Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V 1 -5 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -5 2 -3 -4 -3 -4 -4 -2 6 -6 -4 4 12 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 50 0 0 26 1.06 1.38 2 I -3 -6 -6 -6 -3 -4 -5 -3 -6 5 1 -4 -2 3 -6 -4 -1 -5 -2 5 1 0 0 0 0 1 1 3 0 29 10 1 0 11 0 1 4 0 1 38 0.92 1.58 3 V -4 -4 -3 -6 -4 -4 -5 -6 -5 4 3 2 0 -3 -5 -4 -1 -6 -3 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 23 30 13 2 1 0 0 3 0 1 24 0.77 1.67 4 Y -1 0 -3 -5 0 -2 -4 -5 -1 0 1 2 0 1 -1 -2 -1 0 6 0 4 5 1 0 2 1 0 0 1 5 12 14 2 4 3 3 5 1 31 5 0.59 1.68 5 G -3 -6 -4 -5 -6 -5 -5 8 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -4 -3 -5 -6 -2 -6 1 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 2.29 1.71 6 D -5 -5 -1 8 -7 -4 -1 -5 -4 -7 -7 -4 -7 -7 -5 -3 -4 -8 -7 -7 0 0 1 98 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.54 1.75 7 Y 0 -6 -5 -7 -1 -6 -6 -6 -6 3 3 -6 -1 -2 -5 -4 -2 -3 -2 5 8 0 0 0 1 0 0 0 0 17 23 0 1 1 0 0 2 0 1 44 0.99 1.79 8 N -5 -4 8 2 -6 -3 -3 -3 -2 -7 -7 -4 -6 -6 -5 -1 -2 -7 -4 -5 0 0 85 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 2.15 1.79 9 N -1 -2 2 -1 2 -2 -2 5 -2 -4 -1 -2 -1 -2 -5 -1 -3 -4 -3 -4 4 2 9 4 4 2 2 48 1 0 8 2 2 2 0 5 1 0 1 1 0.74 1.79 10 D -5 -5 1 8 -7 -4 -1 -4 -4 -6 -7 -4 -6 -7 -5 -2 -4 -8 -6 -6 0 0 5 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.28 1.78 11 G -2 -3 0 -2 -4 -3 -3 7 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -5 -1 -3 -6 -4 -6 1 1 4 2 0 1 1 81 0 0 0 3 0 0 0 3 1 0 0 0 1.71 1.78 12 N 0 0 2 -2 -2 0 0 -4 -3 -1 -3 4 -2 -4 -5 1 1 -4 -1 2 7 5 8 2 1 3 6 1 0 4 2 24 1 0 0 11 7 0 2 14 0.36 1.85 13 V -3 -4 -6 -7 -1 -6 -6 -7 -5 5 -1 -5 -2 1 -5 -5 -3 -6 -3 6 2 1 0 0 1 0 0 0 0 34 4 0 0 6 0 0 1 0 1 49 1.28 1.85 14 D -4 -3 6 6 -6 -3 -2 -3 -4 -6 -6 -3 -4 -6 -5 0 1 -7 -4 -6 0 1 41 40 0 1 1 2 0 0 0 0 0 0 0 5 8 0 1 0 1.45 1.83 15 S 2 -4 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -5 3 0 -3 0 -4 -2 3 -1 -3 -4 2 18 1 1 1 1 1 1 4 0 17 8 1 2 0 2 25 4 0 0 14 0.47 1.85 16 T 2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -4 3 1 -1 0 1 -5 1 2 -5 -1 0 17 2 2 1 0 2 1 1 0 17 15 4 2 5 0 10 13 0 2 5 0.32 1.85 17 D -5 -5 -2 8 -7 -4 -1 -3 -5 -7 -7 -4 -7 -7 -5 -4 -4 -8 -7 -7 0 0 0 98 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.56 1.85 18 F 2 -4 -6 -6 -2 -4 -5 -5 -5 1 3 -4 1 3 -6 -3 -3 -3 4 2 18 1 0 0 1 0 1 0 0 7 26 1 3 11 0 2 1 0 14 13 0.64 1.84 19 A 3 -4 -2 -4 -3 -1 -3 -1 -4 2 0 -4 0 -4 -4 0 1 -6 -3 4 22 1 2 1 0 2 1 4 0 10 8 0 2 0 0 8 9 0 1 28 0.49 1.85 20 G 1 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -3 2 4 0 3 -1 -5 -3 -1 -2 1 0 11 3 1 1 0 2 1 1 0 12 38 6 6 2 0 1 4 1 5 5 0.51 1.83 21 L -2 -5 -6 -6 -1 -4 -5 -5 -4 3 4 -5 5 0 -6 -4 -3 -5 -2 2 3 0 0 0 1 0 1 1 0 15 43 0 13 4 0 1 1 0 1 14 0.93 1.82 22 K 0 4 2 -3 -3 4 -2 -3 -2 -3 -2 4 1 -5 -5 -1 -3 -6 -4 -3 7 22 8 1 0 17 1 2 1 1 3 27 3 0 0 3 1 0 0 2 0.71 1.82 23 K 0 4 0 -2 -1 3 -2 -3 -2 -5 -3 5 1 -6 -5 -1 -3 -3 -4 -5 6 20 4 2 2 15 1 2 1 0 2 34 4 0 0 5 1 0 0 0 0.77 1.83 24 Y 1 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -3 5 -2 -2 -3 -2 1 -6 -2 -3 4 8 -3 12 1 1 2 1 1 1 3 12 2 3 1 1 4 0 3 1 5 45 1 1.15 1.88 25 I -2 -5 -5 -7 -3 -3 -5 -5 -6 4 5 -6 1 -2 -6 -4 -4 -2 -3 2 3 0 0 0 1 1 1 1 0 22 56 0 2 1 0 1 1 0 1 10 1.08 1.88 26 M 1 -4 -2 -5 -3 -4 -3 -3 -2 2 5 -1 2 -3 -5 -2 -2 -5 -3 0 11 1 2 0 0 1 1 2 1 12 47 4 5 1 0 3 2 0 1 6 0.66 1.86 27 A -1 0 3 0 -4 -1 -2 5 -1 -5 -5 1 -3 -4 -4 0 -2 -4 -5 -5 4 5 12 4 0 2 3 47 1 1 1 10 1 1 1 5 3 0 0 0 0.83 1.87 28 A -1 -3 0 -3 -5 1 -1 1 -4 1 1 0 3 -2 0 1 1 -3 -2 -1 6 1 4 1 0 6 3 9 0 8 16 7 7 2 4 12 10 0 2 3 0.17 1.87 29 D -2 -2 2 3 -4 -2 1 0 -4 2 -4 -1 -3 -4 -1 2 2 -3 -3 -2 2 2 10 17 0 2 9 6 0 12 1 3 1 1 3 13 14 0 1 3 0.36 1.88 30 H -1 -1 1 2 -3 0 2 1 -2 -3 -4 1 -4 -4 -1 1 2 -6 -4 -3 4 2 7 12 1 4 15 10 1 2 2 9 0 1 4 11 15 0 0 2 0.33 1.89 31 A 1 -3 -1 1 -3 0 2 -3 -4 2 0 -1 -2 -2 0 1 2 -3 0 -1 10 1 3 7 1 4 12 2 0 11 10 4 1 2 4 10 11 0 4 5 0.14 1.89 32 Y 0 -3 3 0 -3 3 -1 -1 -2 -1 -3 -1 -1 3 -2 1 0 -1 3 -3 8 1 13 5 1 13 3 4 1 3 3 4 1 11 2 11 6 1 8 1 0.29 1.87 33 V -1 -2 -1 -1 -4 -1 0 -3 -4 2 2 0 1 1 2 -2 0 2 0 -1 4 2 3 4 0 2 7 2 0 10 21 6 3 5 10 3 6 3 4 3 0.20 1.86 34 K 1 -1 0 0 -2 1 1 -3 1 -2 -3 4 -1 -4 -2 1 0 0 -1 -1 11 3 4 4 1 6 10 1 3 2 3 27 1 0 2 8 5 1 2 5 0.33 1.87 35 N 4 0 4 -2 -3 -2 -2 -3 -3 0 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -1 -5 0 -1 41 4 24 1 1 1 2 1 0 6 3 1 1 1 2 3 2 0 4 3 0.65 1.69 36 L 6 -5 -4 -5 -1 -3 -4 1 -5 -4 -3 -3 0 -3 -3 0 -3 -1 -3 -3 73 0 1 0 1 1 1 10 0 1 2 1 3 1 0 4 1 1 1 1 1.20 1.70 37 D -5 -3 0 8 -6 -3 -1 -3 -2 -1 -4 -4 -5 -6 -4 -3 -3 -7 -6 -5 0 1 2 84 0 0 2 2 1 4 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1.93 1.65 38 V -2 -4 -5 -6 5 -4 -5 -2 -5 2 2 -5 3 0 -5 -4 -1 -1 -2 4 3 1 0 0 10 1 0 4 0 12 21 0 6 3 0 1 4 1 1 32 0.69 1.65 39 N -3 -3 7 3 0 -2 -3 -4 0 -4 -5 -2 -3 -3 0 -1 -1 -6 -1 -4 1 1 57 15 2 1 1 0 2 1 1 2 1 1 4 3 3 0 3 1 1.21 1.63 40 L 0 0 1 -1 -2 0 -1 4 0 -3 -2 2 -3 -3 -4 0 -3 -2 -2 -3 8 6 6 3 1 5 4 34 2 2 4 13 1 1 1 7 1 1 1 1 0.46 1.63 41 D -1 -3 2 7 -6 -2 -1 -2 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -6 -4 5 1 10 71 0 1 1 2 0 0 0 1 0 0 0 5 1 0 0 1 1.59 1.65 42 N -2 -3 2 -1 -2 -2 -3 6 -3 -6 -5 -1 -4 -4 -3 1 -3 -5 -4 -4 1 1 9 4 1 1 2 62 1 0 1 4 0 1 1 8 1 0 1 1 1.15 1.65 43 E -1 0 1 -1 -3 -1 1 -1 -3 -1 -2 4 -1 -3 -4 1 1 -2 -2 1 6 4 8 3 1 2 8 5 1 4 3 24 2 1 0 10 7 1 1 12 0.27 1.64 44 V -2 -4 -4 -5 -1 -5 -4 -5 -5 5 1 -4 -1 0 -4 -3 0 -2 -3 5 2 1 1 0 1 0 1 1 0 31 11 1 1 3 1 2 5 0 1 37 0.88 1.65 45 N -3 -3 6 5 -5 -2 -1 -2 -3 -4 -5 -3 -5 -6 -4 0 2 -6 -3 -5 1 1 40 29 0 1 2 3 0 1 1 1 0 0 0 5 13 0 1 0 1.13 1.65 46 A 3 -3 -2 -2 -4 -3 -2 -1 -3 1 -2 -2 -2 -5 -3 3 -1 -3 -3 2 26 1 1 2 0 1 3 5 1 9 4 2 1 0 1 23 3 0 1 16 0.44 1.65 47 F 1 -2 1 1 -3 -1 -3 -3 -3 3 1 -1 0 2 -4 -1 2 -2 -1 -1 10 2 6 8 0 3 1 2 1 16 14 4 3 8 1 5 12 0 2 4 0.21 1.65 48 D -3 -5 -2 8 -7 -4 -2 -5 -4 -6 -7 -4 -6 -7 -5 -3 -1 -8 -6 -6 3 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 2.31 1.71 49 L 2 -4 -4 -5 -2 -5 -4 -4 -3 0 4 -4 2 3 -6 -2 -3 -2 3 0 16 1 0 0 1 0 1 1 0 4 37 1 4 11 0 4 1 0 11 6 0.64 1.73 50 A 3 -4 -1 -2 1 -1 -3 -2 -4 2 0 -3 1 -3 -5 1 1 -6 -3 3 23 1 2 2 3 2 2 3 0 10 7 1 3 1 0 10 8 0 1 21 0.37 1.74 51 I 0 -2 -3 -4 -1 1 -2 -5 -3 3 3 1 1 -1 -5 -2 -1 -1 2 1 9 2 1 0 1 6 2 1 1 14 24 8 3 2 0 3 4 1 8 10 0.33 1.75 52 L -4 -5 -6 -6 -3 -3 -5 -6 -3 4 5 -5 5 0 -6 -4 -3 -5 -2 0 1 0 0 0 1 1 1 0 1 23 50 0 12 3 0 1 1 0 1 5 1.09 1.70 53 K -1 5 -1 -4 -4 3 -2 -4 -2 -3 -1 5 1 -4 -4 -2 -1 -3 -4 -3 4 25 2 0 0 15 1 1 1 1 6 31 4 0 1 2 3 0 0 1 0.79 1.74 54 K -2 4 -1 -1 -4 5 -1 -3 -2 -4 -4 5 0 -6 -5 -1 -3 -6 -4 -5 2 20 3 3 0 22 2 2 1 1 2 34 3 0 0 5 1 0 1 0 0.90 1.75 55 Y -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -5 4 -1 -2 -1 0 5 -6 -4 -3 0 7 -3 3 2 1 1 0 1 2 0 8 4 4 4 3 21 0 1 1 1 40 1 1.12 1.77 56 L -3 -6 -5 -6 -3 -5 -6 -6 -6 4 5 -4 1 -2 -6 -4 -3 -5 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 27 54 1 2 1 0 1 1 0 1 10 1.13 1.73 57 L -1 -4 -3 -5 -3 -4 -4 -6 -3 2 5 -3 1 -2 -6 -2 -3 -3 -4 1 5 0 1 0 0 1 1 0 1 9 63 2 3 1 0 3 1 0 0 8 0.97 1.72 58 G -2 0 -1 -2 -6 -2 -3 6 2 -6 -6 2 -3 -5 -4 -2 -4 -6 -4 -6 1 6 2 2 0 2 2 64 6 0 0 11 1 0 1 2 0 0 0 0 1.27 1.69 59 M -2 -1 -2 -3 -5 1 -1 -4 -3 4 1 3 4 -2 -4 0 0 -5 -2 -1 4 3 2 1 0 6 3 1 1 23 10 17 11 2 0 7 5 0 1 3 0.40 1.60 60 V -3 -2 -5 -4 -1 -4 -4 -6 -6 7 0 -4 -1 -2 -6 -3 -1 -5 -2 2 2 3 0 1 1 1 1 0 0 67 5 1 0 1 0 2 4 0 2 11 1.24 1.57 61 S -2 -1 2 3 -5 -1 -1 -4 -2 -3 -5 3 -3 -3 0 3 3 -6 -4 -4 2 3 8 16 0 2 4 1 1 1 0 16 0 1 4 19 19 0 0 1 0.52 1.57 62 K -1 -1 0 1 -5 1 3 -2 -2 -3 -4 3 -4 -5 -3 2 2 -6 -3 -2 3 2 3 7 0 5 16 3 1 1 1 21 0 0 1 18 14 0 1 3 0.46 1.57 63 L -4 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -5 -1 4 -6 -1 7 -5 -4 -4 -3 -1 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 46 0 1 46 0 1 1 0 1 1 1.44 1.53 64 E -4 -5 -5 -4 -6 -4 -2 -5 -5 -6 -6 -4 -5 -7 9 -4 -4 -7 -6 -5 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 2.96 1.40 K Lambda Standard Ungapped 0.1380 0.3175 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2021 0.3177 PSI Gapped 0.0619 0.2670