Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -4 -3 0 6 -6 -2 5 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -6 0 0 3 55 0 0 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 1.21 2 D -1 -1 4 5 -5 -1 2 -2 -2 -6 -6 -2 -4 -6 -1 1 1 -6 -5 -5 5 4 20 33 0 3 11 3 0 0 0 1 0 0 3 10 8 0 0 0 0.75 1.34 3 I 2 -1 -3 -2 -3 -2 0 5 -3 -1 -1 -4 2 -2 -5 -2 1 -3 -3 -2 15 4 0 2 0 2 6 38 0 4 6 0 5 2 0 1 11 0 1 2 0.52 1.39 4 Q -2 3 0 -2 -3 2 1 -2 -1 0 -1 -2 -1 -3 -2 1 3 -5 -4 0 3 16 5 2 0 8 9 3 1 5 8 1 1 1 2 11 19 0 0 6 0.29 1.41 5 F -4 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 1 -4 -2 -5 -2 7 -6 -4 -5 5 7 -4 1 0 0 0 2 0 0 0 4 0 2 0 1 50 0 1 0 7 35 0 1.79 1.40 6 Q -2 1 -3 -2 -1 1 -3 -5 0 0 3 1 -1 2 -5 -2 -1 1 3 0 2 8 1 2 1 8 1 0 2 5 26 7 1 9 0 4 3 2 10 7 0.33 1.44 7 V 0 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -6 1 -1 -5 1 -4 -5 -4 -2 -6 -4 7 6 0 0 0 1 0 0 0 0 5 3 0 3 0 0 0 1 0 0 81 1.46 1.42 8 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 0 5 -5 -1 -1 -6 -5 -4 -5 -4 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 58 0 0 1 0 0 0 0 0 38 1.27 1.42 9 V -1 2 -5 -4 0 -1 -2 -4 -2 3 -1 -1 1 -3 -5 -3 -1 -6 -3 5 4 10 0 1 2 3 3 1 1 19 4 3 3 0 0 1 2 0 0 44 0.72 1.52 10 N -4 -3 8 1 -6 -3 -3 -2 -2 -6 -7 -3 -5 -6 -5 -1 -3 0 -5 -6 0 0 90 4 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 1 0 0 2.15 1.51 11 H 1 -2 -1 5 0 -1 2 -1 5 -4 -5 -2 -4 -6 -1 -1 0 -6 -4 -4 12 2 1 35 2 2 11 5 13 1 1 1 0 0 3 4 5 0 0 0 0.70 1.51 12 E -1 -1 -2 -1 -3 3 7 -4 -1 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -6 -4 -4 5 2 1 2 1 12 68 1 1 0 3 1 1 0 0 1 1 0 1 0 1.29 1.56 13 E -2 -2 0 2 -6 1 5 4 -1 -6 -5 -1 -3 -4 -5 -3 -4 -6 -4 -6 3 2 5 9 0 7 33 34 1 0 1 3 1 1 0 0 0 0 1 0 0.88 1.53 14 Q -3 1 -3 -2 -6 8 0 -4 -1 -4 -4 -1 -2 -6 -3 -2 -4 -5 -4 -5 1 5 0 1 0 83 4 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 1.87 1.53 15 Y -4 -2 -4 -5 2 -4 -4 -6 8 -3 -4 -4 -2 1 -6 -4 -5 0 8 -3 1 2 0 0 4 0 0 0 33 1 1 0 1 4 0 0 0 1 52 1 1.91 1.56 16 S 0 -2 -2 -3 -1 -3 -2 -2 -4 -5 -5 -3 -5 -5 -4 7 -1 -6 -5 -5 5 2 1 0 1 0 1 2 0 0 0 0 0 0 0 81 1 0 0 0 1.39 1.56 17 I -4 -5 -6 -6 1 -5 -3 -6 -6 4 5 -5 0 -2 -6 -3 -2 -5 -4 1 0 0 0 0 3 0 2 0 0 25 50 0 1 1 0 2 2 0 0 8 0.92 1.56 18 W -5 -4 -6 -7 2 -5 -6 -3 -2 -2 -3 -6 -4 -2 -6 -6 -5 12 0 -3 0 1 0 0 4 0 0 2 1 3 2 0 0 0 0 0 0 79 1 1 3.13 1.56 19 P -2 -1 -3 -3 -5 -3 -3 -5 -3 -5 -4 -4 -3 -3 8 -3 -3 -1 -5 -3 2 4 1 1 0 1 1 0 1 0 1 0 1 1 75 1 1 1 0 2 1.91 1.53 20 E 4 -3 -1 1 -2 1 1 -3 0 -3 -3 -1 -4 -3 -3 1 1 -5 -4 0 31 1 2 9 1 6 9 1 2 1 2 3 0 1 1 10 7 0 0 7 0.30 1.49 21 Y -1 -2 -3 3 -5 -1 0 0 1 -3 -3 -3 -4 6 -2 -2 -2 1 1 -2 6 2 1 17 0 2 7 7 3 1 2 1 0 30 2 3 2 2 5 2 0.49 1.51 22 K 3 3 -2 -4 1 -1 -2 -1 0 -1 -1 1 -1 -2 -3 -1 -2 3 -1 -1 22 18 1 0 3 2 2 4 2 4 6 10 1 1 1 4 2 4 2 4 0.24 1.66 23 E 1 -2 -2 4 -5 0 3 -3 -1 -3 -3 -2 -2 -5 3 -2 -2 -5 -5 -3 12 2 2 21 0 4 19 2 1 1 2 2 1 0 15 2 2 0 0 2 0.46 1.66 24 I -1 -2 1 -3 -4 -2 -3 -5 -5 3 0 -4 0 0 -1 -3 -1 -5 -4 5 6 2 7 2 0 2 2 0 0 15 9 0 2 3 3 2 3 0 0 36 0.47 1.68 25 P 0 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -5 8 -2 -1 -5 -5 -4 7 0 0 0 0 0 0 5 0 0 4 0 0 0 68 3 3 0 0 0 1.73 1.68 26 Q 4 -2 -1 0 -1 -1 0 -1 -1 -2 -1 0 -1 -3 0 -1 -1 -1 -1 -1 30 1 2 6 1 2 5 4 1 2 7 6 1 1 6 3 4 1 2 5 0.17 1.67 27 G -3 -2 -3 -2 1 -4 -2 7 -4 -5 -5 -2 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 1 2 0 2 3 0 2 74 0 0 1 2 0 0 0 3 0 0 0 0 1.40 1.52 28 W -5 -1 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -4 -2 -5 -3 -5 12 -1 -5 1 4 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 2 0 80 0 0 3.21 1.60 29 R -2 5 0 -2 -3 1 0 -4 2 -3 -4 0 -2 -3 -3 -1 2 -1 -2 -3 3 32 4 2 1 5 7 1 4 1 1 5 1 1 1 5 14 1 1 2 0.47 1.60 30 A 1 -1 -2 1 -4 -1 1 -3 -2 0 -2 -2 -2 -3 1 -1 0 -2 -4 3 14 4 2 7 0 2 11 2 1 6 3 2 1 1 8 4 5 1 0 21 0.17 1.60 31 A 1 -1 -1 -1 -5 0 -1 -2 0 0 -1 -1 1 -1 -1 -2 0 -5 -4 4 12 4 3 4 0 4 4 3 3 4 6 4 4 3 3 3 6 0 0 26 0.19 2.06 32 G -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 33 K -1 0 -2 -1 -1 -1 0 4 0 -2 -4 0 -1 0 0 -1 0 -5 -1 0 5 4 1 4 1 3 7 29 2 3 2 5 2 3 4 3 6 0 2 7 0.24 2.00 34 S 1 0 -2 -1 0 0 3 -2 -1 -3 -4 -1 -1 -6 4 0 0 -6 -5 -3 11 5 2 4 2 4 18 3 2 2 2 4 1 0 22 8 5 0 0 2 0.40 2.02 35 G 1 -2 -1 1 -1 0 -1 5 -1 -5 -4 -2 -1 -6 -2 0 0 -6 -5 -3 13 3 2 9 2 5 3 36 2 0 2 2 2 0 2 5 5 0 0 2 0.51 2.02 36 L 0 -3 -1 2 -2 -3 -2 0 -4 -4 -2 -2 -2 -1 2 4 3 -5 -3 -2 6 1 2 12 1 1 2 7 0 1 3 1 1 3 9 29 16 0 1 3 0.43 1.79 37 K -2 6 -3 -4 -5 2 -1 -5 1 -2 -3 3 -4 -2 -1 0 -4 1 -1 -2 2 42 0 0 0 7 2 0 3 3 3 20 0 2 3 6 0 2 2 3 0.83 1.51 38 K 2 1 -2 2 -5 4 3 -2 -1 -3 -3 1 1 -2 -2 -1 -1 -5 -4 -1 15 8 2 10 0 17 17 2 2 2 2 7 3 2 2 3 3 0 0 5 0.37 1.51 39 D 2 -1 0 1 2 0 4 -3 3 -3 -2 -2 -1 -2 -2 -1 0 -6 -4 -1 20 4 3 7 5 3 24 2 6 2 3 2 2 1 1 3 7 0 0 4 0.36 1.56 40 C 0 -6 -5 -6 10 -5 -6 -2 -6 -4 -2 -5 0 -5 -1 -2 0 -6 -5 -1 6 0 0 0 70 0 0 3 0 0 3 0 3 0 3 3 5 0 0 4 2.17 1.56 41 L -3 -2 -1 -3 -1 -1 -1 -4 -2 0 5 -3 1 -1 0 -3 -1 -5 -4 0 2 3 4 1 1 4 5 2 1 4 53 1 3 2 5 2 4 0 0 5 0.59 1.62 42 A 3 -1 -1 4 -5 1 3 -2 -1 -5 -4 -1 -5 -6 -4 0 -2 -6 -5 -3 25 3 3 24 0 6 21 2 2 0 2 3 0 0 0 5 2 0 0 1 0.64 1.57 43 Y -4 -1 -1 -5 -2 -4 -3 -6 5 -4 -3 -3 -4 3 -6 -3 -4 8 7 -3 1 4 3 0 1 0 1 0 14 0 1 1 0 10 0 1 0 17 43 1 1.53 1.42 44 I -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 -2 -3 -5 -5 -1 -5 -4 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 44 18 0 0 0 0 0 4 0 0 31 1.16 1.42 45 E 0 -2 1 3 -6 0 6 -1 -1 -4 -6 -1 -5 -5 -3 -1 -1 -6 0 -5 7 2 7 14 0 3 48 4 1 1 0 3 0 0 1 3 3 0 3 0 0.84 1.42 46 E 2 2 -2 0 -3 3 4 -3 -2 -5 -3 1 -2 -4 -4 0 1 -6 -3 -3 15 12 1 4 1 13 24 2 1 0 2 9 1 1 0 5 8 0 1 2 0.48 1.46 47 V -2 -2 5 -2 -2 0 -2 -4 7 -1 -3 -3 -4 -5 -5 -1 0 -6 -2 2 4 2 28 1 1 5 2 1 25 2 2 1 0 0 0 3 6 0 1 17 0.84 1.47 48 W -4 -2 -6 -7 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -4 -5 -4 -1 -4 -5 -5 12 -1 -4 1 3 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 1 1 0 0 88 0 1 3.57 1.42 49 T -2 -1 0 -2 -2 2 -2 -4 -1 -2 -2 -1 -4 -5 0 0 6 -2 -5 -1 2 2 4 1 1 9 2 1 1 1 3 3 0 0 5 4 58 0 0 3 0.89 1.44 50 D -2 -2 0 8 -6 -2 -1 -3 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -2 -2 1 -7 -6 -6 3 2 4 77 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 2 1 8 0 0 0 1.67 1.41 51 M -3 -5 -5 -6 -4 -2 -5 -6 -5 3 4 -5 8 -3 -2 -4 -3 -5 -4 -1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 14 33 0 44 0 3 1 1 0 0 1 1.32 1.36 52 R -2 7 -1 -4 -1 0 -2 -5 -1 -4 -3 0 -3 -5 -5 -2 1 0 -4 -3 2 69 3 0 1 3 2 0 1 1 2 2 1 0 0 2 8 1 0 1 1.33 1.37 53 P -2 -3 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -6 9 -4 -4 -7 -6 -5 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 95 0 0 0 0 0 2.76 1.32 54 L 3 3 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -1 -4 1 4 -2 -3 -4 -2 -2 -5 -4 -1 28 18 3 0 0 1 0 0 1 0 16 23 0 1 0 1 2 0 0 3 0.55 1.30 55 S 0 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -5 -5 -3 -4 -3 -4 6 -1 -5 -4 -4 6 2 1 2 1 1 1 3 1 0 0 0 0 1 0 81 1 0 0 0 1.25 1.22 56 L -2 -2 -5 -3 -4 -1 -4 -3 -5 -1 6 -4 -1 -2 -2 -4 -3 -1 -4 0 3 2 0 2 0 3 1 2 0 1 78 0 0 0 2 0 1 1 0 4 1.02 1.19 57 R -2 7 -3 -5 -5 1 -3 -4 0 1 -2 1 -3 -5 -5 -3 -3 -6 -4 0 4 62 0 0 0 6 0 0 2 8 2 5 0 0 0 1 1 0 0 9 1.16 1.34 58 Q 1 3 -1 2 -5 2 4 -3 0 -5 -4 2 -3 -6 -2 -1 -1 -6 -5 -3 10 15 2 13 0 9 28 1 2 0 1 10 0 0 1 2 3 0 0 1 0.58 1.29 59 H 4 4 -3 -4 -4 1 -2 -3 1 -4 -4 0 -2 -1 -4 -1 -1 4 -3 -3 42 22 0 0 0 6 1 1 4 0 0 5 1 3 0 3 3 6 0 1 0.72 1.28 60 M -2 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -5 -3 0 3 -4 9 -2 -5 -3 -2 -2 -4 -2 2 0 0 0 0 1 0 0 0 3 28 0 60 1 0 1 2 1 0 0 1.51 1.24 61 D -4 -3 2 6 -6 -1 5 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 9 42 0 0 49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.37 0.96 K Lambda Standard Ungapped 0.1353 0.3182 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1879 0.3174 PSI Gapped 0.0575 0.2670