Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -1 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4 2 3 -3 1 -1 -3 -2 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0.44 0.11 2 R -2 4 5 0 -4 0 -1 -2 -1 -4 -4 3 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 28 43 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0.68 0.23 3 V -2 -3 -3 -4 -3 1 -3 -4 -3 0 0 -2 7 -2 -3 -1 3 -3 -3 1 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 4 0 51 0 0 2 24 0 0 13 0.73 0.49 4 D 0 -3 5 3 -4 -2 -1 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -5 3 0 -1 -5 -4 -1 7 0 42 18 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 18 6 2 0 0 5 0.80 0.63 5 Q -2 0 2 0 -5 3 5 -3 -2 -4 -4 2 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 0 2 11 1 0 12 50 0 0 1 0 13 0 0 0 5 4 0 0 0 0.81 0.69 6 N 0 -2 1 3 -5 1 5 -2 -2 -4 -4 2 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -3 9 0 7 13 0 6 43 2 0 0 0 13 0 0 0 2 3 0 0 1 0.70 0.80 7 L 0 1 -2 -3 -4 -1 -3 -2 -3 1 0 3 1 -2 -4 -1 2 -4 -3 1 8 6 1 0 0 1 0 2 0 10 11 27 4 1 0 4 13 0 0 12 0.30 0.81 8 F -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -4 5 3 -5 2 3 -2 -4 -3 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 25 0 5 16 2 0 0 0 3 9 0.83 0.84 9 N 0 2 3 1 -5 2 2 -2 -2 -5 -4 4 -2 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 8 9 14 7 0 8 16 2 0 0 0 31 1 0 0 2 1 0 0 0 0.59 0.85 10 E -2 2 3 -2 -5 5 4 -3 -1 -3 -3 0 0 -4 -4 -2 -2 -4 -2 -3 2 13 14 0 0 33 25 1 1 1 1 2 3 1 0 1 1 0 1 1 0.74 0.86 11 V 3 -4 -4 -5 5 -4 -4 -4 -5 3 -1 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -5 -4 4 31 0 0 0 16 0 0 0 0 16 2 0 0 0 0 2 0 0 0 33 0.80 0.86 12 M 0 -2 0 -4 0 -3 -1 -4 -4 4 1 0 3 -1 -4 -1 1 -4 -2 2 7 2 5 0 2 0 3 0 0 27 12 7 7 3 0 4 8 0 1 11 0.32 0.86 13 Y -1 -2 0 1 -4 3 3 -2 -2 -2 -2 0 1 0 -4 1 0 -3 2 -3 5 0 5 7 0 17 22 2 0 3 2 4 4 5 0 9 6 0 9 1 0.35 0.86 14 L -1 -1 -4 -4 -3 1 -3 -2 -4 3 2 -3 5 -2 -4 -2 1 -4 -1 2 3 4 0 0 0 7 0 3 0 18 15 1 21 0 0 2 11 0 2 14 0.47 0.85 15 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -4 4 0 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 82 0 10 3 0 0 0 0 0 0 1.20 0.85 16 D -2 1 3 4 -5 2 3 -2 -1 -4 -4 0 0 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 1 6 13 27 0 8 22 3 1 0 1 3 3 0 0 7 6 0 0 1 0.59 0.85 17 E -2 2 1 1 -5 4 2 -1 3 -3 -3 0 0 -4 -4 1 0 -4 -1 -4 2 13 7 7 0 21 12 4 7 2 1 4 2 0 0 9 6 0 2 0 0.41 0.85 18 L -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 3 -4 3 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 33 0 8 0 0 0 0 0 0 10 1.01 0.82 19 S 3 -4 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 3 0 -2 3 -3 -4 1 2 -4 -3 2 24 0 0 2 0 1 1 0 1 21 7 1 8 0 0 8 14 0 0 12 0.40 0.84 20 Q -2 -1 4 3 -5 2 3 -1 1 -5 -4 1 -4 -3 -3 0 0 -5 -4 -4 2 2 24 19 0 9 18 5 3 0 1 7 0 1 0 4 4 0 0 0 0.59 0.84 21 D -4 -3 3 7 -5 -1 0 -3 -3 -5 -6 -1 -5 -6 -3 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 11 84 0 2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1.66 0.84 22 I 0 0 3 1 -4 0 -2 -2 -1 -1 -4 -2 -1 -4 2 1 4 -5 -2 -1 6 5 15 8 0 4 1 3 1 3 0 0 1 0 10 11 28 0 1 3 0.40 0.84 23 T 0 -3 -2 0 -3 -2 -1 1 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -3 4 4 -5 -4 -2 7 0 0 5 0 1 4 9 1 2 0 0 0 0 0 43 28 0 0 1 0.67 0.81 24 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 0 -4 -1 -3 -4 -3 1 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 5 0 0 0 0 0 10 0 0 62 1.00 0.81 25 P -2 -4 -4 -3 -5 0 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 8 -3 -3 -6 -5 -4 3 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 2.52 0.82 26 K -3 7 -2 -1 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -4 0 75 0 4 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 3 0 0 0 0 1.42 0.82 27 N -3 -2 8 1 -5 0 -2 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -1 -6 -4 -5 0 0 85 4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 3 0 0 0 1.59 0.82 28 V -2 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -5 -5 6 0 -5 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 1.24 0.82 29 R -3 7 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 0 -3 -5 -4 -4 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 7 0 0 0 0 1.49 0.82 30 K -1 6 1 -1 -5 -1 0 -3 1 -5 -3 3 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 5 50 7 2 0 0 6 1 4 0 2 21 0 0 0 1 0 0 0 0 0.88 0.82 31 V 4 -1 0 -3 -3 -3 -3 0 -2 -1 -2 0 2 -4 -3 1 0 -5 -4 2 39 2 4 0 0 0 0 8 1 3 1 7 6 0 0 11 3 0 0 15 0.41 0.82 32 A 5 -4 -4 -4 1 -3 -3 -3 -4 2 -1 -3 2 -4 -3 -1 -1 -5 -4 0 67 0 0 0 3 0 0 0 0 12 6 0 5 0 0 2 1 0 0 4 0.83 0.88 33 Q -1 -1 1 2 -4 3 2 -2 -3 -3 -4 2 -1 -5 -3 1 2 -5 -4 -4 4 2 7 9 0 16 14 2 0 2 0 16 1 0 0 11 15 0 0 0 0.46 0.88 34 D -2 -1 1 4 -5 1 5 -2 -2 -5 -5 2 -4 -4 -3 -1 -1 -5 -4 -4 2 1 5 21 0 6 43 2 0 0 0 14 0 1 0 4 3 0 0 0 0.82 0.88 35 S 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 0 -4 1 -1 -3 -2 -4 -3 1 0 -5 -4 1 54 0 0 0 0 0 0 5 0 7 6 0 0 0 0 11 5 0 0 12 0.65 0.88 36 K -1 0 -1 -4 -4 -1 -3 -3 0 3 1 4 1 -2 -4 -2 -3 -5 -3 1 4 4 3 0 0 2 0 1 2 23 12 34 4 1 0 1 0 0 0 8 0.47 0.88 37 A 0 0 2 4 -4 0 3 -2 -3 -4 -2 0 -2 -5 -3 0 2 -5 -4 -4 9 6 11 25 0 2 21 1 0 0 4 4 1 0 0 6 12 0 0 0 0.50 0.88 38 K 1 0 1 -1 -4 0 2 -3 0 1 -1 2 0 -3 -4 -1 0 -4 0 1 11 6 6 3 0 3 17 1 2 10 5 12 2 0 0 4 5 0 4 10 0.17 0.88 39 L -3 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 1 -2 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 91 0 1 0 0 0 0 0 0 5 1.31 0.88 40 S -1 1 2 -3 -4 2 0 -2 0 -2 1 2 3 -1 -4 0 0 -4 -3 -3 4 6 13 0 0 12 7 3 2 2 18 12 7 3 0 6 4 0 0 0 0.25 0.87 41 Q -2 1 5 4 -5 1 0 -2 -1 -4 -5 1 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 3 7 31 27 0 6 5 2 1 1 0 8 0 0 0 7 3 0 0 1 0.71 0.88 42 E -1 -2 0 1 -5 0 5 1 -3 -3 -4 0 -4 -5 1 -1 0 -5 -4 -3 3 1 3 7 0 3 47 10 0 2 1 6 0 0 8 4 5 0 0 1 0.65 0.87 43 N -2 1 2 3 -5 0 2 1 -3 -5 -5 3 -4 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 2 8 8 20 0 2 12 13 0 0 0 19 0 0 0 15 1 0 0 0 0.53 0.88 44 E -2 -1 0 2 -5 1 4 -1 -3 -2 0 1 0 -3 -2 -2 -1 -4 1 -2 2 3 4 12 0 5 29 5 0 2 12 9 3 0 2 0 3 0 6 2 0.34 0.88 45 S 1 -1 -1 2 -3 -1 2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 2 4 2 -4 -4 -3 8 2 2 10 0 2 14 1 0 0 1 0 0 0 11 35 13 0 0 0 0.54 0.83 46 L -1 -4 -4 -3 -4 -2 -1 -5 -4 1 3 -4 2 0 5 -3 -3 -3 2 0 5 0 0 1 0 1 4 0 0 8 31 0 7 3 28 1 0 0 9 4 0.65 0.88 47 D 2 -4 -2 3 -3 -3 -3 3 -4 0 -4 -3 -3 0 -3 2 1 -5 -4 -3 23 0 0 16 0 0 0 21 0 7 0 0 0 5 0 18 9 0 0 0 0.49 0.88 48 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -5 2 2 -4 0 -1 -5 -4 -2 -4 -3 6 1 0 0 0 0 0 2 0 0 6 20 0 2 2 0 0 0 0 0 67 1.00 0.88 49 R -3 7 -2 -3 -5 -1 -1 -4 -2 -5 -2 3 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 0 78 0 0 0 0 1 0 0 0 5 14 0 0 0 2 0 0 0 0 1.46 0.88 50 C 5 -4 -4 -4 3 -3 -3 -2 -4 1 -3 -3 -3 -4 -3 1 -1 -5 -4 0 66 0 0 0 7 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 8 3 0 0 6 0.87 0.88 51 A 5 -3 1 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 3 0 -5 -4 -2 64 0 8 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 22 3 0 0 1 0.91 0.88 52 T -1 -3 5 0 -4 -2 -1 0 -3 -2 -4 0 -3 -5 -3 3 4 -5 -4 -3 3 0 30 3 0 0 2 5 0 2 0 6 0 0 0 24 25 0 0 0 0.70 0.88 53 V 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -2 -3 -3 -3 -4 -3 1 0 -5 -4 2 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 5 0 0 18 0.90 0.88 54 L -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 1 -4 2 -2 -5 -3 -1 -5 -3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 71 5 0 6 0 0 2 2 0 0 10 1.13 0.88 55 S 0 -3 -1 -1 -3 0 0 0 -1 -3 -4 -2 -3 -1 -3 5 -1 -3 3 -2 3 0 1 3 0 5 5 8 1 1 0 0 0 2 0 57 1 0 12 2 0.69 0.88 56 M -1 -1 -2 -4 -4 -2 -1 -2 -4 4 1 1 4 -2 -4 -1 -1 -4 0 1 6 2 1 0 0 2 4 4 0 30 13 10 11 0 0 3 4 0 4 7 0.35 0.88 57 L -3 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 6 -5 0 -2 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 80 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.20 0.88 58 D -3 -2 1 6 -5 1 3 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 0 0 6 61 0 4 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 1.12 0.54 59 E -2 -2 2 4 -5 1 5 -1 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 10 27 0 3 53 3 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0.94 0.54 60 M 1 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -4 -4 4 3 -4 1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 3 14 0 0 0 0 0 0 0 0 37 26 0 3 0 0 0 0 0 0 20 0.62 0.54 61 A 2 -3 -2 -2 1 -2 -1 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 4 2 -4 -3 -1 20 0 0 0 3 0 2 4 0 4 7 0 0 0 0 41 16 0 0 4 0.43 0.54 62 N -1 -1 5 1 -4 5 1 -2 -1 -4 -3 -1 -1 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 3 0 38 5 0 35 5 0 0 0 2 0 2 0 0 9 0 0 0 0 0.76 0.54 63 D -1 -3 1 7 -4 -2 0 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 1 -2 -6 -4 -4 3 0 5 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 1.32 0.54 64 P 0 -3 -3 -3 -4 0 -2 -1 -3 0 -3 -2 -3 -4 7 -1 -2 -5 -4 -2 6 0 0 0 0 5 0 3 0 7 0 0 0 0 74 4 0 0 0 2 1.63 0.54 65 N -3 -2 7 0 -4 2 -1 -2 -1 -5 -5 -1 -3 -4 -3 -1 0 -5 -3 -4 0 0 84 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 1.32 0.54 66 V -2 -4 -4 -5 0 -3 -4 -5 -4 4 2 -3 7 -2 -4 -3 0 -4 -3 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 31 12 0 37 0 0 0 5 0 0 14 0.81 0.59 67 P -2 -1 -3 -3 -4 0 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -1 -1 -5 -4 -4 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 86 4 2 0 0 0 2.11 0.59 68 A -1 -3 -1 -3 -3 1 -1 -2 -3 0 2 -2 2 1 1 2 0 -3 -2 0 4 0 3 0 0 8 2 2 0 6 19 0 8 8 7 23 5 0 0 7 0.21 0.59 69 H -3 -2 -1 -3 -4 0 -2 -4 9 -4 -4 -2 -3 2 -1 -2 -3 -2 5 -4 0 0 2 0 0 4 0 0 63 0 0 0 0 7 2 2 0 0 20 0 1.37 0.59 70 G 3 -3 -2 -3 -2 -2 -3 1 -3 0 -2 -2 1 -3 -3 1 4 -4 -3 0 29 0 0 0 0 0 0 12 0 7 0 0 4 0 0 8 34 0 0 7 0.48 0.59 71 R -3 7 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 0.59 72 T 0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 0 -2 -2 -2 -3 -3 0 6 -4 -3 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 3 81 0 0 7 1.01 0.59 73 D 0 0 -2 -1 -3 2 1 -4 -3 0 2 1 3 -1 -3 0 1 -4 -3 0 8 5 0 2 0 12 10 0 0 5 19 9 9 2 0 5 11 0 0 4 0.20 0.59 74 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 0 0 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 31 0 0 2 0 0 0 0 0 13 0.89 0.59 75 Y -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -1 -4 -3 0 -5 -4 -4 12 4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 80 14 0 2.74 0.59 76 T -2 1 5 -1 -4 4 1 -2 -1 -4 -2 0 -1 -4 -3 1 1 -4 -3 -3 0 6 37 1 0 23 8 1 0 0 5 2 2 0 0 7 9 0 0 0 0.62 0.59 77 I 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -5 5 2 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 4 10 0 0 0 0 0 0 0 0 38 24 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0.71 0.59 78 I 1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 4 2 -4 3 -1 -4 -2 -1 -4 -3 3 12 0 0 0 0 0 0 0 0 30 14 0 9 1 0 3 2 0 0 29 0.57 0.59 79 S 1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 1 -4 -3 -3 7 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 82 3 0 0 0 0.96 0.59 80 K -1 -1 -1 -3 -3 3 1 -4 -3 2 1 3 2 -3 -3 -1 1 -4 -1 0 3 2 2 0 0 15 7 0 0 13 18 20 5 0 0 2 9 0 1 3 0.27 0.59 81 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -1 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 2 0 0 5 1.08 0.59 82 E -2 -2 -2 0 -5 1 7 -4 -2 -5 -4 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.51 0.59 83 A 0 1 1 -2 -3 2 -1 -1 -2 -2 -3 0 -1 -4 -3 3 4 -4 -3 -3 8 6 8 0 0 13 1 2 0 1 0 4 1 0 0 28 28 0 0 0 0.46 0.59 84 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 0 0 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 25 0 0 2 0 0 0 0 0 27 0.85 0.59 85 S 1 0 -2 -2 -4 -1 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -4 -2 2 0 -5 -3 -3 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 0 0 0 21 4 0 0 0 0.87 0.61 K Lambda Standard Ungapped 0.1290 0.3135 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1824 0.3169 PSI Gapped 0.0558 0.2670