Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -6 4 2 -5 9 1 -6 -5 -4 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 15 0 51 5 0 0 0 0 0 10 1.64 1.87 2 I -4 -5 -4 -6 -4 -4 -6 -6 -5 5 3 -3 5 2 -6 -5 -3 -4 -3 2 0 0 1 0 0 0 0 0 0 36 22 1 14 7 0 0 1 0 1 14 1.06 2.05 3 I 0 -1 -1 -3 -3 -3 -3 5 -1 -1 -4 1 2 -4 -3 -1 -2 -6 -2 -3 8 3 2 1 0 1 2 47 2 5 2 10 5 1 1 5 2 0 2 2 0.73 2.05 4 N -1 0 6 1 -2 1 2 -3 -1 -5 -5 2 -3 -5 -4 0 0 -4 -4 -5 4 5 34 7 1 6 12 1 1 0 0 13 1 0 1 7 6 0 0 0 0.75 2.05 5 N -3 6 4 -3 -5 1 -3 -5 0 -4 -4 3 -3 -5 -4 -3 -2 -4 -3 -4 1 42 21 1 0 5 1 0 2 1 1 19 0 0 0 1 2 0 1 1 1.14 2.08 6 L -4 -5 -7 -6 -3 -6 -6 -6 -6 6 4 -5 1 -2 -6 -5 -4 -6 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 40 0 3 1 0 0 1 0 0 10 1.32 2.08 7 K -1 5 -3 -4 -4 0 -2 -4 -2 -3 -4 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -2 -4 5 32 1 0 0 3 2 1 1 2 1 45 0 1 0 2 1 0 1 1 1.20 2.11 8 L 0 1 -1 0 -4 2 4 -3 0 -2 -2 2 0 -2 -4 -1 -1 -4 0 -1 9 8 3 4 0 8 25 1 2 3 4 12 2 2 0 5 5 0 3 4 0.35 2.11 9 I 0 -1 -4 -5 -2 -3 -2 -5 -2 2 4 -2 0 1 -5 -4 -3 1 2 -1 9 4 1 0 1 1 3 0 1 11 44 3 2 5 0 1 1 2 7 4 0.62 2.11 10 R -4 8 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 -3 -1 -2 -5 -5 -4 -4 -4 -4 -5 0 92 0 0 0 0 0 0 0 1 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2.30 2.11 11 E 0 0 -1 -2 -4 1 2 -3 -1 0 -1 5 -1 -4 -4 -2 0 -2 -4 -2 7 4 3 1 0 7 15 1 1 5 8 32 2 1 1 2 7 1 0 3 0.48 2.12 12 K 1 1 0 0 -4 2 4 -3 -1 -3 -2 3 -1 -4 -4 0 -2 -3 -3 -3 12 8 4 4 0 10 26 1 1 1 4 15 2 1 0 7 2 0 1 2 0.47 2.10 13 K 0 4 1 -4 -2 1 -2 -4 2 -4 0 5 0 -3 -5 -2 -2 -4 -2 -4 8 22 6 1 1 6 1 0 4 1 9 31 2 1 0 2 2 0 2 1 0.68 2.10 14 K -3 -1 3 0 -4 -1 -2 6 0 -6 -6 2 -3 -5 -4 -2 -4 -4 -5 -5 1 4 14 5 0 2 2 51 2 0 1 11 1 0 0 2 1 0 0 0 1.04 2.08 15 I -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -4 3 4 -4 5 0 -6 -5 -4 5 1 -1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 14 44 1 16 3 0 0 1 8 5 3 1.06 2.07 16 S -3 -3 -1 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -5 -1 -3 -5 -3 5 6 -6 -4 -4 1 1 3 1 0 1 1 1 0 0 1 4 0 0 1 38 47 0 0 0 1.25 2.08 17 Q -3 -1 -3 -3 -4 8 -2 -4 -2 -2 0 -2 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -3 -3 1 2 1 0 0 75 1 1 0 2 9 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1.73 2.08 18 S 1 0 -1 1 -3 2 4 -2 -2 -3 -3 2 -2 -4 -4 0 0 -3 -2 -2 10 4 2 8 1 10 30 3 1 1 3 10 1 1 1 6 5 0 1 2 0.48 2.07 19 E 0 -1 -2 3 -4 4 5 -3 -1 -5 -5 1 -2 -4 -4 -2 -2 0 -1 -4 7 2 1 15 0 18 35 1 1 1 1 7 1 1 0 1 3 1 2 1 0.78 2.06 20 L -3 -4 -7 -7 -2 -6 -6 -7 -3 0 6 -6 2 2 -5 -5 -3 -5 -3 1 2 1 0 0 1 0 0 0 1 4 70 0 4 7 1 1 1 0 1 9 1.29 2.05 21 A 6 -4 -4 -4 -1 -3 -2 0 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 0 -3 -3 -3 -3 75 0 0 0 1 1 2 7 0 1 1 0 0 1 0 7 1 0 1 1 1.35 2.11 22 A 0 0 1 3 -3 1 4 -3 -1 -3 -2 2 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -3 7 5 5 14 1 5 30 2 2 1 4 13 1 1 1 4 2 0 1 2 0.51 2.09 23 L 1 3 -2 -1 -3 1 0 -3 0 0 1 4 2 -3 -4 -2 -2 -2 -2 -2 11 15 1 3 1 5 5 2 2 5 14 21 4 1 1 2 2 1 2 2 0.35 2.07 24 L 1 -4 -4 -4 2 -5 -4 -4 -3 3 3 -5 1 -2 -4 0 0 -6 -3 2 14 1 1 1 5 0 1 1 1 18 27 0 3 2 1 6 7 0 1 14 0.55 2.06 25 E -3 -3 2 1 -1 -2 0 6 0 -5 -5 -2 -3 -3 -4 -2 -4 -2 -3 -5 1 2 9 9 1 2 5 57 2 1 1 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1.07 2.09 26 V -3 -3 -4 -4 0 -4 -4 -5 -3 4 1 -2 1 -1 -4 -3 -1 -2 -2 5 1 1 1 1 2 1 1 1 1 26 11 3 4 2 1 1 3 1 1 39 0.85 2.09 27 S -1 -2 0 0 -1 -2 -2 -2 2 -4 -4 -1 -2 -3 -2 5 3 -1 -3 -3 5 2 3 6 1 2 2 3 5 1 1 3 1 1 2 44 15 1 1 1 0.67 2.05 28 R -2 5 -1 -2 -2 2 0 -3 0 -2 -2 2 -1 -1 0 -1 -1 -1 0 -1 4 30 3 2 1 9 5 2 2 2 4 10 1 3 5 3 4 1 3 5 0.43 2.01 29 Q 0 1 0 -1 -1 4 -1 0 -1 -2 -4 0 -1 -3 -1 3 1 0 -2 -2 7 7 5 3 1 18 3 6 2 2 2 5 2 1 4 20 8 1 1 3 0.30 1.96 30 T 0 -2 -1 -3 -1 1 -3 -3 3 -2 -3 -2 2 0 -3 0 4 0 4 -1 9 2 2 1 1 5 1 2 6 2 2 1 5 4 1 6 29 1 13 4 0.47 1.96 31 I -2 -5 -6 -6 2 -1 -2 -2 -5 5 1 -5 2 0 -1 -5 -1 3 3 2 4 0 0 0 4 4 4 4 0 30 12 0 4 4 4 0 4 4 9 12 0.56 1.78 32 N -1 -1 1 -1 1 1 -2 2 1 -1 -2 -1 0 -1 -1 3 -1 3 0 -2 6 3 7 3 3 5 3 15 4 3 4 3 3 3 3 20 4 4 3 3 0.21 1.78 33 G 1 3 2 0 0 1 -1 -2 1 -3 -2 3 0 -2 -3 0 -1 0 0 -3 11 16 9 4 2 6 3 3 3 2 4 15 2 2 1 6 4 1 3 2 0.26 1.94 34 I -3 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -1 5 1 -3 1 0 -6 -3 -3 6 4 0 2 1 1 1 1 1 1 1 1 31 13 2 4 2 0 1 1 13 16 5 0.85 1.92 35 E -3 -2 -2 -1 -2 -1 7 -4 -4 -2 -3 -2 -2 -3 -5 -3 -3 -1 -3 -3 1 1 1 1 1 1 79 1 0 2 2 1 1 1 0 1 1 1 1 2 1.56 1.92 36 K -2 4 4 -2 0 1 -2 -3 0 -3 -3 2 -2 -5 -5 1 2 -1 -2 -3 4 20 20 1 2 6 1 2 2 2 3 12 1 0 0 9 13 1 1 2 0.53 1.92 37 N -1 -3 2 -1 -1 -2 -1 6 -2 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -6 -3 -4 3 1 12 4 1 2 4 59 1 1 1 3 1 1 1 3 1 0 1 1 1.08 1.94 38 K -2 3 1 0 -2 1 2 -3 0 -1 -2 4 -1 -3 -3 -1 0 -2 -2 -2 3 17 6 5 1 6 12 2 2 3 3 23 1 1 1 4 5 1 1 3 0.40 1.95 39 Y 0 3 1 -3 -1 0 -2 -1 0 -1 -3 0 -1 0 -4 2 1 -2 3 -1 7 17 5 1 1 4 2 4 2 4 2 5 2 3 1 13 10 1 11 5 0.28 1.96 40 N -2 -1 4 0 -1 1 1 -3 -1 -1 -2 0 1 -1 -2 1 0 -2 0 -1 3 3 23 6 1 7 7 2 1 4 4 6 3 2 2 11 7 1 4 4 0.29 2.02 41 P -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -3 1 -2 -3 -1 -2 7 -4 -2 -3 -4 0 3 1 1 1 1 1 1 2 0 7 4 1 2 2 65 1 2 0 1 6 1.63 2.04 42 S -2 -1 0 2 -3 -2 -1 -2 -2 -4 -5 0 -3 -4 -1 5 3 -3 -3 -4 1 3 4 12 0 2 3 3 1 1 1 5 0 1 3 42 17 0 1 1 0.71 2.07 43 L 0 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 3 4 -3 1 0 -2 -3 -1 -1 -1 2 7 2 1 2 0 1 2 1 1 18 33 1 3 4 2 2 4 1 3 11 0.47 2.09 44 Q -1 -1 0 3 -3 0 4 -2 -1 -3 -3 1 -3 -3 -1 1 -1 -2 -2 -2 5 3 3 15 0 4 26 4 1 2 3 9 1 1 4 10 4 1 2 2 0.37 2.11 45 L -2 -1 1 -3 -3 -1 -2 -5 -1 1 2 0 2 -2 -4 -1 4 -2 -2 1 3 4 6 1 0 3 2 1 2 7 18 6 5 1 1 4 24 1 1 10 0.35 2.12 46 A 2 -4 -5 -5 0 -4 -5 -5 -4 2 4 -4 2 -1 -5 -3 -3 -1 -3 0 18 1 0 0 2 1 0 1 0 12 47 1 4 2 0 1 1 1 1 7 0.78 2.11 47 L -2 -1 -1 -2 -1 0 1 -3 -1 2 1 1 1 2 -2 -2 -2 1 2 0 4 3 2 3 1 5 9 2 2 12 14 9 3 8 2 4 2 2 6 7 0.15 2.13 48 K 0 3 -1 0 -4 1 0 -4 -1 -3 -2 5 -2 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -3 7 15 3 4 0 6 7 1 1 2 4 37 1 0 2 4 2 0 1 1 0.63 2.15 49 I -4 -5 -7 -7 -3 -5 -6 -7 -4 6 4 -6 2 -1 -6 -5 -4 -3 -2 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 48 36 0 4 2 0 0 1 0 1 4 1.30 2.13 50 A 6 -4 -4 -4 4 -4 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 -4 -4 2 -2 -4 -4 -2 61 0 0 0 9 0 1 1 0 2 2 0 1 1 0 15 1 0 0 2 1.13 2.14 51 Y -1 2 2 3 -4 1 3 -3 0 -3 -4 3 -3 -5 -4 -1 -1 -4 -3 -3 6 11 8 14 0 6 16 2 2 2 2 17 0 0 0 5 4 0 1 2 0.42 2.15 52 Y 4 -3 -4 -5 -1 -3 -2 -2 -1 2 0 -2 -2 1 -5 -2 -1 -3 2 2 29 1 1 0 1 1 3 4 1 10 9 2 1 7 0 2 3 0 8 15 0.42 2.16 53 L -5 -6 -5 -7 -3 -6 -6 -6 -3 -2 5 -6 -1 6 -7 -5 -4 -2 2 -3 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 54 0 1 31 0 0 1 0 6 1 1.38 2.13 54 N -3 -2 4 3 -4 0 1 4 1 -6 -6 0 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -6 1 2 19 17 0 4 11 29 3 0 0 6 0 0 1 4 1 0 0 0 0.77 2.13 55 T -3 -3 -5 -5 4 -3 -4 -6 -5 3 0 -1 1 -2 -5 -3 1 -4 -3 5 2 1 0 0 9 1 1 0 0 15 7 4 3 1 0 1 8 0 1 45 0.90 2.13 56 P -2 0 0 2 -4 -2 -1 -3 -2 -5 -5 0 -4 -5 4 4 3 -4 -4 -5 2 6 3 9 0 2 4 2 1 1 1 5 0 0 17 30 17 0 0 0 0.67 2.13 57 L -1 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -4 4 3 -4 2 0 1 -4 -1 -2 -2 4 4 0 0 0 0 0 1 0 0 22 24 1 4 3 6 1 4 1 1 26 0.73 2.13 58 E -1 -1 1 5 -4 -1 4 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -3 0 -1 -1 -2 -4 5 3 6 33 0 2 25 3 1 1 1 3 0 0 1 8 4 1 1 1 0.76 2.14 59 D -1 -2 -1 4 -4 1 4 -4 -2 -4 -5 -1 -3 -3 -5 -1 -1 -2 3 -3 5 2 2 25 0 5 32 1 1 1 1 3 1 1 0 4 4 1 12 2 0.81 2.13 60 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 5 -6 -1 2 -6 -5 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 63 0 1 9 0 0 0 0 1 6 1.27 2.12 61 F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 0 2 -5 1 8 -6 -5 -4 0 1 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 18 1 3 63 0 0 1 1 3 4 1.66 2.11 62 Q -2 0 0 2 -2 1 2 0 0 0 -2 1 -2 1 -3 1 -1 1 2 -3 3 5 4 10 1 6 12 8 3 7 4 7 1 5 2 10 4 2 6 1 0.15 2.09 63 W -3 -1 -2 0 -3 -2 0 -3 -2 -1 2 -2 -2 4 -1 -2 -2 3 4 -2 2 4 2 7 0 1 7 3 1 4 18 2 1 20 4 4 3 4 13 2 0.43 2.09 64 Q -3 -1 -1 3 -7 1 6 -4 -2 -4 -5 2 -4 -5 -2 0 -1 -7 -4 -3 2 2 3 16 0 4 46 1 1 1 1 10 0 0 2 6 3 0 0 2 0.90 2.09 65 P -3 -3 -2 3 -4 -1 5 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -4 4 -2 -2 -4 -5 -4 2 1 1 17 0 1 42 2 0 1 1 3 1 1 20 2 2 0 0 1 1.01 2.06 66 E -4 -4 -3 5 -7 -2 7 -5 -4 -7 -7 0 -6 -7 -5 -4 -4 -7 -6 -6 0 0 0 28 0 0 66 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.78 1.94 K Lambda Standard Ungapped 0.1324 0.3147 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1923 0.3179 PSI Gapped 0.0588 0.2670