Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -4 6 -3 -4 -6 6 -2 -5 -3 -6 -5 4 -4 -6 -4 -3 -4 -5 -5 -5 0 40 0 0 0 40 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 1.50 1.43 2 S 1 -4 1 6 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -6 -2 -4 -6 -2 1 2 -7 -6 -4 12 1 5 52 0 1 1 1 0 1 0 1 0 0 1 10 13 0 0 1 1.10 1.64 3 H -2 -2 -4 -5 -4 1 -5 -6 4 5 0 -4 1 -2 -6 -4 0 -2 2 3 2 3 0 0 0 8 0 0 9 35 6 1 3 1 0 1 5 1 6 18 0.74 1.69 4 E -4 -2 -2 -1 -7 2 7 -4 2 -5 -6 -1 -5 -6 -4 -3 -1 -6 -4 -3 0 2 1 1 0 9 70 1 4 0 0 2 0 0 0 1 5 0 0 2 1.44 1.72 5 V 1 3 -1 -5 -3 -1 -4 -4 4 2 -2 0 3 -2 -5 -2 0 -5 0 3 14 14 3 0 1 2 0 1 11 10 2 5 6 1 0 3 5 0 4 19 0.42 1.77 6 P -2 -1 0 4 -4 1 3 -3 -2 -3 -5 2 -3 -5 3 -1 1 -6 -4 -4 3 2 4 19 0 5 17 2 1 2 1 13 1 0 16 4 9 0 0 1 0.55 1.78 7 L -4 -4 -6 -7 -2 -5 -6 -6 -6 3 6 -6 2 -1 -6 -5 -3 -5 -3 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 14 65 0 4 2 0 0 1 0 1 10 1.21 1.82 8 L 0 0 -1 -1 -4 1 2 -4 1 -4 -3 0 -2 -2 4 1 -1 1 2 -3 6 4 3 4 0 6 13 1 4 1 3 6 1 2 21 12 4 2 6 2 0.40 1.93 9 V -3 -6 -6 -7 6 -6 -5 -6 -6 2 3 -6 -1 -3 -6 -5 -3 -6 -4 5 2 0 0 0 17 0 1 0 0 10 24 0 1 1 0 0 0 0 0 42 1.20 1.91 10 T -2 -3 -2 0 4 -3 -3 -4 -2 -5 -5 -4 -3 1 -2 4 5 -6 -5 -4 3 1 2 6 8 0 1 1 1 0 0 0 0 5 2 30 40 0 0 0 0.98 1.98 11 L -4 -4 -4 -6 -3 -4 -6 -6 -4 0 6 -5 2 1 -2 -4 -3 -2 -3 -1 1 1 1 0 1 1 0 1 0 3 74 0 5 5 2 1 1 0 0 3 1.29 1.95 12 E -2 -2 -2 1 -3 0 7 -4 -1 -5 -4 -1 -5 -5 -4 -2 -3 -3 -5 -5 2 1 1 5 1 3 76 1 1 1 1 2 0 0 0 3 1 0 0 1 1.57 1.99 13 E -4 -1 -2 5 4 0 6 -5 -2 -5 -6 -2 -4 -5 -5 -3 -4 -6 -4 -5 1 3 1 28 9 3 49 0 1 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 1 1.34 2.02 14 L 2 -3 -4 -4 -5 0 -4 -4 -3 1 3 -2 0 -3 -3 -1 1 -6 -5 2 18 2 1 1 0 4 1 1 1 8 31 2 2 1 1 4 9 0 0 13 0.46 2.01 15 Y -2 -4 -4 -4 8 -4 -6 0 -2 -3 -1 -5 -1 3 -6 -4 -4 -2 6 -2 3 1 1 1 33 1 0 7 1 1 6 0 1 12 0 1 0 0 28 2 1.41 2.08 16 L -2 2 3 -3 -3 0 -1 -1 6 -4 -4 1 -1 -2 -3 1 1 -3 0 -3 3 9 14 1 1 4 3 6 18 1 2 10 1 2 2 10 9 0 3 2 0.49 2.09 17 G -3 -5 -3 -3 -3 -4 -3 7 -6 -5 -7 -4 -6 -7 -4 -3 -4 -6 -7 -5 1 1 1 1 1 1 2 89 0 1 0 1 0 0 1 1 1 0 0 1 2.07 2.09 18 K 1 -1 -3 -3 6 -1 2 0 -1 -3 -4 0 -2 -4 -5 0 3 -6 -3 -1 11 3 1 1 16 3 12 8 1 1 1 6 1 1 0 6 21 0 1 5 0.52 2.12 19 R -3 1 -1 -3 -2 0 -1 4 -1 -1 -4 0 -1 -3 -4 -1 4 -2 -3 0 2 8 3 1 1 4 5 26 1 3 1 7 2 1 1 5 22 1 1 7 0.43 2.10 20 K -3 3 -3 -4 -2 1 -2 -3 -1 1 -3 6 -1 -3 -4 -3 -2 -6 -3 -2 1 16 1 1 1 6 2 3 1 9 2 48 1 1 1 1 3 0 1 2 0.91 2.08 21 K -3 3 1 -2 -3 1 0 -3 0 0 -3 4 -1 -3 -2 0 1 -6 -3 -1 2 13 6 2 1 5 6 1 2 6 2 25 2 1 2 8 9 0 1 5 0.38 2.09 22 I -2 -4 -4 -3 -1 -4 -2 -4 -3 5 1 -4 5 0 -2 -4 -3 -1 -2 2 3 1 1 2 1 1 3 1 1 33 12 1 14 4 3 1 1 1 1 14 0.72 2.10 23 K -1 2 0 -1 -2 0 0 -3 -1 -4 -4 5 -2 -6 -2 1 1 -2 -5 -3 4 9 4 3 1 4 5 1 1 1 1 39 1 0 2 11 10 1 0 1 0.65 2.04 24 V -3 -3 -1 3 -2 -3 0 -3 0 4 1 -2 -1 0 -3 -3 -2 0 0 2 2 1 3 16 1 1 5 2 2 22 13 2 1 4 1 2 3 1 4 13 0.38 2.08 25 T -2 2 -1 -2 -1 1 -2 -1 -1 -3 -4 2 -1 -3 3 2 3 0 -2 -2 3 11 3 2 1 7 2 4 2 2 2 11 1 1 12 16 15 1 1 2 0.36 2.05 26 R -3 5 -2 -3 8 -2 -2 -3 0 -3 -3 0 -1 -5 -2 -2 -2 -5 -2 -2 2 30 1 2 34 2 2 2 3 2 3 5 1 0 2 2 2 0 2 3 1.17 2.01 27 K -2 2 1 1 -1 0 0 -2 1 -2 -2 4 0 -3 1 -1 0 -5 -2 -3 3 9 6 8 2 4 6 3 3 2 3 23 3 1 8 5 7 0 2 2 0.30 2.04 28 R -1 1 -1 -1 1 0 -1 -2 0 1 -1 0 0 -2 -2 -1 1 1 -1 3 6 9 3 3 3 3 4 3 2 7 6 6 2 2 2 5 10 2 2 19 0.15 2.07 29 F -1 -1 -1 -1 8 -1 -2 -2 0 0 -1 -2 1 0 -1 -2 -1 2 1 -1 4 3 4 3 30 3 3 4 3 5 7 3 3 5 3 3 3 3 4 5 0.62 2.05 30 I -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 31 E -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.13 2.01 32 H -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 33 K -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 34 V -2 1 -1 -2 1 0 -2 -1 1 1 -1 -1 2 0 0 -1 1 2 1 2 4 9 3 3 3 4 3 5 3 6 6 4 4 4 5 5 9 2 5 14 0.10 2.12 35 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 36 N -2 2 0 0 1 2 0 -2 1 0 -2 1 1 1 1 -1 0 2 0 -1 3 9 4 5 2 9 5 3 3 5 4 7 3 5 7 6 7 2 3 4 0.09 2.17 37 E -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 38 E -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 39 N -2 2 0 -1 1 0 1 -1 1 -1 -2 4 1 -1 -1 -1 -1 -5 0 0 4 10 3 3 3 4 10 5 4 3 3 22 3 3 3 3 4 0 4 6 0.24 2.06 40 I -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 41 V -3 -2 -5 -5 1 -1 -3 -6 -1 3 5 -2 0 0 -3 -5 -2 0 -1 1 1 3 0 0 3 3 1 0 2 14 48 3 2 4 1 0 3 1 3 8 0.70 1.80 42 E -2 0 0 1 -1 0 4 -3 0 -2 -3 0 -1 -1 -2 0 3 -1 -2 -3 3 4 4 6 1 4 27 1 2 3 2 6 2 3 1 7 19 1 1 2 0.41 1.83 43 V -2 -3 -2 -5 2 -5 -3 -3 -5 4 0 -5 1 0 -2 -3 -2 1 -4 5 3 2 2 0 4 0 2 2 0 24 8 0 3 3 2 2 2 2 0 37 0.73 1.76 44 E -1 0 2 2 -1 2 1 -3 3 -2 -1 0 -1 -2 1 -1 0 1 0 -1 4 5 10 11 2 8 8 2 7 2 7 7 2 2 8 3 6 2 3 4 0.17 1.83 45 I -2 -2 -1 -5 -4 -4 -2 -2 -5 5 0 -5 1 -1 -5 -2 -1 -5 0 4 3 3 3 0 0 0 3 3 0 38 5 0 3 3 0 4 3 0 3 26 0.76 1.81 46 K -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 47 P 1 1 -1 -4 0 0 0 -1 0 -2 -3 2 0 -5 5 -2 -1 -5 -4 -2 12 7 2 0 2 3 5 5 2 2 3 14 2 0 30 3 4 0 0 3 0.56 1.62 48 G -1 -1 0 0 1 -4 -4 5 1 -5 -5 -1 -5 -5 -5 -1 -1 3 0 -2 4 4 4 5 3 0 0 50 3 0 0 4 0 0 0 4 4 4 3 4 0.79 1.64 49 W -1 0 -4 0 3 1 -4 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 2 0 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.19 1.78 50 K -2 2 -1 2 -1 0 2 -3 0 -3 -4 4 -1 -3 2 -2 -1 -1 -1 -2 4 11 2 11 1 4 11 2 2 1 2 24 2 1 9 3 4 1 3 3 0.39 1.95 51 D -1 -1 3 5 -2 0 1 -3 3 -3 -4 0 -2 -3 0 0 0 -6 -2 -4 4 3 12 29 1 4 10 2 6 1 2 5 1 1 5 6 6 0 2 1 0.52 1.92 52 G -2 -2 0 -1 -1 -2 -2 7 -1 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -2 -3 -5 -2 -3 2 2 5 3 1 2 2 68 1 0 2 2 1 0 0 2 2 0 1 2 1.29 1.91 53 T -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 5 5 6 0.13 1.89 54 K -2 4 0 -1 1 3 1 -2 1 -2 -3 3 0 -1 -1 -1 -1 -5 0 -2 3 19 3 3 3 11 7 3 3 3 3 16 3 3 3 4 4 0 3 4 0.29 2.02 55 L -2 -2 -2 -5 -5 -1 -2 -6 0 5 2 -2 1 1 -5 -2 -2 -5 1 1 3 2 2 0 0 3 3 0 2 34 19 3 4 5 0 2 3 0 5 10 0.60 1.87 56 T -2 5 -1 -3 -1 -1 -2 -4 -1 -1 -2 1 -1 -2 0 -1 3 -6 -2 1 2 28 3 1 2 2 2 1 1 4 3 8 1 1 4 4 16 0 1 11 0.44 1.97 57 Y -2 -1 -5 -5 2 0 -5 -5 1 1 2 -1 2 5 -5 -1 -4 -4 2 1 4 4 0 0 4 4 0 0 4 6 17 4 5 26 0 4 0 0 5 10 0.57 1.74 58 S 0 1 0 -1 1 0 1 -2 1 -2 -3 1 0 -1 2 1 1 -5 0 -2 9 8 4 3 3 4 8 3 4 3 3 8 3 3 8 11 7 0 4 3 0.10 1.72 59 G -1 -1 0 0 0 -1 0 5 0 -5 -3 -1 -1 -5 -2 -1 -2 1 -1 -5 4 3 4 4 2 2 7 46 2 0 2 4 2 0 2 4 2 2 2 0 0.65 1.78 60 E -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 61 G 0 0 -4 -1 1 -4 -1 5 1 -5 -2 -1 1 -5 -5 -1 -1 -5 -5 -1 6 4 0 4 3 0 4 45 4 0 4 4 4 0 0 4 4 0 0 4 0.61 1.78 62 D -2 -2 3 5 -1 -1 2 -1 1 -3 -3 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -5 -1 -3 3 2 12 30 2 2 13 6 3 2 2 2 2 2 2 4 3 0 2 2 0.46 1.89 63 Q -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 64 E -1 -1 1 -1 1 1 1 3 1 -2 -2 -1 0 -1 -1 -1 -1 2 0 -1 5 3 6 3 2 6 10 20 3 3 4 3 3 3 4 5 3 2 3 4 0.11 2.23 65 S 1 1 -2 -2 0 -1 0 -2 0 0 -1 0 0 -1 3 0 -1 1 0 -1 10 6 2 3 2 3 6 4 2 6 6 5 3 2 14 7 4 2 4 5 0.07 2.17 66 P -2 1 2 1 -1 -1 -1 1 1 -3 -3 -2 -1 -2 5 -2 -2 -1 0 -3 3 7 9 6 1 3 4 11 3 1 2 3 2 2 25 3 2 1 3 2 0.39 2.17 67 G -3 -3 3 1 -1 -2 -3 5 -1 -4 -5 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -1 -3 -3 2 1 11 7 1 2 2 48 1 1 1 2 1 1 1 4 4 1 1 2 0.79 2.28 68 T 0 0 -1 -2 0 2 -2 4 1 0 -2 0 -1 -3 -3 -1 -1 0 -1 0 8 5 3 2 2 8 2 27 3 5 4 5 2 1 1 4 4 1 2 6 0.22 2.21 69 S 0 -1 -3 -2 -2 1 2 -2 -2 2 -1 -1 -2 -3 4 -2 -1 -6 -2 0 7 4 1 2 1 7 13 3 1 12 7 4 1 1 17 3 4 0 1 6 0.22 2.24 70 P 2 1 0 -3 -1 -2 -3 -3 -2 -4 -4 -2 -2 -4 6 0 0 -6 -2 -4 17 9 4 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 38 6 5 0 2 1 0.79 2.19 71 G 1 -4 -3 -3 -3 2 -3 6 -3 -6 -5 -3 -6 -4 -4 -2 -4 -6 -6 -5 12 1 1 1 1 8 1 62 1 0 1 1 0 1 1 2 1 0 0 1 1.24 2.23 72 D -4 -4 0 8 -7 -4 -2 -4 -2 -4 -7 -3 -6 -7 -3 -3 -2 -7 -4 -5 1 1 3 80 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 3 0 1 1 1.93 2.18 73 L -3 -6 -7 -4 -2 -6 -6 -7 -7 4 5 -6 1 -1 -6 -6 -3 -6 -2 3 2 0 0 1 1 0 0 0 0 20 50 0 2 2 0 0 1 0 1 20 1.13 2.09 74 V -3 -3 -4 -5 -2 -1 -4 -6 0 4 0 -3 -2 0 -6 -4 -1 -1 5 4 2 1 1 0 1 3 1 0 3 22 7 1 1 3 0 1 3 1 22 28 0.83 2.00 75 L -4 -6 -6 -7 -1 -6 -5 -7 -5 4 2 -6 -1 7 -6 -6 -4 -4 0 3 1 0 0 0 2 0 1 0 0 19 16 0 1 38 0 0 1 0 2 19 1.20 1.99 76 I -2 0 -2 -4 -3 0 0 -5 0 3 -2 -1 -2 0 -6 -3 1 -3 -1 5 2 4 2 1 0 4 6 1 2 16 3 4 1 4 0 1 10 0 2 36 0.56 2.01 77 I -3 -6 -5 -7 -2 -6 -5 -6 -6 6 3 -6 -1 -1 -5 -4 -3 -6 -3 4 1 0 0 0 1 0 0 1 0 39 24 0 1 2 0 1 1 0 1 27 1.13 1.96 78 Q -1 3 0 3 -2 2 2 -4 3 -4 -4 2 -3 -4 -4 0 -1 -6 -3 -1 5 14 5 14 1 8 13 1 6 1 1 12 1 1 0 7 4 0 1 5 0.42 1.97 79 T -3 -4 -4 0 -2 3 5 -6 -3 1 -1 -4 -2 -1 -4 -3 -1 -6 -3 3 1 0 0 6 1 12 34 0 1 9 5 0 1 2 1 1 4 0 1 21 0.69 1.95 80 K 0 2 -2 -3 -4 1 0 -3 -3 -2 -1 6 -1 -5 -4 -2 -2 -6 -5 -1 9 10 1 1 0 5 6 1 0 3 6 46 1 0 0 1 2 0 0 5 0.77 1.94 81 T -2 0 -3 0 -6 -1 2 -4 -3 -5 -5 2 -4 -7 7 -2 -3 -7 -5 -5 2 5 1 6 0 3 15 1 1 0 1 11 0 0 49 3 2 0 0 1 1.26 1.94 82 H -4 -3 -2 -1 -7 -3 -3 -6 11 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -4 -4 -6 -1 -6 1 0 1 3 0 0 1 0 90 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2.92 1.89 83 P -4 -5 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -6 -6 -4 -6 -7 9 -4 -4 -7 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 3.14 1.69 K Lambda Standard Ungapped 0.1351 0.3118 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1573 0.3164 PSI Gapped 0.0481 0.2670