Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -3 -3 8 -1 -5 -2 -3 -3 -2 -5 -5 -3 -4 -5 -4 2 1 -6 -4 -5 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 9 0 0 0 1.54 1.08 2 L -3 -5 -4 -6 -2 -3 -5 -5 -5 4 5 -5 1 -1 -4 -4 -3 -4 -2 2 1 0 1 0 1 1 0 1 0 20 58 0 3 1 1 0 0 0 1 12 0.98 1.19 3 Q -3 -1 -3 -3 -6 9 -1 -4 -2 -5 -4 -1 -3 -3 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 1 0 0 0 96 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2.07 1.21 4 D -4 -4 1 7 -6 -1 3 -3 -1 -6 -6 -2 -5 -3 -4 -1 -2 -6 -3 -5 0 0 5 64 0 1 19 1 1 0 0 1 0 1 0 4 1 0 1 0 1.41 1.24 5 P 0 1 0 1 -5 3 0 -2 0 0 -1 1 0 -3 1 -1 0 -5 -2 0 6 7 4 8 0 15 7 2 2 7 6 8 3 1 6 4 5 0 1 7 0.17 1.24 6 F -3 -4 -4 -6 -4 -1 -4 -6 -3 0 0 -5 2 7 -6 -4 -1 -2 3 -1 2 1 1 0 0 3 1 0 0 4 8 0 5 59 0 0 3 0 8 3 1.25 1.23 7 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 0 0 -6 -3 -4 -4 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 84 0 1 2 0 2 0 0 9 0 1.35 1.22 8 N -2 -1 7 1 -5 2 2 -2 0 -6 -5 0 -4 -5 -4 0 -2 -6 -5 -5 2 2 55 5 0 8 12 2 2 0 1 5 0 0 0 4 2 0 0 0 1.08 1.24 9 A 0 -1 1 -2 -5 6 2 -2 3 -2 -2 0 -2 -3 -4 0 0 -2 0 -2 8 3 5 1 0 35 11 2 7 2 3 4 1 1 0 5 6 1 3 3 0.54 1.24 10 L 2 -5 -5 -5 1 -4 -5 -4 -2 1 4 -4 0 1 -5 -2 -3 -4 -1 2 18 0 0 0 3 0 0 0 1 7 41 0 1 7 0 2 0 0 1 17 0.63 1.19 11 R -3 6 -3 -4 -2 0 -2 -5 -2 0 -3 3 0 -1 -4 -2 -3 -5 -3 -2 1 56 1 0 1 3 2 0 0 7 1 16 3 2 0 2 1 0 0 3 1.04 1.19 12 R -1 2 0 0 -5 2 2 -2 -3 -3 -4 5 -4 -5 -4 -1 0 -5 -4 -3 5 9 3 4 0 9 12 2 0 1 1 44 0 0 0 2 5 0 0 1 0.72 1.18 13 E -2 0 2 2 -2 0 5 -2 -1 -5 -5 3 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -5 3 3 9 10 1 3 36 3 1 0 0 18 0 0 0 10 3 0 0 0 0.68 1.16 14 R -3 4 2 -2 -5 2 0 0 2 -5 -5 5 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -3 -5 1 23 10 1 0 7 4 9 5 0 0 37 0 0 0 2 0 0 0 0 0.83 1.16 15 V -1 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -2 -3 4 -1 1 1 -4 -4 -1 2 -5 -4 2 5 2 1 0 0 2 3 4 0 30 4 10 3 0 0 5 14 0 0 17 0.42 1.15 16 P -1 -1 -1 0 -4 -1 2 -3 -2 -3 -3 1 -1 -3 6 0 -1 -2 -3 -2 3 3 3 6 0 2 12 2 1 1 3 8 2 1 39 6 3 1 1 3 0.71 1.14 17 V -2 -5 -5 -6 2 -5 -5 -6 -5 3 0 -5 0 -3 -5 -3 -2 -5 -4 6 1 0 0 0 4 0 0 0 0 13 6 0 1 0 0 1 1 0 0 72 1.22 1.10 18 S -2 -2 -1 -2 -4 -2 -2 -4 -3 2 -3 -1 -1 -3 -4 1 6 -2 -3 0 2 2 2 1 0 1 2 0 1 12 1 2 1 1 0 10 56 1 0 4 0.80 1.12 19 I -3 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -6 5 1 -5 1 -1 -5 -4 -3 -5 -4 5 1 0 0 0 1 0 0 0 0 39 12 0 3 1 0 1 0 0 0 43 1.08 1.09 20 Y -4 -1 -5 -5 -3 -3 -5 -6 3 1 -2 -2 -3 7 -6 -4 -3 -2 6 -1 0 4 0 0 1 1 0 0 8 10 1 2 0 44 0 0 1 0 25 4 1.19 1.11 21 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 2 1 -5 -3 -1 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 82 0 4 6 0 1 5 0 0 2 1.23 1.11 22 V -2 -1 -3 -5 -4 -3 -2 -3 -5 2 1 1 3 -3 -5 -1 2 -5 -4 4 1 4 1 0 0 0 2 1 0 11 11 10 8 1 0 3 13 0 0 35 0.51 1.13 23 N -3 -1 7 0 -2 -2 -1 -2 -2 -6 -6 0 -4 -5 -4 2 -1 -6 -5 -5 1 2 69 3 1 0 2 2 0 0 0 4 0 0 0 14 3 0 0 0 1.37 1.12 24 G -2 -2 -3 -4 -5 -4 -5 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -1 -4 -5 -6 -6 0 2 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.99 1.12 25 I -2 -5 -2 -3 -4 -3 -2 -5 -4 2 -1 -2 -1 5 -5 -2 -1 -3 1 4 2 0 2 1 0 1 3 0 0 13 2 2 1 30 0 3 4 0 4 32 0.72 1.12 26 K -3 3 -2 -3 -3 5 -1 -4 1 -5 -4 4 -4 -6 2 -2 -2 -5 -4 -4 1 16 1 0 1 34 1 0 3 0 1 29 0 0 11 2 1 0 0 1 0.98 1.16 27 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 4 -5 4 1 -5 -5 -2 -4 -1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 20 48 0 12 6 0 0 1 0 1 11 0.94 1.15 28 Q -3 4 -1 -3 -5 5 1 -4 0 -4 -4 4 -1 -5 -1 -1 0 -5 -3 -2 0 20 3 1 0 25 6 1 2 1 1 26 1 0 3 3 5 0 1 2 0.73 1.15 29 G -1 -5 -3 -4 -1 -4 -3 7 -1 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -6 2 0 0 0 2 0 1 94 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.96 1.15 30 Q -3 0 -1 -4 0 3 -2 -5 1 3 0 2 1 -1 -4 -2 1 1 -1 2 1 4 3 0 2 14 2 0 3 15 8 15 3 2 0 2 7 2 2 14 0.30 1.15 31 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 1 -5 0 -3 -5 -5 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 7 0 2 0 0 0 0 0 0 36 1.31 1.15 32 E -1 2 -2 -1 -5 -1 2 -4 -2 1 0 3 -2 -4 -2 -2 2 -2 -3 0 4 12 1 2 0 2 14 0 1 9 9 23 1 0 2 2 12 1 0 7 0.33 1.15 33 S 2 -2 -1 1 -2 -1 -2 4 -2 -5 -4 -2 -4 -3 -4 3 -2 5 -2 -4 15 2 2 8 1 2 2 32 1 0 1 1 0 1 0 22 1 7 2 0 0.62 1.15 34 F -3 -5 -4 -6 -5 -4 -5 -5 2 -2 -2 -5 -1 8 -6 -3 -1 -2 4 -2 1 0 1 0 0 1 0 0 4 1 1 0 1 71 0 1 5 0 10 2 1.58 1.15 35 D -4 -4 1 8 -6 -3 -1 -4 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -3 -3 -7 -6 -6 0 0 3 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.17 1.15 36 Q -1 1 5 1 -3 3 -1 -2 -1 -3 -4 2 -3 -5 -2 2 -1 -6 -4 -4 4 6 28 9 0 12 2 2 1 1 1 14 1 0 2 14 3 0 0 0 0.57 1.15 37 F -4 -3 -3 -5 -1 -2 -2 -4 0 -3 -2 -4 -3 7 -6 -3 -3 -1 6 -4 1 1 1 0 1 2 3 1 1 1 1 1 0 55 0 2 1 0 29 0 1.46 1.15 38 V -1 -4 -4 -4 4 -4 -4 -4 -5 0 -1 -4 3 -1 -4 1 4 -5 -3 4 3 0 0 0 9 0 0 0 0 4 4 0 7 3 0 10 26 0 0 34 0.65 1.00 39 I -1 -5 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 4 2 -5 2 -3 -5 -4 -1 -5 -4 5 4 0 0 0 4 0 0 0 0 24 14 0 4 0 0 0 4 0 0 47 0.89 1.00 40 L -2 -2 -2 -5 -4 -2 -2 -5 -4 2 5 -2 3 -1 -5 -2 -2 -4 -1 0 2 2 2 0 0 2 2 0 0 10 57 2 6 2 0 3 2 0 2 5 0.68 1.00 41 L -2 -1 -5 -6 -4 -4 -5 -3 -4 2 4 -4 3 2 -5 -4 -1 -4 0 1 3 3 0 0 0 0 0 3 0 12 50 0 6 10 0 0 4 0 3 7 0.69 1.00 42 K -2 3 0 2 -1 0 3 -3 -3 -3 -4 1 0 -1 -4 2 0 -5 -4 -2 2 20 5 13 1 4 18 2 0 1 0 7 2 3 0 14 5 0 0 3 0.43 1.11 43 N -2 -2 3 4 0 2 0 0 1 -3 -4 -2 -2 -5 -4 2 0 -6 -4 -2 2 2 12 28 2 9 5 6 3 1 1 1 1 0 0 16 6 0 0 4 0.51 1.20 44 T -2 -1 2 1 -5 0 0 5 -1 -4 -5 -1 0 -6 0 -1 0 -6 -5 -4 2 2 9 8 0 5 7 44 1 1 0 3 3 0 4 5 6 0 0 1 0.66 1.25 45 V -2 1 -1 -3 -1 1 -2 3 3 -1 -4 4 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -3 0 2 6 2 1 2 6 1 21 8 4 1 32 0 0 1 2 1 0 1 9 0.54 1.32 46 S -2 -1 0 1 -3 6 0 -2 -1 -3 -4 2 -1 -4 0 1 0 -5 -4 -2 1 2 4 8 1 36 3 2 1 1 1 13 1 1 4 11 5 0 0 3 0.63 1.40 47 Q -3 -1 1 -3 -5 7 -1 -5 3 -1 -4 -1 1 -3 -4 -1 -1 -5 -2 -3 1 2 5 0 0 64 1 0 8 3 1 1 4 1 0 3 3 0 1 2 1.26 1.40 48 M -2 -3 -5 -6 -4 -2 -5 -3 -5 0 5 -5 6 0 -5 -4 -3 -4 -3 0 2 1 0 0 0 2 0 2 0 4 60 0 21 3 0 0 1 0 0 5 1.06 1.21 49 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 6 1 -5 -1 -1 -5 -5 -3 -5 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 44 11 0 0 2 0 0 0 0 0 42 1.20 1.21 50 Y -4 -4 -1 -6 -5 -4 -5 -3 -1 -4 -3 -4 -1 3 -6 -4 -4 0 9 -4 0 0 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2 10 0 0 0 0 84 0 2.16 1.21 51 K -3 1 -3 -3 -6 0 -2 -4 0 -5 -5 7 -4 -6 -4 -3 -2 -6 -4 -5 0 2 0 0 0 2 0 0 2 0 0 92 0 0 0 0 1 0 0 0 1.70 1.13 52 H -2 0 -1 -2 -5 2 -2 -2 10 -5 -5 -2 -4 -4 -4 0 -2 -5 -1 -3 2 4 1 1 0 7 0 2 70 0 0 1 0 0 0 7 2 0 0 2 1.74 1.13 53 A 6 -4 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -4 -4 -4 -2 -1 -3 -3 0 -2 -5 -4 -2 87 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 2 1 1 0 3 1 0 0 2 1.29 1.13 54 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 7 0 -5 -1 -3 -5 -3 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 2 0 0 0 0 2 0 0 0 18 1.46 1.08 55 S 0 -2 -2 -3 0 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -3 -2 6 1 -5 -4 -4 5 2 0 0 2 0 0 0 0 0 1 2 0 1 1 80 5 0 0 0 1.18 1.07 56 T -2 -4 -2 -2 -3 -2 -3 -4 -4 -3 -2 -3 0 -4 -4 1 7 -5 -1 -1 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 3 0 2 0 0 8 80 0 2 2 1.30 1.06 57 V -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 1 2 -5 -4 -3 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 2 0 2 9 0 0 0 0 1 19 1.24 1.03 58 V -1 -2 -3 -4 -1 0 -3 -4 -3 2 -1 -3 5 -2 -4 0 3 -5 -2 4 5 2 0 0 1 4 1 0 0 11 2 1 15 1 0 6 23 0 1 28 0.56 1.03 59 P -2 -2 -2 -3 -5 -3 -2 -3 -2 -3 -3 -3 -4 -6 8 0 -2 -6 -5 -4 1 2 2 1 0 0 2 1 1 2 2 0 0 0 77 6 2 0 0 1 1.92 1.02 60 S 3 -1 0 -1 -4 2 -1 -1 -3 -3 -1 -1 0 -1 -3 3 0 -5 -3 -1 29 2 5 3 0 9 2 5 0 1 5 2 2 2 1 22 5 0 0 5 0.32 1.03 61 R -1 5 -2 -2 -5 2 1 -2 0 -4 -4 4 -2 -5 -4 -1 0 -5 -4 -3 4 30 0 2 0 10 8 3 2 1 0 29 1 0 0 2 7 0 0 1 0.72 1.02 62 P 1 -1 2 -2 -2 0 -1 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -4 7 -1 -1 -5 0 -4 13 4 11 2 1 3 3 0 0 0 0 3 0 0 49 3 2 0 4 1 1.05 1.03 63 V -3 -5 -5 -5 -2 -5 -5 -5 -5 4 1 -5 0 1 -4 -3 -3 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 1 0 28 11 0 2 5 0 2 0 0 0 51 0.96 0.99 64 S 0 -2 3 2 -4 -1 1 -3 -3 -4 -3 2 -4 -5 -3 4 1 -5 -4 -4 7 0 16 12 0 1 10 0 0 0 2 13 0 0 0 31 9 0 0 0 0.55 0.90 65 H -3 -2 2 -2 -4 0 1 -3 7 -4 -3 -2 -3 0 -4 -2 -3 -1 6 -4 0 0 11 0 0 3 11 0 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0 1.02 0.45 K Lambda Standard Ungapped 0.1367 0.3226 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2030 0.3181 PSI Gapped 0.0621 0.2670