Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 1 2 -4 9 -2 -5 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 13 0 58 0 0 0 0 0 0 24 1.41 1.03 2 V 2 -4 -4 -2 -4 -3 -2 -5 1 1 2 -4 4 0 -2 -2 1 -5 -4 3 15 0 0 3 0 1 2 0 3 7 23 0 12 3 2 1 8 0 0 19 0.45 1.26 3 P 1 -4 -4 1 -5 -1 1 -4 -4 -4 -5 -2 -4 -6 7 -1 -3 -6 -5 -5 15 0 0 7 0 2 9 0 0 1 1 2 0 0 60 3 1 0 0 0 1.50 1.34 4 L -3 -4 -4 -2 -4 -3 -2 -5 -4 2 4 -3 4 2 -1 -1 -3 -4 -3 1 0 1 0 2 0 1 4 0 0 11 41 1 12 8 4 6 1 0 0 8 0.62 1.39 5 T -3 -2 0 0 -4 -2 -1 -4 -4 2 0 -3 4 -3 -3 0 5 -5 -3 -1 0 1 5 4 0 2 3 1 0 14 9 1 12 0 1 8 34 0 1 3 0.58 1.52 6 E -2 2 -3 1 -4 0 5 -4 -1 -3 -4 3 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -1 3 12 1 9 0 3 37 0 1 1 2 15 0 1 1 5 1 0 1 6 0.65 1.57 7 E 0 1 -2 2 -6 4 5 -4 -2 -5 -5 2 -4 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -5 7 8 1 10 0 16 42 0 0 1 0 9 0 0 0 1 4 0 0 0 0.90 1.62 8 N 0 5 1 -1 -5 2 1 -4 -3 0 -1 2 0 -5 -2 -3 -2 -6 -4 -1 8 27 6 3 0 10 8 1 0 6 7 12 2 0 2 1 2 0 0 5 0.48 1.64 9 V -2 -5 -3 -5 -3 -4 -4 -6 -5 5 0 -4 -2 -3 -6 -4 -2 -6 -4 5 2 0 1 1 0 1 1 0 0 39 6 1 0 0 0 0 1 0 0 46 1.22 1.65 10 E -1 2 1 0 -4 2 5 -4 -2 -3 -4 3 -2 -4 -4 -2 -2 -4 -1 -3 4 9 6 5 0 10 35 1 1 2 1 17 1 0 0 3 2 0 2 2 0.67 1.65 11 S 0 1 1 1 -4 1 3 -3 0 -1 -1 1 -1 -3 -5 -1 0 -2 1 -3 9 7 6 7 0 6 21 1 2 3 7 10 1 1 0 5 7 1 6 1 0.27 1.66 12 V 2 -5 -5 -5 -2 -5 -4 -4 -4 3 2 -4 -1 0 -5 -2 -1 2 -1 4 19 0 0 0 1 0 1 1 0 15 15 0 1 4 0 2 3 3 2 32 0.65 1.60 13 L -4 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -4 4 5 -4 2 -2 -5 -4 -4 -5 -3 0 1 1 1 1 0 1 2 1 0 20 61 1 3 1 0 1 0 0 0 4 1.04 1.59 14 D -1 -1 2 5 -6 1 4 -3 -2 -5 -5 -1 -3 -6 -3 0 0 -6 -4 -3 5 3 8 31 0 5 29 1 1 0 1 2 0 0 1 5 6 0 0 1 0.80 1.59 15 E -2 4 -1 0 -4 2 4 -3 -2 -5 -4 2 -2 -5 -4 -1 -1 -6 -2 -4 2 23 2 4 0 7 32 2 0 0 1 14 1 0 0 4 4 0 2 1 0.74 1.62 16 I -2 -5 0 -5 -4 -4 -3 -6 -5 6 0 -5 0 -1 -5 -4 -3 -5 -3 4 3 0 5 0 0 1 2 0 0 45 8 0 1 2 0 1 1 0 1 31 1.07 1.59 17 R -1 7 2 -3 -6 -1 -2 -3 -3 -5 -4 1 0 0 -5 -2 -3 -3 -4 -4 5 62 11 1 0 2 1 1 0 0 1 6 2 4 0 2 1 0 0 1 1.27 1.61 18 P -3 -4 -4 -4 -6 -2 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -5 8 -3 -2 -6 -6 -4 1 1 1 1 0 2 1 1 0 1 2 0 1 0 85 1 2 0 0 1 2.39 1.61 19 Y 2 -3 -1 -3 -5 3 -2 -1 0 -1 -2 -2 2 1 -4 0 0 -2 4 -2 19 1 2 1 0 13 1 6 2 4 4 2 6 6 0 7 5 0 17 3 0.39 1.60 20 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 5 -5 1 -1 -3 -5 -3 -5 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 15 56 0 3 1 1 0 1 0 0 21 1.13 1.58 21 M 3 2 -2 -2 -5 5 0 -2 -2 -2 -2 0 2 -5 -4 -2 -3 -3 -4 -2 25 9 2 2 0 31 6 3 1 3 4 5 5 0 0 2 1 0 0 3 0.62 1.60 22 S 2 1 0 0 -5 1 1 0 -2 -3 -1 -1 4 -3 -4 3 -2 -5 -3 -3 18 7 4 5 0 6 10 6 1 1 6 4 10 1 1 20 1 0 1 1 0.34 1.59 23 D -5 -2 -2 7 -6 -2 -1 -3 8 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -3 -6 -3 -5 0 1 0 55 0 1 1 2 36 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1.82 1.57 24 G -2 -4 -2 -2 -3 -3 -3 7 -1 -6 -5 -3 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -4 -6 2 1 1 2 1 1 1 87 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1.87 1.57 25 G -2 -5 -3 -4 -6 -5 -5 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -2 -2 -6 -6 -6 2 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 2.17 1.63 26 N -2 -2 3 6 -5 -1 -1 0 0 -4 -5 -2 -2 -2 -4 1 0 -2 -2 -3 2 2 16 45 0 2 3 6 2 1 1 2 1 2 0 8 5 1 1 1 0.87 1.59 27 V -2 -5 -6 -6 1 -5 -5 -6 -6 5 0 -5 2 -2 -2 -3 -3 -5 -2 5 4 0 0 0 3 0 0 0 0 39 7 0 4 2 3 1 0 0 1 36 1.07 1.67 28 A -1 1 -2 1 -5 1 5 -4 -1 -2 -3 0 -1 -3 -4 0 1 -2 -3 -1 5 8 1 6 0 7 37 1 2 2 3 4 2 1 0 7 8 1 1 5 0.52 1.63 29 L -3 -4 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -2 2 4 -3 -1 5 -6 -3 -3 -1 2 2 2 1 1 0 0 1 1 1 1 10 36 1 1 22 0 2 1 1 7 12 0.76 1.70 30 H -2 0 -3 -2 -1 -1 -2 -4 2 3 1 -1 1 -1 -4 -2 -2 -5 -2 4 3 6 1 3 1 3 3 1 5 14 12 4 3 3 1 3 1 0 1 34 0.46 1.69 31 E -1 -1 1 4 -2 -1 3 2 -1 -5 -4 0 -2 -3 -2 1 -2 -6 -5 -5 4 3 5 26 1 1 17 16 1 0 1 5 1 1 2 11 2 0 0 0 0.56 1.61 32 I -3 -3 -3 -5 0 -4 -3 -5 -2 4 1 -5 0 3 -2 -3 -2 0 3 3 2 2 1 0 2 0 2 0 1 26 11 0 1 14 2 2 1 1 8 23 0.65 1.56 33 D -2 0 0 5 -1 -1 4 -3 -1 -2 -3 2 -2 -5 -2 -1 -1 -5 -2 -2 3 4 3 28 1 2 23 2 2 2 2 12 1 0 1 3 4 0 1 3 0.59 1.53 34 G -2 -1 2 4 -5 -1 2 3 0 -5 -5 0 -4 -2 0 0 -1 -5 -4 -5 3 3 8 25 0 3 11 20 2 0 1 7 0 2 5 5 4 0 0 0 0.52 1.44 35 N -2 -1 2 2 -5 -1 -1 4 0 -5 -3 0 0 -2 -1 -1 -2 0 -2 -3 3 3 10 10 0 3 3 36 3 0 3 7 2 2 3 4 2 1 2 2 0.49 1.45 36 V -1 -1 0 2 2 -1 -1 -2 1 2 -1 0 1 0 -4 -1 0 -4 0 2 4 4 4 12 4 3 5 3 3 12 5 5 3 3 0 4 7 0 4 15 0.15 1.27 37 V 1 -3 -3 2 5 -3 -3 -3 -3 2 1 -3 4 -2 -3 -2 -2 -3 -3 2 13 1 1 13 13 1 1 1 0 13 14 1 13 0 1 1 1 0 0 13 0.41 0.68 38 R -2 2 -2 -2 -1 1 -1 -3 0 0 -1 3 0 1 -4 0 1 1 4 -1 2 10 2 2 1 5 4 2 2 5 5 16 2 5 0 6 9 2 17 4 0.32 1.50 39 V -1 -5 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 3 3 -5 1 0 -5 -4 -3 -4 -3 5 4 0 0 0 3 0 0 0 0 15 30 0 3 3 0 0 0 0 0 37 0.86 1.38 40 K 0 4 -1 -2 -1 2 0 -3 1 -2 -1 3 -1 -2 -4 -1 -1 -4 0 -2 9 23 3 2 1 8 5 2 3 2 5 19 2 2 0 4 4 0 4 2 0.37 1.37 41 L -4 0 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 1 4 -1 4 3 -5 -4 -1 4 2 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 5 38 5 11 12 0 0 5 5 7 5 0.70 1.48 42 Q -1 1 -1 -1 -5 3 -1 1 1 -1 0 1 1 0 -5 0 0 2 0 -2 5 9 3 3 0 14 3 10 3 4 10 9 3 3 0 5 6 3 3 3 0.16 1.51 43 G -2 -3 0 -3 2 -3 -1 6 -3 -4 -4 -1 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -1 1 1 4 1 4 1 5 63 0 1 1 4 0 1 1 4 1 0 1 6 1.06 1.21 44 A 4 -1 0 -3 1 -1 -1 1 0 -3 -2 -1 0 -4 -3 1 -1 -4 -3 -1 40 3 5 1 2 3 3 10 2 1 4 4 2 1 1 12 3 0 0 3 0.44 1.23 45 C -1 -5 -5 -5 10 -5 -5 0 -1 -1 -2 -5 -4 -4 0 -2 -1 1 -1 -2 3 0 0 0 60 0 0 9 2 3 4 0 0 0 5 2 3 2 2 3 1.69 1.39 46 G 0 1 -1 -2 3 -1 -2 3 3 -2 -3 -1 -1 -2 1 2 0 -5 -2 -2 9 9 3 2 6 3 2 20 7 2 2 2 2 1 6 16 6 0 1 3 0.28 1.39 47 S -2 -3 -1 -2 1 1 -2 5 0 -5 -2 -2 -2 -3 -3 2 0 -5 -2 -3 2 1 3 2 3 6 2 46 2 0 4 2 1 1 1 17 5 0 1 2 0.71 1.53 48 C -3 0 -5 -6 10 -5 -5 -1 0 -4 -4 -5 -4 -2 -5 0 -2 -5 -1 -4 0 5 0 0 72 0 0 4 2 0 0 0 0 2 0 8 2 0 2 0 2.20 1.43 49 P 1 -1 -3 -2 -2 -2 -3 2 -2 -4 -3 0 -1 -3 6 1 -2 -6 -3 -4 11 3 1 1 1 2 1 16 1 1 3 5 2 1 37 12 1 0 1 1 0.79 1.54 50 S 1 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -1 -1 -1 0 -1 4 -1 -4 4 -2 -5 -2 -1 13 1 1 1 1 2 0 5 2 3 10 3 13 2 0 39 1 0 1 3 0.55 1.54 51 S 4 -2 -1 -4 0 -1 -3 -3 -4 -1 -3 -2 -2 -4 -3 5 -1 -5 -4 -1 29 2 3 0 2 2 1 1 0 4 3 1 1 1 1 42 3 0 0 5 0.72 1.55 52 T 1 -1 0 3 -3 2 -1 0 -1 -1 -3 -1 -2 -4 -1 1 2 -5 -3 -1 12 3 4 16 1 8 3 7 2 5 2 3 1 1 3 12 14 0 1 4 0.24 1.55 53 M 1 -1 -1 -2 -4 0 -1 0 -3 1 0 -3 5 -1 -3 -2 1 -1 -1 2 10 3 4 3 0 4 3 7 0 7 8 1 15 2 1 3 8 1 3 16 0.26 1.54 54 T -1 -4 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 -1 7 -5 -4 -3 4 0 1 3 1 1 3 5 0 0 0 0 0 0 0 3 77 0 0 0 1.43 1.54 55 M -2 -5 -3 -6 -4 -5 -5 -6 -5 2 5 -5 3 0 -4 -3 1 -4 -2 2 3 0 1 0 0 0 0 0 0 9 52 0 8 4 1 1 8 0 1 12 0.86 1.54 56 K -1 2 -1 -2 -5 -1 1 -3 0 -3 0 5 -3 -4 -4 0 0 -5 -2 -3 4 10 2 1 0 2 11 1 2 1 10 39 0 0 0 7 5 0 2 2 0.58 1.48 57 M 1 -2 3 2 -5 2 2 0 1 -3 -2 -2 2 -1 -4 1 -2 -1 0 -2 13 1 12 11 0 9 13 7 3 1 4 1 6 2 0 9 2 1 3 2 0.28 1.55 58 G 2 -1 -3 -4 -3 -3 -3 5 -2 -2 0 -2 -1 1 -3 -2 -2 0 -2 0 19 4 1 0 0 1 1 40 1 2 8 2 1 6 1 3 2 1 1 6 0.58 1.55 59 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 0 -4 0 -2 -6 -5 -2 -6 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 6 1 1 1 0 0 2 0 0 38 1.39 1.59 60 E -2 2 -3 -2 -6 3 6 -2 -2 -4 -2 0 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -3 -4 2 9 0 1 0 11 56 3 0 1 4 5 0 1 0 2 2 0 1 1 1.01 1.63 61 R 1 3 2 -1 -3 3 1 -1 0 -3 -3 1 0 -4 -3 1 0 -6 -3 -3 11 15 10 2 0 13 10 4 2 1 3 9 2 0 1 8 6 0 1 1 0.34 1.64 62 R 2 2 -3 -4 -2 0 0 -4 -3 1 0 1 4 -2 -5 -1 2 -5 0 -1 18 10 1 0 1 4 5 0 0 7 8 9 10 1 0 3 13 0 3 5 0.30 1.61 63 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 3 5 -6 2 -1 -6 -5 -2 -5 -4 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 17 61 0 3 2 0 0 2 0 0 15 1.21 1.62 64 M -3 4 -3 -4 -2 2 -2 -4 -1 -1 1 4 3 -3 -3 -2 -1 -6 -4 0 1 21 1 0 1 9 1 1 1 4 11 28 8 1 1 2 3 0 0 6 0.59 1.63 65 E 1 0 -1 2 -6 2 4 -3 4 -4 -5 1 -2 -2 -4 -1 -1 -5 -1 -4 13 5 2 9 0 8 30 2 9 1 1 7 1 2 0 4 4 0 2 1 0.54 1.64 66 K 1 2 -1 -1 -3 0 2 -4 2 -3 -2 1 0 1 -4 -2 -2 2 4 -1 15 11 3 3 0 4 12 1 5 1 4 9 2 5 1 2 2 2 13 5 0.31 1.63 67 I 1 -5 -5 -5 2 -5 -4 -6 -4 4 1 -5 -1 2 -5 -4 -3 -2 -2 4 11 0 0 0 4 0 1 0 0 24 14 0 1 9 0 0 1 1 1 30 0.77 1.65 68 P -3 -4 -3 1 -6 -4 -1 1 -1 -5 -4 -2 -4 -5 8 -1 -3 -4 -4 -5 1 1 1 7 0 0 3 9 2 0 1 1 0 0 66 5 1 0 1 0 1.67 1.67 69 E -2 -2 -2 2 -1 1 6 1 -1 -5 -5 -1 -4 -5 0 -2 -3 1 -3 -4 3 1 1 11 1 4 53 10 1 0 0 2 0 0 4 2 1 2 1 1 0.94 1.68 70 I -3 -3 -2 -1 -3 -4 -3 -5 -4 5 2 -3 -1 -1 -2 -3 -2 -5 -2 4 2 1 2 3 0 0 2 1 0 29 17 2 1 3 2 2 2 0 1 30 0.71 1.68 71 V -1 1 -1 -2 -4 -1 1 -4 -2 2 0 3 -1 -4 -4 0 2 -6 -4 1 4 7 2 2 0 3 9 1 1 11 10 19 1 0 0 6 14 0 0 9 0.29 1.70 72 A 1 2 -1 1 -3 0 3 2 -2 -2 -4 1 -3 -4 -4 0 -1 -6 -3 0 11 10 2 8 1 4 19 13 1 2 1 8 0 1 0 7 4 0 1 7 0.30 1.72 73 V -3 -5 -6 -6 -4 -4 -4 -6 -6 2 -1 -5 -2 -3 -6 -4 -3 -6 -4 7 0 0 0 0 0 0 1 0 0 10 2 0 0 0 0 0 0 0 0 84 1.71 1.72 74 E -3 2 -3 -3 -4 1 5 -6 0 2 -2 0 -1 -3 -4 -3 -2 -6 -3 2 1 11 1 1 0 6 36 0 2 12 3 5 1 1 0 1 2 0 1 16 0.64 1.70 75 A 3 -2 1 2 -5 3 0 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -5 2 0 -2 -2 -5 1 22 2 6 10 0 14 7 2 1 2 5 1 1 0 11 5 1 1 0 9 0.36 1.66 76 L -1 -5 -5 -4 -3 -4 -2 -5 -6 4 0 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -2 -3 6 5 0 0 1 0 1 3 1 0 20 7 1 1 0 0 2 1 1 0 57 1.08 1.67 77 P -2 -4 -1 -1 -5 -1 2 -2 -3 -3 -2 -2 1 -3 4 2 4 -5 -3 -2 3 0 2 4 0 3 13 3 0 1 5 2 3 1 18 13 27 0 1 2 0.52 1.55 78 D -2 -3 0 6 -6 -1 3 -2 -1 -6 -5 -1 -3 -6 -2 -2 -3 -6 -5 -4 3 1 4 55 0 2 21 3 1 0 1 3 1 0 2 2 1 0 0 1 1.20 1.48 79 E -1 -2 -1 1 -6 0 4 -2 7 -5 -5 -1 -2 -4 0 -1 -1 -6 -3 -4 4 1 2 7 0 3 34 2 30 0 1 4 1 0 4 3 4 0 0 1 0.96 1.43 80 E 2 -3 -2 2 -5 3 5 -3 -3 -5 -4 -1 -3 -6 1 -1 -2 -6 -4 -5 18 0 1 9 0 13 41 2 0 0 1 2 0 0 7 4 2 0 0 0 0.76 1.36 81 T 2 2 -3 -3 -4 -2 -1 -1 2 -4 -4 -2 -2 -5 -1 3 3 -5 -3 -3 20 12 0 1 0 1 3 4 5 0 0 1 1 0 3 26 22 0 0 1 0.58 1.28 82 G 1 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 14 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.77 1.07 K Lambda Standard Ungapped 0.1334 0.3138 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1835 0.3177 PSI Gapped 0.0562 0.2670