Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 6 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 2 -1 -4 -3 -1 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0.70 0.25 2 L -2 -3 -4 -5 -3 -1 -4 -5 -4 1 5 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 50 0 46 0 0 0 0 0 0 1 0.67 0.25 3 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -4 4 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0.87 0.34 4 S 0 -2 1 -2 -3 -2 -2 1 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 3 -5 -4 -3 0 0 5 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 69 16 0 0 0 0.66 0.34 5 F -4 2 -4 -4 -5 -2 2 -5 -2 -2 -1 -2 -2 8 -5 -3 -3 -1 2 -3 0 14 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 1 0 0.88 0.35 6 E -3 -2 1 4 -6 1 7 -4 -2 -6 -5 -1 -4 -6 -3 -1 -2 -5 -4 -5 0 0 7 17 0 0 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.41 7 R -3 7 -2 -2 -6 0 3 -4 -2 -5 -4 4 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 58 0 0 0 0 19 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.41 8 K -2 3 -2 -3 -5 0 1 -4 -2 2 -3 6 -2 -3 -3 -1 -2 -4 1 -2 0 9 0 0 0 0 6 0 0 17 0 59 0 0 0 3 0 0 6 0 0.57 0.41 9 Y -3 -3 -3 -5 -4 0 -3 -2 3 -3 -3 -3 -2 4 -5 -3 0 1 9 -3 0 0 0 0 0 6 0 3 6 0 0 0 0 12 0 0 7 0 66 0 1.05 0.41 10 R -3 8 -2 -3 -6 2 1 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 78 0 0 0 6 7 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 1.12 0.41 11 V -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 -1 -4 2 -3 4 -1 0 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 6 0 15 6 5 0 0 65 0.63 0.41 12 R -2 7 -2 -3 -5 -1 -2 4 -3 -5 -1 0 -3 -5 1 -2 -3 -5 -4 -4 1 59 0 0 0 0 0 27 0 0 7 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0.77 0.41 13 G 0 -4 -2 -3 -4 -4 -4 8 -4 -5 -5 -4 -4 3 -4 -2 -3 -3 -3 -5 5 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 1.16 0.41 14 G -1 -4 -1 -3 -4 -3 -3 7 -3 -6 -6 -3 -4 -5 1 4 -2 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 0 0 5 32 0 0 0 0 0.97 0.42 15 T -1 -1 1 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 4 7 -5 -4 -2 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 64 0 0 0 0.79 0.44 16 L -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 0 0 5 -4 0 1 -5 -4 -3 3 7 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 62 0 0 0 0 0 0 3 33 0 0.84 0.44 17 I -2 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -5 -1 -1 -5 -4 -3 10 -1 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 39 13 0 0 0 0 0 0 30 0 14 1.05 0.48 18 G 1 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 -4 0 2 -4 1 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -2 10 0 0 0 0 0 0 58 0 5 23 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.48 19 G -1 -5 -2 -3 -5 -4 -4 8 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 5 -4 -6 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 1.56 0.49 20 D -3 2 1 6 -5 1 0 -3 -2 -4 -3 4 -4 -5 -3 -1 -2 1 -4 -4 1 9 5 45 0 5 0 1 0 0 3 25 0 0 0 1 0 2 0 0 0.68 0.45 21 L -3 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 4 6 -5 1 0 -5 -5 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 62 0 1 2 0 0 0 0 0 8 0.76 0.49 22 F -3 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 -4 -3 -3 -4 -3 7 -5 -3 -4 -2 0 -4 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 48 0 0 0 0 0 0 1.04 0.49 23 D -3 -3 4 8 -6 -2 1 -3 -2 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -5 2 0 18 76 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.29 0.50 24 F 5 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 3 0 -1 -2 -3 -2 -2 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 3 0 0 0 0 0 0.14 0.50 25 W -3 -1 -2 -3 -4 7 -1 -3 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -2 -3 6 -2 -4 0 0 0 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0.36 0.50 26 V -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 4 1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 12 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0.03 0.50 27 G -2 -4 -2 -3 -4 -3 -4 6 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.46 0.50 28 P -3 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -4 8 -3 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0.88 0.50 29 Y -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -3 4 -1 -4 0 1 -4 -3 0 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 3 0 2 4 0 0 5 0 7 6 -0.04 0.53 30 F -3 -3 -2 -4 -4 -3 -3 -4 2 -3 -3 -3 -3 3 -4 -3 -3 -1 8 -3 0 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 7 0 0 0 0 42 0 0.35 0.53 31 V -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -1 4 -4 -1 -2 -4 -4 -3 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0.06 0.53 32 G -2 -4 -3 -3 -4 -3 -4 6 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.41 0.56 33 F -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -1 -3 -3 -3 -3 -3 5 -1 -2 0 7 0 -3 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 23 3 2 6 12 1 0 0.11 0.56 34 F -2 -3 -3 -3 1 -3 -3 -3 -3 -2 1 -3 -2 0 -3 0 3 -3 0 -2 1 0 0 0 3 0 0 0 0 0 14 0 0 4 0 8 18 0 3 0 -0.13 0.56 35 G -2 -4 -3 -3 -4 -3 -4 6 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.41 0.56 36 V -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 1 1 -4 1 0 -4 -3 -1 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 10 0 4 4 0 1 3 0 0 26 -0.07 0.56 37 S 2 -3 -3 -4 2 -3 -3 -3 -4 -1 0 -3 -2 -3 -3 0 0 -4 -3 1 18 0 0 0 4 0 0 0 0 2 10 0 0 0 0 4 6 0 0 8 -0.16 0.56 38 A 0 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 4 1 -4 -3 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 8 0 0 0 0.00 0.56 39 I -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 1 4 -4 -1 -1 -4 -3 -3 -3 -3 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 8 33 0 0 2 0 0 0 0 0 2 -0.05 0.56 40 F -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 2 0 -4 0 3 -4 -3 -3 -3 -2 1 6 0 0 0 0 0 0 0 0 14 8 0 1 13 0 0 0 0 0 7 -0.11 0.58 41 F -3 -4 -4 -4 9 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 3 -4 -2 0 -3 -2 -3 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 2 5 0 0 0 0.25 0.58 42 I 1 -4 -3 -3 -3 -3 -4 5 -4 -2 -4 -3 -3 0 -4 -2 -3 -4 -3 -3 11 0 0 0 0 0 0 32 0 3 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0.04 0.58 43 F 0 -4 -4 -4 0 -4 -4 -4 -3 -1 0 -4 -2 5 -4 -2 -2 -2 -1 -2 8 0 0 0 2 0 0 0 0 2 8 0 0 24 0 3 1 0 0 1 -0.07 0.58 44 L -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 3 2 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 19 0 0 0 0 0 2 0 0 9 -0.10 0.58 45 G 3 -3 -3 -3 1 -3 -3 2 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -3 1 -3 -3 26 0 0 0 3 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 0 -0.09 0.59 46 V -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -3 2 -1 -4 -2 4 -4 -3 1 -3 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 2 0 0 19 0 0 11 0 0 2 -0.10 0.59 47 S 0 -3 -1 -2 -4 -1 4 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -3 -1 -3 -4 -3 -3 9 0 3 0 0 0 30 0 0 0 2 0 0 1 0 2 0 0 0 0 -0.06 0.60 48 L -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 5 1 -4 3 -2 -4 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 10 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0.01 0.62 49 I -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 -1 -4 -1 -3 -4 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0.14 0.62 50 G -3 -4 -3 -4 -4 -4 -4 5 -4 -3 -2 -4 2 1 -4 -3 -3 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 3 0 6 6 0 0 0 0 0 0 0.04 0.66 51 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -3 -2 3 -4 0 1 -4 -4 -3 5 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 2 5 0 0 0 6 12 0 0.08 0.67 52 A -2 -3 6 1 -4 -3 -2 1 -2 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -1 -2 -5 -2 -4 2 0 37 5 0 0 1 10 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 2 0 0.22 0.71 53 A 1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 0 -1 -4 8 0 -4 -3 -2 -4 -1 -2 13 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0 31 3 0 0 1 0 2 0 0.13 0.71 54 S 1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -3 2 -4 1 -1 -4 1 -3 7 -2 -3 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 3 3 0 11 0 12 0 0 0.03 0.70 55 Q 4 -3 -3 -3 -3 3 0 -3 -3 -2 -2 -3 3 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -3 34 0 0 0 0 11 5 0 0 1 3 0 7 0 0 1 0 0 0 0 0.07 0.71 56 G -2 -3 -2 -1 -4 3 -1 4 -3 -5 -3 -3 -4 -5 -4 3 -1 -5 -4 -4 0 0 0 3 0 14 2 27 0 0 2 0 0 0 0 25 3 0 0 0 0.30 0.75 57 P -3 -4 -4 -1 -4 -2 -2 1 -2 -2 -3 -4 -3 -4 5 -3 -1 -5 -4 4 0 0 0 3 0 1 2 10 1 0 0 0 0 0 22 1 3 0 0 33 0.35 0.74 58 T -1 -3 4 2 -4 -3 -1 0 1 -4 -4 -3 -4 -5 -4 -1 5 -5 -4 -2 3 0 16 8 0 0 2 7 3 0 0 0 0 0 0 1 34 0 0 3 0.29 0.74 59 W -4 -2 -5 -6 -5 -2 -5 -3 -4 -4 -2 -5 -2 2 -2 -4 -3 13 1 -4 0 2 0 0 0 2 0 2 0 0 3 0 1 8 2 0 2 53 2 0 1.48 0.72 60 D -3 -3 7 5 -5 -1 -2 -3 -2 -5 -6 -3 -5 -5 -4 1 -1 -6 -5 -5 0 0 45 23 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 2 0 0 0 0.76 0.76 61 P -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 2 3 -4 -2 0 7 -4 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 26 0 0 4 40 0 0 0 0 3 0.77 0.81 62 F -3 -5 -6 -6 -5 -2 -5 -6 -4 0 -1 -5 -1 7 -4 -5 -4 10 0 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 4 3 0 1 38 1 0 0 27 0 7 1.09 0.85 63 A -2 -1 -5 -5 -5 4 -2 -5 -4 -3 0 -2 -3 -1 -5 -4 -2 12 1 -4 4 4 0 0 0 16 3 0 0 1 11 1 0 2 0 0 3 39 3 0 1.10 0.84 64 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -4 0 5 5 -5 1 1 -5 -5 -4 -4 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 2 2 30 42 0 2 5 0 0 0 0 0 3 0.58 0.81 65 S 3 0 4 -1 -4 -1 -3 1 0 -5 -5 -3 -4 -5 -4 4 -1 -6 -4 -3 25 5 15 3 0 2 0 8 2 0 0 0 0 0 0 24 2 0 0 2 0.35 0.81 66 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 5 -5 0 -2 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 47 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0.72 0.76 67 N 3 -1 1 3 -5 0 6 -4 -3 -5 -5 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -5 -1 -4 21 3 6 12 0 2 40 0 0 0 0 0 2 2 1 0 2 0 2 0 0.52 0.83 68 P 2 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -5 -5 -3 -5 -6 9 -1 -3 -6 -5 -2 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 4 0 0 0 4 1.69 0.76 69 P 1 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -5 -7 10 -3 -4 -7 -6 -5 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 2.33 0.83 70 D 2 0 0 4 -5 0 -1 -1 1 -6 -3 -1 -5 -6 4 2 -1 -7 -5 -5 15 6 3 22 0 3 3 5 3 0 3 4 0 0 17 14 3 0 0 0 0.47 1.07 71 L 2 -5 -5 -5 -5 -4 -1 -5 -5 1 2 -4 -3 -5 7 0 -1 -6 -5 0 17 0 0 0 0 0 5 0 0 9 17 0 0 0 37 5 4 0 0 5 0.80 1.07 72 K -1 0 0 1 -6 2 5 -2 2 -6 -6 3 -5 -6 -4 3 -3 -7 -5 -2 4 4 4 7 0 8 30 4 4 0 0 13 0 0 0 19 0 0 0 3 0.57 1.07 73 Y -2 -5 0 -6 -5 -2 -3 -6 3 -4 -2 -5 0 1 -6 -4 -4 8 10 -2 3 0 4 0 0 2 2 0 5 0 2 0 2 2 0 0 0 14 59 4 1.40 0.91 74 G 1 -5 -3 -4 -5 -5 -5 8 -5 -7 -7 -4 -6 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -6 9 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 0.91 75 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -5 1 2 -6 -5 -4 6 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 72 0 2 8 0 0 0 7 0 0 0.98 0.88 76 G 1 0 1 -4 -4 -1 -3 4 0 -4 -5 0 -1 -5 -4 3 0 -6 -5 0 10 5 7 0 0 3 0 27 3 0 0 4 2 0 0 19 4 0 0 7 0.33 0.88 77 A -2 -5 -2 -6 -4 -5 -5 -2 -5 4 3 -5 3 4 -1 -4 -4 3 -2 2 4 0 3 0 0 0 0 3 0 22 21 0 7 14 3 0 0 3 0 11 0.37 0.81 78 A 4 1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 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