Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -2 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -4 -5 -3 -4 -5 9 -2 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.56 0.51 2 V -2 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 3 -3 -5 -4 -3 -5 -4 7 2 0 0 0 0 0 0 0 0 14 2 0 6 0 0 0 0 0 0 76 1.32 1.10 3 Q -3 1 -2 -3 -5 8 -1 -3 1 -2 -2 -1 -3 -4 -3 -3 -2 -5 -4 -1 1 7 1 0 0 70 1 1 4 3 3 0 0 1 1 0 2 0 0 6 1.27 1.17 4 H -4 0 7 1 -5 1 -3 -4 1 -2 -5 -1 0 -5 -5 -1 0 -6 -2 -3 0 4 62 5 0 5 0 0 4 2 0 3 3 0 0 2 6 0 1 2 1.13 1.15 5 V 4 -3 -5 -4 0 -1 -3 -1 -2 2 2 -4 1 -3 -1 -2 -1 -5 -4 1 32 1 0 1 2 3 1 4 1 10 24 0 3 1 3 1 4 0 0 10 0.41 1.13 6 G -2 -1 1 -3 -3 8 -1 2 -1 -6 -4 -1 -2 -6 -1 -3 -3 -5 -4 -5 3 1 7 0 1 65 1 16 1 0 1 1 1 0 2 0 0 0 0 0 1.24 1.15 7 G -3 -1 0 -4 -5 1 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -3 0 3 4 0 0 6 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.60 1.17 8 T -2 -1 3 -2 -6 8 0 -1 1 -3 -5 0 -4 -6 -2 -3 -2 -5 -4 -3 3 1 13 1 0 61 3 5 3 2 0 3 0 0 1 0 2 0 0 2 1.15 1.22 9 Y -2 -1 -4 -6 -5 -2 -5 -2 -1 -2 0 -2 9 0 1 -4 -3 6 2 -2 2 4 1 0 0 1 0 4 1 1 4 2 50 4 7 0 1 10 7 1 1.14 1.22 10 T -2 -3 -2 -5 -4 2 -2 -3 -2 2 -1 -4 -1 -3 -5 -1 1 -5 1 5 2 1 2 0 0 11 2 1 1 9 3 0 1 0 0 5 10 0 5 45 0.59 1.19 11 H -4 -2 -3 -4 -5 -1 -3 -5 10 0 -2 -4 -4 0 -1 -3 -4 2 3 -4 0 1 0 0 0 2 0 0 65 7 4 0 0 3 4 1 0 2 9 0 1.62 1.14 12 I -3 1 -2 -2 -5 7 -1 -4 0 -3 -3 0 0 -5 0 -1 -1 -5 -4 -1 0 7 1 1 0 59 1 1 2 1 2 4 2 0 5 3 4 0 0 6 1.01 1.14 13 P 4 0 -1 -4 0 -3 -3 0 -4 -4 -5 -3 -4 -5 6 1 -1 -6 -5 -2 34 5 4 0 2 0 0 5 0 0 0 0 0 0 33 12 2 0 0 2 0.87 1.09 14 L -4 -5 -5 -6 0 -2 -5 -6 -5 4 4 -5 3 2 -3 -4 -2 1 1 1 0 0 0 0 2 2 0 0 0 22 39 0 8 7 2 0 2 2 4 8 0.70 1.09 15 S -1 -3 1 0 -4 -1 0 -3 1 -5 -5 -3 -4 -3 2 5 0 3 3 -4 4 0 6 4 0 2 6 0 3 0 0 0 0 0 8 45 6 3 11 0 0.65 1.06 16 P -1 0 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -1 0 -3 -3 -5 7 0 0 -6 -5 -1 5 5 0 0 0 0 0 0 0 4 11 0 0 0 59 6 6 0 0 4 1.33 1.04 17 R 0 6 -3 0 -5 -2 1 0 -3 -1 -2 2 -4 -5 -4 -1 0 -5 -5 -4 7 39 0 5 0 0 9 6 0 5 5 12 0 0 0 5 5 0 0 0 0.55 1.17 18 T 0 -4 2 -4 -4 -3 -4 1 -4 1 0 -3 3 2 2 1 1 -4 -3 1 9 0 9 0 0 0 1 9 0 9 9 0 9 9 9 9 9 0 0 9 0.24 1.12 19 L 0 1 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -4 1 0 1 -3 2 2 0 -3 -4 3 1 9 9 0 0 0 0 0 0 0 9 9 9 0 9 9 9 0 0 9 9 0.20 1.11 20 N 0 -4 1 1 -5 1 1 0 3 0 -4 1 3 -4 -5 0 1 -5 2 -4 7 0 7 7 0 7 7 7 7 7 0 7 7 0 0 7 7 0 7 0 0.20 1.44 21 A 0 1 -4 1 -4 -4 -4 0 -4 1 -3 -3 3 -4 2 0 1 5 -4 1 8 8 0 8 0 0 0 8 0 8 0 0 8 0 8 8 8 8 0 8 0.25 1.22 22 W -4 1 -4 -5 4 2 -4 1 -3 -3 0 -3 4 2 -5 -4 -4 6 3 -3 0 10 0 0 10 10 0 10 0 0 10 0 10 10 0 0 0 10 10 0 0.48 1.00 23 V 1 -3 -3 2 -4 -3 1 1 -4 2 1 1 4 -4 -4 -3 -3 -5 -4 1 11 0 0 11 0 0 11 11 0 11 11 11 11 0 0 0 0 0 0 11 0.28 0.89 24 K 0 2 2 -3 -4 2 1 -4 -3 1 -4 1 -3 -5 -4 1 1 -5 -4 1 9 9 9 0 0 9 9 0 0 9 0 9 0 0 0 9 9 0 0 9 0.20 1.11 25 L 0 -4 -4 -4 3 1 0 0 3 0 -1 0 -4 -4 1 0 0 -5 2 0 7 0 0 0 7 7 7 7 7 7 7 7 0 0 7 7 7 0 7 7 0.13 1.56 26 V 0 -4 1 -4 -5 -4 0 0 -5 1 0 0 3 2 1 -4 0 5 -4 0 7 0 7 0 0 0 7 7 0 7 7 7 7 7 7 0 7 7 0 7 0.18 1.44 27 E 0 2 2 1 -5 2 1 1 -3 1 -4 1 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 1 9 9 9 9 0 9 9 9 0 9 0 9 0 0 0 0 0 0 0 9 0.19 1.11 28 E 0 1 -3 1 -4 2 1 1 -3 -3 -4 1 -3 -4 -3 1 1 -4 -4 0 9 9 0 9 0 9 9 9 0 0 1 9 0 0 0 9 9 0 0 9 0.16 1.12 29 K -1 1 2 -3 -5 0 0 1 -3 -5 -4 5 1 -5 0 0 0 -5 -4 -4 5 6 11 0 0 4 5 10 0 0 1 33 4 0 4 6 6 0 0 0 0.46 1.21 30 K 0 1 1 1 3 1 0 0 -4 0 -1 0 3 -4 -4 0 -3 -5 -4 0 7 7 7 7 6 7 7 7 0 7 7 7 6 0 0 7 0 0 0 7 0.11 1.56 31 F 0 -4 -3 -4 4 2 -3 0 4 1 0 -3 -3 2 -4 0 -3 5 3 -3 9 0 0 0 8 9 1 9 9 9 9 0 0 9 0 9 0 8 9 1 0.41 1.12 32 G 0 1 1 0 3 1 -4 0 3 0 -1 0 -4 1 1 0 0 -5 -4 -4 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 0 0 0.10 1.67 33 A 1 -2 3 -2 -3 3 2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -4 3 2 2 -4 -3 -3 13 1 13 1 0 13 13 1 0 1 1 1 0 0 13 13 13 0 0 1 0.42 0.68 34 E -3 2 2 2 -4 2 2 1 -3 -4 -4 1 -4 -4 -3 1 -3 -4 -4 -4 1 10 9 10 0 9 10 10 0 0 1 10 0 0 0 10 1 0 0 1 0.22 1.01 35 V 0 -4 -4 -4 4 -3 0 0 -4 1 0 1 -3 2 1 0 1 -4 -4 0 8 0 0 0 7 0 8 8 0 8 8 8 0 7 8 8 8 0 0 8 0.11 1.34 36 V 0 -3 2 -3 -4 2 1 -4 -3 1 0 -3 -2 2 -4 1 1 -3 3 1 9 0 9 0 0 9 9 1 0 9 9 0 0 9 0 9 9 0 9 9 0.23 1.12 37 P 1 2 2 -3 -4 2 -3 -3 -3 1 0 -2 -3 -4 2 1 1 -4 -4 -3 10 10 9 0 0 9 1 1 0 10 10 1 0 0 10 10 10 0 0 1 0.17 1.01 38 G -4 1 1 -4 3 -4 -4 0 3 1 0 0 3 2 -5 -4 -4 5 2 0 1 7 7 0 7 0 0 7 7 7 7 7 7 7 0 0 0 7 7 7 0.29 1.45 39 F -3 -4 -4 -4 4 -3 -4 -4 -4 2 1 -4 4 2 2 1 -3 6 -2 1 1 1 0 1 10 0 1 1 0 11 11 1 10 10 11 11 1 10 0 11 0.52 0.90 40 Q 0 1 -4 -4 -4 1 -4 0 -4 1 0 -3 3 2 1 0 0 -4 2 0 7 7 0 0 0 7 0 7 0 7 7 0 7 7 7 7 7 0 7 7 0.12 1.45 41 A 1 1 -3 -4 -4 -3 -3 1 4 1 0 -3 -2 -4 2 1 1 -4 -3 1 10 10 0 0 0 0 1 10 9 10 10 1 0 0 10 10 10 0 0 10 0.25 1.01 42 L -3 -4 -4 -4 3 -4 -4 -4 -3 3 4 -4 -1 2 -4 0 -3 -3 3 1 1 1 0 1 6 0 1 1 0 14 39 1 0 7 1 7 1 0 10 10 0.54 0.84 43 S 0 1 -3 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 -3 1 3 -3 2 1 1 -4 2 -3 9 9 0 0 0 9 1 1 0 9 1 9 9 0 9 9 9 0 9 1 0.22 1.12 44 E 0 3 -3 1 -5 0 4 -2 -3 -4 -4 2 -4 -4 -1 -2 0 -4 -1 -1 7 14 0 8 0 3 28 3 0 0 1 13 0 0 3 1 5 0 3 5 0.39 1.12 45 G -1 2 1 2 -4 -3 1 5 -3 -4 -5 0 -4 -5 -4 -1 0 -5 -4 -2 4 13 5 13 0 0 8 36 0 0 1 4 0 0 0 4 7 0 0 4 0.56 1.12 46 C 0 1 -4 -4 4 -4 -4 0 -4 -3 0 -3 3 2 1 0 1 -4 2 0 8 8 0 0 7 0 0 8 0 0 8 0 7 7 8 8 8 0 7 8 0.18 1.34 47 T 0 1 2 -3 -4 -3 -3 -4 4 1 0 -3 -3 -4 2 1 1 -4 -3 1 9 9 9 0 0 0 1 1 9 9 9 0 0 0 9 9 9 0 0 9 0.17 1.12 48 P 1 -2 -2 -3 -3 3 -2 -3 -3 -2 1 -2 -2 -3 3 2 2 -3 -3 -2 13 1 1 1 0 13 1 1 0 1 14 1 0 0 13 13 13 0 0 1 0.21 0.68 49 Y -1 0 -4 0 3 1 0 -1 2 -4 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 50 D -3 2 2 2 -4 -2 2 1 -2 1 -3 2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 3 -3 1 12 12 12 0 0 12 12 0 12 1 12 0 0 1 1 1 0 11 1 0.33 0.79 51 I -3 -3 -4 -4 -3 1 -3 -4 -4 3 3 -3 4 3 -4 0 1 -3 -2 1 1 0 0 0 0 6 1 1 0 15 30 0 11 11 0 7 9 0 0 6 0.45 0.81 52 N 0 -3 2 1 -4 -3 -3 -4 3 1 -3 1 3 -3 -4 0 1 -4 2 1 8 0 8 8 0 0 0 1 8 8 1 8 8 0 0 8 8 0 8 8 0.20 1.23 53 Q 0 -1 -3 -2 0 0 -3 -2 4 -2 -2 -3 4 -4 2 -1 4 -4 2 -2 7 3 0 2 2 5 0 3 10 2 3 0 11 0 9 4 25 0 6 2 0.38 1.43 54 M 0 -4 0 0 5 -4 -4 -4 3 0 0 -4 6 2 -4 -3 -3 4 -3 -1 8 0 4 6 11 0 1 1 7 4 10 0 19 8 0 1 0 6 0 4 0.47 1.28 55 L 1 1 -4 -5 4 -4 -4 -5 -4 0 3 0 1 0 -5 -1 -3 3 1 1 14 8 0 0 8 0 0 0 0 5 25 5 4 4 0 4 0 4 5 7 0.32 1.31 56 N -4 0 5 1 -5 2 0 -4 3 -1 -4 1 3 -5 -1 -1 0 -5 -1 -4 0 5 28 7 0 10 4 0 7 4 1 9 7 0 3 3 6 0 2 0 0.53 1.36 57 C -1 -1 -1 -4 2 -4 -4 0 3 2 0 -2 -3 -4 -4 1 3 -5 0 1 5 3 2 0 5 0 0 7 8 11 10 3 0 0 0 10 19 0 3 8 0.22 1.38 58 V 0 -1 1 -4 2 -3 -1 -1 -4 2 0 -4 1 -3 -4 -1 -3 5 -3 3 6 4 8 0 4 0 4 4 0 10 10 0 4 0 0 4 0 7 0 24 0.28 1.17 59 G 0 2 -3 1 -4 -2 1 1 -3 -3 -4 1 -3 -4 2 -3 -3 6 -3 1 10 10 0 10 0 0 10 10 0 0 1 10 0 0 10 1 1 9 0 10 0.27 1.01 60 D 0 1 -2 1 -4 -2 0 5 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -3 0 2 -4 -4 -4 6 8 0 8 0 0 6 38 0 1 1 1 0 0 1 6 14 0 0 1 0.49 0.90 61 H 0 -3 2 -3 4 2 -3 -4 4 1 0 -3 -3 -3 2 -3 1 -4 2 -3 9 0 9 0 8 9 1 1 9 9 9 0 0 0 9 1 9 0 9 1 0.26 1.12 62 Q 1 1 -3 -3 -4 5 -2 -1 2 -4 -2 2 -3 -4 1 0 -3 4 -3 -4 13 7 0 0 0 28 1 6 5 0 5 10 0 0 6 7 0 5 0 1 0.46 1.12 63 A 3 -3 -3 -1 3 2 -3 2 1 -4 -4 0 -3 -4 0 0 -1 -4 -4 -2 28 0 0 3 6 9 1 14 4 0 1 6 0 0 4 7 3 0 0 3 0.31 1.16 64 A 4 -3 -3 0 -3 1 -3 -2 -4 -3 0 0 -3 -1 1 1 -1 -4 -4 0 34 0 0 7 0 6 1 3 0 0 10 5 0 2 7 12 2 0 0 7 0.35 1.18 65 M 0 1 -4 -4 4 -3 -4 -4 3 1 0 1 3 -3 1 -3 1 -4 2 0 8 8 0 0 7 0 0 1 7 8 8 8 7 0 8 1 8 0 7 8 0.23 1.34 66 Q 0 2 2 2 -4 2 1 -3 4 -4 -4 1 -4 -4 2 -2 -3 -4 -3 -4 10 10 9 10 0 9 10 1 9 0 1 10 0 0 10 1 1 0 0 1 0.33 1.01 67 I -3 -3 1 0 3 0 -3 -1 -4 2 -1 0 6 -3 -4 -3 -1 -4 -4 1 1 0 8 4 7 5 1 5 0 10 5 6 25 0 0 1 4 0 0 9 0.40 1.17 68 I -1 -4 1 -5 -4 -4 -5 -5 -5 2 4 0 -2 1 -1 -1 -3 -5 0 1 6 0 7 0 0 0 0 0 0 10 41 7 0 5 3 6 0 0 3 8 0.42 1.22 69 R -2 4 -1 0 -6 2 0 -1 -3 -2 -3 6 -4 -6 -2 -2 -3 -6 -5 -5 3 18 3 4 0 7 5 4 0 2 2 43 0 0 2 3 0 0 0 0 0.70 1.25 70 E -1 -1 0 5 -5 0 5 0 1 -5 -5 -1 -5 -5 -4 0 -2 -6 -5 -5 4 3 5 26 0 2 34 9 3 0 0 3 0 0 0 6 2 0 0 0 0.72 1.22 71 I 0 -4 1 1 -5 -3 0 0 3 0 -1 0 -4 -4 1 0 0 -5 2 0 7 0 7 7 0 0 7 7 6 7 7 7 0 0 7 7 7 0 6 7 0.08 1.56 72 I -4 -4 -5 -5 -4 0 -4 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