Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -3 2 -2 -3 -6 3 2 -4 -3 -5 -5 6 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 7 0 0 0 15 12 0 0 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 1.05 2 L -3 -1 0 -1 -4 2 -4 -4 -2 3 4 -3 2 0 -5 0 -2 -4 1 -2 1 3 5 3 0 9 0 1 1 14 36 1 5 4 0 9 1 0 6 1 0.45 1.29 3 C -3 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.57 1.56 4 S 2 0 0 0 -3 0 0 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -4 -4 4 -1 0 -5 -2 15 6 4 4 0 4 7 5 2 2 8 3 1 1 0 31 3 1 0 2 0.35 1.61 5 L -2 -2 1 -2 -5 -1 -1 -5 2 1 2 -1 -1 -1 -2 -2 1 -2 2 3 2 2 8 2 0 3 4 0 4 9 16 4 1 2 2 3 9 1 8 20 0.28 1.60 6 D -2 0 5 4 -4 1 1 0 -2 -6 -4 1 -2 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 3 4 29 23 0 6 10 7 1 0 2 8 1 1 1 2 1 0 0 1 0.70 1.57 7 N -5 -2 8 -1 -6 -2 -2 -3 1 -5 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -4 -6 0 1 87 2 0 0 1 0 3 0 0 2 0 0 0 1 1 0 0 0 2.05 1.56 8 G -2 -4 -3 -3 -3 -4 -4 7 0 -7 -7 -4 -6 -5 -4 -3 -4 -6 -6 -6 1 1 0 1 0 0 0 90 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.00 1.57 9 D -3 -1 0 0 -6 -2 -3 7 -2 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -3 -4 -3 -4 -5 1 3 4 5 0 1 1 78 1 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1.58 1.57 10 C -3 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -4 -6 -6 -4 -1 -5 -6 -4 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 3.41 1.56 11 D 0 -3 -1 2 -5 3 4 -3 0 -5 -4 -1 0 -4 -4 3 -1 1 -3 -4 8 1 2 11 0 13 29 2 2 0 1 3 3 0 0 19 2 2 0 1 0.61 1.51 12 Q -4 -2 -2 -3 -4 6 -1 -2 9 -6 -5 -2 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -2 -5 0 1 1 1 0 33 2 2 54 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 1.80 1.51 13 F -3 -1 -2 -3 -5 -1 -1 -5 0 2 1 -2 0 5 -4 -3 0 -3 4 -1 2 3 2 2 0 3 4 1 3 11 15 2 2 27 0 2 7 0 12 3 0.53 1.61 14 C -3 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.60 1.61 15 H -3 2 0 -3 -5 0 0 -4 3 0 1 1 -1 -2 -5 1 1 -2 -1 1 1 11 5 1 0 4 5 1 8 4 16 9 1 2 0 9 9 1 2 10 0.25 1.61 16 E -2 -3 5 3 -6 -1 2 -3 -2 -3 -3 -2 0 -3 2 -1 -2 -3 -2 -2 3 1 27 17 0 3 16 2 1 1 3 1 3 1 11 5 2 0 1 4 0.60 1.68 17 E -2 2 0 1 -5 -1 1 0 1 -2 -2 0 -1 -3 -2 2 3 -6 0 0 3 10 5 7 0 2 10 6 3 2 3 4 1 1 1 13 18 0 3 7 0.23 1.68 18 Q 0 0 -1 1 -5 1 1 0 -1 -1 -1 -1 -2 0 4 -1 -2 -2 -1 1 8 5 3 7 0 7 8 8 1 4 6 3 1 4 18 4 2 0 2 9 0.20 1.66 19 N -2 -1 2 0 -5 0 0 5 -1 -3 -4 -1 -5 -3 -3 0 -1 1 -4 -3 3 3 10 6 0 3 5 44 2 1 1 3 0 2 1 7 4 2 0 2 0.66 1.66 20 S 0 -1 -1 -1 -3 -1 -1 4 0 -3 -4 0 -3 -2 -5 4 0 -2 -3 -4 5 3 2 3 0 2 3 30 2 1 1 6 1 2 0 31 5 1 1 1 0.59 1.66 21 V 0 4 -5 -5 -5 -3 -4 -5 1 -1 -3 -2 -2 3 -1 -2 -3 -1 6 2 8 23 0 0 0 1 1 0 3 3 1 1 1 11 4 2 1 1 25 16 0.76 1.66 22 V -3 3 -2 -2 -5 3 0 -5 3 0 -3 0 -1 -1 -1 0 0 -1 1 2 1 13 2 2 0 11 6 0 8 4 2 5 2 2 3 8 7 1 6 17 0.30 1.68 23 C -4 -7 -6 -7 12 -6 -7 -2 -6 -5 -5 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 97 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.46 1.68 24 S 1 0 -2 -2 -3 -1 -1 -2 3 -4 -3 -1 -2 -1 -4 5 0 -1 -2 -3 12 6 1 2 0 2 4 3 6 1 3 2 1 2 0 47 4 1 1 2 0.64 1.68 25 C -4 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -6 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.65 1.68 26 A 3 1 -1 -2 -5 -1 -2 -1 5 -4 -3 -1 -2 -3 3 -1 0 -2 -1 -2 29 9 3 2 0 3 2 4 15 1 2 3 1 1 12 4 5 0 2 2 0.49 1.68 27 R 1 -1 0 1 -5 -1 3 -3 0 -2 -3 0 -2 -4 3 1 1 -3 -3 -2 10 3 5 8 0 2 17 1 2 3 2 6 1 1 15 10 9 0 1 3 0.32 1.67 28 G -3 -4 -2 -1 -6 -4 -4 7 -1 -7 -7 -4 -4 -6 -4 -2 -4 -6 -6 -6 0 1 1 4 0 1 1 88 2 0 0 1 1 0 1 1 1 0 0 0 1.93 1.67 29 Y -4 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -4 1 -2 -2 -4 0 4 -6 -4 -4 2 9 -3 1 1 0 0 0 1 1 1 2 1 2 1 2 17 0 1 1 2 65 2 1.86 1.67 30 T 0 3 -1 -3 -3 2 1 -4 -1 -1 -2 2 0 -2 -5 -1 2 -3 -2 1 9 15 2 1 0 10 8 1 1 3 3 13 2 2 0 5 14 0 1 9 0.31 1.67 31 L -4 -4 -6 -6 -4 -4 -5 -7 -6 0 6 -3 0 -2 -5 -5 -4 -5 -4 -1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 2 87 2 1 1 1 1 1 0 0 2 1.51 1.67 32 A 2 0 0 1 -5 3 -1 2 3 -4 -2 -1 1 -4 -3 0 -1 -3 -5 -4 20 6 5 7 0 12 3 16 7 1 5 4 4 0 1 6 3 0 0 1 0.34 1.68 33 D 1 -2 0 3 -5 0 3 -2 -3 -3 -4 0 -3 -6 3 2 -1 -1 -3 -2 10 2 4 14 0 4 17 3 0 1 1 5 1 0 15 13 4 1 1 3 0.42 1.67 34 N -4 -2 3 8 -6 -3 -1 -3 -4 -6 -7 -3 -6 -7 -5 -3 -3 -7 -6 -6 1 2 14 79 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1.94 1.67 35 G -3 1 1 -2 -6 1 0 5 2 -6 -3 1 -3 -4 -2 -1 -3 -2 -4 -5 1 6 5 2 0 6 5 50 5 0 3 8 1 1 2 3 1 1 0 0 0.82 1.70 36 K -3 4 -3 -4 -3 0 -2 -5 4 -3 -2 5 0 -3 -5 -2 -1 -3 -3 1 1 22 1 0 1 4 1 0 10 1 4 34 2 1 0 2 4 0 1 11 0.76 1.70 37 A -2 -2 1 0 -4 0 -2 -2 0 -4 -4 0 -1 -5 -4 5 4 -6 -2 -4 2 2 6 4 0 4 2 2 2 1 1 5 2 0 0 42 26 0 1 0 0.79 1.69 38 C -3 -6 -6 -6 11 -6 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -6 -2 -4 -5 -5 -4 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3.41 1.61 39 I -1 -1 -2 -2 -5 2 3 -3 -1 2 -2 0 0 -4 -1 -1 1 -6 -3 2 5 4 1 2 0 9 23 2 1 13 4 5 2 1 3 3 8 0 0 14 0.33 1.59 40 P 2 -4 -3 0 -5 -2 0 -2 -5 -4 -5 -2 -5 -5 7 1 -3 -6 -5 -2 15 1 0 4 0 2 7 2 0 0 1 2 0 0 52 10 1 0 0 3 1.23 1.56 41 T 2 -2 0 0 0 1 1 -2 0 -1 -3 0 -2 -4 -1 0 4 -6 -4 0 17 2 3 4 2 7 7 3 2 3 1 6 1 1 3 6 24 0 0 6 0.31 1.57 42 G 0 -3 -1 2 -1 -2 2 2 -3 -1 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -3 4 8 1 2 10 1 1 16 13 1 1 1 1 0 1 1 2 2 0 1 36 0.51 1.52 43 P -1 -1 -1 1 -3 1 3 -3 -1 -4 -4 2 -2 -4 4 -1 0 -5 -4 -2 4 3 3 7 1 6 20 1 1 1 2 13 1 1 24 5 6 0 1 2 0.56 1.52 44 Y -2 -4 -2 -4 5 -3 -4 -5 -1 -1 -2 -4 -3 7 -4 -2 -2 -2 5 -2 4 1 2 1 14 1 1 0 1 2 2 1 0 43 1 3 2 0 18 3 1.16 1.51 45 P 0 -2 -3 -4 -3 -2 -2 -3 -3 -5 -4 -2 -4 -4 7 1 -2 -5 -5 -3 9 3 1 0 1 1 2 2 1 0 2 2 0 1 62 11 1 0 0 2 1.50 1.47 46 C -3 -6 -3 -5 11 -5 -4 -6 -3 -4 -3 -6 -4 -4 -5 -3 -3 -3 -3 -3 1 0 1 1 90 0 1 0 1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 1 1 3.00 1.54 47 G -2 -5 -3 -4 -6 -5 -4 7 -1 -7 -7 -2 -6 -6 -2 -3 -4 -6 -6 -4 2 0 0 0 0 0 1 89 2 0 0 2 0 0 3 0 1 0 0 1 1.93 1.48 48 K -2 6 -2 -4 -6 1 -2 -3 -2 -2 -4 5 0 -6 -5 -2 -1 -6 -5 -3 3 41 1 0 0 7 1 2 1 3 1 33 2 0 0 2 3 0 0 1 1.04 1.44 49 Q -3 -1 -1 -5 -4 -1 -4 -5 1 3 2 -2 -1 -3 4 -3 0 -5 -4 3 1 3 4 0 0 3 0 1 4 16 18 2 1 1 18 1 6 0 0 21 0.51 1.43 50 T -1 -2 -1 -3 -1 0 -3 -3 -2 1 -1 0 -2 -2 2 2 3 -5 -3 2 5 2 2 1 1 4 1 1 1 8 6 7 0 1 12 13 20 0 1 14 0.32 1.33 51 L -2 -2 -4 -4 0 -1 -3 -4 -5 3 3 0 2 -3 -3 -1 0 -3 -4 3 2 1 0 1 2 3 2 1 0 16 28 8 5 1 1 5 6 0 0 20 0.45 1.31 52 E 0 -2 -1 1 -5 1 4 1 -3 -5 -3 1 -4 -5 -2 2 -1 1 -3 -4 6 1 2 6 0 6 29 13 0 0 3 9 0 0 1 16 4 2 1 1 0.47 1.26 53 R -3 6 -3 -1 -6 2 -2 -4 -3 -5 -5 5 -4 -5 -4 -1 -2 -1 -3 -5 0 45 0 4 0 7 0 0 0 0 0 38 0 0 0 3 1 1 1 0 1.19 1.10 54 R -3 7 -2 -3 -6 1 -2 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 82 0 0 0 3 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 1.58 0.83 K Lambda Standard Ungapped 0.1376 0.3205 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1798 0.3161 PSI Gapped 0.0550 0.2670