Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -3 -2 -1 -3 -5 -1 -2 -4 10 -5 -5 -2 -3 -2 -4 -3 -3 -4 3 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 2.02 0.59 2 G 0 2 4 -3 -5 -3 -4 5 -4 -6 -4 -3 -5 -3 -2 0 2 -6 -5 -5 7 10 23 0 0 0 0 37 0 0 1 0 0 2 2 5 14 0 0 0 0.79 1.28 3 I -3 -5 -3 -2 -4 -5 -5 -6 -3 4 4 -5 5 -3 -6 -1 -1 -5 -1 1 1 0 1 2 0 0 0 0 1 23 42 0 12 0 0 5 4 0 3 6 0.83 1.47 4 R 0 4 3 1 -5 0 -2 -1 1 -6 -5 2 -5 -6 -2 4 -1 -6 -5 -5 6 20 12 7 0 3 1 5 3 0 1 10 0 0 2 27 3 0 0 0 0.59 1.58 5 M 0 -3 -2 -5 -5 -3 -2 -5 -4 -1 2 -2 9 2 -6 -4 -3 -5 -4 -3 8 1 2 0 0 1 3 0 0 2 14 2 56 9 0 1 1 0 0 0 1.44 1.80 6 T 2 -1 0 -2 1 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -1 -3 -5 3 2 4 -6 -5 -2 16 4 5 2 3 1 1 2 1 1 4 3 1 0 14 17 23 0 0 2 0.49 1.81 7 R -1 6 0 -3 -1 1 -1 -3 -1 -5 -6 4 -4 -5 -1 0 0 -6 -5 -5 5 42 4 1 1 6 3 2 1 1 0 19 0 0 3 6 5 0 0 0 0.89 1.84 8 I 1 -1 -3 -3 0 -1 -3 -4 -4 3 2 -1 6 1 -1 -1 0 -2 -1 -1 11 3 1 2 2 3 2 1 0 13 15 5 17 5 3 5 5 1 2 4 0.33 1.78 9 S 1 1 4 2 -4 -1 0 -2 0 -5 -3 0 -4 -2 1 3 1 -4 -3 -4 10 9 16 9 0 3 5 3 2 0 2 5 0 2 6 18 8 0 1 1 0.35 1.80 10 R -2 6 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 -5 -4 3 -3 1 0 -1 -1 -6 -3 -4 4 43 3 2 1 4 3 3 1 1 1 14 1 5 5 6 3 0 1 1 0.76 1.83 11 E 0 2 -2 2 -6 2 3 -3 3 -3 -2 1 -3 -5 2 -2 -2 -3 -4 -3 9 11 1 11 0 8 20 2 6 2 4 9 0 0 9 3 2 0 1 1 0.41 1.81 12 M -2 0 -4 -3 -5 0 -1 -4 2 2 0 -1 8 1 0 -3 -2 0 -2 -2 3 5 1 2 0 5 4 2 4 9 7 4 34 6 5 2 3 1 1 2 0.70 1.92 13 M -2 0 1 -1 -2 -1 -3 -5 -1 2 2 1 7 -3 -2 -1 0 -4 -3 -2 4 6 7 3 1 3 1 1 2 11 16 8 23 1 2 4 5 0 1 2 0.49 1.96 14 K -1 4 -1 -2 -5 0 -1 -4 1 -4 -1 4 -2 -4 3 0 -1 -1 -4 -4 5 18 3 2 0 3 3 1 3 1 6 27 1 1 13 6 4 1 1 1 0.54 1.99 15 E -1 3 0 2 -5 2 2 -3 0 -3 -4 2 -4 -1 1 1 -1 -4 -3 -2 5 13 4 11 0 8 13 2 2 2 2 14 0 2 8 9 3 0 1 3 0.32 1.99 16 L -1 1 -1 2 -3 0 -3 -5 -1 1 3 -1 3 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -2 6 7 3 11 1 5 1 1 1 7 31 4 7 3 3 3 2 1 2 2 0.33 1.99 17 L -3 -1 -4 -3 3 -4 -4 -3 -2 -1 3 -3 2 0 5 -3 -2 -1 2 -3 2 4 1 2 5 1 1 2 1 3 27 1 6 4 27 2 2 1 7 1 0.66 2.03 18 S -1 4 -2 -1 -3 2 -2 3 0 -6 -3 2 -4 -4 1 1 -1 0 -4 -5 4 23 1 3 1 7 2 17 2 0 3 10 0 1 7 12 4 1 0 0 0.47 2.07 19 V -3 -2 -6 -6 1 -3 -5 -7 -3 2 6 -4 -1 0 -3 -5 -3 -3 -3 1 2 3 0 0 3 1 1 0 1 11 61 1 0 3 2 1 2 0 1 8 0.99 2.07 20 Y -5 -4 -4 -7 -1 -1 -6 -5 4 -1 -2 -5 -1 1 -6 -5 -4 1 9 -1 0 0 1 0 2 3 0 1 7 4 4 0 1 3 0 0 1 2 67 4 1.88 2.09 21 F 2 -6 -6 -7 -1 -4 -6 -2 -1 -2 5 -6 -1 3 0 -5 -4 -1 0 1 16 0 0 0 2 1 0 3 2 1 44 0 1 11 5 0 0 1 3 10 0.72 2.09 22 I -3 -7 -7 -6 2 -6 -6 -7 -7 7 0 -6 0 -2 -5 -6 -4 -6 -4 5 1 0 0 0 3 0 0 0 0 49 5 0 1 2 0 0 0 0 0 36 1.44 2.11 23 M -1 -5 -4 -5 0 -5 -5 -5 -6 0 0 -4 0 -5 -4 0 7 -4 -4 1 4 0 0 0 2 0 0 0 0 5 7 1 2 0 0 7 62 0 0 7 1.20 2.11 24 G -3 -4 2 6 -4 -2 -2 1 0 -5 -6 -4 -4 -7 4 0 0 -7 -5 -5 2 1 8 39 0 2 1 11 3 1 1 1 0 0 19 6 5 0 0 1 0.96 2.11 25 S 0 3 -2 2 -4 0 1 -1 -2 -5 -4 -2 -4 -4 4 2 0 -3 -3 -4 9 14 1 10 0 3 10 4 1 1 2 1 0 1 18 15 6 0 1 1 0.44 2.11 26 N 0 2 0 1 -3 2 1 0 1 -2 -3 0 -3 -2 1 1 1 0 -2 -2 8 11 4 8 1 8 10 6 3 2 2 6 1 2 6 9 7 1 1 3 0.16 2.01 27 N -1 1 1 2 -3 1 -1 -2 1 -1 2 -1 1 1 -1 -2 -1 2 1 -2 6 6 7 10 1 6 4 3 3 4 18 3 3 6 4 3 4 3 4 3 0.13 1.98 28 T -1 -2 -2 2 5 -2 1 -1 0 -1 0 -3 -2 0 0 1 2 -2 -1 -1 5 3 2 12 10 2 8 4 2 3 10 2 1 3 6 10 10 1 2 5 0.20 1.97 29 K 0 1 -1 0 -3 0 1 1 0 -1 0 1 -1 -3 3 -1 0 -3 -4 -1 7 8 3 5 1 4 7 9 2 4 9 8 1 1 13 5 7 1 1 4 0.13 1.98 30 A 1 0 0 2 -3 0 2 2 -1 -3 -3 0 -2 -2 1 0 -2 -3 -1 -3 12 6 3 10 1 4 13 16 1 2 4 6 1 2 6 7 3 0 2 2 0.22 1.90 31 D 0 2 1 4 -4 0 3 -2 0 -4 -4 -1 -3 -3 -1 0 0 -3 -3 -3 7 11 6 24 0 3 15 3 2 1 2 3 1 1 4 6 6 0 1 2 0.41 1.93 32 P -2 -3 -2 -2 -3 -2 -1 -3 1 -1 3 -3 0 4 2 -1 -1 2 1 -1 4 1 2 2 0 2 4 2 4 4 25 1 2 16 10 5 4 2 4 4 0.33 1.96 33 V 1 -3 -5 -3 -1 -3 -1 -4 -3 2 4 -3 -1 0 0 -3 -2 -1 -1 2 14 2 0 1 1 1 5 1 1 9 31 2 1 4 5 2 2 1 2 14 0.38 2.09 34 T 2 0 -1 3 -4 2 4 -2 -1 -4 -4 0 -4 -5 -1 0 0 -2 -3 -3 14 5 3 14 0 8 26 3 1 1 2 5 0 1 3 6 5 1 1 1 0.43 2.11 35 V 0 2 -2 -3 0 2 -3 -3 -1 2 -1 -1 -1 1 -5 -2 0 5 -2 2 9 10 2 2 2 9 2 2 2 10 6 5 1 5 0 3 6 8 1 13 0.24 2.10 36 V 1 -4 -6 -6 0 -4 -5 -6 -4 4 3 -5 1 -2 -5 -4 -2 -3 -4 4 11 1 0 0 2 1 1 0 0 21 28 0 2 1 1 1 2 0 0 24 0.72 2.09 37 Q 2 2 -1 0 -3 1 4 -2 0 -4 -2 1 -3 -5 -3 -1 -1 -3 -4 -3 15 10 3 5 1 7 28 3 2 1 4 7 1 0 1 4 4 0 0 2 0.40 2.07 38 K 3 3 -2 -1 -3 3 1 -3 0 -2 -2 1 -1 -5 -3 -1 -2 -3 -4 -3 21 17 2 4 1 10 10 2 2 3 4 9 1 0 1 5 3 0 1 1 0.34 2.06 39 A 4 -3 -4 -5 1 -4 -4 -3 -3 1 3 -4 0 -2 -4 -2 -2 -1 -3 1 38 1 1 1 3 1 1 1 1 7 22 1 2 2 1 3 2 1 1 9 0.56 2.01 40 L 0 -4 -5 -5 3 -3 -5 -5 -4 2 4 -4 0 2 0 -4 -3 -3 -2 1 7 1 0 1 5 1 1 1 0 11 41 1 1 7 5 1 1 0 1 9 0.59 2.03 41 K 2 1 -2 2 -3 1 2 -2 0 -4 -3 2 -3 -4 1 0 -2 -2 -3 -4 16 8 2 12 1 7 13 2 2 1 3 11 1 1 6 7 3 1 1 1 0.28 2.01 42 G 2 -1 0 -2 -1 -2 -1 5 0 -4 -2 -3 -3 -2 -2 0 -2 -2 -2 -3 19 3 4 2 1 2 4 35 3 1 4 1 1 2 2 7 2 1 2 2 0.49 1.99 43 G -2 -3 -2 -1 -3 -3 -2 7 0 -5 -4 -1 -3 -3 -3 -1 -3 -1 -2 -4 3 2 1 3 1 1 2 65 2 1 2 3 1 1 1 4 1 1 2 2 1.14 1.91 44 A 2 -3 -4 -4 1 -4 -4 -2 -3 3 0 -4 0 -2 0 -3 -2 -2 -3 4 17 1 1 1 3 1 1 3 1 15 9 1 2 2 4 1 2 1 1 31 0.50 1.88 45 T 1 2 -1 4 -2 -1 0 -2 -1 0 -4 1 -3 -4 -2 0 2 -2 -3 -2 12 11 3 18 1 2 5 4 2 5 1 7 1 1 2 5 14 1 1 3 0.27 1.87 46 L 1 -3 -4 -4 4 -3 -4 -4 -2 3 2 -3 1 1 -4 -1 0 5 0 1 10 2 1 1 8 1 1 2 1 15 17 1 4 5 1 4 6 7 3 8 0.37 1.81 47 Y -2 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -1 4 2 -5 0 1 -2 -5 -2 -5 -1 5 4 2 0 0 1 0 0 0 1 20 19 0 2 6 3 0 2 0 2 35 0.74 1.72 48 Q -3 1 -2 -4 -1 7 0 -5 4 1 -2 -3 -1 -5 -5 -1 -2 0 -1 -2 2 7 2 0 2 46 4 0 10 8 4 0 2 0 0 3 2 2 2 3 0.93 1.73 49 F -3 -5 -5 -6 0 -5 -5 -6 1 2 4 -5 1 1 -6 -3 -4 2 4 1 2 0 0 0 2 0 0 0 4 11 43 0 3 5 0 2 0 3 12 8 0.76 1.79 50 R -2 7 -1 0 0 -1 -3 -3 0 -5 -3 -1 -4 -1 -1 -2 -1 3 0 -5 3 54 3 6 2 2 0 2 2 0 3 3 0 2 4 2 4 4 3 0 1.01 1.92 51 E -1 -1 0 2 1 0 1 -2 2 0 -1 0 1 -1 -2 -1 -1 2 -1 -2 6 3 5 13 3 3 9 3 5 6 7 7 3 3 3 5 3 2 3 3 0.07 2.10 52 K -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 53 G -2 -2 2 3 -1 0 0 2 2 -3 -3 -1 -1 -2 -2 0 0 0 -2 -3 3 2 9 17 1 4 6 16 4 2 3 4 1 2 3 8 6 2 2 2 0.23 2.11 54 G 1 -1 -1 -1 1 0 -1 -1 1 -1 0 1 1 -1 1 0 0 2 -1 -1 13 4 3 4 3 4 5 5 3 4 8 9 4 2 6 7 5 3 2 4 0.02 2.14 55 D -1 -1 1 3 1 -1 -1 0 1 -2 -2 -1 0 -1 2 0 0 2 0 -2 5 4 6 14 3 3 5 7 3 3 4 4 3 3 10 8 5 2 3 3 0.09 2.11 56 A -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 57 L 1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 2 -1 1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 10 6 4 4 2 3 5 6 2 4 22 4 4 2 3 4 3 2 2 4 0.05 2.02 58 T -1 -1 0 1 0 0 2 -2 0 -1 -3 -1 -1 -2 1 2 2 1 0 -2 6 3 4 7 2 4 13 4 2 4 3 4 2 2 6 12 11 2 3 3 0.09 2.11 59 G -1 -1 -1 1 1 -1 1 0 2 0 0 -1 1 0 -1 0 0 2 0 -1 6 4 3 9 3 3 8 8 5 5 8 4 3 4 4 6 5 3 3 4 -0.00 2.17 60 E -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 61 A 1 0 -1 2 1 1 3 -2 1 -2 -2 -1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -1 12 5 3 10 2 7 15 3 3 3 4 4 3 3 3 3 4 2 3 4 0.11 2.21 62 R -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 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2.24 72 A -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 73 C 0 -1 -1 -2 8 -2 -3 -1 -1 -1 -1 -2 0 -2 -1 -2 2 1 -1 -1 8 3 3 3 26 2 2 5 2 3 7 2 2 2 4 3 11 2 2 4 0.51 2.23 74 R 0 3 0 1 1 1 0 -2 3 -2 -3 1 0 -1 0 -1 -1 2 -1 -2 8 14 5 7 2 6 5 4 6 3 3 7 3 3 4 5 4 2 3 3 0.10 2.23 75 E -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 76 A 0 1 -1 -2 0 0 -2 -3 5 -3 -2 -1 -1 1 -2 -1 0 1 6 -2 8 7 3 2 2 4 2 2 13 2 4 3 1 6 2 4 5 2 22 3 0.44 2.16 77 G -2 0 2 1 -1 0 -1 4 3 -3 -2 0 -1 -2 -2 -1 -2 -6 0 -3 3 6 8 8 2 5 4 26 7 2 4 6 2 2 2 4 2 0 3 2 0.27 2.15 78 V 3 -1 -1 -2 2 -1 -2 -1 1 0 -2 -1 0 -1 -1 -1 0 -5 -1 2 23 3 3 3 3 3 3 4 3 5 4 3 3 3 3 4 5 0 3 15 0.16 2.17 79 P -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 80 F -1 0 -4 0 3 1 -4 -1 -4 0 -1 -4 2 1 0 0 0 4 2 0 6 6 0 6 6 6 0 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0.13 1.78 81 I -2 -2 -5 -1 1 -1 -2 -3 0 4 1 -2 1 0 -2 -1 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4 -5 -4 -5 1 -4 -5 -5 -5 2 1 -5 0 -1 -5 -1 3 -3 -3 3 29 0 0 0 2 1 0 0 0 9 11 0 2 3 0 3 18 0 1 19 0.60 2.05 213 R 1 5 -1 -2 -4 3 1 -3 0 -3 -4 3 -2 -5 -4 -1 -2 -4 -3 -4 12 26 3 2 0 12 9 2 2 2 2 17 1 0 0 4 3 0 1 1 0.58 2.05 214 K 2 2 0 0 -4 2 3 -3 -1 -3 -3 2 -1 -4 -5 -1 -1 -4 -2 -4 18 12 5 6 0 9 18 1 1 2 3 10 2 1 0 5 4 0 1 1 0.39 2.06 215 F -2 -6 -7 -7 -1 -5 -7 -7 -6 2 5 -6 2 5 -7 -6 -5 5 2 -1 3 0 0 0 1 0 0 0 0 11 46 0 5 18 0 0 0 6 6 2 1.08 2.05 216 R -1 3 1 -3 -2 1 -4 -5 0 0 2 2 -1 -4 -5 -1 -3 -3 -2 0 6 17 6 2 1 6 1 1 2 6 21 14 1 1 0 4 2 0 2 7 0.35 2.04 217 E 2 1 1 1 -4 3 3 -3 0 -5 -5 2 -4 -6 -4 1 -1 -5 -4 -5 15 8 6 7 0 11 20 2 2 0 1 13 0 0 0 9 3 0 1 0 0.49 2.03 218 E 3 0 -3 -4 -2 1 0 -5 -1 2 2 1 0 -4 -5 -2 -2 -4 -3 0 24 5 1 1 1 5 6 0 1 12 20 9 3 1 0 2 3 0 1 6 0.36 2.04 219 I -3 -5 -6 -7 1 -5 -6 -7 -6 4 3 -5 3 3 -6 -4 -1 5 -2 2 2 0 0 0 2 0 0 0 0 21 26 0 8 11 0 1 3 8 1 15 0.85 2.02 220 Q -1 3 2 2 -5 2 3 -4 1 -5 -5 3 -4 -7 -4 -1 -1 -4 -4 -5 6 16 10 11 0 9 16 1 3 1 1 15 0 0 1 5 3 0 0 1 0.55 1.98 221 T 2 2 2 -2 -4 2 0 -3 2 -4 -4 2 -4 -6 -3 2 2 -4 -3 -4 17 9 9 2 0 7 7 2 4 1 2 13 0 0 1 14 11 0 1 1 0.39 1.96 222 Y 3 -3 -3 -5 2 -2 -3 -1 4 -1 -3 -4 -2 3 -5 -1 -2 6 4 0 25 1 1 0 4 2 2 4 9 4 2 1 1 12 0 3 3 9 11 6 0.57 1.92 223 K -2 5 0 -3 -5 2 1 -5 2 -5 -2 4 -4 -5 -2 -2 -3 -6 -5 -4 4 31 3 1 0 8 8 0 5 1 5 27 0 0 2 3 1 0 0 1 0.81 1.83 224 T 2 2 2 -2 -4 -1 -2 -1 -3 -3 -4 0 -4 -4 -2 2 4 -6 -4 -3 18 11 8 2 0 3 2 4 0 1 2 6 0 0 2 15 23 0 1 1 0.44 1.70 225 G 2 -1 1 -1 -3 -1 0 5 0 -3 -1 -3 -2 -4 -4 0 -2 -1 -2 -4 14 3 6 3 1 2 6 41 3 1 6 1 1 0 1 5 3 1 2 1 0.55 1.59 226 R -4 8 -3 -5 -7 0 -3 -5 0 -6 -5 1 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -5 -6 0 90 0 0 0 2 0 0 2 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 2.09 1.43 K Lambda Standard Ungapped 0.1324 0.3149 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1247 0.3180 PSI Gapped 0.0382 0.2670