Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -3 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -6 9 -3 -4 -6 -6 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.96 1.19 2 D -1 -4 0 7 -6 -2 2 -4 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -3 -3 -2 -7 -6 -5 6 0 3 75 0 1 12 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1.69 1.42 3 A 2 -3 0 4 -5 -1 4 -3 -3 -4 -5 -2 -5 -6 2 -1 -2 -6 -5 -4 21 1 4 20 0 2 33 1 0 1 1 2 0 0 11 3 2 0 0 0 0.78 1.44 4 Q 3 -1 -1 2 -5 2 2 -1 -2 -1 -4 -2 -2 -3 -1 0 -1 -4 -5 -2 26 3 2 14 0 9 16 5 1 4 0 2 1 1 3 7 4 0 0 2 0.39 1.44 5 R 1 4 -3 0 -5 0 -1 -3 -1 -1 -2 -1 -2 -5 -1 -2 4 -6 -4 -2 13 24 0 6 0 4 3 1 2 3 4 2 0 0 3 1 33 0 0 2 0.59 1.43 6 V -2 0 -2 -3 -4 -2 -3 -2 -5 0 -2 3 -1 -3 -4 -4 -3 -6 -4 5 3 5 2 1 0 1 0 3 0 4 2 22 1 1 1 0 0 0 0 54 0.85 1.42 7 N 4 1 1 0 -4 3 1 -1 -1 -2 -2 1 -1 -5 -4 -1 0 -5 -4 -3 32 7 6 5 0 12 8 5 1 2 3 7 1 0 0 4 5 0 0 1 0.39 1.43 8 F 0 3 -1 -1 -1 1 0 -3 3 -3 -4 2 1 3 -5 -2 -2 -3 2 -3 10 19 2 4 2 6 5 2 7 1 0 15 3 15 0 1 2 0 6 1 0.44 1.41 9 Y -4 0 -4 -5 -5 0 -2 -4 2 -3 0 -4 -3 4 -5 -4 -4 1 8 -3 0 6 1 0 0 5 2 1 4 0 8 0 0 15 0 0 0 2 53 1 1.33 1.39 10 L -3 1 -4 -4 -2 4 -1 -3 -2 0 3 -2 2 -1 -4 -3 -1 3 -3 -2 1 9 0 0 1 23 3 2 1 6 35 1 4 3 1 1 3 3 1 1 0.57 1.39 11 A 4 1 2 0 -3 3 0 -1 -1 -4 -4 0 -2 -5 -2 -1 -2 -5 -3 -1 34 8 8 5 0 12 7 5 2 0 1 4 1 0 2 3 2 0 0 4 0.43 1.38 12 G -2 2 -1 -1 -3 4 1 3 0 -3 0 -1 -1 -3 -3 -2 -3 -5 -2 -3 2 13 3 3 1 17 10 25 2 1 10 3 1 1 1 2 1 0 2 2 0.42 1.36 13 R -3 5 -4 -4 -5 0 -2 -2 -1 -4 0 -1 -2 5 -2 -4 -3 -3 3 -3 1 31 0 0 0 5 2 4 1 0 8 3 1 30 2 0 1 0 9 1 0.82 1.34 14 A 1 -3 1 3 2 1 -1 -2 0 -3 -2 -1 -2 0 2 1 0 -5 -4 -2 14 1 7 15 5 6 3 2 2 1 4 3 1 4 12 11 7 0 0 2 0.29 1.37 15 P 1 1 -1 -3 -1 0 0 1 0 -2 -2 1 -2 -3 4 0 0 -1 -3 -1 13 8 2 0 1 4 6 10 3 2 4 11 1 1 18 6 5 1 1 4 0.26 1.33 16 H -1 0 1 1 0 3 0 1 3 -5 -2 -1 -3 -2 -2 1 -1 -1 2 -2 4 6 7 9 2 13 4 12 8 0 3 3 1 1 1 9 4 1 7 2 0.26 1.34 17 T 2 -2 -3 -1 -3 3 1 2 -4 -2 1 -3 -1 -1 -2 -1 1 -3 -3 -2 17 2 1 4 0 12 8 16 0 2 14 1 1 2 1 4 10 0 0 2 0.24 1.32 18 P -1 -2 -3 -4 -2 -2 -2 -1 -4 -2 1 -2 0 -4 7 -2 0 -4 -5 -2 4 2 1 0 1 1 2 5 0 2 14 1 2 1 53 3 5 0 0 3 1.12 1.32 19 V 1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -3 0 -1 -3 -3 -3 5 -1 0 2 -3 3 13 1 1 1 0 0 1 5 1 5 6 1 0 1 28 5 4 2 0 22 0.58 1.21 20 D -1 -3 1 5 -4 -1 2 -3 -3 -3 -5 -2 -4 -2 2 2 1 -5 -4 -3 4 1 5 29 0 2 14 2 0 2 0 1 0 2 11 18 8 0 0 1 0.62 1.30 21 T 1 0 -3 -4 -3 0 -2 -2 -3 2 -1 0 -1 -4 -1 -2 0 -5 -3 4 11 5 1 0 0 4 3 3 0 13 4 7 1 0 4 1 7 0 0 34 0.42 1.36 22 A 4 0 -2 0 -4 -1 2 -1 1 -3 -1 -1 -2 -3 -2 0 0 -5 -2 -2 35 6 1 5 0 1 15 5 3 1 7 2 1 1 2 7 4 0 1 2 0.36 1.31 23 S 1 -1 0 2 -4 1 2 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -1 -1 6 -1 -1 14 3 4 10 0 7 15 4 1 2 5 4 1 3 2 4 3 12 2 4 0.31 1.25 24 L -3 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 4 -5 2 4 -5 -5 -3 2 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 19 36 0 4 20 0 0 1 2 2 13 0.88 1.32 25 L -2 -1 -3 -3 -3 7 0 -5 -2 0 2 0 0 -4 -4 -2 -2 -5 -2 -1 2 2 0 1 0 51 4 0 0 5 22 5 2 0 0 1 1 0 1 3 0.93 1.33 26 E 2 2 -1 1 -3 2 1 0 0 -4 -2 2 -1 -5 -3 1 -1 -5 -4 -3 16 12 2 7 0 11 8 7 2 0 5 10 1 0 1 11 4 0 0 1 0.30 1.34 27 L 3 0 -3 -1 -4 2 0 -2 -2 -3 1 2 3 -4 -4 -2 -2 -1 -2 -3 29 4 1 3 0 8 7 3 1 0 15 15 10 0 0 1 1 1 1 1 0.41 1.32 28 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 -1 6 -5 1 3 -6 -5 -4 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 83 0 2 14 0 0 0 0 0 0 1.48 1.31 29 A 4 1 -1 -2 -2 2 0 -1 -1 -2 -3 2 -3 -4 -4 1 -2 -5 -4 -3 38 9 3 1 1 9 6 5 1 2 1 14 0 0 0 8 2 0 0 1 0.50 1.31 30 R 1 5 -3 -1 -1 1 -1 -4 -1 -2 0 2 -1 -3 -4 -2 1 -4 -3 -3 12 33 1 3 1 5 4 1 2 3 11 12 1 1 0 2 8 0 0 1 0.50 1.31 31 Y -3 -5 -5 -6 -3 -2 -5 -6 1 0 0 -5 -3 3 -6 -4 -4 2 8 -2 1 0 0 0 1 2 0 0 2 6 8 0 0 10 0 0 0 2 67 1 1.69 1.31 32 G -2 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 -5 -7 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.26 1.31 33 Y -5 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -4 -4 -5 -4 1 -6 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 98 0 2.65 1.31 34 D 0 -2 0 5 -1 0 1 2 -3 -5 -5 0 -4 -5 0 -1 0 -5 -4 -4 8 2 5 31 1 5 8 18 0 0 1 6 0 0 5 4 5 0 0 0 0.56 1.28 35 V -1 -5 -5 -5 -1 -3 -4 -5 -5 5 0 -4 -1 -3 -1 -2 2 -5 -4 4 4 0 0 0 1 1 1 0 0 33 8 1 1 0 4 2 13 0 0 30 0.77 1.27 36 K 1 -1 0 0 -4 0 1 -3 -4 -3 -3 0 -1 -5 4 2 2 -5 -4 -4 12 2 3 6 0 5 11 1 0 2 2 5 1 0 21 16 12 0 0 0 0.47 1.27 37 P 0 -2 0 1 -2 0 -1 -1 1 0 -3 -2 -3 -3 3 1 4 -5 -4 -1 6 2 3 7 1 3 4 5 4 6 1 2 0 1 13 10 26 0 0 4 0.36 1.31 38 D 2 -3 2 2 -2 -2 -1 4 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -1 -1 1 -5 -4 -4 17 1 8 13 1 1 3 37 1 0 0 1 0 0 3 4 9 0 0 1 0.64 1.32 39 M -1 -1 0 -1 -1 0 2 3 -1 -1 -3 -1 2 -3 -2 -1 0 1 -1 1 5 3 3 3 1 5 15 20 1 4 2 3 6 1 1 5 6 2 2 12 0.21 1.25 40 T -1 -1 -1 0 -4 -1 -2 -3 -2 -1 2 -1 -1 2 -2 0 2 6 1 -1 5 3 3 6 0 2 3 1 1 2 20 3 1 9 2 6 15 10 4 3 0.31 1.24 41 P 0 -2 -1 6 -2 -2 1 -2 -3 -4 -4 -3 -3 0 0 -2 -2 0 0 -4 9 2 2 55 1 1 7 2 0 0 1 1 0 4 4 2 3 2 3 1 0.93 1.25 42 R 1 1 1 2 -1 1 2 -1 -1 -2 -2 0 -2 -2 -1 0 -1 -4 -2 -2 14 8 5 12 1 5 16 4 1 2 5 5 1 2 3 7 4 0 1 3 0.19 1.25 43 E 1 0 -2 0 -4 4 3 2 -3 -4 -3 1 -1 -4 0 -2 -2 -4 -2 -1 14 5 1 5 0 18 20 13 0 0 3 6 1 1 4 1 2 0 1 4 0.39 1.25 44 Q -2 -2 -2 -3 -2 1 -2 -4 -3 -2 -1 -1 -1 1 -2 1 5 -3 3 -2 1 1 1 0 0 8 1 1 0 1 6 3 2 7 1 9 46 0 10 1 0.67 1.08 45 R 0 5 -2 -3 -3 2 1 -4 -1 -2 -2 4 -1 -4 -2 -2 -1 -3 -4 -2 6 29 1 1 1 11 9 1 1 2 3 23 1 1 2 2 3 0 0 2 0.58 1.11 46 R 1 3 3 1 -3 1 -1 -2 0 -1 -1 1 -2 -3 -4 -1 0 -2 -3 -3 11 16 18 8 0 6 2 3 3 4 8 10 1 1 0 2 5 0 1 1 0.30 1.11 47 V 1 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -5 1 2 -4 0 -3 -4 -3 1 -5 -2 5 11 2 0 1 1 0 1 1 0 4 19 0 1 0 0 1 7 0 1 50 0.73 1.14 48 I -3 -5 -3 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -4 0 -1 -5 -4 -1 -4 -3 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 39 17 0 2 2 0 0 4 0 0 34 0.93 0.96 49 M 2 4 -2 -3 -2 2 0 -1 -3 -2 -2 1 1 -3 -4 0 0 -4 2 -2 17 24 1 1 1 9 6 3 0 2 2 7 3 0 0 6 7 0 7 2 0.34 0.98 50 A 6 -4 -1 -4 -3 -3 -2 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -1 86 0 4 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0 0 3 1.22 1.00 51 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -5 -3 -2 -1 -5 -2 9 -6 -5 -4 -1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 95 0 0 0 0 2 0 2.15 1.00 52 Q -3 -1 -2 -2 -5 8 0 -4 -2 -5 -5 1 -3 -6 0 -2 -3 -4 -4 -5 0 0 0 0 0 88 2 0 0 0 0 6 0 0 4 0 0 0 0 0 1.73 1.00 53 M 0 4 -4 -5 -1 -2 -3 -5 -2 -2 2 -2 7 -2 -4 -2 0 -4 0 -2 7 30 0 0 1 0 0 0 1 1 16 1 33 1 0 2 5 0 3 0 0.80 1.00 54 H -1 2 -2 -3 -5 -2 -2 -4 10 -5 -5 0 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -1 -5 4 11 0 0 0 0 0 0 79 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 2.01 1.00 55 F -4 -5 -5 -6 -5 -3 -5 -5 -1 -3 -2 -5 -2 8 -6 -5 -4 5 4 -3 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 80 0 0 0 7 10 0 1.89 1.00 56 R -3 7 0 -4 -5 -1 -2 -4 1 -3 -2 0 -3 -5 0 -2 -2 0 -3 -3 1 76 5 0 0 0 1 0 3 2 3 0 0 0 4 1 2 1 1 1 1.32 1.00 57 P -1 -2 -3 -4 0 2 -3 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -6 8 -2 -2 -6 -5 -4 3 2 1 0 2 11 0 0 0 0 1 0 0 0 77 2 1 0 0 0 1.98 1.00 58 T 2 2 -1 0 -3 2 2 -2 -1 -4 -3 1 -2 -5 -4 1 1 3 -4 -3 16 12 1 5 0 9 16 3 1 0 2 8 0 0 0 10 10 5 0 1 0.35 1.00 59 L -2 4 3 2 0 1 -1 -3 -1 -2 0 2 1 -4 -4 -1 -2 -5 -4 -3 2 25 18 11 2 7 1 1 1 2 11 10 4 0 0 3 1 0 0 1 0.47 1.00 60 Y -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -3 0 3 1 -4 -2 3 -3 -4 -2 3 6 3 1 0 0 1 1 0 0 2 2 17 13 0 0 11 1 0 1 3 27 20 0.73 1.00 61 N 0 -1 2 6 -1 -2 -1 -3 -2 -5 -4 -2 -4 -5 -4 2 2 -6 -5 -4 6 3 8 48 2 1 2 1 1 0 1 1 0 0 0 14 13 0 0 0 0.88 1.00 62 G -1 -4 -3 -3 0 -4 -1 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -2 -5 3 0 0 0 2 0 4 88 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 1.71 1.00 63 E -2 -1 1 -2 -4 1 2 -4 -1 3 -1 1 0 -2 -1 -2 0 -5 -1 2 2 4 7 2 0 6 15 1 1 18 5 7 2 1 2 1 6 0 2 19 0.25 1.02 64 A 3 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -4 -4 2 1 -4 3 -2 4 -2 -2 -5 -2 0 28 0 1 1 0 0 0 0 0 13 14 0 10 1 24 1 2 0 1 6 0.64 1.02 65 D -4 -4 1 8 -2 -3 -1 -3 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -2 -7 -5 -5 0 0 6 88 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 1.83 1.02 66 A 4 0 -2 -3 -3 -2 -2 1 1 1 0 -2 -1 -2 -2 0 -1 -5 -3 0 36 5 2 0 0 1 3 11 3 7 9 2 1 1 1 5 4 0 0 7 0.31 1.07 67 E -3 -1 -1 -1 -5 3 6 -3 1 -5 -4 0 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -5 1 2 2 1 0 14 57 2 3 0 1 4 0 0 1 12 1 0 0 0 1.01 1.07 68 T -2 -4 -2 -1 2 -3 -3 -4 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -4 2 6 -5 -4 -2 0 0 0 3 5 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 17 70 0 0 1 1.18 1.07 69 Q 3 2 -4 -2 2 0 0 -2 -2 1 0 -3 2 1 -4 -2 -1 1 1 0 24 11 0 2 5 3 7 3 0 8 8 0 6 5 0 2 3 2 5 5 0.22 1.08 70 A 6 -1 -3 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 0 -1 -2 0 -1 69 3 0 3 1 1 4 3 0 0 1 2 1 0 0 4 2 0 3 2 0.86 1.11 71 I -2 0 -3 -5 -4 -4 -4 -5 -5 6 0 -3 0 -3 -4 -3 3 2 -3 1 3 6 1 0 0 0 0 0 0 52 8 1 2 0 0 0 17 3 0 6 0.84 1.11 72 A 1 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 5 -4 1 -2 -5 -4 -3 -4 -3 0 11 2 0 0 0 0 0 0 0 12 68 0 2 0 0 0 1 0 0 4 0.98 1.09 73 E -1 1 -2 0 -5 1 1 -4 2 -3 1 1 2 2 -5 -2 -3 4 4 -3 4 8 1 5 0 7 8 1 4 0 13 9 5 10 0 3 1 6 14 1 0.35 1.15 74 A 6 1 -2 -2 -3 -1 -2 -1 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -4 0 -1 -5 -4 0 67 8 1 2 0 2 2 3 1 0 0 2 0 0 0 4 2 0 0 5 0.87 1.16 75 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 1 -1 -5 -4 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 93 0 2 2 0 1 0 0 0 2 1.49 1.14 76 L -3 -4 3 -4 -3 -4 -5 -5 -1 2 4 -4 1 -3 -4 -3 -1 -2 -4 2 1 0 15 0 0 0 0 0 2 10 52 0 2 0 0 0 3 0 0 12 0.76 1.14 77 E 0 1 -1 3 -5 2 5 -4 -1 -4 -4 2 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 7 8 1 16 0 7 37 0 1 0 1 12 0 0 0 6 3 0 0 1 0.70 1.08 78 K -3 2 -2 -3 -5 2 -1 -4 2 -5 -3 7 -3 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 1 10 0 0 0 7 1 0 5 0 3 71 0 0 0 1 1 0 0 0 1.24 1.05 79 Y -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 2 -3 -2 -4 -3 2 -5 -3 -3 0 9 -3 3 0 0 0 1 0 0 0 3 0 3 0 0 3 0 1 1 0 85 0 1.96 0.99 80 G -3 0 1 -4 -4 -3 -4 4 1 -4 -3 -2 -3 6 -2 -2 0 1 1 -4 1 7 6 0 0 0 0 30 3 0 0 2 0 36 2 2 6 2 4 0 0.71 0.85 81 Q 0 1 -3 -3 -5 2 -1 -4 2 -5 -5 1 -4 -5 7 -2 -3 -5 -3 -4 6 8 0 0 0 11 4 0 5 0 0 8 0 0 56 0 0 0 1 0 1.33 0.81 82 D -3 -2 2 6 -5 0 5 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 7 49 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.57 K Lambda Standard Ungapped 0.1350 0.3196 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1760 0.3173 PSI Gapped 0.0539 0.2670