Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 6 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -5 -3 -4 -4 -3 -5 -4 1 -3 -6 -5 3 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 21 1.19 1.33 2 T -2 -1 -1 -3 -4 -2 -4 -4 -3 -1 -4 -1 -3 -4 -4 1 7 -6 -5 1 1 3 2 1 0 2 0 0 0 3 0 4 0 1 0 8 66 0 0 8 1.17 1.64 3 F -5 -6 -7 -7 -5 -6 -7 -7 -5 3 2 -6 1 8 -7 -5 -5 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 17 0 3 54 0 1 0 0 1 7 1.51 1.77 4 E -2 -1 2 0 -5 -1 0 -5 0 0 -4 -2 0 -4 -5 -1 6 -6 -1 -1 2 3 10 5 0 2 5 0 2 5 1 2 2 1 0 3 51 0 2 3 0.83 1.81 5 I -4 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 5 2 -5 1 4 -6 -6 -3 -5 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 17 0 2 14 0 0 1 0 1 27 1.16 1.81 6 V -3 1 -2 -4 -5 1 -1 -6 2 0 -2 2 -2 -2 -5 -2 3 -3 2 3 1 7 2 1 0 7 4 0 5 5 3 11 1 1 0 3 19 0 7 23 0.45 1.86 7 N -5 -4 9 -1 -6 -3 -4 -4 -3 -7 -7 -4 -6 -6 -6 -1 -3 -7 -3 -6 0 0 95 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 2.50 1.86 8 R -1 2 6 -2 -6 2 -2 -2 1 -6 -2 3 -2 -4 -5 0 -3 -4 -2 -5 4 11 34 1 0 10 2 2 3 0 4 17 1 1 0 7 1 0 1 0 0.77 1.91 9 C -3 -6 -6 -5 12 -6 -5 -5 -6 -5 -4 -6 -5 -3 -6 -3 -2 -2 -4 -4 1 0 0 0 90 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 2 2 1 0 0 3.21 1.90 10 S -1 0 1 1 -6 -1 -2 1 -2 -5 -5 0 -5 -6 5 2 -1 -6 -6 -4 5 4 7 6 0 3 3 11 1 0 1 6 0 0 30 17 4 0 0 1 0.68 1.90 11 Y -3 -3 -1 0 -6 0 1 -3 3 -4 -4 -2 -3 5 -6 -2 -3 -3 7 -4 2 1 3 6 0 4 10 2 6 0 0 2 0 26 0 3 2 0 32 1 1.03 1.90 12 T -2 -4 -3 -3 -5 -2 -4 -5 -3 -3 -3 -3 -3 -6 3 0 7 -6 -5 -1 2 1 1 1 0 1 1 0 1 1 2 1 1 0 14 7 63 0 0 4 1.27 1.92 13 V -3 -6 -4 -6 -4 -6 -6 -7 -6 5 0 -6 -1 -4 -4 -5 -3 -6 -5 6 1 0 1 0 0 0 0 0 0 34 5 0 1 0 1 0 1 0 0 55 1.46 1.90 14 W -4 -4 -6 -4 -2 -2 -5 -5 -3 -5 -4 -3 -5 -2 -6 -5 -3 12 1 -4 1 1 0 1 1 2 0 1 1 0 1 2 0 1 0 1 2 80 4 2 3.32 1.94 15 A 1 -4 -5 -5 -5 -3 -5 -3 -5 -2 -3 -4 -3 -4 8 -3 -3 -6 -4 0 13 1 0 0 0 1 0 2 0 3 3 0 0 1 65 2 1 0 1 7 1.71 1.96 16 A 5 -4 -3 -5 0 -5 -4 5 -5 -4 -2 -5 -2 -3 -2 -3 -3 -6 -5 -2 41 1 1 0 2 0 1 40 0 1 5 0 1 1 2 1 1 0 0 3 1.07 1.96 17 A 2 -2 -5 -5 -4 -2 -5 -3 0 5 -2 -5 1 -1 -3 -1 1 1 -2 3 19 2 0 0 0 2 0 2 2 28 3 0 3 3 1 4 10 2 1 17 0.59 1.99 18 S -2 -3 4 -4 -5 0 -4 0 -1 -1 2 -4 -2 2 -3 1 2 -1 0 0 2 1 16 0 0 4 0 7 1 3 18 1 1 7 1 12 14 1 3 6 0.33 2.00 19 K 3 -3 -1 -3 -1 0 -3 -1 -2 -3 -4 -2 -4 -5 5 2 3 -5 -4 -3 21 1 2 1 2 4 1 4 1 1 2 2 0 0 25 12 20 0 1 1 0.69 1.98 20 G -1 -3 1 0 -1 -1 -3 6 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 0 -2 -4 4 1 8 5 1 3 1 55 1 1 2 2 1 1 1 4 2 1 1 2 0.92 1.96 21 D -1 -1 1 1 -4 1 -2 1 4 -2 -3 0 -3 -2 0 2 1 -1 -2 -2 6 3 6 7 0 6 3 12 8 3 3 5 1 1 5 16 7 1 1 3 0.20 1.87 22 A 1 -3 0 -1 -2 -2 -1 3 -2 -3 -3 -2 -3 -5 5 1 -1 -2 -3 -2 10 1 4 3 1 2 4 23 1 1 3 2 1 0 24 8 5 1 1 4 0.50 1.85 23 A 0 0 0 1 -4 2 -2 0 -1 -1 -2 -2 -1 -1 3 0 0 -5 -3 2 9 4 4 7 0 9 2 7 2 4 4 2 1 2 12 7 7 0 1 14 0.15 1.86 24 L -2 -2 -2 -3 -4 0 -3 -2 -2 2 3 -3 -1 -1 4 -2 -1 -1 -2 -1 2 2 2 2 0 4 2 4 1 9 30 1 1 3 21 4 4 1 2 3 0.46 1.85 25 D 1 -1 1 1 -2 -1 0 0 -1 -2 -2 -1 0 0 2 2 -2 -5 -2 -1 13 3 7 8 1 3 6 7 1 3 5 3 2 4 11 13 2 0 1 5 0.13 1.94 26 A 0 0 1 1 -1 -2 -1 2 -2 -3 -2 -2 -4 -1 2 0 3 -5 -2 -2 8 4 6 8 1 2 5 16 1 2 4 2 0 2 10 7 15 0 1 4 0.23 1.91 27 G -1 -3 0 -2 0 -1 -2 5 0 -3 -4 -2 -5 -4 -3 0 4 -2 -3 -4 4 1 4 3 2 3 2 38 2 1 2 2 0 1 2 5 25 1 1 1 0.71 1.95 28 G -2 -2 -1 -2 -5 -3 -4 7 -5 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -5 -2 -3 2 2 2 2 0 1 0 70 0 1 3 1 1 1 3 3 2 0 2 2 1.32 1.91 29 R -2 2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -1 7 -1 -3 -2 6 0 -2 4 12 1 2 1 2 2 2 1 2 4 3 1 40 4 2 3 10 3 2 0.87 1.94 30 Q 0 3 -2 -2 -2 3 3 -3 2 -3 -2 0 -2 -2 -2 -1 -1 -5 0 0 9 14 2 2 1 12 20 2 4 1 4 6 1 2 2 4 4 0 3 6 0.32 2.00 31 L 0 -3 -3 -3 -1 -1 -5 -3 -1 -1 5 -5 1 -1 -3 -3 -2 -5 -1 -2 9 2 2 2 2 3 0 2 2 2 60 0 3 2 2 2 2 0 2 2 0.81 1.91 32 N 1 0 1 3 0 0 1 0 1 -3 -3 -1 -1 -2 3 -1 -1 1 -1 -3 13 6 6 15 2 4 8 6 3 2 2 3 2 2 12 4 3 2 2 2 0.23 1.99 33 S 1 -1 0 -1 1 0 -1 -2 1 -2 -2 0 0 -5 4 2 0 -5 -1 -2 12 3 4 3 3 4 3 4 3 3 3 5 3 0 22 13 6 0 3 4 0.32 1.91 34 G -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 1 0 0 0 4 1 -1 6 6 5 6 0 5 6 6 5 0 6 6 5 5 6 6 6 5 5 6 0.14 1.89 35 E -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 -4 0 0 0 4 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 0 0 6 6 6 5 5 6 0.07 1.89 36 S 0 -1 -1 -2 -4 -1 -1 -2 0 -2 -3 -2 -1 -1 -2 4 4 0 -1 -2 6 3 3 2 0 3 3 2 2 2 3 2 2 3 2 35 22 1 2 3 0.53 1.91 37 W 0 2 -1 -3 -1 0 -2 -3 0 -1 -1 0 0 0 -5 -2 0 7 1 1 9 12 3 2 1 3 2 2 2 4 7 6 2 3 0 3 6 16 4 12 0.43 1.91 38 T 0 1 0 0 0 1 -2 -3 -1 -1 -3 -1 -1 -2 -1 3 3 0 -2 0 7 8 4 4 2 5 3 2 2 3 2 4 1 2 4 18 18 1 1 7 0.23 1.94 39 I 0 1 1 -4 -4 1 -4 0 -4 1 0 -3 3 2 1 -3 0 5 2 0 7 7 7 0 0 7 0 7 0 7 7 0 7 7 7 0 7 7 7 7 0.25 1.45 40 N 0 -1 2 1 0 0 0 -1 1 -1 -2 -1 0 -1 0 0 1 2 0 -1 8 4 10 7 2 5 7 5 3 3 3 4 2 3 5 6 10 3 3 5 0.07 1.82 41 V 0 -4 1 0 -5 -4 0 0 3 0 -1 -4 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 0 6 6 0 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0.09 1.67 42 E -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 1 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 0.09 1.78 43 P -1 -1 1 2 -5 -1 -1 -1 1 -2 -2 -1 0 -1 5 0 0 -5 0 -2 6 3 6 10 0 3 3 4 3 3 3 3 3 3 28 6 5 0 4 3 0.44 1.96 44 G -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 45 T -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 46 N -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 47 G 1 -1 -1 -1 1 -1 -2 3 0 -2 -2 -1 1 -5 -1 2 1 -5 0 -1 9 3 3 4 3 3 3 19 3 3 4 4 3 0 3 16 7 0 3 4 0.17 1.84 48 G 2 -1 -4 -1 1 -1 -4 4 -4 -1 -2 -1 1 -5 -5 -1 -1 3 0 -1 14 4 0 4 3 3 0 35 0 4 4 3 3 0 0 4 3 4 3 5 0.45 1.84 49 K -1 0 1 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 -4 0 0 0 4 1 0 6 6 5 6 5 5 6 0 5 6 6 6 5 0 6 6 6 5 5 6 0.17 1.89 50 I 0 1 1 0 -4 1 -4 0 -4 1 -1 -3 3 1 1 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 0 7 0 7 0 7 7 0 6 6 7 7 7 0 6 7 0.13 1.56 51 W 0 1 1 -4 -4 1 -4 0 -4 1 0 -3 3 2 -4 0 0 5 2 0 7 7 7 0 0 7 0 7 0 7 7 0 7 7 0 7 7 7 7 7 0.24 1.45 52 A 3 1 -3 -3 -3 -3 0 2 -4 -3 -1 -3 -3 -4 1 0 0 -4 -4 1 29 7 0 0 0 0 6 16 0 0 7 0 0 0 7 6 7 0 0 12 0.37 1.17 53 R 0 1 1 -4 3 1 -3 0 3 -4 -1 1 -3 1 1 0 -3 -4 2 -4 7 7 7 0 7 7 0 7 7 0 7 7 0 7 7 7 0 0 7 0 0.19 1.45 54 T -1 0 1 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 0 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 0 5 6 0.07 1.89 55 D -2 -1 1 0 -5 1 -2 4 0 -2 -1 -1 -4 0 -2 0 1 1 0 -1 2 3 6 5 0 7 2 31 2 2 6 3 0 3 3 6 8 2 3 4 0.31 1.73 56 C 0 0 -4 0 9 0 -4 -1 -5 -4 -1 -4 -4 -5 0 0 0 -5 -5 -4 8 5 0 5 48 5 0 6 0 0 5 0 0 0 5 6 5 0 0 0 1.28 1.58 57 Y -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 58 F -2 -2 1 -1 -5 -1 -1 -1 1 -1 -1 -2 0 6 -1 -2 -1 1 1 -1 4 3 6 4 0 4 4 5 3 3 5 2 2 35 4 4 5 2 4 4 0.52 1.98 59 D -1 -1 2 5 -5 -1 -1 -1 1 -2 -3 -2 -5 -2 -2 1 -1 -5 0 -3 4 4 9 32 0 3 3 4 3 2 3 2 0 2 3 11 3 0 3 2 0.46 1.98 60 D -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 61 S -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.05 2.01 62 G -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 -4 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 0.08 2.01 63 S -1 0 1 1 1 0 -2 -1 1 -2 -3 1 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