Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -1 1 0 -1 0 0 0 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 4 1 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.00 0.00 2 P -1 -2 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 7 -1 -1 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.00 0.00 3 E -2 0 -1 -1 -4 7 3 -3 0 -4 -3 0 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 77 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.01 0.29 4 F 0 -2 -1 -2 -2 -1 0 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 1 6 -4 -3 -1 8 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 2 0 6 77 0 0 0 0.77 0.39 5 G -1 -3 -1 -2 0 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 0 -2 -4 -4 -4 0 0 0 0 3 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.41 0.39 6 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.66 0.39 7 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.18 0.39 8 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 0 -4 0 -1 -4 -2 -1 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 3 3 0 0 9 0.88 0.39 9 T -2 3 0 -2 -3 1 -1 -3 -2 0 -3 4 -2 -4 -2 -1 4 -4 -3 -2 0 14 3 0 0 4 0 0 0 6 0 35 0 0 0 0 37 0 0 0 0.53 0.39 10 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.19 0.39 11 C -1 -4 -3 -4 10 -4 -4 -3 -4 -1 -2 -4 -2 -4 -4 1 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 83 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 1.72 0.39 12 P 2 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 2 -2 -1 -2 3 1 -1 -4 -3 0 26 1 3 4 0 0 1 0 1 2 26 1 0 0 15 10 2 0 0 7 0.27 0.39 13 T 0 -3 0 1 -3 -2 -2 4 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -3 2 4 -4 -3 -3 3 0 3 9 0 0 0 38 0 0 0 2 0 0 0 13 34 0 0 0 0.59 0.39 14 C -1 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.19 0.39 15 D -2 -1 2 4 -4 4 2 -3 2 -2 -3 -1 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 0 0 11 34 0 29 11 0 5 3 2 0 0 0 0 5 0 0 0 1 0.63 0.39 16 V -1 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 3 2 -3 3 -1 -4 -3 -2 -4 -2 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 18 20 0 9 0 0 0 0 0 0 50 0.63 0.39 17 D -3 -2 4 7 -5 -1 0 -2 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 23 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 0.37 18 I 0 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -4 -4 4 0 -3 2 -2 2 -2 -2 -4 -3 3 8 4 0 0 0 0 6 0 0 32 4 0 5 0 11 0 0 0 0 29 0.40 0.37 19 N -3 -1 7 2 -4 -1 -1 -2 -1 -4 -5 1 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -4 0 0 77 11 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.37 20 T -1 -2 1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 1 -2 0 1 -3 -3 0 6 -4 -3 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 11 0 4 5 0 0 0 70 0 0 5 0.68 0.42 21 W -4 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -2 0 -5 -4 -3 12 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 2.95 0.27 22 V -1 -2 -2 1 -3 -1 4 -4 -2 1 -1 -1 -1 -3 -3 -2 -1 -4 -2 4 0 0 0 5 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 0.47 0.27 23 P -2 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.35 0.27 24 F -3 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -4 0 -1 0 -2 -1 6 -4 -3 -3 1 6 -1 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 5 3 0 43 0 0 0 0 43 3 0.92 0.31 25 Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -2 2 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.40 0.25 26 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 1 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 4 0 0 0 0.77 0.25 27 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 0 -2 -2 -1 -3 -2 1 6 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0.78 0.25 28 E -2 0 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 2 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 1.00 0.27 29 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 1 2 -4 -3 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0.75 0.27 30 N -2 -1 5 -1 0 -1 -1 -2 2 -3 -2 1 0 -3 -3 0 2 -3 0 -3 0 0 47 0 3 0 0 0 5 0 3 13 3 0 0 4 16 0 4 0 0.45 0.27 31 K -2 5 -1 -2 -4 0 0 -3 -1 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0.89 0.27 32 P -2 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.35 0.27 33 A 5 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -2 1 -1 -3 -3 -1 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0.69 0.24 34 M -2 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -2 2 2 -2 8 -1 -3 -2 -1 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.22 35 I -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 6 1 -3 3 -1 -4 -3 -1 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0.68 0.21 36 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 0 -1 0 -3 -1 6 -4 -3 -3 1 6 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 50 0 0 0 0 42 0 0.93 0.21 37 C -1 -2 -3 -4 10 -3 -4 -3 -4 -2 -2 -3 -2 -3 -3 1 -1 1 -3 -2 0 3 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 3 0 0 1.52 0.29 38 S 0 -2 0 -1 1 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -2 5 1 -4 -2 -3 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 93 0 0 0 0 0.75 0.29 39 H -1 3 1 -2 -4 0 -1 3 4 -4 -3 2 -2 -3 -3 1 -1 -4 -2 -3 0 22 5 0 0 1 0 23 15 0 1 19 0 0 0 11 1 0 0 1 0.42 0.29 40 G -1 -1 -1 4 -4 -2 0 5 -2 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 0 3 0 30 0 0 4 60 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0.88 0.29 41 D 0 -1 -1 4 -4 0 4 2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 7 2 0 24 0 0 45 19 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0.63 0.29 42 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.46 0.29 43 H -2 -1 0 -2 -4 0 -1 -3 9 -4 -4 -2 -2 -1 -3 -2 -3 -3 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 1.41 0.25 44 W -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -2 0 -5 -4 -3 12 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 2.88 0.24 45 V -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 0 -3 0 -2 -3 -2 -1 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0.71 0.22 46 H -2 -1 0 -2 -4 0 -1 -3 9 -4 -2 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -3 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.32 0.22 47 A 5 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -2 1 0 -3 -2 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 3 0.62 0.21 48 Q -2 1 -1 -1 -4 7 1 -1 0 -3 -2 1 -1 -4 -1 -1 -1 -3 -2 -3 0 2 0 0 0 86 2 3 0 0 3 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0.86 0.23 49 C -1 -4 -3 -4 10 -4 -4 -1 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -2 0 0 0 0 92 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 0.23 50 M -2 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -3 -2 1 1 -2 8 -1 -3 -2 0 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 5 0 0 0 0.81 0.22 51 D -1 -2 2 6 -4 0 3 0 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -5 -3 -4 2 0 7 59 0 0 28 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.21 52 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 1 5 -3 2 0 -4 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.72 0.18 53 E 2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 3 4 1 -4 -3 -2 22 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 17 52 8 0 0 0 0.53 0.19 54 E -2 -1 -1 1 -4 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.01 0.23 55 R 0 2 2 1 -2 0 -1 -1 2 -2 -2 -1 -2 -3 -2 2 2 -4 -2 -1 5 12 10 7 0 3 0 4 7 0 2 0 0 0 0 26 20 0 0 3 0.26 0.23 56 T -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 1 3 -2 5 -1 -3 -1 2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 7 2 0 0 4 34 0 27 0 0 0 23 0 0 4 0.37 0.23 57 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 2 0 -4 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.78 0.23 58 I -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 4 3 -1 2 -1 -3 -3 0 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 29 6 6 0 0 0 5 0 0 15 0.44 0.25 59 H -2 3 -1 -2 1 4 1 -3 6 -4 -3 0 -2 -2 -3 -1 -2 -3 1 -3 0 20 0 0 4 33 5 0 28 0 0 2 0 0 0 2 0 0 6 0 0.61 0.25 60 L -2 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -3 1 5 -3 1 2 -4 -3 -2 -2 -1 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0.69 0.24 61 S 0 -1 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 0 -2 -3 -2 5 1 -4 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 96 0 0 0 0 0.73 0.23 62 E -2 0 -1 0 -4 6 4 -3 0 -4 -3 1 -2 -4 -2 -1 -1 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 58 37 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.23 63 G 1 -2 1 1 -3 -1 3 4 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -2 16 0 6 8 0 0 27 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0.49 0.25 64 S -1 -1 6 0 -3 -1 -1 -1 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 3 0 -4 -3 -3 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 32 0 0 0 0 0.80 0.25 65 N -1 0 2 -1 -2 -1 -2 -1 -2 1 -2 0 -1 -3 -2 2 3 -4 -2 1 0 3 12 2 0 0 0 3 0 12 0 7 0 0 0 19 28 0 0 14 0.24 0.25 66 K -1 2 -1 -1 -4 1 0 -2 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.23 67 Y -3 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -2 -2 2 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.37 0.23 68 Y -3 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -1 7 -4 -3 -3 1 5 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0 0 0 0 24 0 1.10 0.23 69 C -1 -4 -4 -4 10 -4 -5 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.84 0.23 70 N -2 -1 6 0 -3 -1 -2 -2 -1 -1 1 0 1 -2 -3 -1 0 -4 -3 0 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 18 5 4 0 0 0 5 0 0 10 0.48 0.23 71 E -2 -1 0 5 -4 1 5 -3 -1 -3 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -2 0 0 2 37 0 2 50 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 3 0.77 0.23 72 H -2 -1 0 -2 -4 0 -1 -3 9 -4 -4 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -3 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.46 0.23 73 V -1 -3 -3 -3 -2 -2 -3 2 -3 2 0 -3 2 -2 -3 -1 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 18 0 10 1 0 9 0 0 3 0 0 0 56 0.38 0.24 74 Q -1 0 0 4 -4 0 3 2 3 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -2 -4 2 3 0 30 0 3 27 17 11 0 0 4 0 0 0 2 0 0 0 0 0.53 0.26 75 I -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 4 3 -3 1 1 -1 -3 -2 3 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 42 0 2 4 3 0 0 4 0 15 0.49 0.26 76 A 4 -2 2 1 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 3 0 -1 -4 -3 1 50 0 15 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 11 0.42 0.26 77 R -2 5 -1 -2 -4 2 0 -3 -1 -3 -2 4 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 52 0 0 0 10 0 0 0 0 5 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0.74 0.24 78 A 2 -3 -1 -2 -3 -2 -3 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 0 -2 -3 -4 -3 22 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.99 0.20 K Lambda Standard Ungapped 0.1367 0.3227 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1666 0.3179 PSI Gapped 0.0510 0.2670