Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.57 0.51 2 R -3 8 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.56 0.51 3 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 0 4 -4 3 5 -5 -4 -3 -2 2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 0 7 34 0 0 0 0 6 0 0.87 0.51 4 S 3 -3 -2 -3 5 -2 -2 0 -3 -3 0 -2 -2 -3 -3 3 -1 -4 -3 -2 35 0 0 0 15 0 0 4 0 0 11 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0.58 0.51 5 Q -2 -1 2 -1 -4 6 2 -3 -1 -4 -3 0 2 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 0 0 9 0 0 63 12 0 0 0 0 0 8 0 0 8 0 0 0 0 0.91 0.51 6 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -2 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 1 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 80 7 1.49 0.51 7 K -2 1 -1 1 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -2 0 -2 -5 -3 -4 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 83 0 0 0 7 0 0 0 0 1.02 0.51 8 S 0 -2 -2 -3 3 1 -2 0 -3 -1 0 -2 2 -2 -2 2 2 -3 1 1 9 0 0 0 8 9 0 7 0 0 11 0 7 0 2 17 15 0 5 10 0.20 0.50 9 K -2 3 -2 -2 -4 2 -1 -1 -2 -1 -3 6 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 15 0 0 0 9 0 4 0 5 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0.87 0.51 10 Y -2 -1 0 -3 0 -2 0 -1 3 -3 -2 -2 -2 4 -3 1 -1 -1 5 -3 0 4 4 0 2 0 5 5 9 0 0 0 0 23 0 13 4 0 28 0 0.54 0.49 11 S 0 0 -1 -2 0 0 -2 -1 1 -3 -3 0 -3 0 -2 5 2 -4 -2 -3 4 5 0 0 1 2 0 3 3 0 0 3 0 4 0 62 13 0 0 0 0.60 0.51 12 S 3 -2 0 -1 -3 -1 0 0 -3 0 -3 3 -2 -4 -3 2 0 -4 -3 -1 31 0 5 3 0 0 4 6 0 7 0 20 0 0 0 15 3 0 0 5 0.31 0.51 13 L -1 -3 -1 1 -3 2 -2 -3 -3 0 3 -2 -1 -1 -1 2 0 -4 -3 0 3 0 2 7 0 12 0 0 0 4 39 0 0 2 3 18 4 0 0 6 0.28 0.51 14 E -1 -2 0 3 -4 -1 3 1 -2 -4 -4 1 -3 -4 -3 3 -1 -5 -4 -4 3 0 3 18 0 0 28 9 0 0 0 7 0 0 0 31 0 0 0 0 0.57 0.51 15 Q -2 0 -1 -2 -4 8 1 -3 -1 -4 -4 2 -2 -5 -3 -1 -2 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 1.36 0.51 16 S -1 -2 0 1 -4 1 5 0 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 3 0 3 -3 -4 3 0 3 4 0 4 49 5 0 0 0 0 0 0 0 24 3 5 0 0 0.66 0.51 17 E -1 1 0 0 -4 1 6 -3 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -2 5 9 4 0 0 3 64 0 0 0 0 3 0 0 0 3 5 0 0 4 0.79 0.51 18 R -3 8 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.56 0.51 19 R -3 8 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.56 0.51 20 R -2 6 -2 -2 -5 3 3 -3 -1 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 49 0 0 0 17 19 0 0 0 0 12 0 0 0 3 0 0 0 0 0.89 0.51 21 R -2 5 -2 -2 -5 3 3 -3 1 -4 -4 4 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 39 0 0 0 11 21 0 3 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.51 22 L -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 2 -3 0 3 0 1 5 -4 -3 -1 2 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 17 0 5 31 7 3 27 0 0 4 3 4 0 0.46 0.51 23 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 6 -4 1 1 -4 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 92 0 0 5 0 0 0 0 0 0 1.03 0.51 24 E -2 2 -1 1 -5 4 5 -3 -1 -5 -4 0 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 11 0 7 0 26 56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.97 0.51 25 L -2 2 0 -1 -4 1 1 -3 1 -1 3 0 -1 0 -4 -1 -2 -3 -2 -2 0 12 6 2 0 7 11 2 3 0 42 3 0 5 0 6 0 0 0 0 0.29 0.51 26 Q 1 -1 -2 -2 -4 7 0 -3 -1 -4 -3 0 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -3 17 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.51 27 K -2 2 -2 -2 -4 0 -1 -3 -2 2 -3 6 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -2 0 5 0 0 0 0 0 0 0 17 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.51 28 S -1 -1 3 -1 -4 2 3 -1 -2 -4 -2 2 -3 -2 -3 2 0 -4 -3 -3 1 1 16 0 0 11 20 4 0 0 4 17 0 2 0 19 5 0 0 0 0.41 0.54 29 K 0 2 0 -1 -4 3 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 0 -1 -4 -3 -3 9 11 4 3 0 16 0 0 0 0 0 51 0 0 0 4 3 0 0 0 0.69 0.54 30 R -3 7 -2 -3 -5 1 -1 -4 -2 -4 -4 1 -3 -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 95 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 1.47 0.54 31 L -3 0 -4 0 0 -1 -3 -5 -3 -1 4 -3 0 4 -4 -2 -3 -2 2 -2 0 8 0 6 3 3 0 0 0 0 47 0 0 24 0 3 0 0 7 0 0.53 0.54 32 D -3 -2 3 6 -5 -2 0 -3 -2 -4 -5 1 -4 0 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 0 16 68 0 0 0 0 0 0 0 10 0 6 0 0 0 0 0 0 1.13 0.54 33 Y -1 -3 -4 -4 -4 -1 -3 -4 0 -2 0 -3 -2 4 -4 -1 -3 0 8 -1 5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 6 0 0 13 0 3 0 0 66 4 1.14 0.54 34 V 1 -3 -4 -4 -3 0 -3 -4 -3 2 0 -3 1 1 -4 -2 -2 4 1 4 17 0 0 0 0 6 0 0 0 10 3 0 3 6 0 0 0 6 4 46 0.50 0.54 35 N -3 -2 7 1 -4 1 0 -1 -1 -4 -4 -1 1 -4 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 0 70 5 0 5 3 3 0 0 0 3 6 0 0 5 0 0 0 0 1.02 0.54 36 H -3 -2 0 -3 -4 -1 -2 -4 9 0 -2 -2 -2 -2 -4 -1 -3 -3 2 -3 0 0 3 0 0 0 0 0 77 8 4 0 0 0 0 3 0 0 5 0 1.42 0.54 37 A 5 -3 -3 -3 2 -2 -2 0 0 -2 -3 0 -2 -4 -3 1 -1 -4 -3 1 66 0 0 0 4 0 0 5 3 0 0 7 0 0 0 6 0 0 0 9 0.63 0.54 38 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.51 0.54 39 R -2 6 -1 -2 -5 0 -1 -3 -1 -4 -3 4 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.38 K Lambda Standard Ungapped 0.1274 0.3154 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1745 0.3125 PSI Gapped 0.0534 0.2670