Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 0 -1 3 0 -2 0 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -1 4 2 -3 -2 -2 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 18 0 0 0 0.45 0.08 2 T 2 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -2 0 -1 -1 -1 -2 -2 1 4 -3 -2 2 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 0 0 22 0.30 0.08 3 R -2 7 -1 -2 -4 1 -1 -3 -1 -4 -3 2 -2 -4 -3 -1 -2 -3 -2 -3 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.17 4 G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -3 6 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.30 0.17 5 D -2 -2 0 6 -4 0 4 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 66 0 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.95 0.17 6 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -3 1 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.27 7 I -2 -4 -3 1 -2 -3 -3 -4 -4 5 1 -3 0 -1 -4 -3 -2 -4 -2 2 0 0 0 12 0 0 0 0 0 70 9 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0.58 0.28 8 R -2 6 -1 -2 -4 4 0 -3 2 -4 -3 1 -2 -4 -3 0 -2 -4 -2 -3 0 65 0 0 0 22 0 0 7 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0.86 0.31 9 I -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 5 2 -4 2 -1 -4 -3 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 13 0 5 0 0 0 0 0 0 39 0.70 0.37 10 L -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -3 3 5 -1 2 -1 -4 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 72 4 4 0 0 0 0 0 4 0 0.70 0.40 11 G -1 -2 -1 2 -3 0 4 2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 3 -1 -4 -3 -4 0 0 0 10 0 0 38 16 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0.62 0.40 12 E 1 -3 -3 0 -3 -2 2 -3 -3 2 3 -2 -1 -2 -3 0 0 -4 -3 1 15 0 0 6 0 0 18 0 0 11 32 0 0 0 0 6 4 0 0 8 0.25 0.40 13 I -1 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 3 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -2 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 46 24 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0.70 0.42 14 E -2 1 3 1 -4 0 5 -3 -1 -4 -3 0 -3 -4 -3 -1 0 -4 -3 -3 0 6 16 3 0 0 62 0 0 0 3 3 0 0 0 0 6 0 0 0 0.77 0.42 15 E 0 3 -1 -1 -4 0 5 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 -2 0 2 -4 -3 -3 9 17 0 0 0 0 49 0 0 0 0 6 0 0 0 3 16 0 0 0 0.61 0.42 16 K 3 0 -2 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 5 -2 -4 -2 -1 1 -4 -3 0 32 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 49 0 0 0 0 9 0 0 6 0.51 0.42 17 M 3 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 5 0 -3 2 -2 -3 -1 -1 -4 -3 1 37 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0 0 5 0 0 4 0 0 0 7 0.54 0.42 18 N -2 1 6 0 -4 2 1 -1 -1 -4 -4 1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 7 60 0 0 10 6 4 0 0 0 10 0 0 0 3 0 0 0 0 0.82 0.42 19 E -2 -1 -1 1 -5 1 7 -3 -1 -5 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.33 0.42 20 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.97 0.42 21 K -2 4 -1 -2 -5 0 1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 29 0 0 0 0 8 0 0 0 0 64 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.42 22 M -1 -1 -1 0 -3 -1 4 -4 -2 -1 2 -2 5 -2 -3 -1 -2 -3 -3 -1 3 3 3 3 0 0 32 0 0 0 22 0 27 0 0 4 0 0 0 3 0.43 0.42 23 D -3 -2 0 6 -5 0 5 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 55 0 0 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.42 24 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.61 0.42 25 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -2 0 2 -4 2 6 -4 -3 -3 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 22 0 7 45 0 0 0 0 17 6 0.80 0.42 26 N -2 0 4 2 -4 0 5 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 -4 0 3 24 7 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 0 4 3 0 0 0 0.83 0.42 27 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.49 0.42 28 D -3 -2 1 7 -5 -1 0 -3 -2 -4 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -4 0 0 4 90 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.39 0.42 29 I -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 5 1 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 6 0 0 0 0 0 0 0 0 42 0.82 0.42 30 I 0 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 2 -3 4 -1 -4 -3 -2 -4 -2 4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 23 20 0 13 0 0 0 0 0 0 38 0.59 0.42 31 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.42 32 F 2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -3 0 0 -3 -1 5 -3 -2 0 -2 0 4 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 30 0 0 5 0 0 38 0.51 0.42 33 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.61 0.42 34 R -2 3 -2 -2 -4 0 -1 -2 -2 -4 -3 3 -3 -2 6 -1 -2 -4 -3 -3 0 18 0 0 0 3 0 3 0 0 3 23 0 3 44 4 0 0 0 0 0.93 0.42 35 E -2 0 -1 1 -5 1 6 0 1 -2 -4 1 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 0 3 0 4 0 4 67 10 3 3 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0.79 0.42 36 A 4 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -1 -3 -2 6 -3 -1 -2 -1 1 -2 49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0.81 0.42 37 Y -1 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -1 2 1 0 1 1 -4 -3 -2 0 7 0 6 0 0 0 0 0 0 3 0 16 10 9 3 0 0 0 0 0 49 4 0.62 0.42 38 N -2 1 3 0 -5 0 5 -3 -1 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 6 21 0 0 0 56 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0.81 0.42 39 F -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 3 -2 -1 -1 -2 6 -4 -3 -3 0 6 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 6 0 52 0 0 0 0 29 4 1.00 0.42 40 L 2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -3 2 3 -3 1 2 -3 0 -1 -3 -2 1 19 0 0 0 0 0 0 0 0 17 33 0 4 10 0 7 3 0 0 5 0.32 0.40 41 S 0 0 1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 4 -2 -3 0 3 0 -4 -3 0 7 0 6 0 0 0 0 1 0 3 1 37 0 0 4 29 3 0 0 6 0.38 0.39 42 N 2 0 2 1 -3 1 3 0 -1 -3 -3 1 -2 -3 -2 1 0 -3 -2 -2 18 5 9 8 0 4 22 7 0 1 2 7 0 1 1 8 6 0 1 1 0.25 0.35 43 L 0 -1 -2 0 -2 4 1 -2 -2 1 2 -1 -1 -2 -2 0 -1 -2 -2 0 9 1 1 4 0 29 8 1 0 8 21 1 0 1 1 5 1 0 1 7 0.24 0.34 44 L -1 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 1 3 -2 2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 4 2 1 1 1 0 1 1 1 0 4 35 1 4 1 1 1 1 0 1 41 0.44 0.34 45 K -2 2 4 2 -3 0 0 -2 -1 -3 -3 4 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -3 2 13 24 10 0 1 1 2 1 1 2 35 1 1 1 2 1 0 1 1 0.47 0.32 46 K 0 -1 -1 0 -2 2 4 -1 -1 -2 -2 1 -2 -3 -1 1 1 -2 -2 -1 5 1 1 1 1 12 38 5 1 1 2 7 1 1 1 8 8 0 1 5 0.35 0.31 47 E -1 -1 -1 0 -2 1 5 -1 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 0 -1 -1 -1 -1 4 3 2 3 1 2 52 4 1 3 5 3 1 2 3 4 3 1 2 3 0.42 0.20 48 M -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 -1 2 5 -1 -1 1 0 1 -1 4 3 2 3 1 2 3 4 1 3 8 3 6 32 3 4 12 1 2 3 0.23 0.20 49 E 0 -1 1 -1 -2 -1 0 4 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 0 -1 -1 -1 -2 4 3 6 3 1 2 9 43 1 3 5 3 1 2 3 4 3 1 2 3 0.36 0.20 50 E -1 -1 -1 1 -2 0 2 4 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 0 -1 -1 -1 -2 4 3 2 6 1 2 20 32 1 3 5 3 1 2 3 4 3 1 2 3 0.27 0.20 51 E -1 -1 0 3 -2 0 4 -1 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 0 -1 -2 -1 -2 4 2 2 18 1 2 36 3 1 2 4 3 1 2 2 8 3 1 2 3 0.34 0.22 52 G -1 -1 -1 1 -2 0 4 2 -1 -2 -1 -1 -2 -2 0 -1 -1 -2 -2 -2 3 2 2 8 1 1 36 21 1 2 7 2 1 1 5 2 2 0 1 2 0.33 0.27 53 P 0 0 -1 1 -2 0 4 -2 -1 -2 -1 0 -2 -2 3 0 -1 -2 -2 -2 6 4 2 9 1 1 31 3 1 2 7 5 1 1 17 5 2 0 1 2 0.34 0.27 54 F -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 3 1 -2 1 3 0 -2 -1 -2 -1 3 2 2 1 2 1 1 2 2 1 18 11 2 4 15 5 2 2 0 1 25 0.24 0.29 55 T -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 1 3 -2 0 1 -2 0 3 -2 -1 0 2 1 1 2 1 1 2 2 1 9 31 2 1 7 1 8 25 0 1 2 0.23 0.30 56 H -1 -1 0 1 -3 1 5 -1 2 -3 -2 0 -2 -3 -1 -1 0 -2 -2 -2 5 1 4 5 1 4 47 5 6 1 3 5 1 1 1 2 5 0 1 2 0.43 0.30 57 V -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 0 -2 2 2 -2 3 -1 -2 -2 -1 -2 -2 3 2 1 1 2 1 1 2 9 1 13 25 2 10 1 1 2 2 0 1 23 0.24 0.30 58 S -1 -3 -2 -3 4 -2 -2 -3 -3 1 2 -2 -1 -2 -3 4 -1 -3 -3 -1 0 0 0 0 12 0 0 0 0 9 27 0 0 0 0 49 0 0 0 0 0.46 0.41 59 N -1 0 3 0 -4 -2 -2 5 1 -4 -4 1 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -4 0 6 18 4 0 0 0 51 3 0 0 12 0 0 0 5 0 0 0 0 0.70 0.41 60 I -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 3 1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 77 0 9 6 0 0 0 0 0 3 0.82 0.42 61 K -1 2 1 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -4 1 1 -1 -4 -3 -3 3 8 6 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 6 11 0 0 0 0 0.74 0.42 62 I -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 5 1 -4 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 3 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0.84 0.42 63 E -3 3 -2 -1 -4 -1 1 -4 0 -3 -3 0 -2 0 -4 -2 -2 0 7 -1 0 24 0 4 0 0 11 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 51 4 0.79 0.42 64 I -2 0 -3 -3 -3 -2 1 -4 -3 3 0 1 -1 -2 -3 -2 -1 -3 1 3 0 7 0 0 0 0 13 0 0 23 5 9 0 0 0 0 3 0 6 33 0.33 0.42 65 L -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 3 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 31 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0.75 0.42 66 E -2 -1 -1 4 -5 0 4 -3 -2 -4 -4 3 -3 -5 -2 0 -2 -5 -4 -4 0 0 0 29 0 0 41 0 0 0 0 23 0 0 0 7 0 0 0 0 0.79 0.42 67 E -2 -1 -1 0 -5 1 7 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 0 -4 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 1.24 0.42 68 L -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 1 1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0.96 0.42 69 G -1 -1 2 -2 -4 -2 0 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 4 9 0 0 0 7 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.42 70 G -1 -1 1 -2 2 -2 -1 3 -1 -4 -3 2 -3 0 -3 1 -2 -2 4 -3 3 2 7 0 6 0 3 26 0 0 0 14 0 3 0 16 0 0 19 0 0.39 0.42 71 D -3 -3 0 7 -5 -1 0 -3 -2 -4 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -5 -1 -4 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 1.48 0.42 72 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -1 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.42 73 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 4 1 -4 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 5 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0.84 0.42 74 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0.86 0.42 75 I 4 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 4 -1 -3 1 -2 -3 -1 -1 -4 -3 1 51 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 5 0 0 0 0 0 0 8 0.56 0.42 76 D -3 -3 0 7 -5 -1 1 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.58 0.42 77 S 0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 1 6 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 88 5 0 0 0 0.89 0.42 78 K -1 3 0 -2 -4 2 0 -3 -2 -4 -4 6 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 3 16 4 0 0 8 0 0 0 0 0 63 0 0 0 3 3 0 0 0 0.78 0.42 79 V 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