Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 3 6 -5 3 -3 -6 -5 -4 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 71 0 6 0 0 0 0 0 0 10 1.34 1.49 2 I -2 -6 -4 -6 -2 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 3 0 -6 -5 -1 -5 -3 2 3 0 1 0 1 0 0 0 0 51 21 0 8 3 0 0 4 0 1 9 1.10 1.56 3 L -3 -2 0 -4 0 1 -3 -6 -3 1 4 0 4 -3 -2 0 -1 1 -3 -1 1 2 4 1 2 7 1 0 1 6 42 6 9 0 2 6 3 2 0 3 0.52 1.60 4 A 7 -5 -5 -4 -2 -4 -4 -2 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -3 -1 -1 -2 -5 -1 88 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1 1 3 1 0 3 1.55 1.60 5 A 6 -5 -4 -5 -1 -3 -3 -2 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -3 1 -1 -6 -5 -1 79 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 10 2 0 0 5 1.37 1.65 6 N -3 -2 7 3 -3 -1 -2 -4 2 -4 -5 -1 -5 -4 -5 0 -1 -1 -1 -5 1 2 56 13 1 2 2 0 4 1 1 4 0 1 0 5 3 1 2 0 1.21 1.67 7 Y -3 -5 -3 -3 -3 -2 -4 -4 1 -3 -3 -4 -2 4 -4 -2 -3 -2 8 -3 2 0 1 1 0 2 1 2 2 1 1 1 1 17 1 3 1 0 61 1 1.63 1.68 8 L -4 -4 -6 -6 -1 -5 -4 -7 -3 -1 6 -5 3 -1 -4 -4 -3 -5 -4 -2 0 1 0 0 1 0 1 0 1 1 82 0 6 2 1 1 1 0 0 1 1.44 1.66 9 N -3 -2 5 5 0 1 2 -1 1 -3 -4 -1 -5 -3 -5 -2 -4 -6 -2 -4 1 1 29 31 2 6 10 4 3 1 1 3 0 1 0 3 0 0 1 1 0.89 1.66 10 I -3 -5 -3 0 -1 -5 -5 -4 -5 7 -1 -4 3 -2 -5 -4 -2 -5 -1 2 2 0 1 7 1 0 0 1 0 59 3 1 6 1 0 1 2 0 2 12 1.11 1.65 11 K -2 1 -1 0 -3 1 2 -4 -2 -4 -4 6 -2 -6 2 -1 -2 -6 -3 -4 2 6 2 5 1 6 11 1 1 1 2 45 1 0 10 3 3 0 1 1 0.79 1.67 12 N -1 -1 0 1 -1 2 0 4 -2 -4 -3 -1 -1 -4 1 2 -2 -5 -2 -2 4 3 4 7 1 9 6 29 1 1 2 3 2 1 8 14 1 0 1 2 0.40 1.65 13 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 0 6 -5 1 -1 -2 -4 -4 0 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 85 0 3 2 2 1 0 1 0 2 1.49 1.65 14 L -3 -2 -4 -5 -2 -2 -3 -5 -2 0 5 -2 4 0 -4 -3 -3 -1 -1 0 1 2 1 0 1 2 2 1 1 3 58 2 10 4 1 2 1 1 2 6 0.85 1.61 15 D -3 -2 2 6 -6 0 3 -2 2 -3 -4 0 -2 -5 -4 -1 -2 -6 -2 -3 2 2 10 41 0 4 16 2 4 2 2 5 1 0 0 3 2 0 2 2 0.83 1.64 16 L -1 -2 -3 -2 -1 -1 -4 -3 -2 0 4 -3 2 0 -3 -2 -2 -4 1 2 5 3 1 3 1 3 0 2 1 4 40 2 4 4 1 3 2 0 5 15 0.46 1.58 17 T 1 -4 -4 -4 4 -4 -4 1 -5 2 0 -2 2 -2 -2 0 4 -5 -4 0 13 0 0 0 9 0 0 10 0 11 10 2 4 2 2 6 26 0 0 5 0.46 1.58 18 C 0 -3 -2 -5 10 -2 -3 -3 -2 0 -3 -4 -1 -2 -3 0 0 -5 -1 -1 7 1 2 0 54 2 1 2 1 5 2 0 2 2 2 7 6 0 2 3 1.47 1.58 19 Q -1 1 -1 0 -5 5 0 -3 -1 -3 -3 4 0 -5 -4 -2 -1 -1 -4 -3 5 6 2 5 0 30 4 2 1 2 2 28 2 0 0 3 3 1 0 2 0.73 1.60 20 T 1 0 -1 -3 1 -1 0 -3 0 -1 -2 2 0 -1 -4 -1 4 -5 -1 -1 13 6 2 1 2 2 7 1 2 4 3 13 2 2 0 3 27 0 2 5 0.36 1.60 21 V 1 -3 -3 -4 4 -3 -3 -4 -4 1 0 1 3 2 -4 1 1 -4 -3 1 10 0 0 0 9 0 1 1 0 10 10 10 9 9 0 10 10 0 0 10 0.32 1.01 22 A 5 -2 -2 -2 -4 -1 -2 -1 -4 -1 -4 -3 0 -1 -2 0 -1 -5 -4 0 57 2 2 2 0 2 2 4 0 3 1 0 2 3 2 6 4 0 0 7 0.75 1.57 23 D -1 0 3 4 2 -1 0 -1 1 -1 -2 0 0 -1 -5 1 -1 -6 0 -2 5 5 13 23 4 3 5 4 3 3 3 5 3 3 0 9 3 0 3 3 0.32 1.94 24 M -1 0 1 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 1 0 6 6 5 6 5 5 6 0 5 6 6 6 5 5 0 6 6 5 5 6 0.18 1.89 25 I -1 -4 0 -5 2 0 -4 -1 -4 5 0 -4 4 1 -5 -1 0 -4 -4 1 6 0 4 0 4 5 0 4 0 33 8 0 9 5 0 5 5 0 0 9 0.53 1.55 26 K -2 2 0 -2 -1 0 1 -2 0 -3 -4 5 -1 -3 -2 -1 -1 -5 -2 -3 3 11 4 1 2 3 9 2 2 2 1 43 2 1 1 5 4 0 2 2 0.67 1.70 27 G -2 -1 1 1 1 -2 -2 5 -1 -5 -4 0 -5 -5 -5 -1 0 0 0 -3 3 3 6 8 3 2 3 46 1 0 2 6 0 0 0 4 5 1 4 2 0.71 1.70 28 K 0 1 1 -4 3 1 0 0 3 -4 -1 0 2 1 -4 0 0 -4 2 -4 7 7 7 0 6 7 7 7 6 0 7 7 6 6 0 7 7 0 6 0 0.22 1.56 29 T -1 0 1 0 -4 0 0 -1 -4 -1 -4 0 1 -5 0 3 4 -5 -4 -3 5 4 5 5 0 4 5 4 0 4 1 6 4 0 5 21 27 0 0 0 0.44 1.45 30 P 0 -1 -1 -1 -5 -4 -2 -3 1 0 -1 -2 1 -5 6 -2 -1 -6 -5 2 8 3 3 4 0 0 2 2 3 5 5 2 3 0 36 3 4 0 0 17 0.68 1.56 31 E -1 -2 -1 3 -6 0 6 -1 -1 -3 -4 0 -1 -3 -2 -2 -3 -6 -3 -3 5 2 2 14 0 4 52 4 1 1 1 4 2 1 2 2 1 0 1 2 0.87 1.54 32 E -2 -2 -2 0 -6 3 6 -2 0 -6 -5 0 -5 -1 -4 -2 -2 0 0 -3 3 2 1 3 0 13 54 4 2 0 0 4 0 3 0 2 3 1 4 2 0.95 1.54 33 I -3 -5 -6 -6 0 -2 -5 -6 -6 6 1 -3 3 0 -5 -5 -1 -5 -4 3 2 0 0 0 2 2 0 0 0 54 8 2 8 3 0 0 3 0 0 15 1.11 1.51 34 R -3 8 -4 -5 3 0 -3 -3 0 -4 -4 -1 -2 -4 -3 -3 -4 -6 -2 -5 2 75 0 0 5 3 1 2 2 1 2 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1.58 1.61 35 T -1 0 0 2 -2 2 3 -4 -1 -3 -4 4 -2 -4 -3 0 0 -6 -5 -2 6 3 4 9 1 8 17 1 1 1 1 28 1 1 1 6 7 0 0 3 0.49 1.61 36 T -2 -1 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -1 3 2 -1 3 2 -4 -2 3 -4 2 0 2 3 1 1 1 2 2 1 2 15 16 4 6 10 1 2 20 0 6 5 0.36 1.67 37 F -5 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -6 -4 -1 1 -6 -1 8 -6 -3 -5 2 1 -3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 13 0 1 71 0 2 0 2 2 1 1.76 1.59 38 N -3 -1 6 0 -3 -1 -2 4 3 -4 -5 -1 -3 -6 -3 -1 -2 -6 -3 -5 1 3 36 5 1 2 1 27 6 1 1 3 1 0 1 5 2 0 1 0 0.85 1.60 39 I -3 -5 -6 -4 -4 -3 -4 -6 -6 7 1 -5 0 -2 -5 -3 -1 -5 -3 2 2 0 0 1 0 1 1 0 0 63 8 0 1 1 0 2 3 0 1 12 1.21 1.60 40 K -1 0 -1 -2 -5 0 4 -3 -1 -2 -4 3 -2 -4 3 -1 -1 -6 -5 0 5 5 3 2 0 4 23 1 1 2 1 19 1 1 13 3 4 0 0 9 0.42 1.61 41 N -3 -2 7 2 1 -1 -2 -1 -2 -3 -5 -1 -5 -5 -3 0 1 -6 -2 -4 1 2 50 9 3 2 2 3 1 1 0 4 0 0 1 8 8 0 1 1 0.96 1.61 42 D -3 -3 0 7 -6 -2 0 -2 -2 -4 -6 -2 -5 -6 -2 -3 -3 -6 -5 -3 1 1 3 71 0 1 5 3 1 1 0 2 0 0 2 1 1 0 0 2 1.49 1.61 43 F -4 -5 -2 -4 -1 -3 -4 -5 -2 -1 1 -5 0 7 -3 -2 -3 -2 5 -2 1 0 2 1 2 1 1 0 1 3 14 0 2 45 1 3 1 0 16 2 1.05 1.55 44 T -2 -2 -2 -3 -4 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -2 -1 -3 -1 1 6 -5 -4 -2 3 2 1 1 0 1 3 1 0 3 2 2 1 1 3 9 61 0 0 1 0.98 1.57 45 P -1 -2 -3 0 -5 -1 2 -4 -2 -4 -3 -1 -4 -5 7 -1 -3 -5 -3 -4 5 2 1 5 0 2 15 0 1 1 3 4 0 0 49 3 1 0 1 1 1.11 1.56 46 E -1 -3 -1 0 -6 1 6 -2 -3 -6 -4 0 -1 -3 -2 -1 -3 -6 -3 -5 6 0 3 4 0 4 62 4 0 0 1 4 1 1 1 3 1 0 1 0 1.05 1.63 47 E -3 -2 -3 0 -6 1 7 -4 -2 -6 -4 -1 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -3 1 1 0 4 0 4 77 1 1 0 2 1 0 0 0 0 1 0 0 2 1.49 1.63 48 E -4 -2 -2 2 -6 -1 6 -4 -1 -3 -2 0 -1 -6 -3 -3 -3 -6 -3 -3 1 2 1 8 0 1 64 1 1 2 4 5 1 0 1 0 1 0 1 1 1.11 1.64 49 E 3 0 -4 0 -5 0 5 -3 -2 -5 -3 -1 -1 -6 -2 -1 -4 -6 -5 -4 26 5 0 5 0 3 43 2 1 0 3 3 1 0 1 2 0 0 0 1 0.76 1.61 50 E 1 1 -2 0 -4 4 5 -4 -3 -5 -4 1 -2 -4 -4 -2 -2 -1 -4 -4 11 8 1 4 0 18 33 1 0 0 2 7 1 1 0 2 2 1 0 0 0.64 1.62 51 V -1 -3 -3 -4 -4 -5 -4 -5 -4 5 1 -3 2 -1 -5 -3 -3 -1 -3 4 5 1 1 1 0 0 1 1 0 36 10 1 4 2 0 2 0 1 1 29 0.78 1.60 52 R -3 7 -2 -4 2 1 -1 -4 0 -3 -3 2 0 -5 -2 -2 -3 -1 -3 -4 2 55 2 0 4 5 2 1 3 1 2 10 2 0 2 2 0 1 1 0 1.04 1.61 53 R -3 4 -1 -2 -3 2 1 -4 -2 -5 -3 5 1 -4 -3 -2 -3 -2 -5 -3 2 24 2 2 1 8 8 1 1 0 2 36 4 0 1 2 1 1 0 1 0.75 1.61 54 E -2 -2 -2 0 -6 2 7 -2 0 -5 -5 0 -3 -6 -4 -3 -2 -6 -5 -5 4 1 1 5 0 6 66 3 2 0 1 4 1 0 0 1 2 0 0 0 1.20 1.60 55 N -3 -3 8 -2 -4 -2 -3 -3 3 -3 -3 -3 -5 -1 -5 -1 -2 -2 1 -4 1 1 67 0 0 1 1 1 7 1 3 1 0 3 0 3 2 1 6 1 1.41 1.56 56 Q 2 -1 -2 -2 -2 5 3 -3 -3 -4 -3 0 -3 -3 2 0 -3 -6 -5 -4 17 3 1 2 1 30 18 2 0 0 3 5 1 1 9 7 1 0 0 1 0.65 1.58 57 W -5 -2 -7 -7 -2 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -1 -7 -6 -5 13 0 -6 0 3 0 0 1 0 1 0 0 0 2 1 0 1 0 0 0 89 1 0 3.69 1.54 58 A 6 -4 -5 -4 6 -4 -4 -3 -5 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -1 -1 -5 -3 -1 62 1 0 1 19 0 0 1 0 3 1 0 0 2 1 2 3 0 1 3 1.20 1.50 59 F -5 -5 -3 -4 -3 -4 3 -5 0 -3 -2 -2 -1 8 -6 -4 -4 -1 1 -3 0 0 1 0 1 0 21 0 2 0 2 2 1 64 0 0 1 0 3 1 1.51 1.48 60 E -4 -3 -3 3 -7 1 7 -5 1 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 18 0 5 75 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.64 1.36 K Lambda Standard Ungapped 0.1325 0.3152 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1889 0.3178 PSI Gapped 0.0578 0.2670