Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -3 5 -2 -3 -5 2 -1 -3 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 28 0 0 0 7 0 0 0 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.63 2 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 1 -1 -5 -2 -3 -5 -4 -2 -5 0 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 93 1.51 1.05 3 K -3 0 1 0 -5 1 3 -4 0 -5 -5 4 -4 -5 -4 0 3 -5 -4 -4 0 4 7 5 0 6 18 0 3 0 0 33 0 0 0 6 17 0 0 0 0.69 1.09 4 M -2 -5 -5 -3 -4 -5 -2 -6 -5 6 -1 -4 0 -1 -5 -4 -3 -5 -4 4 3 0 0 1 0 0 3 0 0 58 2 1 1 2 0 0 0 0 0 30 1.15 1.09 5 S 0 3 -2 1 -2 -1 -1 -1 -4 -2 -2 -1 -3 -5 -4 3 3 -5 -4 -2 7 16 0 9 1 2 3 4 0 2 3 3 0 0 0 27 22 0 0 2 0.47 1.10 6 G 2 -2 -3 -3 -5 -2 -3 6 -4 -5 -4 -1 -4 -3 -4 -2 -4 -5 -2 -3 14 3 0 1 0 2 1 72 0 0 1 3 0 1 0 0 0 0 1 2 1.31 1.10 7 L -3 -3 -4 -2 -4 -1 1 -5 0 3 -1 -1 -1 -1 -5 -4 1 -2 6 1 1 1 0 2 0 2 10 0 1 21 4 3 1 1 0 0 8 0 35 10 0.71 1.09 8 I -2 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -5 4 3 -5 2 2 -5 -4 -3 -4 -3 5 1 0 0 0 1 0 0 0 0 20 23 0 6 10 0 0 0 0 0 39 0.90 1.09 9 T -3 -1 0 4 -5 -1 4 -4 -2 -1 -2 2 -4 -3 -4 -1 1 -6 -4 -1 0 2 3 28 0 2 24 0 1 4 5 13 0 1 0 4 11 0 0 4 0.58 1.09 10 V 1 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -5 -5 3 5 -5 3 -2 -5 -4 -3 -4 -4 1 11 0 0 0 0 0 0 0 0 16 57 0 8 0 0 0 0 0 0 8 0.94 1.09 11 R -2 3 -2 -3 -4 1 1 -3 -2 -1 -3 1 -2 -1 -4 1 4 -1 2 0 1 16 1 0 0 5 11 1 1 3 1 9 1 2 0 10 25 1 7 7 0.39 1.09 12 T -2 -4 1 -1 7 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -3 -4 -1 -4 5 2 -5 -4 -2 1 0 6 3 22 0 0 0 2 1 0 0 0 3 0 47 13 0 0 3 0.94 1.09 13 N -1 -2 2 -3 -4 -4 -3 -4 -3 0 1 -2 -1 1 4 -1 1 1 3 0 4 2 11 0 0 0 0 0 0 6 15 2 1 5 20 5 11 2 9 6 0.39 1.09 14 E 2 -1 -2 2 -4 0 3 0 -1 -4 -1 2 -3 -5 -4 1 0 -5 -4 -2 21 3 0 10 0 3 17 6 2 0 6 12 0 0 0 12 7 0 0 2 0.34 1.07 15 P -1 -3 -3 -2 -1 -3 -2 1 -4 -3 -5 -3 -4 -5 7 2 -2 -5 0 -4 3 1 0 1 2 0 2 13 0 2 0 0 0 0 51 19 1 0 4 0 1.21 1.08 16 L -2 -3 4 6 -5 -2 0 -3 -2 -5 -4 -1 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 2 0 23 58 0 1 4 1 0 0 2 3 0 0 0 4 2 0 1 0 1.23 1.07 17 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 1.08 18 V -1 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 5 -1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 1.32 1.08 19 E -2 -3 2 4 -6 0 6 -4 -3 -4 -4 1 -2 -5 -4 -2 -3 -6 -2 -4 2 0 10 25 0 1 51 0 0 1 1 6 1 0 0 0 0 0 1 1 1.06 1.08 20 K 0 3 -2 0 -4 0 -2 -1 2 3 -1 2 -1 -4 -4 -3 -2 -5 -1 2 7 16 1 6 0 3 1 4 6 19 4 14 1 0 0 1 1 0 2 15 0.32 1.07 21 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 2 0 0 0 0 0 0 0 0 17 1.47 1.05 22 K -3 5 -2 -3 -5 0 -2 -4 -3 -5 -4 6 -3 -5 -3 -3 -3 -5 -4 -4 0 34 0 0 0 2 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 1.38 1.03 23 E 0 1 2 1 -5 1 4 -2 -1 -3 -5 3 -3 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 8 5 10 7 0 4 25 2 1 2 0 23 1 0 0 8 2 0 0 0 0.51 1.05 24 V 5 -4 -4 -4 0 -3 -3 -2 -4 0 -2 -2 -1 -1 -3 0 1 -5 -4 2 54 0 0 0 2 0 0 1 0 4 3 2 1 2 0 4 8 0 0 16 0.69 1.05 25 I -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -5 2 6 -3 0 1 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 82 2 1 4 0 0 0 0 0 1 1.21 1.04 26 S -1 1 -2 1 -4 1 1 -1 -2 0 1 3 1 -3 -3 0 0 -4 -3 -2 4 6 1 7 0 6 7 6 1 7 13 21 3 0 1 7 6 0 0 3 0.20 0.97 27 K 3 -1 0 0 -3 -1 3 -1 -3 -2 -2 2 -3 -4 -3 1 0 -4 -4 -2 28 2 3 5 0 2 18 4 0 2 4 11 0 0 1 11 5 0 0 2 0.34 0.97 28 A 5 -3 -3 -3 -3 -3 -2 0 -3 1 -1 -2 -2 -2 -3 -2 -2 1 -3 0 59 1 1 1 0 1 1 6 0 9 6 3 0 1 1 1 1 2 0 7 0.67 0.95 29 L 1 0 -1 -1 -3 1 4 -3 -2 -2 1 1 1 -2 -3 -1 -1 -3 -1 0 10 5 2 2 0 5 27 2 0 2 14 8 3 1 1 5 3 0 2 7 0.26 0.88 30 E -1 0 0 2 -3 0 3 1 -2 -3 -3 4 -3 -3 0 -1 -2 -3 -3 -3 5 3 3 10 0 3 21 13 0 1 3 24 1 1 4 3 1 0 1 1 0.39 0.84 31 N 2 -1 3 -1 -3 0 1 -1 -2 0 -2 1 -2 0 -2 0 1 -3 -2 1 17 3 13 2 0 4 8 3 1 5 4 7 1 4 1 7 8 0 1 9 0.15 0.81 32 I 1 -2 0 -1 -2 -2 -2 2 -2 3 0 0 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -2 1 15 2 6 4 1 1 3 14 1 17 9 5 1 2 2 3 4 0 1 10 0.16 0.74 33 E 0 0 1 1 -3 1 3 -2 0 -3 -2 2 -2 -2 -1 1 -1 -3 -1 -2 8 4 8 8 1 5 23 3 2 2 3 11 1 2 2 11 4 0 2 3 0.25 0.74 34 Q -1 -1 2 1 -2 1 2 1 -2 -3 -2 3 -2 -3 -2 0 0 -2 -2 -2 5 3 11 7 1 5 16 12 1 2 3 16 1 1 2 8 4 0 1 3 0.25 0.71 35 D -1 -2 0 4 -2 0 1 -2 -2 0 -2 2 -2 -1 2 0 -1 -2 -2 0 4 2 3 21 1 3 8 3 1 6 4 12 1 3 9 7 3 0 2 6 0.22 0.70 36 Y 0 -2 0 -2 -2 -1 0 0 0 1 -1 0 -1 0 -1 0 -1 -2 4 2 6 2 4 2 1 3 5 8 2 7 4 7 1 3 3 7 3 0 13 18 0.14 0.73 37 E -1 -1 -2 1 -3 -1 3 1 -1 -2 -2 -1 -2 -3 4 0 -1 -3 -3 -2 5 3 1 9 1 2 19 11 1 2 3 3 1 1 25 6 3 0 1 3 0.44 0.76 38 S -1 -1 0 5 -3 1 2 1 -1 -3 -2 0 -3 -4 -1 1 -1 -3 -3 -3 4 2 3 29 0 7 15 9 1 1 4 6 0 1 2 9 3 0 1 1 0.44 0.87 39 L -1 -1 1 3 -3 -1 3 2 -2 1 -1 -1 -2 -3 -1 -1 -1 -3 -3 -2 3 2 6 15 1 1 20 17 1 9 5 4 1 1 3 3 4 0 1 3 0.27 0.79 40 L 1 -1 -3 -1 -3 -3 1 -2 -3 2 -1 -2 -2 -1 0 -1 -2 -4 -3 4 11 4 1 3 0 1 9 3 0 10 5 2 0 2 4 4 1 0 0 40 0.39 0.94 41 N -2 -1 2 3 -4 0 3 -1 -3 -4 -3 2 -4 -5 -2 2 1 -5 -4 -2 2 2 9 15 0 4 19 4 0 0 2 12 0 0 1 17 11 0 0 2 0.44 1.04 42 I 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 5 2 -4 1 -1 -5 -4 -1 -4 -1 4 7 1 0 0 0 0 0 1 1 30 19 0 3 1 0 0 3 0 2 30 0.73 1.06 43 K -3 1 0 3 -5 1 3 -3 -3 -5 -5 4 -2 -5 -4 0 1 -6 -4 -3 0 8 4 15 0 4 23 1 0 0 0 30 1 0 0 5 7 0 0 1 0.68 1.08 44 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 6 1 -5 -1 0 -5 -5 -3 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 10 0 0 4 0 0 0 0 0 34 1.20 1.08 45 Y -3 -2 -1 -3 -4 3 -1 -3 -2 -3 -2 0 -3 1 -4 2 4 -3 5 -3 0 2 2 1 0 14 3 1 0 0 2 5 0 6 0 14 26 0 24 1 0.61 1.08 46 T -2 -4 -4 -5 2 -4 -4 -5 -1 -2 -2 -4 -3 0 -5 -1 2 -1 8 0 2 0 0 0 4 0 0 0 0 2 3 0 0 0 0 5 15 0 62 7 1.32 1.08 47 I 0 -5 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -5 4 2 -5 1 -3 -5 -4 0 -5 -4 5 8 0 0 0 0 1 0 0 0 24 17 0 3 0 0 0 5 0 0 43 0.85 1.08 48 G 0 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -5 6 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.92 1.08 49 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -5 2 2 -1 -5 -4 -3 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 16 1 0 0 0 1.15 1.08 50 P -3 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.91 1.08 51 R -4 6 -2 -3 -6 -1 2 -5 0 -4 -3 3 -4 -1 -4 -3 -1 -5 -2 -5 0 54 1 0 0 1 14 0 2 1 1 17 0 3 0 0 4 0 1 0 1.07 1.08 52 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -4 -3 -4 -3 2 -6 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 98 0 2.46 1.08 53 R -4 7 -3 -4 -5 -2 -3 -2 -3 -1 -3 1 0 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -1 0 78 0 0 0 0 0 3 0 4 1 6 3 0 0 1 0 0 0 5 1.45 1.08 54 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 21 0 0 0 0 0 0 0 0 20 1.24 1.08 55 D -3 2 -1 3 -5 0 3 -4 -1 -2 -4 2 -1 -5 -4 0 1 -5 -4 0 0 12 2 18 0 3 22 0 1 3 1 15 2 0 0 5 9 0 0 6 0.50 1.08 56 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 4 1 -5 0 -3 -5 -3 -1 -5 -2 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 19 9 0 1 0 0 1 3 0 1 65 1.12 1.08 57 V -2 1 -1 -1 -4 2 1 -5 -3 2 -2 1 -1 -4 -4 -1 3 -5 -1 2 2 9 2 2 0 10 9 0 0 14 1 9 1 0 0 3 21 0 2 15 0.36 1.08 58 G 5 -4 -3 0 -3 -3 -2 2 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 2 1 -5 -4 -3 55 0 0 5 0 0 1 17 0 0 0 0 0 0 0 15 7 0 0 0 0.87 1.08 59 T -2 -1 -2 0 -5 1 1 -2 -1 -4 -1 1 0 -5 6 0 1 -5 -2 -2 1 2 1 4 0 5 7 2 1 0 6 9 2 0 39 7 9 0 1 2 0.74 1.08 60 N -3 -4 2 7 -6 0 0 -4 -3 -5 -4 -3 -1 -6 -4 -1 -3 -6 -3 -5 2 0 10 73 0 4 4 0 0 0 1 0 2 0 0 3 0 0 1 0 1.47 1.08 61 P -4 -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -1 -4 -4 0 -1 2 3 -4 -4 -1 9 -3 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 6 1 4 14 0 0 0 71 1 1.66 1.07 62 K -2 0 -3 -3 -5 -1 -1 -4 -3 -2 -3 7 -4 -5 -2 -2 -3 -5 -1 -4 1 1 0 0 0 1 3 0 0 3 2 82 0 0 2 1 0 0 2 0 1.32 1.07 63 E -1 -2 -3 1 -4 1 1 -4 -1 -1 -1 1 -1 -4 -2 1 4 -5 -4 0 5 1 0 7 0 7 9 0 1 2 7 9 1 0 1 12 30 0 0 6 0.36 1.08 64 A 6 -4 -4 -4 -3 -4 -4 1 -4 -2 -1 -3 -3 -4 -4 -2 -2 -5 -4 1 68 0 0 0 0 0 0 11 0 1 7 0 0 0 0 0 1 0 0 9 0.92 1.08 65 S -2 -3 -3 -1 -6 0 7 -3 -3 -2 -3 -1 -4 -2 -4 -1 -3 -5 -4 -4 3 0 0 0 0 2 80 2 0 3 2 1 0 2 0 4 0 0 0 0 1.31 1.08 66 E 1 0 1 1 -5 1 3 -2 -3 -5 -3 3 -4 -5 -4 2 -1 -5 -4 -4 12 4 7 8 0 6 21 3 0 0 2 20 0 0 0 13 4 0 0 0 0.45 1.08 67 A 3 -2 -2 -3 -4 1 1 -4 -3 2 0 0 -1 -4 -4 -2 0 -5 -4 2 23 2 1 1 0 5 12 0 0 13 7 7 1 0 0 1 6 0 0 18 0.31 1.08 68 L -3 -5 -6 -6 -4 -4 -3 -6 -5 1 5 -5 3 2 -5 -5 -4 -4 -1 -1 1 0 0 0 0 0 2 0 0 7 70 0 7 7 0 0 0 0 1 2 1.05 1.08 69 N -1 1 2 -1 -5 0 4 -3 -3 -5 -5 4 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -4 4 4 11 1 0 2 28 1 0 0 0 33 0 0 0 9 4 0 0 1 0.70 1.08 70 Q 1 1 1 1 -5 -1 3 -3 -3 -4 -4 4 -4 -4 0 0 0 -5 -3 -4 10 8 6 9 0 2 22 1 0 1 1 25 0 0 3 6 4 0 1 0 0.48 1.09 71 I 3 -4 -4 -5 0 -4 -4 -4 -5 3 0 -3 0 -1 -4 2 -2 -5 -4 3 30 0 0 0 1 0 0 0 0 15 8 1 2 2 0 15 1 0 0 22 0.52 1.09 72 I 4 -4 -4 -4 -1 -3 -2 -1 -4 2 1 -2 -2 -4 -4 1 -1 -5 -3 2 34 0 0 0 1 1 2 3 0 14 16 2 0 0 0 9 4 0 1 12 0.42 1.10 73 S -1 -2 3 2 -5 2 4 -2 -3 -4 -5 1 -3 -5 -4 0 -1 -5 -4 -5 5 1 14 11 0 11 34 2 0 1 0 8 1 0 0 7 3 0 0 0 0.62 1.10 74 N 2 3 0 -2 -4 -1 1 -3 -3 1 0 3 -1 -4 -4 -1 0 -5 -4 -2 18 18 3 1 0 2 10 1 0 8 8 16 2 0 0 3 6 0 0 1 0.31 1.10 75 L 4 -4 -5 -5 0 -4 -4 -3 -5 4 1 -4 2 -3 -4 -3 -2 -5 -4 1 41 0 0 0 2 0 0 1 0 26 14 0 6 0 0 0 1 0 0 6 0.69 1.10 76 I -3 0 -2 -2 -4 2 2 -5 -4 4 1 0 0 -4 -4 -1 0 -5 -4 1 1 5 1 2 0 11 13 0 0 27 11 6 2 0 0 4 5 0 0 9 0.36 1.10 77 K 0 0 0 1 -5 1 3 0 -3 -4 -5 3 -4 -5 -4 0 1 -5 -4 -4 9 4 4 9 0 5 24 6 0 1 0 19 0 0 0 7 8 0 0 0 0.45 1.08 78 I 1 -1 0 -2 -1 -1 2 -4 0 1 0 1 -3 -1 -4 -1 1 -4 1 1 12 4 5 1 1 2 14 0 2 7 8 10 0 2 0 3 10 0 6 12 0.14 1.08 79 G 3 -4 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88 V -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -4 1 1 -5 0 7 -6 -5 -4 -2 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 10 0 2 61 0 0 0 0 3 17 1.31 0.98 89 V 0 -3 0 -3 -4 2 1 -4 6 1 -2 0 -3 -4 -4 -1 1 -5 -1 2 9 0 4 0 0 11 10 0 20 8 2 4 0 0 0 4 11 0 2 15 0.42 0.94 90 K -3 8 -3 -4 -6 -1 -2 -4 -2 -5 -4 3 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 1.71 0.94 K Lambda Standard Ungapped 0.1322 0.3102 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1857 0.3182 PSI Gapped 0.0568 0.2670