Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -3 -5 -3 -4 -6 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.35 1.51 2 E -1 -2 0 -3 2 1 4 -4 3 -1 -4 -1 0 -3 -3 1 2 -1 -1 -2 4 2 5 0 4 7 30 1 7 3 1 3 2 1 1 12 13 1 2 2 0.47 1.62 3 V -3 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 6 -1 -6 -2 -2 -6 -5 -3 -6 -4 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 43 1 0 0 1 0 0 1 0 0 53 1.55 1.64 4 V -1 -4 -4 1 -3 2 -2 -6 -4 4 2 -5 -1 -4 -1 -3 -2 -2 -5 2 5 1 0 10 0 9 2 0 0 26 21 0 1 0 4 1 2 0 0 15 0.56 1.70 5 R -1 -2 -3 -3 -4 -4 -3 -3 4 2 -3 -3 -4 1 -5 0 0 0 7 1 6 2 1 1 0 0 1 2 11 11 1 1 0 4 0 6 6 1 36 9 0.83 1.68 6 I -2 -5 -4 -5 -1 -5 -5 -4 -1 5 1 -4 -2 1 -6 -4 -1 -3 -3 4 3 0 1 0 1 0 0 1 2 38 12 1 0 5 0 1 4 0 1 29 0.92 1.68 7 D -4 -5 -1 8 -7 -3 -1 -4 -4 -6 -7 -3 -4 -7 -5 -3 -3 -7 -6 -6 1 0 1 93 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 2 0 0 0 2.29 1.66 8 R -1 -1 -1 2 -2 -1 -1 -1 6 1 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -2 1 1 4 4 3 11 1 2 4 4 22 7 4 4 1 2 4 4 3 1 4 12 0.37 0.92 9 A -2 5 2 -2 -3 1 -1 -1 3 -3 -3 0 -2 -3 0 0 0 -3 -2 -3 3 33 8 2 1 6 3 6 6 2 3 5 1 1 5 6 6 0 1 2 0.50 1.19 10 F -5 -6 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -3 -3 -3 -6 -3 8 -6 -5 -5 1 6 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0 0 0 1 22 0 2.29 1.71 11 G -2 -6 -4 -3 -3 -3 -3 7 -5 -7 -7 -5 -6 -7 -5 -3 -5 -6 -6 -6 1 0 0 1 1 1 2 94 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.20 1.75 12 N -4 -4 8 -2 -6 -3 -4 -3 -3 -6 -5 -3 -5 -6 -5 0 -2 -7 -5 -6 1 0 89 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 6 2 0 0 0 2.20 1.75 13 V 1 -6 -6 -6 2 -5 -6 -5 -6 2 4 -5 -1 -3 -6 -5 -3 -6 -5 5 14 0 0 0 5 0 0 1 0 9 34 0 1 1 0 0 1 0 0 35 0.94 1.75 14 W -2 -2 -4 -6 -2 0 -3 -5 -2 5 -1 -4 3 -3 -6 -3 -2 7 0 2 3 2 1 0 1 6 2 1 1 38 4 0 7 0 0 2 2 13 2 15 0.95 1.98 15 T -3 -5 -4 -5 -2 -4 -5 -5 -5 -2 2 -4 -2 -3 -5 1 7 -6 -5 -2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 18 0 1 1 0 8 69 0 0 1 1.45 1.97 16 N -1 -4 7 0 -3 -4 -3 1 -3 -6 -5 -4 -5 -6 -4 1 -1 -2 -5 -6 6 0 59 5 1 0 1 11 0 0 1 0 0 0 1 11 4 1 0 0 1.36 1.95 17 I 0 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -4 6 3 -4 0 -2 -6 -4 -3 -5 -4 2 7 1 0 0 1 0 0 0 1 53 21 1 1 1 0 1 1 0 0 10 1.19 1.92 18 P -2 2 -2 1 -3 -2 -1 -1 1 -5 -3 0 -5 -6 5 1 2 -6 -5 -4 2 11 1 7 1 2 4 5 3 0 3 6 0 0 32 11 11 0 0 1 0.70 1.88 19 T 2 3 -1 -2 -3 0 0 2 0 -2 -2 1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 0 -1 15 15 3 2 1 4 6 18 2 3 4 8 1 2 3 3 2 1 4 4 0.24 1.89 20 H 1 0 0 3 -3 0 3 -2 0 -3 -5 0 -5 -6 -2 1 1 -2 -3 -4 10 5 3 17 1 4 21 3 2 1 1 6 0 0 2 12 8 1 1 1 0.45 2.08 21 L 0 -1 -2 2 -1 -1 0 -3 -1 -1 2 -3 2 2 -2 -2 -1 3 1 1 7 3 2 10 1 3 7 2 2 2 23 2 4 7 2 3 4 3 5 8 0.21 2.07 22 I -2 -4 -4 -5 -1 -5 -4 -3 -5 1 3 -4 0 5 -2 -4 -3 2 1 2 3 1 1 1 1 0 1 3 0 8 30 1 1 22 2 1 1 2 4 16 0.70 2.10 23 G 0 0 0 3 -3 0 3 1 -2 -4 -3 1 -3 -4 0 0 -1 -6 -4 -4 9 5 5 17 1 4 16 12 1 1 3 10 1 1 5 5 3 0 1 1 0.34 2.13 24 R -1 3 1 1 -3 2 1 1 -2 -3 -4 3 -2 -6 -1 0 -1 0 -3 -3 4 16 5 7 1 9 9 11 1 2 1 16 1 0 3 5 4 1 1 1 0.37 2.13 25 L 1 0 -3 -1 -1 -2 -2 -2 0 0 3 0 0 2 -1 -2 -2 -1 -1 0 10 6 1 4 1 2 3 4 2 4 26 6 3 9 4 3 2 1 2 8 0.19 2.09 26 E 0 1 2 0 0 2 2 2 0 -3 -3 1 -2 -2 -1 0 -2 2 -2 -3 7 8 9 5 2 8 13 17 2 2 3 7 1 2 3 6 2 3 2 2 0.24 2.14 27 V -1 -3 -4 -3 -2 -3 -2 0 -3 3 0 -3 -2 1 -1 -3 -2 5 0 4 6 2 1 2 1 1 3 7 1 15 10 2 1 5 3 2 3 7 3 27 0.42 2.11 28 K -1 3 -1 -2 -2 0 1 -2 0 -2 -3 3 -1 -3 -2 0 2 2 -2 1 5 14 3 2 1 4 8 3 3 2 2 15 2 1 2 7 11 3 1 11 0.25 2.13 29 I -1 -2 -3 -3 0 -3 -1 -3 1 5 1 -2 1 0 -2 -3 -2 -1 0 3 5 3 1 2 2 1 4 2 4 29 10 2 3 5 2 2 3 1 4 17 0.46 2.14 30 L -1 1 0 -2 -1 -1 -1 1 0 -1 1 -1 0 1 -2 0 0 2 1 1 5 7 5 2 1 2 5 12 2 4 13 4 2 6 2 6 5 2 5 9 0.07 2.11 31 S -1 0 2 2 0 0 0 1 2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 0 -1 1 0 -1 6 5 11 10 2 5 5 12 5 3 5 4 2 3 3 7 3 2 4 5 0.12 2.12 32 D 0 1 1 2 1 0 1 1 1 0 -2 0 1 -1 -1 -1 -1 -5 0 -1 8 7 8 11 3 4 8 10 3 5 3 5 3 3 3 4 4 0 3 4 0.11 2.09 33 T -1 2 0 0 1 0 -1 1 0 -1 -1 0 0 -1 0 -1 1 2 0 0 5 10 4 6 3 4 4 12 3 3 5 6 3 3 4 5 8 3 3 6 0.07 2.04 34 V -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 35 L -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 36 E -1 2 -2 0 -1 2 2 -3 0 2 -1 1 -1 1 -1 -1 1 -1 -2 -1 5 10 2 5 2 8 11 2 2 10 6 7 1 6 3 5 9 1 1 4 0.13 1.92 37 L 1 -2 0 -2 0 -2 -3 -3 -1 4 2 -3 3 -1 -3 -2 -1 0 -4 2 11 3 4 2 2 2 2 2 2 19 18 1 6 3 1 3 3 1 0 13 0.32 1.95 38 P -1 1 -2 -2 -5 0 -1 -1 3 -2 -3 1 -1 -3 5 -1 1 -5 -2 -1 5 7 2 2 0 3 3 5 6 3 3 10 1 1 29 5 8 0 2 4 0.51 1.95 39 F -2 -1 -2 -5 0 -2 -5 -1 0 1 1 -2 0 4 -2 -1 -2 3 4 1 3 4 2 0 2 2 0 5 3 8 13 3 2 16 2 6 3 4 12 10 0.34 1.94 40 C 1 -1 -1 -1 3 -1 -1 2 2 -1 -1 -1 0 -1 -5 0 -1 -5 2 2 10 4 3 3 5 3 4 14 5 3 7 3 3 3 0 8 4 0 6 13 0.15 2.03 41 K -1 3 1 0 1 1 1 -2 3 -2 -3 1 0 -1 0 0 -1 2 -1 -2 4 15 6 4 2 6 9 3 8 3 3 10 3 3 4 6 4 2 3 3 0.22 2.02 42 T -1 -3 1 -3 -1 -3 -2 -3 0 -3 -5 -2 -4 -2 -2 3 6 -5 -1 -2 3 1 6 1 1 1 2 1 2 1 0 1 0 2 1 25 47 0 2 2 0.90 1.67 43 F -5 -5 -5 -6 -5 -3 -5 -6 -2 -4 -2 -5 -4 7 -6 -4 -5 -1 8 -3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 38 0 1 0 0 55 1 2.08 1.70 44 G 3 -3 0 -1 0 -1 -2 4 0 -5 -4 -3 -4 -4 -4 3 -1 -5 -2 -4 25 1 4 4 2 3 3 28 2 0 2 1 0 1 0 20 3 0 1 0 0.64 1.67 45 E 0 -2 0 5 -3 1 3 -2 0 -4 -4 -2 -3 -1 -4 0 -2 -5 0 -4 8 1 3 36 1 6 22 3 2 1 2 1 0 3 0 5 2 0 3 1 0.74 1.67 46 V 1 -3 -4 -5 -1 -2 -3 -1 -3 1 -1 -3 -1 -2 -4 -2 -2 -5 -3 6 13 1 1 0 1 2 1 4 1 4 5 1 1 1 1 2 2 0 1 58 0.87 1.65 47 D 2 0 0 2 -3 -1 2 -1 -1 -4 -4 0 -2 -4 4 -1 -3 -6 -2 -3 16 4 4 10 1 3 14 6 1 1 1 7 1 1 23 5 1 0 1 1 0.48 1.68 48 E 0 0 -2 -1 -3 0 2 -3 -4 0 -1 1 -2 -3 4 -1 0 -1 -3 1 7 6 1 3 1 4 15 2 0 6 6 9 1 1 20 3 5 1 1 9 0.32 1.66 49 G -2 -3 0 -1 -6 -2 -3 7 -2 -5 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -3 -1 -6 -4 1 1 5 3 0 2 1 77 1 1 0 3 0 0 0 2 1 1 0 1 1.55 1.67 50 Q -1 -1 -1 2 -1 2 5 -1 0 -4 -5 2 -2 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -4 5 3 3 12 2 9 37 6 2 1 0 10 1 0 0 4 4 0 0 1 0.66 1.67 51 P 1 -1 -3 -3 1 -3 -3 -2 -5 0 2 -1 0 -2 4 -2 -2 -1 0 0 13 4 1 1 3 1 1 3 0 5 23 4 2 2 23 2 2 1 3 5 0.41 1.68 52 L -2 -5 -6 -6 0 -2 -6 -1 -6 2 4 -3 1 2 -6 -5 -3 -1 -2 2 3 0 0 0 2 2 0 6 0 12 45 1 3 10 0 0 1 1 1 13 0.75 1.69 53 L 3 -5 -2 -5 3 -5 -5 -2 0 2 1 -5 0 -1 -5 -1 -2 4 -4 2 26 0 2 0 7 0 0 3 2 13 16 0 2 3 0 3 2 5 0 15 0.51 1.50 54 Y -3 0 -2 -6 0 -1 -5 -6 3 0 2 -4 0 3 -6 -3 -1 2 6 -1 2 5 2 0 2 3 0 0 6 4 21 0 2 10 0 2 4 2 30 5 0.71 1.50 55 L -2 -1 0 -3 0 -2 0 -3 -1 4 0 -2 0 2 0 -2 0 3 0 2 3 3 5 1 2 2 6 2 1 21 8 2 2 9 4 3 5 4 3 14 0.26 1.50 56 N -1 -1 5 3 -5 -3 -1 4 -3 -5 -5 -1 -5 -5 -4 0 -1 -5 -5 -5 4 3 31 16 0 0 3 28 0 0 0 3 0 0 0 6 4 0 0 0 0.86 1.43 57 S 0 -3 -2 -1 -1 -3 1 -2 -1 -3 -3 -1 -4 -5 -4 6 -2 -6 -5 -4 5 0 0 2 1 0 7 2 1 2 2 4 0 0 0 73 0 0 0 0 1.13 1.39 58 R 0 -2 0 0 -1 0 -1 -2 5 -2 2 -2 -1 0 -4 1 0 0 0 -2 9 1 5 5 1 4 3 2 14 2 20 2 1 4 0 13 7 1 2 2 0.27 1.37 59 G -2 -1 0 3 -5 -3 -2 6 -3 -4 -2 -2 0 -3 -5 -1 -3 -2 -1 -4 1 4 4 14 0 1 2 56 1 1 4 1 2 1 0 3 1 1 2 1 0.94 1.39 60 R -2 1 2 -3 0 0 -3 -4 1 -3 1 -1 0 4 -5 -3 -1 4 4 -1 3 8 10 1 2 5 1 1 3 0 14 4 2 18 0 1 4 5 16 3 0.47 1.39 61 L -2 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 2 4 -5 2 0 -4 -5 -3 -1 -2 4 3 0 0 0 2 0 0 0 0 10 43 0 4 4 1 0 1 1 1 29 0.89 1.39 62 A 1 -3 -3 -2 0 1 6 0 -3 -2 -3 -1 0 -5 -4 0 -2 -6 -5 -4 13 0 0 0 2 4 55 8 0 3 1 2 3 0 0 7 2 0 0 0 0.88 1.39 63 L -2 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 1 1 -6 -5 -4 -5 -4 3 2 0 0 0 2 0 0 0 0 48 23 0 3 5 0 0 0 0 0 16 1.11 1.39 64 G 6 -4 -4 -1 -1 -4 -4 2 -5 -4 -3 -4 -1 -2 -4 0 -2 -5 -4 -2 70 0 0 3 1 0 0 12 0 0 1 0 1 2 0 6 1 0 0 2 1.08 1.39 65 L -1 -2 -5 -6 0 -3 -5 -6 -3 5 1 -3 2 -1 -5 -3 -2 -5 -2 5 4 2 0 0 2 1 0 0 1 32 9 2 4 3 0 2 1 0 1 37 0.84 1.39 66 N -3 1 8 -2 -3 -2 -1 -3 0 -6 -6 -2 -5 -2 -2 -1 -2 -6 0 -4 2 8 70 1 1 1 2 1 1 0 0 1 0 2 2 4 1 0 3 1 1.42 1.44 67 Q -3 2 0 -1 2 5 0 0 1 -4 -2 2 4 -4 -5 -2 -2 0 0 -4 1 11 4 3 4 24 6 9 3 0 4 11 12 0 0 2 2 1 3 0 0.49 1.44 68 S -1 -2 -2 1 -3 -3 -2 7 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -3 -6 -4 -4 5 2 1 8 1 1 3 74 0 0 0 2 0 0 0 2 1 0 1 1 1.44 1.44 69 N -2 2 5 2 -3 -2 -2 -3 1 -5 -5 -2 -5 -5 -3 4 -2 -6 -2 -4 1 11 31 10 0 0 0 0 3 0 1 1 0 0 1 38 0 0 2 1 0.95 1.45 70 F 5 -5 -5 -5 2 -4 -5 0 -5 -2 -1 -4 0 5 -5 -2 -3 -4 -1 -2 54 0 0 0 4 0 0 6 0 2 4 0 2 25 0 1 1 0 1 1 0.99 1.43 71 I 5 0 -1 0 1 0 -1 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -4 3 -1 -6 -4 -3 48 4 2 6 3 3 3 2 1 0 1 3 0 1 0 18 2 0 0 1 0.68 1.46 72 E 0 2 -1 2 -4 2 4 -1 0 -4 -4 2 -2 -4 -4 1 -1 -6 -2 -3 8 10 2 9 0 8 25 4 2 1 1 13 1 0 0 9 3 0 1 1 0.44 1.48 73 K 2 3 -3 -2 -3 1 -1 -4 -3 -1 1 2 0 0 -3 -2 1 -3 -1 0 15 14 1 2 0 6 3 1 0 4 16 12 2 4 1 2 9 0 2 6 0.23 1.53 74 W -4 -4 -5 -6 -3 -4 -4 -5 1 -1 4 -5 0 4 -4 -4 -2 0 5 -2 1 0 0 0 0 0 1 1 3 1 48 0 2 15 1 1 2 1 21 1 1.01 1.53 75 P -2 0 2 0 -4 1 -1 5 3 -6 -6 1 -4 -5 -3 0 -3 -2 -4 -6 3 4 11 4 0 6 3 45 6 0 0 9 0 0 1 5 1 1 0 0 0.81 1.53 76 V 0 -5 -6 -6 0 -4 -6 -5 -6 4 4 -4 0 -2 -5 -4 -2 -5 -4 3 8 0 0 0 2 0 0 0 0 21 40 0 2 1 0 0 2 0 0 22 0.87 1.51 77 V 1 1 0 1 -3 1 2 2 1 -4 -5 3 -3 -4 -2 0 -1 -6 -2 -2 11 7 5 6 0 5 11 17 3 1 0 16 0 1 1 5 4 0 1 4 0.32 1.53 78 P 0 0 -2 -3 -2 -2 0 -4 -3 1 -1 -3 -2 -1 3 0 1 1 2 2 8 6 1 1 1 1 7 1 0 7 6 1 1 3 13 6 11 2 6 17 0.25 1.55 79 G -2 -3 -2 0 -6 -2 -3 7 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -3 -2 -4 -3 -6 -6 1 1 2 5 0 2 1 81 0 0 2 1 1 0 1 1 0 0 0 0 1.65 1.56 80 D 0 -3 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