 0 -1 -1 1 -4 3 5 -3 -2 -4 -4 3 -3 -5 -3 -1 0 -5 -4 -3 10 0 1 6 0 14 39 1 0 0 0 23 0 0 0 1 5 0 0 1 0.69 0.70 5 R -3 3 -1 0 -5 6 2 -4 2 -5 -4 2 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 14 1 3 0 54 10 0 5 0 1 10 0 0 0 0 1 0 0 0 0.97 0.70 6 V -3 -4 -5 -5 -3 -2 -4 -5 -4 3 1 -4 0 4 -4 -4 -2 -3 -1 5 0 0 0 0 0 3 0 0 0 20 7 0 1 19 0 0 0 0 0 50 0.81 0.69 7 E -3 -2 0 4 -5 0 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 2 21 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 1.27 0.69 8 K 2 0 2 -1 -4 4 0 -2 1 -3 -3 2 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 -2 20 5 9 1 0 22 3 1 3 1 1 14 0 0 0 7 12 0 0 2 0.40 0.69 9 I -2 -4 -2 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 4 -4 1 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 2 0 2 0 0 0 0 0 0 37 48 0 2 0 0 0 0 0 0 8 0.85 0.69 10 I -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 4 -4 4 -2 -4 -2 0 -4 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 17 48 0 12 0 0 4 5 0 0 13 0.70 0.68 11 Q 2 -2 4 2 -4 1 0 -1 1 -4 -3 -1 -3 -4 -3 2 1 -5 -1 -3 16 0 25 14 0 6 4 2 3 0 2 1 0 0 0 16 9 0 2 0 0.46 0.68 12 D -1 -1 -1 5 -5 2 5 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 6 2 1 35 0 7 44 0 0 0 0 1 0 0 0 2 2 0 0 0 0.95 0.68 13 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 4 -4 4 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 46 0 11 0 0 0 0 0 0 28 0.81 0.65 14 L 1 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -2 -4 3 2 -2 1 2 -4 -2 -2 -3 -2 2 16 0 0 0 0 2 1 2 0 22 23 3 3 9 0 2 1 0 0 16 0.37 0.65 15 D 3 -3 2 2 -3 0 0 0 -2 0 -1 0 -2 -3 -3 0 0 -4 -3 -1 29 0 11 13 0 4 6 5 1 8 5 5 0 1 0 4 6 0 0 4 0.24 0.65 16 V 1 -4 -4 -4 -1 -2 -4 -4 -4 2 -1 -3 -1 -3 -4 -2 1 -4 -3 5 11 0 0 0 1 2 0 0 0 6 2 0 0 0 0 0 11 0 0 67 0.78 0.65 17 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 5 -4 2 1 -5 -4 -3 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 84 0 3 4 0 0 0 0 0 6 1.04 0.65 18 V 0 -1 -1 2 -4 1 5 -3 2 -2 -4 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -2 7 2 1 11 0 4 57 0 5 2 0 1 0 0 0 6 2 0 0 2 0.76 0.65 19 K 0 1 0 -1 -4 2 1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 -2 5 2 3 1 0 7 6 0 0 0 0 65 0 0 0 4 3 0 0 3 0.77 0.56 20 E -2 -1 3 0 -4 1 0 -2 8 -5 -4 -1 -3 -3 -3 -1 -3 -4 0 -4 2 1 18 4 0 7 3 1 61 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1.22 0.56 21 E -1 1 3 2 -4 3 1 -1 2 -4 -4 4 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 4 4 16 10 0 16 5 4 4 0 0 33 0 0 0 2 0 0 0 0 0.53 0.48 22 V 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -2 0 1 -4 -3 1 68 0 0 0 0 0 0 0 0 2 5 0 0 0 0 2 11 0 0 12 0.63 0.48 23 T -1 -2 2 -1 -3 -2 -2 -1 -3 -4 -4 -1 -3 -4 6 2 1 -5 -4 -3 0 0 10 2 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 49 22 10 0 0 0 1.04 0.48 24 P 1 0 -1 -3 -3 -2 -3 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 3 0 4 -4 -3 2 12 5 2 0 0 0 0 4 0 0 4 0 0 0 17 3 31 0 0 23 0.42 0.48 25 D -3 -2 1 7 -5 -1 3 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 6 70 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 0.48 26 L -1 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.99 0.48 27 A 2 -1 -1 -2 -2 -2 -2 0 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -2 5 1 -4 -3 -2 21 2 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 64 5 0 0 2 0.69 0.48 28 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 6 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.48 29 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -3 1 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 2 0 85 0 0 0 0 0 0 5 1.22 0.48 30 C 2 -4 -4 -4 4 -3 -4 -4 -4 3 0 -3 -1 -2 -3 -2 -1 -4 -3 4 17 0 0 0 12 0 0 0 0 19 3 0 0 0 0 2 2 0 0 46 0.59 0.48 31 L 1 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 13 0 0 0 0 0 0 0 0 2 74 0 2 0 0 0 0 0 0 9 0.74 0.48 32 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.68 0.48 33 N -3 -2 7 1 -4 -1 -1 -2 1 -3 -5 -1 -3 -4 -3 -1 0 -5 -3 -4 0 0 89 4 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1.33 0.48 34 A 1 -3 -4 -4 2 -3 -3 -3 -4 3 1 -3 5 -2 -3 -1 -1 -4 -3 2 16 0 0 0 5 0 0 0 0 19 11 0 26 0 0 5 3 0 0 16 0.46 0.48 35 V 3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 3 1 -3 -1 -3 -4 -2 0 -4 -3 4 26 0 0 0 0 0 0 0 0 16 8 0 0 0 0 0 7 0 0 43 0.64 0.70 36 T 0 -3 0 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 6 -4 -3 -2 3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 74 0 0 0 1.08 0.70 37 N -3 -2 7 0 -1 -2 -1 -3 6 -2 -5 -2 -4 -4 -4 -1 -2 -5 -2 -3 0 0 60 2 2 0 2 0 28 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 1.25 0.70 38 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 1 -2 -5 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 29 0 2 0 0 0 0 0 0 21 0.94 0.70 39 I -3 -4 -2 -5 -3 -4 -5 -5 -4 5 4 -4 0 2 -5 -4 -3 -3 -2 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 45 41 0 0 9 0 0 0 0 0 3 0.87 0.70 40 A -2 -1 7 -1 -2 0 0 -2 2 -4 -3 -1 -3 -4 -3 0 1 -5 -3 -4 2 2 59 0 1 3 7 1 5 0 2 1 0 0 0 6 10 0 0 0 0.91 0.70 41 Q -2 -1 2 0 -4 5 1 -1 4 -4 -4 0 -3 -4 -3 3 -1 -4 -3 -3 0 1 9 3 0 32 6 3 11 1 0 5 0 0 0 27 1 0 0 1 0.65 0.70 42 V -2 -4 -2 -4 -3 0 -4 -5 -4 2 0 -4 1 1 -4 -2 -2 -4 0 6 0 0 2 0 0 6 0 0 0 7 4 0 3 5 0 2 0 0 3 69 0.80 0.70 43 P 3 -3 0 0 -3 -2 -2 0 -3 -4 -4 -2 -3 -5 6 1 -1 -5 -4 -3 32 0 6 5 0 1 0 6 0 0 0 1 0 0 37 8 3 0 0 1 0.86 0.70 44 E 2 -3 -3 0 -4 1 2 -3 -3 -3 -2 -1 -3 -5 5 0 -1 -5 -4 -1 22 0 0 5 0 8 16 0 0 0 3 3 0 0 32 4 4 0 0 3 0.67 0.70 45 S 4 -1 0 -1 -3 1 2 0 0 -4 -4 0 -3 -4 -2 2 0 -5 -3 -2 37 1 4 2 0 6 17 5 3 0 0 5 0 0 1 13 4 0 0 1 0.43 0.70 46 K -1 -1 -1 -1 -4 7 0 -3 0 -3 -2 2 -1 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -3 2 0 2 2 0 68 0 0 1 1 4 14 1 0 0 3 0 0 0 1 1.05 0.70 47 R -2 7 -2 -3 -5 1 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -4 1 91 0 0 0 4 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 0.70 48 V 1 0 -2 -1 -4 4 2 -2 0 -2 -3 3 0 -4 0 -1 0 -4 -3 -2 14 4 0 2 0 24 13 2 2 2 1 20 3 0 3 3 5 0 0 1 0.41 0.70 49 A 4 -1 -3 -1 -3 1 -1 -2 -1 0 0 -1 -1 -4 -2 0 0 -4 -3 1 45 3 0 2 0 8 4 0 2 4 8 4 1 0 1 3 4 0 0 12 0.36 0.70 50 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 4 -1 -5 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 30 0 13 1 0 0 0 0 0 19 0.84 0.70 51 V 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -1 -3 -3 -2 -4 -3 0 1 -4 -3 1 77 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 3 7 0 0 9 0.90 0.70 52 D -1 1 0 2 -5 2 5 -3 -1 -5 -4 1 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 3 9 4 12 0 8 50 1 0 0 0 7 0 0 0 4 2 0 0 1 0.77 0.70 53 N 1 -1 2 -2 -4 4 -1 -2 0 -4 -4 4 -3 -5 -3 2 -1 -4 -3 -3 14 0 8 0 0 22 0 2 3 0 0 29 0 0 0 19 3 0 0 1 0.57 0.70 54 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 8 -5 -4 -4 -1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 3 0 1.91 0.70 55 T 5 -3 -2 -3 3 -3 -3 0 -3 -2 -3 -3 -3 -4 -3 2 1 -4 -4 0 56 0 1 0 6 0 0 5 0 2 0 0 0 0 0 17 8 0 0 6 0.67 0.70 56 K -2 0 2 3 -5 5 2 -3 -1 -5 -3 3 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 1 2 10 16 0 29 12 0 1 0 2 22 0 0 0 3 1 0 0 0 0.68 0.70 57 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -1 -3 -3 -2 -4 -3 0 0 -4 -3 1 80 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 3 4 0 0 11 0.93 0.70 58 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 1 0 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1.26 0.70 59 K -1 -1 -2 -3 -4 3 -1 -4 -1 0 1 3 2 -3 -3 -1 1 -4 -3 1 3 1 1 0 0 20 1 0 1 6 17 21 6 0 0 3 11 0 0 9 0.34 0.70 60 Q 2 0 3 1 -3 3 -1 -2 -1 -4 -4 1 -3 -5 -3 3 -1 -5 -4 -3 21 4 16 7 0 16 0 0 1 0 0 11 0 0 0 24 2 0 0 1 0.49 0.70 61 S 1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 6 0 -5 -3 -3 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 2 0 0 0 1.16 0.70 62 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 2 -4 1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 20 0 3 0 0 0 0 0 0 44 0.89 0.67 K Lambda Standard Ungapped 0.1319 0.3160 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1893 0.3172 PSI Gapped 0.0579 0.2670