Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 5 1 -4 -3 -3 7 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 69 4 0 0 0 0.84 0.56 2 F -3 1 -3 -4 -4 -2 -2 -3 2 -2 1 1 -2 5 -3 -1 -3 -1 4 -3 0 10 0 0 0 0 2 1 5 1 13 10 0 32 1 5 0 0 19 0 0.59 0.64 3 T 1 2 -1 0 -4 0 -1 1 -2 -2 -4 3 -3 -5 -3 2 2 -5 -4 -2 11 13 2 4 0 2 2 12 1 2 0 20 0 0 0 16 13 0 0 2 0.36 0.74 4 N -2 -2 4 2 -4 -1 -1 -1 3 -5 -5 1 -4 -5 3 3 0 -5 -2 -4 2 1 21 10 0 2 1 4 8 0 0 10 0 0 15 22 4 0 1 0 0.57 0.88 5 A 2 -3 -4 -4 -1 2 0 -3 -4 -2 0 0 5 -2 3 0 -2 -5 -4 0 18 0 0 0 2 11 5 1 0 0 10 5 18 1 14 5 2 0 0 8 0.42 1.01 6 T 0 -2 -2 -2 -4 0 0 -4 -4 3 0 -1 -2 -4 1 2 4 -5 -4 -1 7 2 1 1 0 4 6 0 0 17 8 4 0 0 7 16 25 0 0 3 0.35 1.00 7 F -3 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -4 -1 -1 4 -3 1 3 4 -1 -3 -4 0 -1 0 1 0 0 0 2 0 1 1 2 46 1 3 14 20 4 1 0 3 2 0.73 1.01 8 S 0 -3 0 3 -5 1 4 -4 -3 -4 -3 0 -4 -5 -4 3 0 -5 -2 -3 7 0 4 15 0 5 29 0 0 1 2 6 0 0 0 24 5 0 1 2 0.57 1.07 9 Q -1 0 0 5 -5 -1 4 -3 0 -5 -4 1 -3 -5 -3 -1 -3 -5 -1 -4 5 5 3 30 0 1 34 2 2 0 1 9 1 0 1 4 1 0 2 1 0.78 1.08 10 V 1 -5 -5 -5 -2 -4 -2 -4 -5 5 1 -5 0 -3 -5 -4 -2 4 -3 4 14 0 0 0 1 0 3 0 0 33 11 0 2 0 0 0 1 6 0 29 0.78 1.10 11 L -3 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -1 1 6 -5 3 0 -5 -5 -3 -1 -2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 7 74 0 7 3 0 0 1 1 1 3 1.13 1.11 12 D -4 -2 1 6 -2 1 3 -4 -2 -3 -1 -1 -4 -3 -4 -2 -1 -5 -4 -3 0 2 4 50 1 5 19 0 1 1 8 3 0 1 0 2 3 0 0 1 0.92 1.09 13 D -4 -2 0 7 -5 -2 3 -4 -2 -3 -2 -3 -4 -5 -2 0 -3 -6 -5 -5 0 2 2 63 0 0 17 0 1 1 5 0 0 0 1 7 0 0 0 0 1.24 1.08 14 L -4 -5 -6 -6 4 -5 -5 -6 -5 2 6 -5 0 -2 -5 -4 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 9 74 0 1 0 0 1 0 0 0 4 1.19 1.09 15 S 2 -3 -2 -4 7 -2 -1 -3 -1 -1 0 -4 -3 -3 -4 2 0 -4 2 -1 15 1 1 0 27 2 4 1 1 4 9 0 0 0 0 16 6 0 9 4 0.66 1.12 16 A 1 -2 -3 0 1 -3 -3 -1 -4 -1 -1 -3 -1 1 -4 4 0 -5 -3 3 11 2 0 5 3 0 0 5 0 2 6 0 1 6 0 31 5 0 0 22 0.39 1.11 17 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -1 -5 -3 -5 -2 1 -4 -5 -5 -3 -1 -5 -4 -5 0 85 0 0 0 0 3 0 0 0 4 3 0 0 0 0 4 0 0 0 1.68 1.12 18 F -5 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -3 -1 -6 -2 9 -6 -5 -5 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 97 0 0 0 0 0 0 2.31 1.16 19 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 -1 1 -5 -5 -3 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 21 0 0 5 0 0 0 0 0 18 1.20 1.16 20 L -2 -4 -1 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 3 -4 1 -1 -5 0 0 -4 -3 2 3 0 3 0 0 0 0 0 0 29 30 0 3 1 0 7 7 0 0 16 0.64 1.12 21 N -4 -3 8 -1 0 -2 -3 -2 1 -4 -1 -3 -4 -3 -1 -2 -1 -5 -4 -4 0 0 74 0 2 1 0 2 3 0 7 0 0 1 3 0 3 0 0 0 1.37 1.09 22 L -1 -1 0 -5 4 0 -4 -4 -4 2 3 -4 3 -3 -5 -4 -1 -4 -4 2 5 4 4 0 10 4 0 1 0 12 34 0 6 0 0 0 3 0 0 14 0.56 1.26 23 P -3 -2 -4 -2 -5 -3 0 -3 -1 -3 -5 -1 -4 -5 8 -3 -2 -6 -5 -2 0 2 0 2 0 0 5 1 2 1 0 4 0 0 76 1 1 0 0 3 1.94 1.26 24 A -1 -2 -1 2 -5 2 4 -4 0 -3 -3 1 -4 -5 2 0 0 -5 -1 -2 5 1 3 9 0 9 32 1 2 1 3 8 0 0 11 7 5 0 2 2 0.51 1.32 25 E -1 -3 0 2 0 1 5 -3 0 -2 -2 -3 -1 2 -2 0 -2 -1 -1 -3 4 0 4 10 2 4 41 2 2 2 4 0 1 9 2 9 1 1 2 2 0.56 1.32 26 E -2 -3 -1 4 -6 0 6 -5 -3 0 -2 0 -4 -1 -4 -3 -2 -6 -4 -1 3 0 3 20 0 2 49 0 0 7 4 5 0 2 0 0 2 0 0 4 0.86 1.25 27 Q -4 2 -4 -1 -1 -1 -2 -6 1 0 4 1 1 0 -5 -4 -4 -4 0 -2 0 14 0 3 1 2 3 0 4 3 48 11 3 3 0 0 0 0 3 1 0.62 1.26 28 S 0 0 1 0 -4 2 2 -2 -1 -2 0 1 -1 -5 -1 2 0 -5 -4 -2 6 5 7 4 0 7 13 3 1 2 9 10 2 0 3 20 6 0 0 2 0.24 1.23 29 S -2 -3 3 5 -4 0 -1 -3 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -4 4 0 -5 -2 -3 2 0 15 32 0 5 1 0 1 0 0 2 0 0 0 33 4 0 1 1 0.84 1.22 30 V -1 -2 -1 -3 -4 -1 -3 -5 1 2 1 -1 2 4 2 -2 -2 -4 -1 2 5 2 3 1 0 3 1 0 4 13 13 3 5 17 10 3 2 0 1 14 0.33 1.26 31 E -2 -4 0 0 -5 0 5 -5 -4 3 -2 -3 0 -2 -1 -2 -1 -5 -4 1 3 0 5 5 0 3 43 0 0 19 3 0 3 2 3 1 3 0 0 9 0.66 1.26 32 R -4 7 -3 1 -6 -2 0 -5 3 -5 -2 0 -4 -5 -5 -3 -1 -5 0 -5 0 68 0 8 0 0 5 0 7 0 3 3 0 0 0 0 3 0 3 0 1.34 1.26 33 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -2 -6 -5 4 4 -2 1 0 -5 -5 -3 -4 0 2 2 0 0 0 0 0 3 0 0 27 41 3 2 4 0 0 0 0 3 15 0.84 1.26 34 C -1 -5 -5 -5 8 -5 -5 -3 -4 -3 1 -5 3 5 -2 -3 -4 -3 3 -3 4 0 0 0 32 0 0 2 0 0 14 0 8 22 2 2 0 0 11 0 1.12 1.23 35 F -4 -5 -3 -6 1 -5 -6 -6 -4 -1 -1 -5 0 8 -6 -4 -3 2 1 -2 0 0 2 0 3 0 0 0 0 2 3 0 2 80 0 1 1 2 2 2 1.75 1.12 36 Q -1 -1 0 -3 -5 6 1 -4 4 1 0 -1 0 -2 -4 -2 -3 -4 0 -3 4 2 3 0 0 44 6 1 12 8 10 1 3 1 0 2 1 0 3 0 0.74 1.12 37 I -2 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 0 1 -5 -4 -2 -4 -3 4 3 0 0 0 1 0 0 0 0 31 32 0 2 5 0 0 1 0 0 25 0.88 1.12 38 E -3 0 -3 -1 -6 3 7 -5 -2 -6 -5 1 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 3 0 0 0 10 82 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 1.12 39 Q -2 -1 -2 0 -2 5 4 -5 -3 -2 1 -1 -3 -4 -4 -1 -2 -5 -1 -4 2 2 1 4 1 25 34 0 0 3 17 3 0 0 0 5 1 0 3 0 0.67 1.12 40 A 7 -4 -4 -4 1 -3 -3 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -2 92 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 2 1.42 1.12 41 H -4 -3 -3 -4 0 1 -3 -5 8 -5 -4 -3 -3 1 -5 -2 -3 5 6 -4 0 0 0 0 2 7 0 0 47 0 0 0 0 5 0 3 1 7 26 0 1.52 1.09 42 W -5 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -4 -1 -5 -5 -4 12 2 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 5 0 3.60 1.07 43 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -3 -5 4 -3 -3 -4 -3 7 -5 -4 -4 6 5 -3 0 0 0 0 0 0 2 0 10 0 1 0 0 50 0 0 0 10 22 0 1.45 1.05 44 Y -2 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 2 -3 -2 -4 -3 2 -5 -4 -4 0 9 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 5 0 2 0 0 3 0 0 0 0 81 0 1.88 1.05 45 E -2 -3 -3 0 2 -2 4 -4 -4 2 2 -2 0 -3 -4 -3 0 -4 -2 -1 3 0 0 5 5 1 26 0 0 15 25 1 2 0 0 1 6 0 2 4 0.42 1.05 46 D -4 -4 -1 8 -5 -3 -1 -3 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.82 1.07 47 F -4 -4 1 -4 -4 -2 -3 -4 1 1 -2 0 0 7 -5 -4 -3 1 1 -2 1 0 8 0 0 2 1 0 4 9 2 6 2 56 0 0 0 1 3 2 1.06 1.04 48 I -2 -4 -4 -4 -1 -3 -4 -4 5 2 0 -4 1 2 -4 -2 -2 6 5 1 2 0 0 0 1 0 0 1 13 12 7 0 3 6 0 3 1 13 24 10 0.78 1.04 49 R -1 4 -1 -4 6 0 -2 -5 -4 -1 -2 2 2 -4 -5 -2 -1 -5 -1 2 5 26 3 0 14 3 3 0 0 3 4 10 4 0 0 3 4 0 3 13 0.57 1.64 50 A -1 0 0 2 -5 2 3 -2 0 -1 -1 1 -4 -5 2 -1 0 -5 -4 -1 6 4 5 12 0 8 17 3 2 4 6 9 0 0 10 3 5 0 0 5 0.26 1.64 51 Q -2 1 2 0 0 3 1 -1 2 -1 -1 2 2 -2 -1 -1 -1 -5 -4 -2 3 7 8 4 2 11 9 5 5 4 7 13 6 2 3 3 3 0 0 3 0.21 1.60 52 N -2 -2 5 3 -5 0 0 -4 2 -2 -2 -2 -4 1 -3 0 0 -1 2 -5 3 2 32 17 0 5 5 0 4 2 3 2 0 5 1 5 5 1 6 0 0.64 1.72 53 D 0 0 0 0 -5 -1 0 -4 1 -3 -4 1 -2 -5 6 -1 -1 -5 0 -3 7 5 4 5 0 2 7 0 3 1 1 10 1 0 39 5 4 0 3 1 0.79 1.67 54 Q -1 1 2 -1 -5 1 1 0 3 -3 -3 3 -1 -5 -3 1 0 -5 0 -3 5 8 8 3 0 6 8 8 8 1 2 16 1 0 1 10 6 0 3 2 0.30 1.68 55 L -3 -3 -3 -5 3 -2 -3 -5 -5 0 5 -1 0 0 -5 -3 -3 -4 -1 0 2 1 1 0 6 2 2 0 0 4 62 4 1 4 0 1 1 0 2 5 0.91 1.66 56 P -2 -1 -1 -4 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 2 -2 -5 7 -1 -2 -5 -2 -3 2 4 3 0 1 2 0 2 1 2 3 12 1 0 54 4 3 0 1 2 1.23 1.63 57 S -1 -1 1 -1 -1 2 -1 -1 3 -4 -3 2 -2 -3 0 3 0 -5 0 -4 5 3 7 3 1 8 2 5 7 0 2 14 1 1 5 24 7 0 3 1 0.35 1.51 58 L -2 -2 -4 -2 4 -2 -4 -5 -1 1 3 -3 5 1 -1 -2 -2 -3 2 1 2 2 0 3 8 1 1 1 1 6 28 2 14 6 3 4 2 0 6 10 0.48 1.31 59 G -1 -1 1 2 0 -1 -1 2 0 -4 -4 2 -4 -4 0 3 2 -4 -4 -2 4 2 7 10 2 2 2 15 2 1 1 11 0 0 4 21 11 0 0 4 0.34 1.30 60 L -3 -4 -4 -5 -4 0 -4 -3 -4 2 4 -4 5 4 -4 -1 -2 -3 -2 -1 1 0 0 1 0 5 1 2 0 10 38 1 14 16 0 6 2 0 0 4 0.69 1.31 61 R -2 5 -1 -2 -4 -1 -1 -2 -1 -2 -2 4 -3 -1 -1 0 -1 -4 0 -4 3 27 2 2 0 2 3 2 1 3 3 30 0 4 3 6 4 0 3 1 0.59 1.31 62 V -1 -1 0 3 -4 2 3 -1 0 -4 -3 1 -2 -2 -2 0 1 -5 -4 -2 5 3 3 18 0 8 16 5 2 0 3 9 1 2 2 8 10 0 0 3 0.33 1.31 63 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -4 -2 0 -5 -2 9 -5 -4 -4 -2 0 -3 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 9 0 0 84 0 1 1 0 0 1 2.01 1.32 64 S 4 -4 -2 -4 4 -3 -3 -1 -4 0 -2 -3 -3 -2 -3 2 3 -4 -1 0 31 1 2 1 9 0 1 5 0 5 4 1 0 2 1 16 16 0 2 5 0.51 1.29 65 A 1 1 -1 -1 -1 2 2 -1 0 0 0 1 0 0 -3 1 -1 -4 -1 -2 11 6 3 3 1 9 13 5 2 5 9 9 2 5 1 9 3 0 2 2 0.12 1.35 66 K -1 1 1 -1 -5 4 0 -4 2 0 1 1 2 -1 -2 -1 -2 1 -2 -2 4 7 7 2 0 18 6 1 4 5 14 8 5 3 2 4 2 2 1 3 0.24 1.46 67 L -3 -5 -3 -4 -4 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 5 1 -5 -5 -2 -4 -3 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 30 30 0 17 7 0 0 1 0 0 7 0.91 1.45 68 F -3 -5 -5 -6 3 -5 -4 -5 -4 1 1 -3 -2 7 -5 -4 -4 0 1 -1 1 0 0 0 7 0 1 0 0 9 14 2 0 52 0 1 0 1 4 3 1.16 1.43 69 A 0 1 3 -1 -5 4 1 -2 4 -3 -2 1 -2 -5 -3 0 -2 -6 -3 -2 7 7 14 2 0 19 9 3 9 1 3 9 1 0 1 6 1 0 1 3 0.40 1.51 70 H 0 0 1 1 -1 -2 -2 -4 8 -3 -2 0 0 -3 -5 0 -2 -5 1 -3 9 4 7 7 2 1 2 0 38 2 4 6 2 1 0 7 2 0 4 1 0.83 1.52 71 C -3 -6 0 -3 10 -5 -6 -5 -5 1 -3 -5 -4 0 -6 -1 -2 0 -1 1 0 0 5 1 59 0 0 0 0 9 1 0 0 3 0 3 2 1 2 9 1.73 1.49 72 P -2 -2 -3 0 -6 -4 1 -2 -5 -4 -5 -2 -3 -2 7 -2 -3 -6 -5 -4 3 2 1 6 0 0 10 3 0 1 1 2 1 2 62 2 1 0 0 1 1.48 1.54 73 L -2 -2 -2 -1 -2 -2 -4 -3 -1 2 3 -4 0 4 -3 -1 -3 -4 -1 0 3 3 2 4 1 2 1 2 2 13 31 1 2 18 1 4 1 0 1 5 0.43 1.54 74 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 2 6 -5 1 0 -5 -3 -2 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 71 0 2 3 0 2 2 0 1 4 1.11 1.47 75 W 0 3 0 -3 -3 3 -2 -4 2 0 0 2 -3 -3 -4 1 -1 5 -3 -2 6 16 4 1 1 12 1 0 5 5 8 12 0 1 0 9 3 9 1 2 0.37 1.48 76 K -2 0 0 -1 -5 2 0 -2 4 -3 -4 3 -4 -5 5 -1 -4 -5 -4 -3 4 5 4 2 0 8 7 3 9 1 1 16 0 0 29 4 0 0 0 2 0.64 1.49 77 W -4 -3 -3 -5 -5 0 -1 -4 4 -4 0 -1 -1 4 -3 -4 -2 8 5 -2 0 1 1 0 0 5 4 1 11 0 8 3 1 18 1 0 2 18 20 3 1.00 1.48 78 S 1 -1 -3 0 -4 -1 -3 1 1 1 0 0 -3 -2 -1 2 0 -2 -3 2 11 3 1 5 0 2 1 12 3 9 8 6 0 1 3 15 5 1 1 15 0.17 1.54 79 K 0 -2 0 2 -3 2 2 -2 3 0 -4 0 -2 -5 2 1 -1 -5 -1 -2 7 1 5 10 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