Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 1 -2 -5 -5 -3 -1 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 56 0 2 0 0 0 0 1 0 22 1.02 0.99 2 T -1 -3 1 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -4 -4 -3 -3 -5 -1 4 6 -5 -4 -3 1 0 5 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 2 40 50 0 0 0 1.07 1.02 3 A 3 -3 -1 -2 -4 0 4 -3 -2 -2 -4 0 -4 -5 -3 1 3 -5 -4 -2 28 0 2 1 0 3 25 0 1 2 0 5 0 0 0 11 22 0 0 2 0.60 1.05 4 E 0 0 -2 2 -6 2 5 -2 -3 -5 -5 4 -4 -6 -4 -2 -3 -5 -5 -5 7 2 1 12 0 9 40 2 0 0 0 25 0 0 0 2 0 0 0 0 0.87 1.05 5 Q -3 -1 -3 -1 -6 5 6 -5 -1 -6 -5 0 -4 -5 -4 -3 -3 -5 0 -5 0 2 0 0 0 29 61 0 1 0 0 4 0 0 0 0 0 0 4 0 1.36 1.13 6 R -4 8 -3 -4 -6 -1 0 -5 -3 -4 -5 1 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -4 -5 0 88 0 0 0 0 5 0 0 1 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.86 1.15 7 R 0 4 1 -1 -5 2 1 -3 2 -5 -4 3 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -5 7 27 7 3 0 10 10 1 6 0 1 19 0 0 0 7 2 0 0 0 0.62 1.15 8 Q 1 2 -1 -1 -5 3 3 -4 4 -3 -2 2 -3 -5 -4 0 -2 -5 -1 -2 14 9 2 2 0 14 20 0 9 1 4 12 0 0 0 6 2 0 2 3 0.43 1.15 9 M -2 -1 -1 -1 -3 4 2 -3 -1 0 1 1 6 -2 -4 -2 -3 -5 -2 -1 3 2 3 3 0 19 12 1 2 5 11 8 24 1 0 2 1 0 1 3 0.51 1.17 10 I -2 -2 -2 -5 -4 3 -4 -4 -2 2 4 -1 2 -2 -5 -1 -1 -4 -1 2 1 2 2 0 0 14 0 1 1 12 35 3 6 1 0 4 3 0 2 13 0.48 1.14 11 E -2 -2 0 4 -6 1 6 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -6 -4 1 -2 -6 -5 -4 3 0 3 18 0 5 53 2 1 0 1 3 0 0 0 8 2 0 0 1 0.99 1.14 12 D 0 -1 2 1 -5 4 3 -4 -2 -5 -4 1 -1 -5 -4 2 -1 -5 -4 -4 7 1 9 8 0 19 20 0 1 0 1 8 2 0 0 19 4 0 0 1 0.56 1.12 13 K -3 0 -2 -3 -5 1 -2 -5 -4 0 1 6 4 -4 -4 -2 0 -5 -4 -1 1 2 1 1 0 6 0 0 0 6 14 48 11 0 0 3 5 0 0 3 0.72 1.12 14 R -4 4 -1 -4 -5 0 -3 -5 0 -2 -1 3 1 5 -5 -3 -1 1 2 -3 0 27 3 0 0 3 0 0 2 1 4 16 4 24 0 1 4 2 7 1 0.69 1.11 15 L -2 5 2 -3 -5 0 -1 -4 0 -3 -4 5 -4 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -5 2 36 10 0 0 2 3 0 2 1 1 37 0 0 0 1 3 0 0 0 0.97 1.09 16 K -3 0 -1 5 -6 5 4 -4 -3 -4 -4 0 -2 -6 -4 -2 -3 -2 -3 -5 1 4 1 28 0 25 31 0 0 1 1 3 1 0 0 2 0 0 1 0 0.96 1.09 17 I -3 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 2 -1 -5 -5 -2 -5 -4 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 67 7 0 4 2 0 0 1 0 0 17 1.26 1.08 18 I 4 -5 -5 -5 0 -4 -4 -4 -5 4 0 -4 -2 -3 -4 -1 -3 -5 -4 3 39 0 0 0 2 0 0 0 0 28 6 0 0 0 0 4 0 0 0 21 0.77 1.08 19 N -1 -2 3 2 -4 1 1 -1 0 -4 -3 -2 -2 -5 -4 1 4 -5 -1 -2 5 1 15 11 0 5 8 5 2 0 3 2 1 0 0 9 31 0 2 2 0.47 1.08 20 K -2 -2 -3 -5 -4 -2 -2 -5 0 5 1 -2 2 4 -5 -3 0 2 2 0 2 2 1 0 0 2 2 0 2 33 10 2 5 16 0 1 7 3 8 3 0.53 1.08 21 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 6 2 -5 -1 -3 -5 -5 -2 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 13 0 0 0 0 0 2 0 0 31 1.21 1.07 22 A 4 -2 -1 -4 3 -3 -3 -3 5 -4 -4 -3 2 -3 -4 3 0 -5 -3 -1 39 2 2 0 5 0 0 1 16 0 0 0 6 1 0 21 4 0 0 3 0.71 1.07 23 R -1 4 1 2 -5 3 3 -2 -1 -3 -4 2 0 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -4 5 24 5 10 0 12 18 3 1 1 1 12 2 0 0 3 3 0 0 0 0.55 1.07 24 E -3 1 5 -2 -5 -1 -1 -4 0 -1 -3 4 3 -4 -4 -2 0 -5 0 -3 0 5 32 1 0 2 4 0 2 3 2 32 9 0 0 2 4 0 3 1 0.73 1.07 25 A 2 -5 -4 -5 8 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -4 -3 1 -4 0 2 -4 3 -2 20 0 0 0 38 0 0 2 0 0 0 0 0 6 0 7 13 0 12 3 1.10 1.07 26 I -2 -5 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -5 5 0 -5 1 -1 -5 -4 -2 -5 -1 5 1 0 0 0 0 1 0 0 0 39 4 0 4 1 0 0 1 0 2 46 1.08 1.07 27 N -4 -3 7 5 -5 -2 0 -3 0 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -5 0 0 53 36 0 0 5 0 2 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 1.40 1.05 28 P -2 -2 -4 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -3 -4 -3 -4 -5 8 0 -1 -6 -5 -3 2 3 0 0 0 1 2 2 0 1 1 0 0 0 78 5 3 0 0 2 1.94 1.04 29 Q -1 2 2 2 -5 4 2 -3 -3 -5 -4 3 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -3 5 12 8 10 0 20 14 2 0 0 1 16 0 0 0 5 4 0 0 2 0.53 1.10 30 N -2 -3 0 0 -3 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -2 -1 -4 -3 2 6 -5 -4 -3 2 0 5 6 0 1 2 0 0 2 2 2 1 0 0 11 65 0 0 0 1.01 1.08 31 G -3 0 5 0 -1 2 -1 2 1 -5 -5 3 -1 -5 -4 0 -3 -5 -4 -4 0 3 25 4 1 10 2 18 3 0 1 23 2 0 0 7 0 0 0 0 0.62 1.08 32 L 1 5 -1 -4 -4 -2 -3 -3 0 -2 0 1 -1 -2 -4 -1 1 -5 -1 -3 15 38 3 0 0 0 0 1 2 3 9 9 1 1 0 3 10 0 2 0 0.58 1.13 33 P -2 0 -4 -4 0 -2 -4 -5 -5 -3 -5 -2 -5 -6 8 -2 -3 -6 -5 -5 3 5 0 0 3 2 0 0 0 2 0 2 0 0 82 2 0 0 0 0 2.16 1.15 34 H -3 -4 -2 -5 -5 -3 -4 -5 8 2 0 -4 -3 1 -5 -4 -3 -2 6 -1 1 0 2 0 0 0 0 0 35 11 8 0 0 5 0 0 1 0 32 4 1.23 1.15 35 P -3 1 -3 -4 -5 2 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 6 1 3 -6 -5 0 0 8 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 43 12 20 0 0 8 1.09 1.17 36 P 2 -1 -4 -4 1 0 -1 -2 1 0 -1 -1 1 -1 1 -1 0 -5 0 3 21 4 0 0 3 3 3 3 3 5 4 3 3 3 8 4 5 0 3 21 0.23 1.17 37 K 0 -2 0 -1 -4 2 0 0 -2 1 -3 -1 -1 -3 -2 2 3 -5 0 -1 7 2 5 3 0 9 6 7 1 9 2 4 2 1 1 19 17 0 3 3 0.25 1.31 38 R -2 6 -4 -5 -5 0 -3 -5 -4 1 -1 -1 6 -4 -5 -2 -2 -5 -4 0 2 50 0 0 0 3 0 0 0 7 4 1 23 0 0 2 2 0 0 6 1.09 1.31 39 I -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 0 -5 1 -3 -5 -5 -3 -5 -4 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 80 4 0 2 0 0 0 0 0 0 5 1.48 1.31 40 E -3 -2 -1 0 -6 0 7 -5 0 -4 -3 0 -3 -5 -4 -2 -4 -5 -4 -5 1 0 2 2 0 2 74 0 2 1 3 3 1 0 0 1 0 0 0 0 1.28 1.31 41 K -1 3 3 -3 -5 2 0 -4 -1 -2 -2 4 0 -4 -4 0 -2 -5 -4 -4 4 16 13 0 0 8 5 0 2 3 5 25 3 0 0 8 2 0 0 0 0.43 1.31 42 A 6 -4 -4 -5 -2 -4 -3 -2 -4 -3 0 -4 2 -3 -4 -1 -2 -5 -4 -1 68 0 0 0 1 0 1 2 0 0 7 0 5 1 0 3 1 0 0 4 0.92 1.31 43 M -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 4 -5 8 1 -5 -5 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 40 0 42 4 0 0 0 0 0 2 1.26 1.35 44 E -2 1 1 2 -5 0 4 -3 2 -4 -4 3 -4 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -4 3 6 6 9 0 3 30 1 5 1 1 20 0 0 0 2 3 0 0 1 0.53 1.33 45 E -2 -2 -1 3 -6 3 6 -4 -3 -4 -5 -1 -5 -6 -4 0 -1 -6 -5 -5 3 1 2 16 0 12 47 0 0 1 0 3 0 0 0 5 3 0 0 0 0.89 1.35 46 A 3 -5 -5 -5 2 -2 -4 -2 -5 3 1 -3 2 -4 -5 -1 0 -5 -4 2 28 0 0 0 4 2 0 3 0 14 12 1 5 0 0 3 5 0 0 14 0.38 1.35 47 R -3 3 -1 -2 -5 -1 -3 3 7 -6 -5 4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -3 -5 1 14 2 2 0 1 0 20 24 0 0 26 0 0 0 1 0 0 0 0 0.86 1.33 48 V -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -1 2 -1 -5 -2 6 -2 -5 -4 -3 4 3 2 0 0 0 0 0 0 0 2 10 5 0 0 36 2 0 0 0 12 23 0.90 1.35 49 H 1 0 4 -2 -4 0 -3 -2 4 -4 -5 0 -4 -5 -3 3 0 -6 -4 -3 11 4 19 1 0 3 0 3 11 1 0 6 0 0 1 27 5 0 0 1 0.50 1.35 50 V -2 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -6 5 0 -5 0 0 -2 -3 -3 -5 -2 5 3 0 0 0 1 0 0 0 0 30 7 0 1 4 2 1 1 0 1 41 0.85 1.35 51 D -3 -2 2 6 -5 -1 -1 -3 -1 -3 -5 2 -5 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -1 1 2 7 46 0 3 2 1 1 2 1 13 0 0 0 4 3 0 0 5 0.77 1.35 52 P -2 -5 -2 -4 0 -2 -3 -4 -2 1 0 -4 -1 -3 7 -2 -1 0 -3 -2 3 0 2 0 2 2 1 1 1 8 8 0 1 1 52 2 4 1 1 2 1.05 1.33 53 F -2 -2 4 2 -5 -2 -1 -2 3 -4 -3 -1 3 4 -5 -1 0 -1 0 -4 3 1 22 11 0 1 3 3 6 0 1 3 8 18 0 4 6 1 2 0 0.42 1.35 54 K -1 3 -2 -1 -5 1 1 -4 -2 -3 -3 6 -3 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -3 5 12 1 3 0 5 7 0 0 2 3 49 1 0 0 2 1 0 0 2 0.74 1.35 55 T -1 -4 2 1 -5 -3 -2 -2 -1 -4 -5 -2 -5 -6 5 4 0 -6 -5 -3 3 0 9 7 0 1 2 3 1 1 0 2 0 0 27 30 4 0 0 2 0.69 1.35 56 V 4 -4 -3 -5 -4 -4 -3 -4 -5 0 -1 -4 0 -3 -1 0 1 -5 -4 3 37 0 1 0 0 0 2 0 0 3 4 0 2 1 3 7 9 0 0 23 0.51 1.35 57 D -3 -1 -1 2 -6 -1 4 -4 -3 -4 -5 6 -4 -6 -4 -2 -4 -6 -3 -5 1 1 2 11 0 1 26 1 0 1 0 45 0 0 0 2 0 0 1 0 0.92 1.35 58 E 0 0 -2 0 -5 4 3 -4 -2 -2 -2 2 -3 -5 -3 1 -1 -5 -3 -2 9 4 1 5 0 17 17 1 1 3 4 14 0 0 1 10 3 0 1 2 0.31 1.35 59 Q -4 0 -2 -3 -6 8 0 -5 -1 -5 -3 0 -2 -6 -4 -3 -4 -5 -4 -5 0 4 1 0 0 76 4 0 1 0 3 3 1 0 0 0 0 0 0 0 1.53 1.35 60 V 5 -5 -5 -5 -4 -4 -4 -3 -5 3 -2 -4 0 -1 -4 -2 -2 -5 -1 4 46 0 0 0 0 0 0 1 0 14 3 0 2 3 0 2 1 0 2 26 0.81 1.33 61 N -2 -3 0 1 -3 1 2 -4 -2 -2 4 1 0 -4 0 -2 -3 -5 -4 -2 2 1 4 9 0 8 15 1 1 1 39 8 2 0 4 3 1 0 0 1 0.46 1.37 62 I -1 -3 -2 5 -6 0 5 -3 -1 -3 -3 0 -3 -6 -3 -1 -1 -6 -5 -3 4 1 1 28 0 3 41 2 1 2 3 5 1 0 1 3 3 0 0 2 0.85 1.37 63 V 3 -5 -5 -6 2 -5 -5 -3 -5 4 -1 -5 -1 -2 -5 -3 -1 -5 -4 4 30 0 0 0 3 0 0 1 0 24 4 0 1 1 0 0 4 0 0 31 0.80 1.32 64 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -3 -6 -2 6 3 -3 3 0 -6 -5 -3 -5 -4 3 2 0 0 0 0 0 2 0 1 40 25 2 6 3 0 0 0 0 0 19 0.94 1.32 65 K -2 2 -2 2 -6 -1 2 -4 1 -4 -4 6 -4 -6 0 -1 -3 -6 -5 -4 2 10 0 9 0 1 12 0 4 1 1 49 0 0 4 4 1 0 0 0 0.88 1.33 66 A 2 -1 -3 -1 -5 2 1 -4 -1 -1 1 4 0 -2 -4 -3 -2 -5 -4 -2 20 2 0 3 0 11 8 0 1 3 17 27 2 2 0 0 2 0 0 2 0.44 1.34 67 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 4 6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 72 0 2 1 0 0 0 0 0 1 1.35 1.29 68 R -1 4 0 -4 -5 4 -2 -3 -3 -3 -4 5 -2 -6 -2 0 -2 -6 -5 -2 5 24 3 0 0 20 1 1 0 1 1 32 1 0 1 7 1 0 0 3 0.81 1.29 69 T -1 1 -1 0 -5 2 3 -3 -4 -4 -5 3 -3 -6 4 1 -1 -6 -5 -4 4 6 2 5 0 9 21 2 0 1 1 16 1 0 20 9 3 0 0 1 0.61 1.30 70 K -2 -2 -2 -4 -2 -3 -3 -6 3 5 1 1 -1 -3 -5 -3 -1 -5 -4 3 2 2 2 1 1 1 2 0 7 36 9 10 0 1 0 1 4 0 0 21 0.64 1.31 71 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -5 6 3 -5 5 1 -6 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 51 24 0 14 6 0 0 0 0 4 1 1.16 1.28 72 P -2 -4 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 -6 -6 -2 -5 -6 9 -2 -4 -7 -6 -5 2 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 2 0 0 90 2 0 0 0 0 2.52 1.26 73 I -4 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 7 2 -5 1 -3 -6 -3 -3 -5 -4 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 81 12 0 3 0 0 2 0 0 0 1 1.54 1.23 74 K -3 4 -2 -3 -5 3 -1 -4 -3 -5 -5 6 -4 -6 -4 1 -3 -5 -4 -5 0 26 0 0 0 14 1 0 0 0 0 48 0 0 0 11 0 0 0 0 1.12 1.09 75 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -4 4 2 -5 2 7 -5 -4 -3 -2 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 17 0 6 51 0 0 0 0 0 0 1.12 0.78 K Lambda Standard Ungapped 0.1360 0.3194 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2080 0.3175 PSI Gapped 0.0637 0.2670