Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 4 -2 -5 -4 -3 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 1.21 1.12 2 D -4 -2 3 6 -2 2 4 -3 -2 -6 -6 -2 -5 -6 -2 -1 -3 -7 -5 -6 1 1 16 42 1 8 24 1 1 0 0 0 0 0 1 3 1 0 0 0 1.13 1.46 3 Y -4 -3 -6 -6 -5 -4 -6 -5 -1 2 4 -5 2 4 -4 -4 -4 5 4 -1 1 1 0 0 0 1 0 1 2 10 37 0 5 16 1 1 0 8 15 3 0.91 1.52 4 Q 1 2 1 -1 -4 3 1 -4 -1 -4 -4 4 -1 -4 -1 0 -1 -6 -3 -4 14 10 5 3 0 14 9 1 1 1 1 25 1 1 3 7 3 0 1 1 0.49 1.53 5 G -2 -3 3 1 -6 -1 -3 6 0 -6 -6 -1 -5 -5 -4 -2 -3 0 -3 -5 2 1 17 8 0 2 1 55 2 0 0 4 0 0 0 2 1 1 1 0 1.08 1.52 6 K -2 3 -2 -3 -3 2 -1 -3 0 -4 -2 6 -2 -4 -3 -1 -2 -6 -1 -3 3 14 1 0 1 10 2 1 2 1 4 51 1 0 1 4 1 0 2 1 0.92 1.54 7 N -3 5 1 -2 -3 0 -2 -5 3 -4 -4 5 -3 -5 -3 0 1 -6 -4 -4 1 28 7 1 0 3 1 0 8 1 1 30 0 0 1 6 9 0 0 0 0.83 1.59 8 V -1 -4 -5 -6 -2 -4 -6 -5 -4 4 -1 -5 -1 -1 -6 -4 -1 -3 -1 6 5 1 0 0 1 0 0 0 1 23 4 0 1 2 0 0 3 0 2 55 1.09 1.62 9 V 2 -5 -4 -6 -1 -4 -4 -1 4 -1 3 -5 0 -2 -5 -3 0 -2 -2 2 19 0 0 0 1 0 0 5 10 2 34 0 2 1 0 1 5 1 1 15 0.57 1.60 10 I -3 -6 -6 -6 -4 -4 -6 -4 -6 5 0 -6 0 2 -6 -5 -4 -5 -4 6 1 0 0 0 0 1 0 2 0 26 5 0 1 7 0 0 0 0 0 56 1.25 1.60 11 I 0 -6 -6 -6 0 -5 -6 -1 -3 4 3 -5 2 2 -6 -4 -2 2 -1 3 9 0 0 0 2 0 0 5 1 19 26 0 5 7 0 1 2 3 2 18 0.62 1.67 12 G -2 -2 -4 -5 -6 -5 -5 8 -5 -7 -7 -5 -6 -7 -5 -3 -5 -6 -6 -6 2 2 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.24 1.70 13 L 2 -3 -4 -5 -2 -5 -5 -1 -3 3 4 -4 1 0 -5 -2 -1 0 0 -1 18 1 1 1 1 0 0 4 0 14 40 1 3 4 0 3 3 1 3 2 0.59 1.77 14 G 1 -3 -3 -5 -6 -3 -4 7 -2 -7 -7 -3 -6 -6 -5 -2 -3 -6 -6 -6 10 2 1 0 0 1 1 81 1 0 0 1 0 0 0 2 1 0 0 0 1.78 1.79 15 L -2 3 -3 -2 -3 -2 1 1 -3 1 -1 2 3 -5 -2 -2 -2 -6 -5 2 3 15 1 2 1 1 8 10 1 9 6 13 9 0 2 2 2 0 0 15 0.34 1.85 16 T 0 -3 0 -4 -2 -3 0 -3 -2 -3 -5 -4 -3 -4 -4 6 3 -6 -3 -3 5 1 3 0 1 1 6 1 1 2 1 0 1 1 0 61 15 0 1 1 1.07 1.86 17 G -2 -5 0 -4 -6 -3 -5 7 0 -7 -7 -5 -2 -6 -5 -2 -3 -6 -6 -6 2 0 4 0 0 1 0 85 2 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1.93 1.85 18 L -3 1 -3 -4 0 0 -2 -5 -2 3 3 -1 2 1 -4 -3 -1 -2 0 2 2 9 1 1 2 5 3 1 1 14 25 4 5 5 1 1 3 1 4 13 0.37 1.98 19 S 4 -2 -2 -2 -2 -2 -2 2 -2 -4 -4 -3 -3 -3 0 4 -2 -1 -2 -3 36 2 1 2 1 1 2 14 1 1 1 1 1 1 5 26 2 1 1 1 0.67 1.93 20 C 4 -5 -3 -2 3 -4 -3 -3 -2 0 0 -3 2 -5 -5 0 1 -6 -2 2 35 0 1 2 7 0 2 1 1 5 9 1 5 0 0 5 9 0 1 14 0.55 1.90 21 V 5 -5 -3 -5 0 -3 -3 -3 -1 1 -1 -3 -1 -3 -5 -2 -2 0 -1 2 50 0 1 0 2 1 1 1 1 8 5 2 1 1 0 2 2 1 3 16 0.76 1.95 22 D -1 4 0 2 -1 0 1 -3 1 -1 -1 2 0 -3 -3 -2 -2 0 -2 -2 4 23 4 11 1 4 7 2 3 4 8 12 2 1 1 2 2 1 2 3 0.33 1.95 23 F 0 -2 -2 -3 0 0 -2 -3 1 0 2 -2 1 3 -2 -3 -2 6 2 -1 8 2 2 2 2 4 2 2 3 5 22 2 3 13 2 2 3 10 7 5 0.40 1.89 24 F 0 -1 -5 -6 2 -5 -5 -1 -5 0 4 -5 2 2 -5 -1 -1 3 1 -1 8 4 0 0 5 0 0 5 0 4 42 0 4 7 0 4 4 4 4 4 0.56 1.70 25 L -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 26 A 2 2 0 0 -2 1 1 0 0 -4 -4 2 -1 -3 0 0 -2 -1 -2 -3 15 12 4 6 1 6 7 7 2 1 2 14 1 1 4 8 3 1 1 1 0.25 2.09 27 R -2 3 -1 -2 0 3 -1 -2 4 -2 1 2 1 -1 -3 -2 -2 0 0 -2 3 17 4 2 2 11 4 3 8 2 14 12 3 2 1 3 3 1 3 2 0.31 2.08 28 G -2 -2 0 -1 0 0 -2 6 0 -6 -6 -2 -5 -2 -1 -2 -2 -5 -1 -3 3 2 5 4 2 4 3 55 2 0 0 3 0 2 3 3 2 0 2 2 0.91 1.98 29 V 3 -1 -1 -1 1 -1 -1 -2 1 0 -1 -1 1 0 -2 -2 -1 3 2 0 28 3 3 3 3 3 3 3 4 5 5 3 3 4 3 3 3 3 7 7 0.24 2.12 30 T -1 2 0 1 1 1 1 -2 2 -1 -3 1 0 -1 1 0 0 2 0 -2 5 10 5 8 3 5 10 3 4 3 3 7 3 3 7 6 6 2 3 3 0.13 2.14 31 P -1 -1 -1 -5 2 -1 -2 -2 1 1 0 -4 1 1 1 -1 -1 -5 0 4 5 3 3 0 4 3 3 3 3 6 7 0 3 7 7 6 3 0 4 29 0.32 1.96 32 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 33 V 0 -4 -4 0 3 1 -4 0 -4 1 -1 -4 3 1 1 0 0 4 2 0 7 0 0 7 6 7 0 7 0 7 7 0 6 6 7 7 7 6 6 7 0.25 1.56 34 M -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 35 D -2 -1 0 6 1 -3 0 -2 1 -1 -5 -1 -5 -1 -4 -1 -1 -5 0 -2 4 3 3 47 3 0 5 3 3 4 1 4 0 3 0 3 3 0 3 3 0.77 1.83 36 T 0 0 0 2 -1 0 1 0 -1 -2 -2 0 0 -2 -3 2 2 -5 -1 -2 8 4 5 10 1 4 8 8 1 2 4 6 2 2 1 13 14 0 2 2 0.15 2.00 37 R 0 5 2 0 -2 -1 -2 0 -1 -3 -3 3 -2 -3 -3 0 -2 -6 -2 -3 7 26 9 6 1 3 2 6 2 1 2 16 1 1 1 6 2 0 1 2 0.41 2.01 38 M 1 -2 0 2 -1 1 2 -3 -1 -1 -1 1 0 -2 2 -1 0 -5 -1 -2 14 2 4 10 1 5 12 2 1 3 6 7 2 2 8 5 5 0 2 2 0.13 2.02 39 T -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 40 P 1 -1 -2 0 0 -1 1 -2 0 -1 -1 0 -1 -2 5 -1 -1 0 -2 -2 10 3 2 6 2 3 10 3 2 3 6 6 1 2 24 5 3 1 2 3 0.28 2.17 41 P 1 -1 -1 1 -1 0 2 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -2 4 -1 -1 0 -1 -2 11 4 2 9 1 5 11 3 1 2 4 4 1 2 19 5 4 1 2 3 0.23 2.20 42 G 1 -1 0 0 -1 0 0 2 1 -1 0 0 -1 -1 -3 -1 0 0 1 -1 12 4 5 5 1 4 7 13 3 3 8 5 2 2 2 4 6 2 4 5 0.02 2.24 43 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 44 D 0 0 -1 3 1 1 2 -2 1 -2 -2 1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 8 5 3 13 2 5 13 4 3 3 4 8 3 3 3 5 3 2 3 4 0.09 2.23 45 K 1 -1 -1 0 -1 1 2 -3 0 -1 1 1 0 -1 -2 -1 -1 2 -1 -1 11 4 3 5 2 7 11 2 2 3 13 9 2 3 2 4 4 2 2 4 0.06 2.23 46 L 0 0 -2 -2 0 -1 -1 -3 -1 1 3 -1 0 0 -3 -3 -2 0 -1 0 8 5 2 3 2 3 5 3 2 8 30 3 2 4 2 2 3 1 2 6 0.20 2.21 47 P 1 1 -1 1 0 1 1 -1 1 -2 -2 0 -1 -1 2 -1 -2 0 0 -2 11 8 3 7 2 5 8 5 3 3 3 7 2 2 10 5 3 2 3 3 0.06 2.23 48 E 0 -1 0 1 1 1 2 -1 1 -2 -2 0 0 -1 1 -1 -1 2 0 -2 9 4 4 7 3 5 14 5 3 3 4 5 3 3 6 5 3 3 3 4 0.05 2.23 49 A -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 50 V 0 -2 -1 -1 1 -1 -1 -1 0 3 -1 -2 1 -1 -2 -2 -1 2 -1 3 9 3 3 3 3 3 4 5 3 15 6 3 3 3 3 3 4 2 2 17 0.12 2.18 51 E 0 0 0 0 1 0 2 0 1 -1 -2 0 0 -1 2 -1 0 -5 0 -1 7 5 4 5 3 5 13 8 3 4 3 6 3 3 9 4 5 0 3 4 0.06 2.19 52 R -1 0 -3 -2 1 -1 -2 -3 -1 2 1 -1 0 3 -3 -2 -1 2 1 3 5 5 1 2 3 3 3 2 2 11 14 3 2 10 2 3 4 2 5 19 0.26 2.15 53 H -1 0 -2 0 0 -1 1 -2 4 1 -2 -1 -1 1 -3 -1 0 2 2 1 5 4 2 5 2 3 10 3 10 8 5 3 2 5 2 5 5 3 7 11 0.19 2.13 54 T 0 -2 -2 -1 3 -2 0 -2 -2 0 2 -2 -1 3 -2 -1 2 -1 0 0 7 2 2 4 5 2 6 3 1 5 22 2 1 10 3 4 13 1 3 6 0.21 2.12 55 G -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 5 0 -1 -2 -1 0 -1 -1 -2 -1 2 -1 -2 5 3 3 4 3 3 4 38 3 3 4 3 3 3 3 3 4 2 3 3 0.44 2.14 56 S -1 -1 0 2 1 1 1 1 1 -1 -2 -1 0 -1 1 1 -1 2 -1 -2 6 3 4 12 3 5 7 11 3 3 4 4 3 3 7 9 4 2 3 3 0.11 2.13 57 L -1 -3 -2 -1 -2 -1 -2 -3 7 -1 2 -3 0 3 -2 -2 -2 2 0 -1 6 2 2 4 1 3 3 2 23 4 22 2 2 10 2 2 2 2 2 4 0.55 2.11 58 N 0 0 2 3 -2 -1 -1 -2 1 -4 -4 -1 -2 -4 3 1 1 -2 0 -3 9 5 9 16 1 2 4 3 3 1 2 3 1 1 16 9 9 1 3 2 0.37 2.17 59 D 1 -1 -1 2 -2 0 3 -1 -1 -1 0 -1 -1 -2 2 -1 -1 -1 -3 -2 13 3 2 10 1 5 19 5 2 3 8 3 2 2 8 4 4 1 1 4 0.20 2.19 60 E 1 0 0 3 -2 0 4 -2 0 -2 -2 -1 -2 -3 -2 1 -1 -1 -3 -1 12 4 4 14 1 4 23 3 2 3 3 4 1 1 2 9 4 1 1 4 0.33 2.18 61 W 0 -1 0 2 -1 -1 -2 -3 0 0 2 0 -1 -1 -2 -2 -1 5 0 0 7 4 4 13 1 3 3 2 3 4 20 5 1 3 3 3 4 7 3 6 0.20 2.15 62 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 63 M 1 -1 -1 3 0 1 1 0 -1 -2 0 0 -1 -2 -1 0 -1 0 -2 -2 10 4 2 13 2 5 9 6 2 2 11 5 2 2 4 7 4 1 1 3 0.06 2.24 64 A -1 0 1 2 -1 1 1 2 1 -3 -4 0 -2 -3 -2 0 -1 0 -2 -3 6 6 7 12 1 6 10 16 3 1 2 5 1 1 2 6 3 1 1 2 0.18 2.27 65 A 3 -3 -3 -3 1 -2 -3 -3 -1 1 -1 -3 0 3 0 -1 0 0 2 1 26 2 1 2 2 2 2 2 1 7 5 1 2 10 4 5 5 1 6 8 0.25 2.25 66 D -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 67 L 0 -1 -2 -2 1 -1 1 -3 1 0 3 -2 2 1 -5 -2 0 1 0 0 7 3 2 2 3 3 9 2 3 5 24 2 4 5 0 3 5 2 3 7 0.13 1.85 68 I -1 -2 -5 -2 2 -5 -5 -6 -6 4 2 -5 2 0 -5 -2 -1 2 -4 4 4 3 0 3 3 0 0 0 0 20 17 0 5 4 0 3 4 2 0 26 0.56 1.87 69 V -2 -5 -6 -6 0 -5 -3 -3 -5 3 -1 -5 1 0 -5 -5 -2 1 0 6 3 0 0 0 2 0 2 2 0 18 4 0 3 4 0 0 2 2 3 50 0.88 1.76 70 A -1 0 -3 -5 -1 -2 -4 -5 -2 2 2 2 0 -2 -1 -3 0 -1 -1 3 4 4 1 0 1 1 0 0 1 10 19 15 2 1 3 2 6 1 3 20 0.29 1.71 71 S -1 -4 2 -3 -1 -1 -3 -2 -1 -3 -5 -2 -1 -5 -2 6 0 -5 -5 -4 4 0 9 0 1 2 0 2 1 2 0 2 1 0 1 61 5 0 0 0 0.95 1.71 72 P -2 -4 -3 -3 -5 -1 -3 -2 -2 -5 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