Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -3 -5 -6 -6 1 -5 -5 -6 -6 4 2 -5 3 -3 -5 -5 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 21 22 0 9 0 0 0 0 0 0 45 1.10 1.33 2 I -4 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -7 -5 6 1 -6 0 4 -6 -5 -4 -4 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 52 10 0 2 19 0 0 0 0 7 8 1.32 1.80 3 K -3 5 -3 -2 -2 0 2 -5 1 -3 1 1 -2 -1 -5 0 -1 -5 1 -2 1 31 1 2 1 4 12 0 3 1 17 6 1 2 0 8 3 0 5 3 0.53 1.84 4 P 0 -1 -2 -2 -1 3 -2 -5 -3 -3 -3 -3 -3 -4 6 -1 -1 -5 -5 -1 6 4 2 2 1 16 1 0 1 1 2 0 0 1 48 5 4 0 0 4 1.15 1.84 5 A 4 -5 -4 -5 3 -1 -4 -3 -4 0 2 -5 0 0 -5 1 -3 -5 -1 2 32 0 0 0 6 3 0 1 0 4 18 0 2 4 0 10 1 0 2 16 0.57 1.86 6 G 0 -5 0 -4 -3 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 1 -3 -6 -6 -6 6 0 4 0 1 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 9 1 0 0 0 1.81 1.87 7 D -3 -3 -1 7 -5 -2 4 -5 -3 -3 -2 -3 -4 -5 -3 -2 -3 -7 -5 -4 2 1 1 61 0 1 23 0 0 2 4 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1.47 1.90 8 S 0 3 1 2 2 2 0 -2 1 -6 -5 -1 -3 -6 -5 2 1 -4 -4 -4 7 15 6 13 5 9 7 3 3 0 0 3 0 0 0 17 9 0 0 1 0.47 1.90 9 A 5 -5 0 -4 2 -4 -4 1 2 -4 -5 -4 -4 0 -5 1 -1 -3 3 -3 49 0 4 0 4 0 0 9 4 0 0 0 0 4 0 11 3 0 9 1 0.84 1.90 10 F -3 -6 -7 -7 -1 -5 -6 -7 -6 4 4 -6 1 1 -6 -5 -4 0 -3 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 25 42 0 3 5 0 0 0 1 0 21 1.09 1.91 11 L -4 -1 -4 -5 -3 -3 -4 -6 -4 2 5 -4 3 0 -6 -3 0 -5 -1 1 1 3 1 0 0 1 1 0 0 10 52 0 7 4 0 2 6 0 2 10 0.84 1.93 12 I -1 -6 -6 -6 2 -6 -6 -5 -6 4 1 -6 0 -3 -6 -5 -4 -6 -3 5 4 0 0 0 4 0 0 0 0 25 14 0 1 1 0 0 0 0 0 50 1.23 1.92 13 S -3 1 -2 1 -4 1 6 -4 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -1 -1 -4 2 -2 1 9 1 7 0 6 50 1 1 1 1 1 0 0 0 4 4 0 8 4 0.91 1.92 14 F -2 -4 -6 -5 -1 -5 -5 -5 -4 0 2 -6 -1 6 -5 -5 -4 3 5 -1 4 1 0 0 1 0 0 0 0 4 20 0 1 41 0 0 1 4 17 5 1.21 1.92 15 G 1 -4 -2 1 -3 -2 0 5 -2 -4 -4 -2 -5 -1 0 0 -3 -4 -5 -4 10 1 2 7 0 2 7 50 1 1 2 2 0 3 5 7 1 0 0 1 0.83 1.86 16 D -1 -2 3 4 -4 1 3 -1 0 -5 -5 -1 -4 -5 2 0 -1 -6 -4 -4 4 2 12 27 0 7 17 5 2 0 1 3 0 0 9 6 4 0 0 1 0.63 1.89 17 E 0 0 -1 0 -3 2 3 -1 0 -3 -3 0 -2 -4 0 0 1 -4 -3 0 6 5 3 6 0 8 23 6 2 2 3 6 1 1 4 7 9 0 1 9 0.27 1.81 18 I -1 -4 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -3 5 2 -4 3 -1 0 -3 -2 -3 -3 2 5 1 1 2 1 1 1 1 1 36 20 1 7 3 4 1 3 0 1 11 0.68 1.77 19 S -1 -2 2 6 -2 -1 -1 -2 -1 -5 -4 -2 -4 -4 -3 3 0 -5 -5 -4 4 1 7 40 1 3 3 2 1 0 2 1 0 1 1 25 6 0 0 1 0.88 1.80 20 E -1 -2 -3 0 -5 -1 3 -4 -2 1 2 -1 -1 0 3 -2 -3 -5 -3 -2 6 2 1 6 0 2 21 1 1 7 24 4 1 4 14 2 1 0 1 2 0.40 1.82 21 E 2 0 0 3 -3 1 3 -2 0 -4 -3 -1 -3 -4 -2 0 1 -5 -4 -2 19 6 4 14 0 5 20 3 2 1 2 4 1 1 2 5 7 0 0 3 0.38 1.81 22 I 1 -3 0 -3 0 -2 -3 -4 -2 3 3 -3 0 -3 -4 -1 1 -3 -2 2 10 2 6 1 2 2 1 1 1 17 24 1 2 1 0 4 11 0 1 14 0.41 1.80 23 N -1 3 5 -3 -2 1 -3 -3 3 -3 0 -3 0 -1 -2 1 0 0 -1 -3 5 17 26 1 1 5 1 2 7 1 10 1 3 2 2 9 5 1 2 1 0.50 1.82 24 D 2 2 0 0 -1 1 1 -2 -1 -3 -1 0 0 3 -1 -1 -2 -2 0 -2 16 13 4 6 1 7 7 2 1 1 7 5 2 11 3 4 3 0 3 2 0.20 1.81 25 R 0 5 -2 -1 0 2 -1 -4 0 -3 -2 2 -1 -3 -4 -2 -1 2 -1 -3 6 33 1 4 2 9 3 1 2 2 5 13 2 1 1 2 4 3 2 2 0.58 1.81 26 V 0 -5 -4 -5 0 -5 -5 -3 -5 4 0 -5 1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 5 9 0 1 0 2 0 0 2 0 25 6 0 3 1 1 1 2 0 1 46 1.00 1.82 27 H -1 2 -1 -4 -2 3 -3 -2 6 0 2 -1 2 -2 -4 -2 -1 2 -2 -2 6 10 3 1 1 13 1 3 19 4 19 2 4 2 0 2 3 3 1 2 0.49 1.85 28 S 5 0 -2 -3 -2 2 -1 -1 0 -2 -1 -1 -2 -3 -4 1 -2 -3 -3 -2 44 6 2 1 1 8 4 4 3 2 6 3 1 1 0 9 2 0 1 2 0.52 1.87 29 L 0 -5 -5 -6 -2 -5 -6 -5 -3 1 5 -5 1 4 -6 -4 -2 0 0 0 8 0 1 0 1 0 0 0 1 7 51 0 3 15 0 1 3 1 2 6 0.89 1.86 30 A 3 0 -2 -1 2 -1 -1 -3 1 -1 -2 0 4 0 -5 0 1 -2 1 0 21 5 1 4 4 3 4 1 3 4 3 5 10 5 0 7 9 0 4 6 0.26 1.86 31 K 1 2 1 1 -4 3 2 -3 1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -1 0 -3 -3 -4 14 13 7 8 0 13 14 2 4 1 3 8 1 1 1 4 6 0 1 1 0.38 1.86 32 A 3 2 -2 -3 0 1 -1 -2 0 -2 -1 -1 0 -2 -5 0 -2 3 2 -2 29 11 2 1 2 6 5 2 2 3 7 4 2 1 0 6 2 4 7 3 0.33 1.86 33 I -3 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -1 4 5 -5 0 -1 -6 -4 -3 -2 -4 2 1 0 0 0 1 0 1 0 1 22 54 0 1 2 0 1 1 1 0 13 1.10 1.80 34 E 0 3 0 1 -4 2 3 -2 0 -3 -1 2 -2 -5 -4 -1 -1 -6 -3 -2 8 18 4 6 0 8 20 3 2 1 6 13 1 0 1 4 3 0 1 2 0.42 1.80 35 K 3 1 1 1 -3 2 3 -2 -1 -4 -4 1 -2 -4 -3 0 -1 -3 -3 -3 22 8 6 7 0 11 17 3 2 1 1 9 1 0 1 6 4 0 1 1 0.39 1.85 36 E 2 2 0 0 0 2 1 -2 3 -3 -1 1 0 -4 -4 0 -1 -3 -1 -3 16 11 5 5 2 9 9 2 8 1 6 7 2 1 0 7 4 0 2 1 0.27 1.83 37 S 0 0 2 -1 -2 0 -2 0 0 -3 0 1 -3 0 4 0 -1 -3 -2 -3 9 5 10 3 1 5 3 7 3 1 9 8 1 5 18 6 4 0 1 1 0.26 1.83 38 P -2 -4 -4 -2 -3 -2 -4 0 -1 4 2 -3 -2 2 3 -2 -1 3 -2 0 4 1 1 2 1 2 1 6 2 22 18 1 1 9 13 2 3 4 1 6 0.41 1.84 39 E 0 0 0 2 -2 -1 2 -3 0 -3 -4 -1 -2 -4 5 -1 -1 -1 -2 -2 8 5 4 13 1 2 12 2 3 1 2 4 1 0 31 5 3 1 1 2 0.61 1.73 40 W -1 -3 -2 -2 -3 -2 -2 6 -1 -4 -4 -3 -3 -2 -3 -1 -3 4 -2 -3 4 2 1 2 1 2 2 64 2 1 1 1 0 2 2 4 1 6 1 2 1.17 1.72 41 L -3 -4 -6 -6 -2 -4 -4 -6 -6 4 2 -3 1 0 -4 -4 -3 -1 -2 5 2 1 0 0 1 1 1 0 0 27 18 1 4 4 1 1 1 1 1 36 0.93 1.72 42 V -3 1 -3 -3 -1 0 -1 -3 -1 4 1 -1 1 -2 -5 -3 1 1 -2 3 1 9 1 1 1 5 5 2 2 23 11 3 3 1 0 2 10 2 1 18 0.40 1.73 43 E -3 -2 1 5 -6 -1 6 -2 -2 -4 -5 -2 -5 -4 -4 -1 -2 -6 -3 -5 1 2 6 28 0 1 48 3 1 1 1 1 0 1 0 3 1 0 1 0 1.14 1.72 44 L -1 -4 -4 -3 2 -3 -5 -6 -3 3 3 -5 3 0 -4 -1 0 2 0 3 4 1 1 2 4 1 0 0 1 14 25 0 6 3 1 4 7 2 4 21 0.52 1.75 45 V -1 -4 -2 -4 2 -4 -3 -4 -3 3 -2 -5 -1 -4 -5 0 3 -6 -3 5 3 1 2 1 4 1 1 1 1 17 2 0 1 0 0 6 18 0 1 42 0.82 1.73 46 P -2 -4 -1 -4 -3 -2 -3 -2 -3 -3 -4 -4 -3 -6 8 -2 -2 -7 -6 -4 3 1 3 0 1 2 1 2 1 1 1 0 1 0 79 3 2 0 0 1 2.14 1.75 47 A 3 -4 0 -4 2 -4 -3 3 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -4 3 2 -5 -2 -4 29 0 4 0 5 0 1 23 1 2 0 0 1 0 0 21 12 0 1 0 0.72 1.73 48 Y 0 -5 0 -6 -1 -5 -3 -2 -2 1 0 -5 0 3 -4 -4 -2 0 7 0 8 0 5 0 1 0 2 3 1 10 7 0 3 13 1 1 2 1 38 7 0.90 1.75 49 S 1 5 2 -1 2 -1 -2 -3 1 -4 -4 -2 -1 -4 -5 0 3 -6 -5 -2 14 31 9 4 4 2 1 1 3 1 1 1 2 1 0 6 17 0 0 2 0.62 1.75 50 S -1 -3 0 -2 -1 -2 -3 -2 -4 -5 -5 -2 -4 -6 -4 6 4 -6 -5 -3 4 1 4 2 1 1 1 3 0 0 0 2 0 0 0 57 25 0 0 1 1.13 1.75 51 L -3 -5 -4 -3 -1 -5 -6 -6 -6 2 5 -5 1 -1 -6 -5 -1 -5 0 3 2 0 1 1 1 0 0 0 0 12 51 0 2 2 0 0 3 0 3 22 0.96 1.65 52 L -1 -3 -4 -5 -3 2 -4 -4 -1 -1 4 -4 4 0 -5 -2 3 -2 0 -2 5 1 1 0 0 10 0 1 2 2 36 0 12 4 0 2 19 0 3 1 0.63 1.65 53 V -3 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 5 1 -5 -1 -1 -6 -5 -3 -5 -2 6 1 0 0 0 1 0 0 0 0 28 12 0 1 2 0 0 1 0 1 52 1.25 1.65 54 I -2 2 -2 -1 2 1 0 -4 6 0 -3 -2 -3 1 -3 -2 -1 -2 3 0 2 14 2 3 4 7 6 1 20 6 2 2 0 6 1 2 3 0 10 7 0.50 1.68 55 Y -3 -5 -4 -6 -2 -4 -5 -6 -1 -1 -2 -5 -2 6 -6 -4 -3 0 7 -2 1 0 1 0 1 1 0 0 1 2 2 0 0 38 0 1 1 0 48 3 1.78 1.67 56 D -4 0 2 7 -6 -1 0 -4 0 -6 -3 -2 -5 -6 -5 -2 -2 -7 -3 -5 1 5 9 69 0 2 4 1 2 0 3 2 0 0 0 2 2 0 1 1 1.48 1.65 57 P -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 0 -3 -2 -1 -2 -3 -4 7 0 -2 -4 -4 -3 4 1 2 1 1 1 1 7 0 2 6 2 1 1 61 6 2 0 0 2 1.40 1.66 58 L 0 0 -2 1 -1 -1 0 -2 1 0 2 -1 0 1 -4 0 0 0 0 -1 7 6 2 10 1 2 8 3 3 4 22 3 2 5 0 7 6 1 4 4 0.14 1.66 59 K 0 3 -2 -3 -3 2 0 -4 1 1 0 2 -1 -4 -3 -1 0 -3 -3 2 8 15 1 1 1 9 6 1 3 8 8 13 1 0 1 3 5 0 1 14 0.28 1.69 60 A -2 -4 -2 -4 1 -3 -4 -5 -3 5 2 -4 1 -1 -4 -2 3 -1 -2 2 3 1 2 1 2 1 0 0 1 30 18 1 3 2 1 3 16 1 1 13 0.61 1.73 61 S 0 -1 1 4 -1 -2 -1 -1 0 -4 -4 -1 -5 -4 2 3 1 -6 -4 -3 6 3 6 21 1 1 3 4 3 1 1 2 0 0 11 27 8 0 0 1 0.53 1.73 62 Y 0 2 -4 -3 -3 3 -2 -4 3 -1 0 -3 -2 3 2 -2 -2 -1 4 -2 9 11 0 1 1 12 2 1 8 3 8 0 1 11 10 2 2 1 15 3 0.44 1.74 63 E 1 0 0 2 -4 1 3 -1 1 -4 -3 1 -3 -1 -1 1 -1 -3 -1 -3 14 5 5 12 0 7 16 4 3 1 3 8 0 2 3 10 4 0 2 1 0.27 1.76 64 E 1 1 -1 2 -4 2 3 -2 0 -3 -4 1 -3 -3 -3 0 1 -2 -2 -2 13 8 3 9 0 10 20 3 3 1 1 8 0 1 1 7 8 0 1 2 0.35 1.80 65 V 0 -5 -6 -6 -4 -4 -4 -6 -4 2 5 -5 2 0 -4 -4 -2 -2 -4 3 7 0 0 0 0 0 1 0 0 11 49 0 4 3 1 0 1 1 0 21 0.92 1.79 66 E 0 1 -3 -4 2 -1 0 -3 -2 2 2 1 1 -2 -5 -1 -1 -3 -2 2 9 9 1 1 4 3 7 1 1 11 17 10 3 1 0 4 4 0 2 12 0.23 1.78 67 S 2 1 0 2 -3 2 2 -1 0 -4 -4 1 -3 -5 -2 0 0 -6 -3 -3 21 7 4 11 0 8 14 5 2 0 2 8 0 0 2 8 4 0 1 2 0.35 1.78 68 Y 1 2 -3 -3 -1 2 1 -4 2 0 1 1 0 -1 -4 -2 0 4 2 -1 12 10 1 1 1 8 8 1 5 6 13 7 3 3 0 2 5 6 6 3 0.23 1.79 69 L -3 -4 -6 -5 -3 -5 -5 -5 -6 4 5 -4 0 -2 -5 -5 -3 -5 -4 2 1 0 0 1 0 0 1 1 0 21 54 1 2 1 0 0 0 0 0 16 1.11 1.82 70 K -1 4 -1 0 -2 2 2 -3 0 -2 -1 3 -1 -4 -4 -1 -1 -4 -3 -2 5 20 3 4 1 10 15 1 2 3 6 15 1 1 0 5 4 0 1 2 0.39 1.81 71 R 2 2 0 1 -4 2 3 -1 -1 -4 -3 1 -4 -5 -1 1 0 -4 -3 -4 15 11 5 7 0 9 18 4 2 1 2 8 0 0 3 11 5 0 1 0 0.36 1.81 72 I 0 -2 -5 -5 0 -2 -5 -5 -3 4 4 -5 1 -1 -5 -4 -2 2 -2 1 7 2 0 0 2 2 0 0 1 21 46 0 2 2 0 1 2 3 1 8 0.79 1.84 73 S 0 -3 -1 0 -1 -1 3 -2 -4 1 3 -2 -1 -4 -1 0 -2 -3 -1 -1 9 1 3 4 2 2 23 3 0 8 25 1 1 0 3 6 2 0 2 3 0.33 1.83 74 A 3 -2 0 1 -2 1 0 -1 -1 -1 -1 0 -3 -3 -1 2 0 -3 -3 -2 26 2 5 6 1 7 6 5 2 4 6 5 0 1 3 13 5 0 1 2 0.24 1.81 75 R 0 3 -1 -1 -5 4 3 -3 1 -3 -2 2 -1 -4 -4 0 -1 -5 -2 -3 9 14 2 2 0 20 17 2 3 1 3 11 2 0 0 7 3 0 1 1 0.50 1.80 76 E 0 1 0 2 -5 2 3 -2 -2 -1 -2 0 -2 -3 2 -1 -1 -6 -2 -4 10 7 5 13 0 8 20 2 1 3 5 4 1 1 11 4 4 0 1 1 0.34 1.76 77 V 1 -3 -1 -2 -3 -1 -1 0 -5 1 2 -1 0 -2 0 0 0 -5 -4 2 11 1 3 2 0 3 4 7 0 8 19 4 2 1 4 6 6 0 0 16 0.19 1.75 78 E 0 -1 1 1 -6 2 5 -2 -1 -5 -4 0 -4 -6 0 1 0 -1 -5 -4 6 2 5 7 0 8 38 3 1 1 1 4 0 0 5 12 4 1 0 1 0.65 1.76 79 R 1 3 -1 -1 -5 3 1 -2 2 -4 -2 1 -3 -4 -1 2 1 -6 -3 -3 11 14 2 2 0 14 9 3 4 0 4 8 0 1 3 13 9 0 1 1 0.36 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