Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -1 -3 4 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -5 -2 -4 -5 -3 5 3 -5 -4 -4 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 17 0 0 0 1.06 0.91 2 L -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -1 0 -4 0 1 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 7 0 2 1 0 0 0 0 86 0 2.03 1.04 3 P -3 -4 -3 -4 -5 -3 -2 -5 -4 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -3 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 2 2.65 1.04 4 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 5 4 -5 2 1 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 45 0 4 5 0 0 0 0 0 1 1.15 1.07 5 S -3 -1 1 6 -5 -2 0 -4 -2 -2 -2 -3 1 -2 -3 1 -3 -6 -4 -3 0 4 7 56 0 1 4 0 0 2 5 0 4 2 1 12 0 0 0 1 0.94 1.07 6 L -2 -3 -2 1 -4 -3 1 -2 -2 -1 2 -2 2 0 3 -1 -2 -3 4 -1 3 1 2 9 0 0 8 3 0 3 22 1 5 3 13 5 2 0 15 4 0.31 1.07 7 D -2 -2 1 6 -5 -1 2 0 0 -5 -6 -3 -5 -5 -4 1 0 -6 -3 -5 1 1 5 49 0 1 12 7 3 0 0 0 0 0 0 13 6 0 1 0 0.93 1.07 8 W -5 -5 -6 -7 -2 -4 -5 -5 -5 -5 -2 -5 -3 1 -6 -5 -5 12 1 -5 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 0 4 0 0 0 89 3 0 3.48 1.07 9 S -2 -3 2 -1 -3 -3 -2 -3 -2 -4 -4 -3 -4 -5 -3 5 5 -5 -4 -3 0 0 8 2 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 52 35 0 0 0 1.05 1.07 10 T -2 -2 1 -2 -4 0 -2 -4 0 -2 -4 2 -2 -5 -2 0 6 -5 -4 0 0 2 7 1 0 4 0 0 2 2 0 12 1 0 2 3 55 0 0 8 0.79 1.07 11 E -1 -2 -1 4 -5 3 5 -3 -3 -5 -4 -1 -4 -6 -3 -1 -2 -5 -5 -5 5 1 1 22 0 12 50 1 0 0 1 2 0 0 1 3 2 0 0 0 1.00 1.07 12 E -3 -3 -2 3 -6 0 7 -3 -3 -6 -5 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 0 0 14 0 2 83 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.62 1.07 13 V -3 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 6 1 -3 6 -3 -5 -4 -2 -5 -4 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 55 6 1 21 0 0 0 2 0 0 14 1.18 1.07 14 I 0 -5 -4 -4 -3 -4 -2 -4 -5 5 -1 -3 2 -3 -5 -2 1 -5 -4 4 6 0 0 0 0 0 3 1 0 44 3 1 4 0 0 2 8 0 0 27 0.81 1.07 15 D 0 -3 -2 5 -2 0 0 -4 0 1 -3 2 -2 -5 -4 1 1 -6 -4 -1 9 0 1 31 1 3 3 0 2 11 1 12 1 0 0 9 11 0 0 5 0.47 1.07 16 V 0 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -5 2 -1 -5 2 -3 -5 -4 -2 -5 -4 7 6 0 0 0 0 0 0 0 0 7 2 0 5 0 0 0 0 0 0 80 1.31 1.09 17 V -2 -5 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 4 2 -4 3 -3 -5 0 1 -5 -4 4 2 0 0 0 2 0 0 0 0 29 15 0 9 0 0 8 8 0 0 27 0.73 1.11 18 H 0 -1 4 1 -5 1 2 -2 3 -5 -5 2 -4 -5 -4 1 0 -5 -2 -5 9 3 21 7 0 7 12 1 8 0 0 13 0 0 0 12 5 0 1 0 0.52 1.11 19 F -4 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -1 1 -5 2 8 -6 -5 -4 -2 1 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 14 0 6 76 0 0 0 0 2 1 1.73 1.11 20 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 -3 -1 2 -5 -1 6 -6 -5 -4 6 6 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 18 0 1 39 0 0 0 9 27 3 1.34 1.11 21 Q -1 0 5 2 -5 3 3 -4 -1 -5 -5 -1 -4 -3 -4 1 0 -6 -4 -3 5 3 29 9 0 16 20 0 1 0 0 2 0 1 0 8 4 0 0 1 0.72 1.16 22 A 3 -1 -1 0 2 2 -3 -1 -1 -2 1 0 2 -4 -4 -1 0 -5 -4 0 28 3 3 5 4 10 1 4 1 2 15 6 5 0 0 4 4 0 0 6 0.27 1.16 23 I -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 5 0 -5 1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 5 0 3 0 0 0 0 0 0 60 1.29 1.16 24 E -1 -3 -3 0 -6 0 7 -2 -3 -5 -2 -2 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 4 0 0 2 0 1 84 2 0 0 5 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.50 1.16 25 Q 0 1 0 1 -5 4 1 -3 -1 -3 -1 4 -1 -5 -4 -1 -1 -5 -3 -4 10 5 4 7 0 19 7 1 1 1 7 29 1 0 0 3 4 0 0 0 0.50 1.16 26 A 5 -4 -4 -5 1 -4 -4 -2 -4 -3 -2 -4 -3 -2 -4 -1 0 -4 3 2 62 0 0 0 3 0 0 1 0 0 3 0 0 1 0 2 5 0 10 14 0.88 1.16 27 Y -4 -2 1 -5 -5 -1 -4 -5 1 -4 -4 -2 -3 1 -5 -4 -4 -1 9 -2 0 2 7 0 0 2 0 0 2 0 0 2 0 2 0 0 0 0 82 2 1.95 1.16 28 D -2 -3 0 0 -6 1 7 -3 -1 -5 -4 -1 -4 -6 -4 -2 1 -5 -4 -5 1 0 3 1 0 3 74 2 1 0 1 2 0 0 0 1 8 0 0 0 1.30 1.16 29 Q -1 0 1 -1 -5 2 0 0 0 -4 -5 4 -4 -3 -4 2 1 -5 -4 -3 3 3 6 3 0 9 5 8 3 1 0 31 0 1 0 15 9 0 0 2 0.49 1.16 30 G -2 -2 -2 -3 -5 -1 -2 6 -1 -6 -6 3 -5 -6 -2 0 -3 -5 -5 -3 1 1 1 0 0 2 2 64 1 0 0 18 0 0 1 6 1 0 0 2 1.17 1.16 31 I -1 -5 -4 -6 -1 -5 -5 -6 -6 5 -1 -5 1 -3 -5 -3 -2 -5 -4 5 4 0 1 0 1 0 0 0 0 37 2 0 3 0 0 1 1 0 0 50 1.14 1.16 32 A -1 -1 2 4 -5 0 3 -3 -2 -3 -2 3 -3 -5 -1 2 -1 -6 -5 -4 4 3 10 20 0 3 17 1 1 1 3 17 0 0 3 14 3 0 0 1 0.47 1.16 33 R 1 6 -2 -4 -3 -1 -3 -1 -3 -3 -2 2 -3 -3 -1 -1 -1 -5 -3 0 15 41 2 0 1 1 0 4 0 0 4 12 0 1 4 4 3 0 1 8 0.63 1.16 34 E 0 -1 0 2 -5 3 5 -2 -2 -5 -5 1 -4 -6 -4 1 -1 -5 -4 -3 9 3 3 12 0 12 36 3 1 0 0 7 0 0 0 9 3 0 0 1 0.64 1.16 35 D -1 -1 0 3 -5 2 4 -4 -2 -1 -1 2 -2 -4 -4 -1 0 -5 -4 0 5 2 4 15 0 7 25 0 1 3 5 13 1 0 0 3 7 0 0 7 0.42 1.16 36 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 2 4 -5 1 5 -6 -5 -4 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 47 0 2 30 0 0 0 0 2 8 1.07 1.16 37 L -2 -2 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -5 0 5 1 5 -3 -5 -4 -3 -1 -4 -1 2 1 1 0 0 3 2 1 0 4 55 11 17 0 0 0 0 1 0 3 0.85 1.16 38 G 1 0 2 3 -5 0 3 -2 -1 -4 -3 2 -1 -5 -3 0 1 -5 -4 -3 15 3 8 14 0 4 19 3 1 1 2 11 2 0 1 6 8 0 0 1 0.37 1.16 39 K 3 1 -1 -4 0 0 -3 -2 2 -3 -1 2 -2 -4 -4 2 0 -2 -3 -1 32 9 2 0 2 4 0 2 5 1 7 14 0 0 0 15 4 1 1 3 0.40 1.16 40 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 1 -4 -3 -4 -3 1 -6 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 0 2 0 0 0 0 95 0 2.43 1.16 41 R -1 5 1 1 -5 3 -1 -2 1 -3 -3 4 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 5 31 6 7 0 13 1 3 3 1 2 24 0 0 0 1 1 0 0 1 0.69 1.16 42 R 2 4 0 2 -3 1 1 -2 0 -3 -3 2 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -3 17 25 4 10 0 7 10 2 2 1 1 13 0 0 0 3 3 0 0 1 0.49 1.16 43 F -5 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -3 -3 -1 -6 -2 8 -6 -5 -5 -1 4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 85 0 0 0 0 13 0 2.11 1.16 44 K -3 2 -3 -3 0 1 -2 -4 -3 -3 -3 7 -4 -5 -4 -3 -2 -5 -4 -4 0 7 0 0 2 5 0 0 0 1 3 79 0 0 0 0 1 0 0 1 1.40 1.16 45 E -1 0 1 0 -5 4 4 -3 -1 -4 -4 3 -1 -5 -4 -1 2 -5 -4 -3 5 3 6 4 0 17 27 1 1 0 1 16 2 0 0 4 12 0 0 1 0.57 1.16 46 I 0 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 4 1 -4 5 -2 -4 -3 1 -4 -3 4 8 0 0 0 0 0 0 0 0 28 10 0 17 0 0 0 8 0 0 28 0.65 0.67 47 V 1 -4 2 -3 5 -3 1 -4 -3 2 1 -3 4 -3 -4 -2 -2 -4 -3 2 12 0 12 0 12 0 12 0 0 12 12 0 12 0 0 0 0 0 0 12 0.43 0.78 48 P -3 -1 0 -1 -1 -1 -3 -2 -4 -5 -5 0 -4 -5 8 -1 -1 -6 -5 -3 0 3 5 3 1 2 0 2 0 0 0 5 0 0 70 4 2 0 0 2 1.65 0.84 49 S 3 -3 0 -1 -3 0 -2 0 -3 -4 -4 -2 0 -4 -3 5 0 -5 -4 -3 24 0 4 3 0 4 0 7 0 0 0 0 3 0 0 52 4 0 0 0 0.72 0.84 50 K -3 1 -3 -3 -5 1 -2 -4 -3 1 -2 6 0 -4 -1 -2 -3 -5 -4 -3 0 4 0 0 0 5 0 0 0 12 3 70 2 0 3 0 0 0 0 0 1.00 0.84 51 S 3 -2 -3 -2 -3 -3 -3 2 -3 -3 -2 -2 5 -1 -3 3 0 -4 -3 -2 23 1 0 1 0 0 0 18 0 0 2 1 19 3 0 26 4 0 0 2 0.52 0.84 52 E -2 -1 -2 1 -5 3 5 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -2 -2 -2 0 -4 -1 -4 2 2 0 6 0 15 53 2 0 2 6 0 0 2 1 1 5 0 2 0 0.75 0.84 53 E -3 1 -2 -1 -6 5 6 -4 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 5 0 0 0 32 63 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.33 0.84 54 K -3 3 2 -2 -5 -1 -1 -3 2 -5 -5 6 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -4 0 13 11 0 0 0 0 0 5 0 0 71 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.79 55 Q -2 3 2 -2 -5 6 -1 -2 -2 -4 -3 2 -3 -5 -3 -1 1 -4 -4 -4 1 14 9 0 0 48 0 1 0 0 2 13 0 0 0 3 8 0 0 0 0.85 0.79 56 L 0 1 1 -4 -4 -3 -4 -5 4 1 0 -3 3 2 -5 -3 -3 5 3 1 9 9 9 0 0 0 0 0 9 9 9 0 9 9 0 0 0 9 9 9 0.49 1.11 57 F -2 -2 0 3 6 -1 -2 2 -4 -4 -2 -4 -4 4 -5 -2 -2 4 0 -4 3 2 4 16 16 2 3 16 0 0 3 0 0 21 0 3 3 5 3 0 0.66 1.26 58 R 0 5 1 1 -5 0 -1 -1 1 -2 -5 3 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -4 9 33 7 6 0 4 4 4 3 3 0 20 0 0 0 4 3 0 0 0 0.65 1.26 59 A 0 -1 0 3 -5 2 5 -4 -3 -5 -5 0 0 0 -4 -1 -2 -5 -4 -1 8 2 3 15 0 10 42 0 0 0 0 3 3 4 0 3 2 0 0 4 0.72 1.22 60 Y -5 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -6 1 -1 -1 -5 -2 8 -6 -5 -5 -2 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 4 0 0 75 0 0 0 0 12 3 1.82 1.22 61 E -2 -2 -2 2 -6 1 6 -2 -1 -5 -3 0 -1 0 -4 -2 -2 -5 0 -3 3 1 1 12 0 6 53 3 1 0 2 4 2 5 0 1 2 0 3 1 0.83 1.22 62 Q 0 0 -1 1 -5 2 5 -3 0 -3 -5 3 -4 -3 -4 -1 -1 -5 -4 -3 7 4 3 5 0 10 38 1 2 1 0 22 0 1 0 3 3 0 0 1 0.71 1.22 63 E 2 0 -1 -1 -4 4 2 -2 0 0 -2 0 -1 -5 -4 -1 -1 -5 -4 2 16 4 3 2 0 18 13 3 2 5 4 5 1 0 0 4 2 0 0 16 0.32 1.26 64 N 0 -3 -1 -3 0 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -3 6 3 -5 -4 -3 6 0 1 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 1 0 69 15 0 0 1 1.03 1.10 65 D -2 -3 0 0 -5 -3 -1 7 -1 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -3 -5 -5 -6 0 1 4 5 0 0 4 79 2 0 0 3 0 0 0 1 1 0 0 0 1.47 1.10 66 V -4 -3 -5 -5 1 -1 -3 -6 0 0 -1 -3 0 2 -5 -4 -4 -1 8 1 0 1 0 0 3 2 1 0 1 5 5 1 3 4 0 0 0 0 63 10 1.37 1.10 67 S -1 -2 1 1 -4 -1 -1 -2 -3 -2 -5 -3 -4 -5 -3 6 -1 -5 -4 -1 2 1 6 8 0 2 4 1 0 2 0 0 0 0 0 71 0 0 0 4 1.00 1.10 68 C 0 -4 -4 -4 5 -4 -4 -2 -5 3 1 -4 -1 -2 2 3 1 -5 -4 -1 6 0 0 0 13 0 0 3 0 22 12 0 1 1 11 21 7 0 0 2 0.53 1.10 69 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -4 -3 -4 -3 3 -6 -4 -4 4 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 4 88 0 2.29 1.10 70 Q -2 5 -2 -2 -3 4 -1 -4 4 -5 -3 3 -3 -3 0 -2 -1 -5 -3 -5 2 31 1 1 1 21 1 1 12 0 3 18 0 1 5 1 3 0 0 0 0.81 1.13 71 T 3 -4 -4 -5 2 -4 -4 -4 -5 1 -1 -4 -2 -4 -4 -1 4 -5 -4 4 24 0 0 0 4 0 0 0 0 5 3 0 0 0 0 1 29 0 0 35 0.77 1.09 72 I -2 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -6 -5 4 0 -4 4 -1 -5 -3 -1 -5 -3 5 1 1 1 0 0 0 0 0 0 27 3 0 13 2 0 1 2 0 0 48 1.00 1.09 73 K -3 1 -2 -3 -5 5 -1 -4 -3 -5 -5 6 -3 -6 -3 -2 -2 -5 -4 -5 0 4 0 0 0 32 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 2 0 0 0 1.38 1.04 74 K 2 0 -2 -2 -4 3 1 -4 -1 -3 0 3 -1 0 -4 -1 -1 -5 -2 -3 21 4 1 1 0 16 10 0 1 1 9 22 1 4 0 3 3 0 1 1 0.40 1.07 75 A 6 -4 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -4 -1 -1 -3 2 -4 -4 0 -1 -5 -3 1 67 0 0 0 1 0 0 1 0 2 6 0 6 0 0 4 1 0 1 11 0.89 1.07 76 R -3 4 -1 -3 -5 3 -1 -4 -2 -4 -2 6 -1 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 0 21 3 0 0 14 1 1 1 1 4 51 1 0 0 1 1 0 0 0 1.01 1.07 77 E 0 0 2 2 -5 2 4 -2 -2 -4 -4 2 -4 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 8 3 10 11 0 7 35 2 0 1 1 15 0 0 0 3 4 0 0 0 0.62 1.07 78 E 1 -2 2 -1 -1 1 0 -1 1 -2 -1 1 -2 -5 -4 2 2 -5 -2 -3 14 0 11 2 1 8 5 3 4 2 6 10 1 0 0 19 11 0 1 1 0.30 1.12 79 M -1 -2 1 2 -5 1 3 -1 -3 -4 -4 1 -2 -5 2 0 2 -5 -4 -2 4 1 7 11 0 6 23 4 0 0 1 8 1 0 10 7 13 0 0 4 0.43 1.13 80 E 0 0 0 2 -5 2 3 -1 -2 -3 -4 3 -4 -4 -2 1 0 -5 -4 -4 7 5 4 13 0 7 17 4 0 1 1 22 0 1 2 9 5 0 0 1 0.43 1.15 81 E -1 -1 0 0 -5 3 1 3 0 -5 -5 3 -4 -5 -1 -1 0 -5 -4 -4 5 2 4 5 0 13 9 25 3 0 0 19 0 0 3 4 6 0 0 1 0.49 1.16 82 H -3 2 -1 -1 -3 1 -1 -5 -1 1 -1 3 2 1 -4 -2 1 3 0 0 1 11 3 3 0 8 3 0 2 8 5 20 6 7 0 2 9 4 3 5 0.29 1.19 83 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 6 2 -5 -1 2 -5 -5 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 21 0 0 9 0 0 0 0 0 14 1.18 1.13 84 Q -3 3 -1 -3 -5 1 -1 -4 2 -5 -5 6 -2 -5 -4 2 -1 -5 -4 -5 0 16 2 0 0 4 2 0 5 0 0 53 1 0 0 16 2 0 0 0 0.99 1.07 85 M -3 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 1 3 -4 8 1 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 31 0 52 5 0 0 0 0 0 7 1.28 0.99 K Lambda Standard Ungapped 0.1322 0.3166 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1956 0.3172 PSI Gapped 0.0599 0.2670