Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 5 2 -5 -4 -3 39 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 15 0 0 0 0.84 0.73 2 H -4 0 1 2 -5 -2 -1 -4 9 -6 -5 1 -4 -4 -4 -2 -2 -5 0 -5 0 4 5 12 0 0 2 0 65 0 0 7 0 0 0 1 2 0 2 0 1.64 1.07 3 M -1 -3 -5 -6 -2 -4 -5 -6 -5 0 1 -3 10 -3 -2 -3 -3 -5 -4 -1 5 1 0 0 1 0 0 0 0 3 8 1 74 0 2 1 1 0 0 3 1.83 1.50 4 S 2 -4 -2 0 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -5 -4 -2 -6 5 4 -1 -6 -5 -4 19 0 1 5 0 0 2 3 0 1 0 0 1 0 29 37 2 0 0 1 1.00 1.56 5 T 1 -1 4 -3 0 -1 -3 -1 -3 -5 -4 1 -3 -6 -1 3 3 -6 -3 -3 13 3 17 1 2 2 1 5 0 0 1 10 0 0 4 22 18 0 1 2 0.50 1.62 6 G 1 1 -2 -3 -2 -1 0 2 -2 -4 -3 0 -3 -5 2 3 2 -6 -5 -1 13 7 1 1 1 2 5 15 1 0 2 5 0 0 10 20 12 0 0 4 0.36 1.62 7 D -1 -2 3 5 -3 2 3 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -3 1 0 -5 -4 -4 6 2 14 27 0 8 16 3 1 1 1 1 0 1 1 9 6 0 1 1 0.61 1.58 8 F -1 -3 1 -4 -1 -3 -2 -4 -2 -2 -1 -4 2 5 -2 2 0 -3 5 -3 4 1 7 1 1 1 2 1 0 2 5 1 6 22 2 16 5 0 22 1 0.66 1.61 9 L -3 -1 -4 -5 -5 -5 -3 -5 -5 2 5 -2 1 -1 -6 -5 -1 -5 1 0 1 4 1 1 0 0 1 1 0 12 60 3 3 2 0 0 3 0 5 4 0.91 1.70 10 T -1 -1 1 3 -3 4 3 -2 0 -4 -3 -1 -2 -4 -1 1 -2 -5 0 -1 5 3 6 16 0 17 15 4 2 1 2 3 1 1 3 11 1 0 3 6 0.39 1.69 11 K -2 3 -2 0 -6 3 1 -4 0 -3 -4 5 -2 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -3 2 17 1 5 0 11 7 1 2 2 1 40 1 0 1 5 2 0 0 2 0.81 1.69 12 G 6 -5 -4 -5 -2 -3 -2 2 -5 -4 -4 -4 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -4 80 0 0 0 1 1 2 12 0 1 1 0 0 0 0 2 1 0 0 0 1.45 1.72 13 I 1 -2 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -2 5 1 0 -1 -2 -5 -2 1 -2 -2 2 11 3 1 1 1 1 1 4 1 32 13 6 1 2 0 2 8 1 1 11 0.47 1.76 14 E 1 -2 1 2 -3 2 4 -3 -2 -4 -3 0 -2 -1 -3 0 1 -6 -3 -4 11 2 6 13 0 8 27 2 1 1 3 6 1 3 1 7 8 0 1 1 0.45 1.77 15 L -3 -3 -3 -4 -3 0 -1 -6 2 2 4 -1 1 1 -5 -3 -2 -2 0 1 2 1 1 1 0 4 5 0 4 12 42 4 3 5 0 2 3 0 4 8 0.54 1.69 16 V 2 -5 -5 -5 -4 -2 -5 -3 -5 3 2 -4 -1 0 -5 -2 -3 -5 -3 4 20 0 0 0 0 2 0 2 0 17 17 1 1 4 0 3 1 0 1 31 0.68 1.69 17 Q -1 1 2 -3 -1 3 -1 -3 0 -2 -3 3 0 -5 -4 2 3 -5 -3 -2 5 7 8 1 1 12 3 2 2 2 2 20 2 0 0 13 16 0 1 3 0.43 1.71 18 K -2 4 -3 -2 -2 3 1 -4 -2 -2 -1 4 0 -4 -4 -2 -1 -5 -3 -3 4 19 1 2 1 15 9 1 1 3 7 22 2 1 0 1 4 0 1 1 0.46 1.72 19 A 7 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -1 -5 -4 -4 -3 -4 -5 -2 -1 -3 -5 -5 -3 83 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 1 0 0 1 2 0 0 0 0 1.43 1.70 20 I -1 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -5 -5 3 1 -3 -1 -1 -3 -3 1 -3 -3 5 6 1 1 1 1 2 2 0 0 15 11 1 1 3 1 1 10 0 1 35 0.50 1.79 21 D -1 0 -1 2 -6 3 5 -3 -2 -3 -3 2 -2 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -3 4 4 2 11 0 14 33 2 1 1 3 11 1 0 0 1 2 0 1 2 0.59 1.78 22 L 1 0 -2 -1 1 -1 3 -4 0 -4 2 1 0 -1 -5 -2 -3 -5 1 -3 13 5 2 3 3 2 19 1 3 0 20 9 3 3 0 2 1 0 6 1 0.25 1.76 23 D -3 -4 -1 7 -6 -3 3 -4 -4 -6 -6 -3 -5 -3 -4 -2 -4 -6 -2 -6 2 0 2 63 0 0 21 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1.50 1.75 24 T 0 0 3 -1 -2 2 1 -3 0 -4 -3 3 -3 -6 -5 1 0 -6 -3 -1 8 5 11 2 1 8 10 1 2 1 2 18 1 0 0 11 5 0 1 6 0.29 1.86 25 A 3 -2 2 0 -2 1 3 -1 -1 -3 -3 2 -3 -6 -3 0 -2 -6 -5 -3 24 2 11 4 1 5 16 4 1 1 2 12 1 0 1 6 1 0 0 2 0.35 1.85 26 T -2 0 -1 -2 -2 2 0 5 0 -6 -4 2 -2 -4 -5 0 -2 -6 -3 -5 3 4 2 2 1 9 6 38 2 0 2 12 1 1 0 7 2 0 1 0 0.58 1.85 27 Q -2 2 5 3 -1 1 0 -4 -1 -2 -4 1 -5 -4 -5 -2 -2 -6 -3 -4 2 13 25 19 1 6 6 1 1 3 1 8 0 1 0 2 1 0 1 1 0.58 1.86 28 Y -3 -3 -3 -4 -1 -3 -5 -4 1 0 -1 -2 -2 3 -3 -2 -2 1 7 -2 2 1 1 1 1 1 0 1 3 5 5 3 1 12 2 4 2 2 45 2 0.98 1.85 29 E 1 0 -1 1 -1 3 3 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -1 1 -1 -6 -5 -2 11 4 2 7 1 12 20 5 1 1 3 5 1 1 4 8 3 0 0 3 0.22 1.76 30 E 1 0 -2 1 -1 0 4 0 -1 -3 -2 1 0 -3 -2 -1 -2 -6 -5 -3 11 6 2 6 1 4 30 6 1 1 3 8 2 1 2 3 2 0 0 2 0.31 1.70 31 A 6 -4 -4 -5 -4 -4 -1 -3 1 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 -1 -6 -5 -4 72 0 0 0 0 0 4 0 4 0 0 4 0 0 0 6 4 0 0 0 1.17 1.72 32 Y -2 0 -5 -6 -1 -2 -3 -6 3 1 3 -2 0 3 -6 -2 -3 1 3 0 2 5 0 0 2 2 1 0 6 8 28 2 2 12 0 3 2 1 10 6 0.41 1.72 33 T -2 2 1 2 -1 1 2 -3 1 -3 -3 0 -1 -1 -2 -1 1 0 -1 0 3 10 5 11 1 7 11 2 3 2 2 6 2 2 2 5 8 1 3 6 0.11 1.70 34 A 0 -1 -1 -5 3 -1 -4 -1 1 -2 4 -2 0 0 -5 -1 -3 1 3 -2 7 3 4 0 6 3 1 6 3 1 38 2 2 3 0 6 1 2 8 1 0.38 1.57 35 Y -3 -4 -5 -5 -1 -4 -2 -5 0 -1 -3 -4 -4 1 -3 -2 -4 -1 9 -4 2 0 0 0 1 0 2 0 1 3 2 0 0 2 2 3 0 0 75 0 1.86 1.55 36 Y -1 1 -2 -2 2 3 0 -2 -2 2 -1 2 3 -3 -5 -2 1 -5 0 -1 4 9 1 2 4 14 5 3 1 12 7 11 7 1 0 3 7 0 3 3 0.22 1.57 37 N -2 1 2 2 -5 2 3 -4 2 -1 -2 1 0 -3 -4 0 -1 -5 -4 -3 3 6 8 11 0 9 20 0 5 4 3 9 3 1 0 8 4 0 0 2 0.36 1.57 38 G 5 -4 -4 -4 0 -4 -4 4 -4 -4 -3 -4 0 -2 -4 1 -1 -5 -4 -2 42 0 0 0 2 0 0 28 0 0 2 0 3 2 0 12 2 0 0 2 0.81 1.54 39 L 1 -1 -5 -5 3 -4 -5 -2 -5 3 3 -4 1 -1 -2 -2 -2 -5 -4 3 12 3 0 0 5 0 0 4 0 18 23 0 3 2 2 3 3 0 0 20 0.50 1.51 40 D -2 -1 0 4 -5 2 4 -2 1 -2 -2 -1 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -3 3 3 3 22 0 8 26 3 3 3 5 3 0 0 0 12 3 0 0 2 0.52 1.51 41 Y 0 1 0 -2 1 1 -2 -2 1 1 0 0 1 1 -5 -1 -1 2 3 0 7 9 4 3 3 8 3 3 3 7 10 5 3 5 0 4 4 3 10 5 0.15 1.68 42 L -1 -1 -5 -5 2 -4 -5 -2 -4 0 3 -4 2 4 -5 -1 -1 4 2 -1 4 4 0 0 4 0 0 4 0 6 30 0 5 17 0 4 4 5 6 4 0.56 1.68 43 M -2 -2 0 -2 -5 0 -2 -3 0 1 3 -1 5 -1 -5 -1 -1 -5 -1 1 2 3 5 2 0 4 2 2 2 9 30 5 13 2 0 6 3 0 2 9 0.41 1.87 44 L -1 -1 -1 0 0 3 0 -2 4 -2 -1 2 1 -1 1 0 1 -5 -1 -1 5 3 3 6 2 11 7 2 8 3 7 10 3 3 6 6 8 0 2 4 0.17 1.89 45 A 2 -1 -4 -1 1 -1 -1 1 2 1 0 -1 0 0 -1 -1 -1 2 0 1 16 3 0 3 3 3 3 11 5 8 8 3 3 3 3 5 4 3 3 10 0.12 1.84 46 L -1 -1 -5 -5 4 -1 -5 -2 1 1 2 -1 3 0 -5 0 0 2 0 1 4 3 0 0 9 3 0 4 3 9 20 4 6 3 0 8 6 3 3 10 0.32 1.86 47 K -2 2 1 -1 -5 1 -1 -2 2 -2 -3 5 -4 -5 0 -1 -1 -5 0 -2 3 9 5 3 0 6 4 3 4 2 3 38 0 0 5 4 4 0 3 2 0.55 1.79 48 Y -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 49 E -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 50 K -1 -1 0 0 1 1 -1 -1 1 -1 -2 2 2 -5 3 0 1 -5 0 -1 4 3 5 6 3 7 4 4 4 3 4 14 5 0 12 8 7 0 3 4 0.20 1.98 51 N -1 -4 3 5 1 -1 0 0 0 -2 -3 -2 -5 -6 -1 1 -1 -6 -5 -2 5 0 15 33 3 3 6 6 2 2 3 2 0 0 3 11 3 0 0 3 0.60 1.87 52 P -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 53 K 0 1 0 1 -5 1 0 -2 1 -1 -2 2 0 -1 -1 0 1 2 0 -2 8 8 4 6 0 6 6 4 3 3 3 12 3 3 3 7 10 3 3 3 0.14 2.03 54 S -1 4 -2 -2 0 0 0 -2 0 0 0 3 2 -2 -2 -1 -1 -5 -1 -1 5 22 2 2 2 3 5 3 2 5 9 17 5 2 2 6 4 0 2 4 0.32 2.00 55 K -1 4 -1 -4 -1 2 -2 -3 -1 -2 -2 5 -1 -5 -1 -2 -2 1 -1 -2 4 18 3 0 2 7 2 2 2 2 5 37 1 0 3 3 3 2 2 3 0.65 1.97 56 D -1 1 1 2 1 3 4 -1 -1 -3 -3 1 -2 -2 -2 -1 -1 1 -2 -2 6 6 6 9 3 11 23 5 1 1 2 7 1 2 2 4 4 2 2 3 0.32 2.02 57 L 1 1 -1 -4 1 1 -1 -1 3 2 -1 1 1 -1 -1 0 0 2 0 -1 10 8 3 0 3 7 3 4 7 10 6 9 3 3 3 6 5 3 3 4 0.12 1.66 58 I -1 -1 -1 -5 2 -4 -5 -5 -4 4 2 -5 2 2 -5 -1 -4 3 3 1 5 4 4 0 4 0 0 0 0 22 20 0 5 7 0 4 0 4 10 8 0.54 1.65 59 R -2 6 -1 -2 0 1 -1 -3 1 -3 -2 3 1 -2 -3 -2 -1 -5 -1 -3 2 38 2 2 2 6 2 2 3 2 4 19 3 2 1 2 3 0 3 2 0.72 1.85 60 A 2 1 1 0 -5 2 2 -1 0 -2 -2 2 -1 -5 -2 0 0 0 -2 -2 14 6 5 5 0 9 15 4 2 3 5 13 1 0 2 5 5 1 2 2 0.23 1.85 61 K -3 3 -1 -2 -6 1 -1 -5 -1 -2 -2 6 0 -2 -3 -2 -2 0 -2 -3 1 13 3 2 0 6 3 0 1 3 4 50 2 2 1 2 2 1 2 1 0.88 1.83 62 F 2 -2 -3 -5 4 -4 -5 -3 -1 4 -1 -4 2 1 -5 -1 0 -5 -1 2 18 2 1 0 8 0 0 2 2 22 5 0 5 6 0 5 6 0 2 14 0.50 1.74 63 T 0 1 2 -1 -1 0 1 -2 1 -2 -2 2 2 -3 -3 1 1 -5 -3 -1 9 7 10 3 1 4 8 3 3 2 4 15 5 1 1 10 9 0 1 5 0.21 1.81 64 E -2 0 -1 1 -6 4 5 -1 -1 -3 -4 2 -1 -3 -3 -2 1 -6 -2 -3 2 4 2 7 0 17 33 4 1 1 1 10 1 2 1 2 8 0 2 1 0.61 1.82 65 Y 0 -4 -3 -6 0 -5 -5 -4 1 -2 -1 -5 -2 1 -6 -3 -3 2 9 -2 7 1 1 0 2 0 0 2 2 2 5 0 1 2 0 1 1 2 69 2 1.76 1.83 66 L -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -6 -5 1 5 -3 6 -2 -6 -3 0 -5 -4 1 1 3 1 1 1 1 1 0 0 7 46 2 20 1 0 2 5 0 0 8 0.91 1.80 67 N 0 0 2 4 -3 0 2 -2 -1 -3 -3 0 -1 -6 -2 1 0 -6 -5 -3 7 5 10 24 1 4 15 2 1 2 3 6 2 0 2 8 6 0 0 2 0.44 1.80 68 R -4 8 -4 -5 -6 -1 -2 -4 0 -6 -4 1 -4 -4 -4 -3 -4 -1 -3 -4 1 82 0 0 0 2 1 1 2 0 1 4 0 1 1 1 0 1 1 1 1.86 1.76 69 A 6 -5 -3 -5 0 -4 -4 -2 -5 1 -3 -4 -1 -3 -4 -1 -2 -6 -3 0 76 0 1 0 2 0 0 1 0 8 1 0 1 1 0 2 1 0 1 5 1.30 1.77 70 E -2 -3 -2 0 -7 0 7 -3 -2 -5 -6 -1 -3 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -4 2 0 2 4 0 3 77 1 1 1 0 2 1 0 0 2 3 0 0 1 1.56 1.74 71 Q 0 0 -1 0 -3 3 4 -3 0 -3 -4 3 -1 0 -4 -1 -1 -5 0 -2 7 4 2 4 1 12 24 1 2 2 2 19 2 4 0 3 3 0 3 3 0.46 1.76 72 L -5 -6 -7 -7 -1 -6 -6 -7 -6 5 5 -6 0 -1 -2 -4 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 30 58 0 2 2 2 1 0 0 0 4 1.27 1.70 73 K -3 3 0 0 -6 0 0 -5 0 -5 -5 7 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -3 -5 2 13 3 5 0 4 4 0 2 1 1 61 0 0 0 2 1 0 1 0 1.23 1.67 74 K 1 1 1 0 -1 2 3 -2 -3 -4 -4 2 0 -5 -3 1 0 -6 -3 -2 13 7 6 5 1 10 18 2 0 0 1 14 2 0 1 10 5 0 1 2 0.36 1.68 75 H -2 -1 -3 -4 -2 0 -3 -5 6 1 1 -3 2 3 -4 -2 -4 2 5 -1 4 4 1 1 1 4 1 1 18 8 13 2 4 11 1 3 0 3 17 4 0.61 1.66 76 L -3 -4 -6 -6 -2 -4 -6 -5 -6 2 5 -2 1 -2 -6 -4 -2 -5 -3 2 1 1 0 0 1 1 0 1 0 12 62 2 3 1 0 1 2 0 1 14 1.07 1.63 77 E 0 1 2 3 -5 3 2 -4 -2 -4 -4 3 -3 -6 -3 1 -1 -1 -5 -4 9 6 10 16 0 13 12 1 1 1 2 15 1 0 1 10 3 1 0 1 0.48 1.59 78 S 0 -1 2 1 -3 2 2 0 -2 -4 -5 3 -4 -6 -2 2 -1 -6 -5 -4 8 2 10 8 0 9 10 6 1 1 0 20 0 0 1 18 4 0 0 1 0.46 1.56 79 E -2 1 1 0 -3 4 3 -3 -3 -4 -4 3 -2 -6 -3 2 -2 -6 -3 -3 3 7 5 5 0 21 20 1 0 1 1 16 1 0 1 14 2 0 1 1 0.60 1.55 80 E -1 -1 2 2 -6 2 3 -4 -1 -5 -3 4 -4 -2 -3 1 -3 -6 -5 -4 5 2 8 9 0 8 19 1 2 0 3 30 0 2 1 9 1 0 0 1 0.61 1.46 81 A 3 -2 -2 -1 -3 1 4 2 -4 -5 -5 -1 -4 -6 -1 1 -2 -6 -5 0 24 1 1 3 1 7 25 13 0 0 0 2 0 0 3 11 2 0 0 7 0.51 1.44 82 N -3 -4 5 6 -5 -3 -2 -3 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 3 -3 -6 -5 -5 0 0 34 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 1.36 1.18 K Lambda Standard Ungapped 0.1285 0.3112 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1658 0.3180 PSI Gapped 0.0507 0.2670