Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 C 1 -3 -2 -3 4 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -3 3 4 -4 -3 2 9 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 37 0 0 22 0.58 0.56 2 R -3 4 -2 1 -5 0 4 -4 -2 -5 -5 4 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 23 0 5 0 2 36 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.78 3 E -3 -2 -1 3 -6 1 6 -3 -2 -5 -5 0 -4 -6 -3 -2 -2 -5 -4 -5 0 0 2 16 0 2 73 2 0 0 0 3 0 0 0 0 2 0 0 0 1.31 0.91 4 R -3 6 -2 -3 -6 -1 -1 -4 -3 -3 -4 5 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -4 0 53 0 0 0 0 1 0 0 2 0 44 0 0 0 0 0 0 0 0 1.39 0.94 5 I 1 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -5 5 1 -4 0 -3 -4 -2 1 -5 -4 4 14 1 0 0 1 0 0 0 0 33 14 0 1 0 0 1 9 0 0 27 0.70 0.99 6 E 0 0 1 3 -5 1 4 -4 -3 -2 -1 3 -3 -5 -4 -2 -2 -5 -1 -3 7 5 6 15 0 4 32 0 0 2 6 18 0 0 0 0 1 0 2 2 0.55 1.00 7 K -1 4 1 -2 -5 -1 -1 -3 0 -1 -3 5 -3 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -3 5 23 6 2 0 1 3 1 2 4 1 49 0 0 0 0 3 0 0 1 0.83 1.00 8 D -4 -4 -3 2 -5 -3 -1 -5 1 -4 -4 -4 -4 0 -5 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 14 0 0 4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 0 1.82 0.99 9 L -2 -2 -5 -5 -4 -3 0 -3 -5 5 2 -4 -1 3 -5 -4 -2 -4 -2 2 2 2 0 0 0 1 7 2 0 42 18 0 0 13 0 0 1 0 1 11 0.69 0.99 10 E 0 3 0 1 -2 -1 2 0 -3 -4 -2 2 -4 -5 2 0 -2 -5 -3 -3 9 20 4 9 1 1 15 8 0 1 4 10 0 0 9 6 1 0 1 2 0.35 0.99 11 L -3 0 3 -4 -4 -3 -4 0 -4 2 2 1 6 -2 -5 -3 -2 -4 -4 -1 0 6 17 0 0 0 0 7 0 14 23 8 22 1 0 0 1 0 0 2 0.56 0.99 12 L -1 -4 -4 -4 -4 -3 0 -5 -4 -1 2 -4 4 3 -4 -3 3 -4 -2 2 4 0 0 0 0 0 6 0 0 0 24 0 11 14 0 0 25 0 0 16 0.57 0.99 13 E 1 3 -2 0 -5 -1 5 -3 -1 -5 -5 3 -4 -5 -1 0 -1 -5 -2 -4 11 17 1 3 0 0 38 1 1 0 0 16 0 0 2 5 3 0 1 0 0.69 0.99 14 K -2 3 0 1 -5 2 5 -2 -3 -5 -4 2 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -5 2 14 3 8 0 8 41 2 0 0 1 15 1 0 0 3 2 0 0 0 0.76 0.99 15 N 5 0 2 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 0 0 -5 -4 1 66 5 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 11 0.87 0.99 16 L -4 -2 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 4 5 -5 1 1 -5 -5 -3 -4 -1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 21 65 0 2 4 0 0 0 0 2 3 1.04 0.99 17 M -1 -1 3 2 -5 1 4 -2 -3 -5 -4 3 -2 -5 -3 1 -3 -5 -4 -4 6 1 13 11 0 6 27 3 0 0 1 21 1 0 0 10 0 0 0 0 0.60 0.98 18 E -1 1 -2 -1 -2 3 3 -4 -3 0 -4 4 -3 -5 -2 1 1 -5 -4 -2 3 7 1 3 1 12 20 0 0 8 0 25 0 0 1 9 9 0 0 2 0.47 0.98 19 M 2 -4 -5 -5 0 -4 -5 -4 -5 5 2 -4 1 -3 -4 -3 -2 -5 -4 3 20 0 0 0 2 0 0 0 0 32 23 0 4 0 0 0 2 0 0 17 0.70 0.98 20 K -3 3 -2 0 -4 0 4 -3 0 -2 -4 4 -3 -5 -2 1 0 -5 -4 -4 0 13 0 4 0 2 29 1 2 2 1 28 0 0 1 10 5 0 0 0 0.64 0.94 21 S 0 1 1 0 -4 -1 -1 0 -3 0 -1 3 -3 -2 1 1 -1 -4 -4 1 9 6 6 5 0 1 3 6 0 6 5 17 0 2 6 13 3 0 0 10 0.16 0.93 22 I 0 0 0 -3 -1 0 -2 -3 -3 3 0 -2 -1 -3 0 3 0 -4 0 0 8 6 4 1 1 3 2 1 0 19 7 1 1 0 4 27 5 0 3 7 0.27 0.88 23 K -1 -2 -3 0 -4 0 0 -1 3 -1 1 1 0 0 2 -1 -1 -3 2 -1 5 2 0 5 0 5 7 5 8 3 16 11 2 4 11 4 3 0 7 5 0.16 0.89 24 L -1 0 0 -1 -4 -2 -1 -3 -1 2 3 0 0 0 1 -3 -2 -4 -1 0 4 5 5 4 0 1 5 2 1 10 35 6 2 4 8 0 2 0 2 5 0.25 0.88 25 S 0 -1 1 3 -4 0 1 0 2 -2 -2 0 -2 -2 -2 1 -2 -4 3 -3 6 2 8 19 0 3 11 8 6 2 4 6 1 1 1 10 1 0 10 1 0.28 0.91 26 D -1 -1 -1 4 -4 1 1 3 -3 -3 -4 0 -4 -5 2 0 -2 -5 -4 -2 4 3 2 27 0 7 9 20 0 2 0 5 0 0 9 5 2 0 0 3 0.48 0.86 27 D 1 0 -1 -1 -4 -1 1 -1 -3 0 -1 3 -3 -1 0 0 0 -4 -1 1 13 4 2 3 0 2 10 3 0 4 6 19 0 2 4 8 4 0 2 14 0.16 0.88 28 E 4 -1 -2 -1 -1 0 3 -2 1 -2 -3 0 -3 -3 -2 0 -2 -4 2 -1 41 2 1 2 1 3 20 2 3 1 1 4 0 0 1 5 1 0 7 4 0.45 0.83 29 E 0 2 1 2 -4 1 3 -2 -1 -3 -3 3 -1 -1 -2 0 -2 -4 -3 -2 7 11 5 10 0 5 19 3 1 2 1 18 2 3 1 8 1 0 0 3 0.32 0.81 30 A -2 0 1 4 -5 1 3 -2 1 -5 -3 2 -4 -4 -3 0 -3 -5 0 -4 2 5 6 28 0 5 24 3 4 0 2 12 0 0 0 5 0 0 4 0 0.59 0.82 31 V -2 -5 -4 -5 1 -4 -5 -5 -2 3 1 -4 0 5 -5 -3 -2 -3 1 3 2 0 1 0 4 0 0 0 1 20 12 0 2 25 0 2 1 0 3 28 0.67 0.82 32 V -3 -2 -5 -5 -3 -4 -2 -5 -4 3 3 -3 3 2 -5 -4 -3 -3 2 3 0 2 0 0 0 0 3 0 0 17 34 1 6 7 0 0 0 0 9 21 0.63 0.82 33 E -2 0 2 4 -3 0 4 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -5 -3 -1 0 -5 -4 -3 2 3 12 23 1 3 35 2 0 2 4 2 1 0 0 3 7 0 0 1 0.61 0.82 34 R -2 0 2 -4 -3 -2 -4 -4 -3 0 3 -3 8 -2 -4 -3 -2 -4 -3 -1 2 5 12 0 0 0 0 0 0 2 25 0 52 0 0 0 0 0 0 1 0.97 0.73 35 A 6 -3 -3 -4 1 -3 -3 -2 -4 1 -3 -3 -2 -4 -3 0 -1 -4 -4 1 75 0 0 0 2 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 4 2 0 0 8 0.88 0.73 36 L -2 3 -1 0 -2 0 3 -2 -2 -2 -2 3 -1 0 -3 0 -2 -4 -2 -2 1 21 2 4 1 1 22 2 0 2 3 22 1 6 0 6 1 0 1 3 0.43 0.74 37 N 2 0 3 1 2 1 -2 -2 0 -3 0 -2 -1 -4 -3 3 -1 -4 -1 -3 16 6 14 6 5 7 1 1 2 0 10 0 1 0 0 27 1 0 2 0 0.32 0.71 38 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 2 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 2.12 0.71 39 R -1 -1 -4 -5 -1 -3 -4 -5 -3 1 2 -2 0 4 -4 -3 -1 1 4 1 6 4 0 0 1 0 0 0 0 9 26 3 1 20 0 0 4 1 15 9 0.48 0.71 40 D 0 1 3 1 -4 1 3 -2 -2 -4 -4 3 -3 -4 -3 2 -2 -5 -1 -4 7 7 13 7 0 3 22 2 0 0 1 19 0 0 0 15 0 0 2 0 0.47 0.71 41 D -4 -3 0 8 -5 -2 0 -3 -3 -5 -6 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.90 0.71 42 S 5 -3 -2 -3 -2 -2 -3 2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 2 1 -4 -4 -2 61 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 19 7 0 0 0 0.82 0.71 43 V -3 3 -1 -1 -5 0 4 -4 -2 -1 -3 5 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -2 0 16 2 1 0 1 28 0 0 4 2 38 0 0 0 2 2 0 0 3 0.67 0.71 44 Y -2 -1 -1 -4 -4 -2 -1 -4 6 -3 -3 -1 -3 3 -4 -2 -1 -1 7 -3 3 3 2 0 0 0 4 0 21 0 0 4 0 9 0 2 4 0 47 1 1.02 0.71 45 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -1 -2 -2 -4 -2 7 -5 -4 -4 0 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 58 0 0 0 0 42 0 1.65 0.71 46 L -2 1 -4 -4 -4 -2 -1 -5 -3 0 4 -2 1 2 -4 -3 -2 -2 3 -1 3 10 0 0 0 1 5 0 0 5 47 2 3 10 0 0 1 0 13 2 0.53 0.71 47 E 0 0 -1 1 -5 0 5 -2 0 -5 -5 2 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 6 5 2 8 0 1 48 2 2 0 0 14 0 0 0 13 0 0 0 0 0.72 0.71 48 K -1 1 0 0 -4 2 1 -2 0 -2 -4 5 -2 -5 -3 0 -1 -5 -3 -1 3 6 3 4 0 9 5 2 2 2 0 52 1 0 0 5 2 0 0 4 0.64 0.71 49 G -1 -3 1 0 -4 -2 0 6 -3 -5 -5 1 -4 -5 -4 -2 0 -5 -5 -5 2 0 7 4 0 0 7 66 0 0 0 8 0 0 0 0 6 0 0 0 1.03 0.71 50 D -3 -1 -1 7 -5 0 1 -3 -3 -5 -5 0 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 2 0 83 0 4 5 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.50 0.71 51 H -2 0 -3 0 2 -2 -2 -3 1 -1 1 -1 1 2 1 -2 -2 -2 5 -1 3 5 0 7 5 1 2 2 3 2 16 3 3 7 7 1 1 0 29 3 0.38 0.71 52 I -2 -1 -4 -1 -3 -2 3 -5 -3 3 0 -3 0 1 -4 -3 -2 -4 -1 4 2 3 0 2 0 0 23 0 0 16 6 0 2 7 0 0 1 0 1 35 0.47 0.71 53 T -2 1 5 0 -4 -1 -1 -3 -2 -3 -1 -2 -3 -4 -3 -1 5 -5 -4 -1 0 9 33 4 0 1 2 0 0 0 5 0 0 0 0 1 42 0 0 4 0.72 0.71 54 S 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 2 -1 -4 -4 -2 80 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 1.03 0.71 55 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 2 4 -5 0 6 -5 -4 -3 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 39 0 0 43 0 0 0 0 0 8 0.99 0.71 56 G 4 -3 -3 -3 -3 -3 0 2 -4 -1 0 -3 -2 -3 -3 0 -1 -4 -4 2 44 0 0 0 0 0 6 13 0 3 11 0 0 0 0 6 3 0 0 15 0.45 0.71 57 C 3 -3 -2 0 7 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 3 1 -4 -4 -3 31 0 0 6 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 7 0 0 0 0.85 0.71 58 I -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 5 2 -4 -1 3 -4 -1 -2 -3 -1 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 40 18 0 0 12 0 4 0 0 1 19 0.68 0.71 59 T 0 -3 4 -2 -1 -2 -1 1 -2 -3 -4 -2 -3 -4 -3 4 0 -5 -2 0 8 0 25 0 1 0 3 11 0 0 0 0 0 0 0 35 5 0 1 10 0.53 0.71 60 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 0 -3 -4 -3 1 -5 -4 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 1.95 0.71 61 A 5 -3 -3 -3 -2 -3 -3 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 -2 -4 -4 -2 71 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0.93 0.71 62 H -3 -2 -2 1 -5 -1 4 -4 8 -5 -4 -2 -3 -2 -4 -3 -3 5 4 -4 0 0 0 9 0 0 28 0 40 0 0 0 0 0 0 0 0 8 15 0 1.14 0.71 63 G 2 -4 -2 -3 -4 -3 -4 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 -3 -4 -5 -4 15 0 0 0 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.39 0.71 64 L -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -1 4 -5 -1 2 -5 -4 -3 9 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 0 0 7 0 0 0 35 6 0 1.43 0.71 65 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 5 -4 0 -1 -5 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 61 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0.91 0.67 66 D -3 -1 0 8 -5 -2 0 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 4 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.76 0.67 67 S 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 2 -1 -4 -4 -2 80 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0.99 0.65 68 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -2 -4 2 5 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -3 2 6 0 0 0 0 0 0 3 0 9 62 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0.69 0.54 69 R -2 6 -1 -3 -4 -1 -2 -4 -2 -3 -1 3 -1 -4 -3 -2 -2 -4 -3 0 1 67 1 0 0 0 0 0 0 0 4 17 2 0 0 0 0 0 0 7 0.97 0.54 70 M -3 1 -2 -4 -3 -2 -3 -3 2 2 2 -3 5 3 -4 -2 -3 0 2 -1 0 10 2 0 0 0 0 2 7 14 21 0 23 12 0 2 0 1 7 0 0.45 0.55 71 L 1 -3 -4 -4 -3 0 -3 -4 -4 4 3 -3 3 -2 -4 -3 -2 -4 -3 1 16 0 0 0 0 6 0 0 0 26 40 0 8 0 0 0 0 0 0 5 0.53 0.54 72 H -1 0 1 -2 -4 -2 -1 5 5 -5 -5 2 -4 -3 -3 -1 -3 -3 1 -4 2 3 6 0 0 0 3 48 16 0 0 14 0 0 0 2 0 0 6 0 0.73 0.54 73 R -1 -1 1 -1 -4 -2 -1 4 -1 -2 1 1 -2 -3 -4 -2 -3 -3 1 -3 2 4 7 2 0 0 4 42 2 2 19 9 0 0 0 0 0 0 6 0 0.45 0.55 74 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 4 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 43 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0.78 0.50 75 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -3 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.74 0.20 K Lambda Standard Ungapped 0.1390 0.3211 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1838 0.3178 PSI Gapped 0.0562 0.2670