Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -4 -1 1 -4 10 -3 -5 -4 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 92 0 0 0 0 0 0 0 2.39 1.32 2 K -2 4 2 -3 -6 2 0 -3 -2 -3 -2 5 -4 -6 -2 -2 -1 -6 -5 -4 3 20 11 0 0 9 5 2 1 1 4 36 0 0 2 2 3 0 0 1 0.76 1.48 3 K -2 1 0 -3 -2 0 2 -5 -2 3 -2 2 -3 -4 -5 -1 3 -2 -3 0 1 7 4 1 1 4 12 0 1 17 3 15 0 1 0 5 22 1 1 6 0.43 1.54 4 A -2 -4 -6 -6 -1 -5 -2 -5 -3 5 0 -3 1 0 -6 -4 -3 -4 4 4 3 1 0 0 1 0 3 0 0 30 7 1 2 3 0 0 1 0 14 34 0.89 1.56 5 V -3 0 -2 -2 -3 0 2 -5 0 2 -2 -1 0 -2 -4 -1 3 -3 0 2 1 6 1 1 0 5 13 0 3 12 3 2 2 2 0 5 22 0 4 17 0.37 1.59 6 I -3 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -7 -6 5 4 -6 -1 4 -6 -5 -4 -4 -3 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 34 37 0 1 17 0 0 0 0 0 9 1.14 1.63 7 N -3 -2 3 7 -6 -3 0 -4 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -4 -7 -5 -5 1 2 12 73 0 0 3 0 0 1 1 1 0 1 1 3 0 0 0 0 1.68 1.66 8 G 0 -5 -5 -5 0 -5 -4 5 -5 -3 2 -5 -1 4 -5 -3 -2 -4 -2 -1 6 0 0 0 2 0 1 41 0 0 20 0 1 19 0 1 2 0 0 5 0.88 1.65 9 E 1 3 2 2 -2 0 0 -1 -1 -5 -4 1 -3 -4 -4 2 1 -3 -4 -4 10 14 9 10 1 3 6 4 1 0 1 10 0 0 0 18 8 0 0 1 0.39 1.66 10 Q -1 1 0 2 -4 1 2 1 3 -3 -3 2 -1 -1 -3 -1 -1 -5 -1 -4 6 8 5 10 0 7 15 11 6 1 2 11 1 3 1 4 4 0 2 1 0.28 1.65 11 I -2 -4 -6 -6 2 -4 -6 -5 -3 5 0 -5 4 2 -5 -4 -3 3 -3 3 4 1 0 0 4 1 0 0 1 40 7 0 10 9 0 1 1 4 0 19 0.94 1.63 12 R 1 2 0 0 -2 1 1 -2 0 -3 -2 1 -2 -4 -1 0 3 -5 0 -1 10 12 5 4 1 5 7 3 3 1 4 9 1 0 3 7 18 0 3 6 0.23 1.63 13 S -3 -3 3 5 -3 -3 -1 -1 -4 -5 -5 -2 -5 -6 -4 3 3 -6 -3 -5 1 1 12 32 0 0 3 3 0 0 1 1 0 0 0 26 19 0 1 0 0.90 1.61 14 I -2 2 -2 -3 -3 2 2 -4 -3 0 1 4 0 -2 0 -2 -2 3 -2 -1 3 9 1 1 0 9 13 1 0 6 12 23 2 1 5 3 2 4 1 3 0.35 1.62 15 S 2 0 0 3 -5 2 3 -2 -1 -3 -3 0 -1 -5 1 -1 0 -3 -3 -4 16 5 4 16 0 8 20 3 1 1 3 5 1 0 7 4 5 0 1 1 0.39 1.62 16 D 1 -2 -2 5 -5 0 3 1 0 -3 -5 -2 -3 -5 -4 1 -1 -6 -3 -2 12 2 1 31 0 3 19 10 2 1 0 1 1 0 0 9 4 0 1 3 0.62 1.58 17 L -2 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -5 0 3 -6 1 7 -5 -4 -2 -3 0 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 31 0 3 45 0 0 2 0 1 9 1.20 1.58 18 H -4 -4 -4 -5 -1 -1 -4 -6 7 -4 1 -4 1 2 -6 -4 -5 2 7 -4 1 0 0 0 1 3 0 0 32 0 14 0 4 8 0 0 0 2 35 0 1.46 1.59 19 Q 0 4 -1 3 3 2 1 -3 -1 -4 -2 0 -1 -4 -5 -1 -1 -3 -5 -3 9 25 2 16 6 9 9 1 2 1 4 4 2 1 0 4 5 0 0 1 0.50 1.64 20 T 2 1 -3 -2 -3 2 3 -3 0 0 -1 -1 -1 -3 -5 -2 0 -5 2 0 18 9 0 2 0 11 18 1 2 5 6 2 1 1 0 1 6 0 7 8 0.31 1.64 21 L -3 -6 -6 -7 2 -5 -6 -6 -5 3 4 -6 2 5 -6 -4 -3 -1 -1 0 1 0 0 0 4 0 0 0 0 17 37 0 4 28 0 1 1 1 1 5 1.04 1.61 22 K 4 -1 -2 -2 0 0 0 1 -3 -2 -3 3 -2 -4 -4 2 -2 -3 -3 -2 31 3 2 2 2 3 5 11 0 2 2 16 1 1 0 14 2 0 1 3 0.42 1.63 23 K 0 4 0 1 -2 2 3 -2 0 -3 -3 1 -2 -5 -2 -1 -1 -6 -3 -3 9 19 4 8 1 8 21 3 2 1 2 9 1 0 1 4 3 0 1 1 0.45 1.63 24 E 3 0 -3 -3 -1 3 0 -3 -1 -2 -1 3 -2 -4 -4 0 0 -6 -2 0 29 5 0 1 1 11 6 1 2 1 5 17 1 0 0 5 6 0 2 8 0.40 1.64 25 L -4 -5 -5 -6 1 -5 -4 -6 -5 -1 4 -5 2 6 -4 -3 -3 0 -1 0 0 0 0 0 3 0 1 0 0 2 43 0 4 34 1 2 1 1 1 6 1.06 1.52 26 A 1 -2 2 3 -3 0 0 3 1 -2 -3 -1 -2 -4 -2 0 0 -5 -4 -3 10 2 11 16 0 4 5 23 3 2 3 4 1 1 1 7 5 0 1 1 0.38 1.52 27 L -3 -5 -4 -4 0 -5 -4 0 -4 0 3 -3 0 6 -4 -4 -2 -3 0 0 2 0 1 1 2 0 1 7 0 4 30 2 1 38 1 1 2 0 1 6 0.87 1.52 28 P -1 -3 -2 -2 -5 -2 -1 0 -3 -5 -4 -1 -5 -4 7 -1 -2 -5 -5 -4 5 1 2 2 0 2 4 8 1 0 2 3 0 1 63 4 2 0 0 1 1.49 1.49 29 E -1 0 -1 4 -5 -1 2 1 0 -3 -4 -1 -3 -4 0 1 -1 -2 -4 -3 6 6 2 27 0 2 16 12 2 1 1 4 1 1 5 9 3 1 0 2 0.46 1.52 30 Y -3 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 3 -4 -2 -2 -2 3 -2 -1 -2 6 6 -3 2 3 2 3 1 2 4 5 8 0 4 2 1 12 2 4 2 10 34 1 0.84 1.42 31 Y -3 0 -3 -3 -2 -1 -4 -5 0 -3 -3 -2 -1 6 -5 -2 -2 2 7 -2 2 5 1 1 1 3 0 0 1 1 1 3 2 34 0 3 2 3 35 2 1.17 1.41 32 G -2 -3 -2 -1 -5 -4 -3 6 -4 -1 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -2 -2 -5 1 2 2 1 3 0 0 1 68 0 3 0 2 0 0 0 2 2 1 0 11 1.22 1.40 33 E -1 3 2 0 1 -2 1 0 4 -3 -4 1 0 -3 -2 0 -1 2 -2 -3 6 19 9 5 3 1 9 8 10 1 1 6 3 1 2 8 3 2 1 1 0.34 1.43 34 N -4 -3 8 3 -1 -3 -2 -2 -2 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -1 0 -6 -5 -5 0 0 72 13 1 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 3 4 0 0 0 1.65 1.42 35 L -3 -3 -6 -6 -2 -3 -5 -4 -5 -1 5 -4 2 0 -4 -3 -3 8 -1 -2 2 1 0 0 1 1 0 1 0 2 56 1 5 4 1 2 1 21 1 1 1.24 1.43 36 D -3 -4 2 8 -6 -3 0 -3 -1 -6 -6 -3 -2 -6 -3 -2 -4 -6 -3 -5 2 0 8 79 0 0 3 1 2 0 0 0 1 0 1 2 0 0 1 0 1.77 1.43 37 A 6 -4 -1 -1 -4 -3 -1 0 -4 -4 -5 -3 -2 -5 -4 2 -1 -6 -5 -3 68 0 3 3 0 0 3 5 0 0 0 0 1 0 0 13 2 0 0 1 1.08 1.47 38 L -2 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 1 5 -5 2 4 -6 -5 -4 4 1 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 58 0 5 17 0 0 0 5 3 3 1.09 1.39 39 W -2 -1 0 -2 -1 -2 -2 -3 1 -1 -3 -3 -1 0 -5 -3 -2 10 4 -1 4 3 6 3 2 1 2 1 4 4 1 1 2 2 0 2 2 41 14 4 1.36 1.39 40 A -1 -1 0 7 -6 0 1 -2 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -1 -4 -7 -6 -6 6 3 3 69 0 4 7 3 0 0 0 3 0 0 0 3 0 0 0 0 1.43 1.39 41 A 1 -3 -2 -3 8 -4 -3 -1 -1 -1 -2 -3 3 -1 -5 0 -2 0 -1 1 9 2 2 1 37 0 2 5 2 2 2 1 8 2 0 6 2 2 3 12 0.89 1.39 42 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -3 -5 3 5 -5 3 0 -1 -5 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 15 54 0 6 4 3 0 0 0 0 16 0.93 1.24 43 T 0 1 -2 -2 2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -1 1 -2 -4 2 5 -1 -2 -1 6 8 1 2 5 1 2 3 1 2 2 2 4 2 0 15 40 1 1 3 0.55 1.36 44 G 0 -2 -1 4 -2 -3 1 4 0 -5 -2 -3 -2 -5 -2 0 -2 0 -2 -4 6 2 2 28 1 0 9 30 2 0 4 1 1 0 1 7 2 1 2 1 0.64 1.43 45 W -1 -3 -2 1 -2 -3 0 1 1 0 2 -3 -1 0 -2 -2 -2 3 1 0 5 1 2 10 1 1 6 13 4 5 24 1 2 3 2 3 2 4 6 6 0.21 1.54 46 V -1 -3 -1 1 0 -2 -2 -1 -3 3 1 -3 0 0 -3 0 -2 -2 -1 3 5 1 3 9 2 1 3 5 1 14 16 1 2 4 1 8 2 1 2 19 0.24 1.60 47 E 0 -2 -2 3 -2 0 4 1 -2 -4 -4 -2 -5 -5 3 -1 -2 5 -2 -4 7 2 1 15 1 5 24 11 1 1 1 2 0 0 14 3 2 7 1 1 0.56 1.64 48 Y -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 49 P -2 -1 -1 0 1 -4 -1 0 1 -1 -3 0 -5 -1 5 -1 0 3 0 -2 3 3 4 5 3 0 3 7 3 3 3 6 0 3 34 4 5 4 3 3 0.57 2.03 50 L -1 -1 0 -2 0 -2 0 -2 0 1 2 -2 0 1 -2 -2 1 1 0 2 6 3 4 2 2 2 7 3 2 7 18 3 2 6 2 3 8 2 3 14 0.15 2.08 51 V -1 0 -2 -1 0 -1 1 -4 1 3 0 0 -1 -2 -5 -2 2 0 -2 3 5 5 2 4 2 3 8 1 3 14 8 6 1 2 0 2 12 1 1 19 0.26 1.95 52 L -3 0 -6 -3 -5 -5 -3 -2 -6 5 3 -3 1 0 -6 -3 -2 -5 -1 2 2 5 0 2 0 0 2 4 0 30 27 2 3 4 0 1 2 0 2 15 0.69 2.00 53 E -3 0 0 -1 -5 0 1 -1 2 2 -1 -1 -1 1 -2 -1 -1 0 1 3 1 5 4 3 0 4 8 5 6 13 7 3 1 5 2 5 4 1 4 18 0.19 1.97 54 W -3 -3 -6 -3 -5 -3 -4 -4 -2 0 1 -3 -1 4 -2 -4 -3 9 1 0 2 1 0 1 0 1 1 1 1 6 13 2 2 18 3 1 2 34 4 6 1.26 1.94 55 R -2 3 2 0 0 0 1 -1 2 1 0 1 -4 -2 -3 -2 0 -5 -1 -1 3 15 9 5 2 4 8 4 4 9 10 7 0 2 1 3 7 0 2 5 0.19 1.93 56 Q -2 0 3 1 -5 0 0 3 5 -3 -2 -2 -4 1 -3 -1 -2 -5 -1 -2 3 5 16 7 0 4 5 18 15 1 3 2 0 6 1 4 3 0 2 3 0.45 1.94 57 F 0 -2 -2 -2 -1 -2 -1 -2 3 0 1 -2 0 3 -3 1 -2 5 2 1 6 2 2 2 2 1 5 3 6 6 11 2 2 11 1 11 2 8 8 8 0.29 1.96 58 E 2 -1 0 2 -2 1 2 -1 0 -3 -3 -1 -1 -3 1 1 0 -6 -5 -2 16 3 5 13 1 5 15 5 2 2 2 4 2 1 6 11 5 0 0 2 0.28 1.95 59 Q 2 -1 -1 1 -1 1 1 -2 2 0 1 -1 0 -1 -3 0 -1 -5 -1 0 16 4 2 7 1 6 9 4 5 5 11 4 3 3 1 6 3 0 2 6 0.11 1.96 60 S 2 1 0 0 -2 -2 0 -1 1 -3 0 -2 -2 -1 -1 3 -1 -5 -2 -2 20 8 4 4 1 1 6 4 4 1 9 2 1 2 4 22 3 0 1 2 0.27 1.95 61 K 1 3 0 0 -1 2 2 -3 -2 -2 -3 3 -2 -3 -1 -2 -2 -5 -2 -3 10 16 4 5 2 10 15 2 1 3 3 17 1 1 3 3 2 0 1 2 0.39 1.94 62 Q 0 3 2 0 -1 1 1 -2 2 -3 -2 2 -1 -4 -2 -1 -1 -2 -1 -2 10 16 8 4 2 7 10 2 5 1 4 14 1 1 2 4 3 1 3 3 0.29 1.85 63 L -1 1 -3 -1 0 -2 -2 -2 -1 0 4 -2 3 2 -3 -1 -2 -2 -2 -1 6 7 2 4 2 2 2 3 1 4 39 3 6 7 1 4 2 1 1 3 0.40 1.81 64 T -2 1 -2 1 -3 -2 -1 3 -4 -2 -1 -1 -2 -4 5 -1 -1 -2 -2 -3 3 9 2 7 1 2 4 22 0 3 7 3 1 1 26 3 4 1 1 2 0.52 1.95 65 N -1 1 1 2 -4 0 3 0 0 -4 -4 2 -3 0 -1 0 -1 0 -2 -3 6 9 6 11 0 4 20 6 2 1 1 12 0 4 3 7 3 1 2 2 0.31 2.00 66 G 0 -1 -3 4 -3 -1 2 0 -1 -2 -3 -3 -3 0 -5 -1 -2 -2 5 -2 7 3 1 20 0 3 16 8 2 2 2 1 1 3 0 5 3 0 21 2 0.54 2.04 67 A 4 -4 -4 -2 -1 -2 -3 0 -1 -2 -1 -4 0 5 -3 -2 -2 4 2 -2 33 1 0 2 2 2 1 7 2 2 5 1 2 23 2 2 2 6 5 2 0.67 2.04 68 E 1 1 1 3 -5 0 4 -1 -2 -4 -3 0 -5 -3 -2 -1 -3 0 -2 -3 12 7 5 18 0 4 25 4 1 1 3 6 0 1 2 4 1 1 1 2 0.45 1.98 69 S 1 1 -2 1 -3 2 -1 -2 -2 1 -1 1 0 -3 -1 0 2 -5 -5 0 14 9 2 7 0 8 3 3 1 8 6 9 2 1 3 7 13 0 0 6 0.18 1.97 70 V 0 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -6 4 4 -4 2 1 -6 -5 -2 -5 -2 2 8 0 0 0 0 1 1 1 0 19 40 1 5 6 0 0 2 0 1 15 0.86 2.00 71 L -2 1 -4 -4 -1 0 -1 -5 -1 3 4 1 -1 -3 -6 -4 -2 -1 -2 1 2 9 0 1 2 4 5 1 1 14 39 8 1 1 0 1 2 1 1 8 0.55 2.02 72 Q 0 1 -1 3 -6 2 4 -1 -1 -5 -2 1 -3 -6 -4 1 -1 -2 -4 -5 8 7 3 17 0 10 23 5 1 0 4 7 1 0 1 9 3 1 0 0 0.50 2.03 73 V -3 -6 -6 -6 3 -4 -4 -7 -6 4 2 -6 0 -4 -6 -4 1 -1 -1 5 1 0 0 0 7 1 1 0 0 21 20 0 2 0 0 0 7 1 2 36 0.96 2.00 74 F -4 -6 -6 -4 2 -4 -5 -6 -3 1 4 -6 1 7 -5 -5 -5 -4 -1 -2 1 0 0 1 4 1 0 0 0 6 40 0 3 40 0 1 0 0 1 1 1.30 1.98 75 R 0 3 0 3 -1 2 3 -3 -1 -2 -2 0 -3 -4 -5 0 -1 -6 -3 -3 9 15 4 14 1 9 18 2 1 2 5 5 1 1 0 5 3 0 1 2 0.40 1.95 76 E -1 1 -1 6 -3 0 4 -4 -4 -6 -5 -1 -5 -5 -5 -1 -2 -7 -6 -6 4 9 1 43 1 3 30 1 0 0 1 2 0 1 0 4 2 0 0 0 1.16 1.94 77 A 6 -3 -5 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -2 0 -3 0 -2 -5 -2 -1 -2 2 1 59 1 0 1 0 0 0 1 2 2 8 1 2 1 0 2 4 0 6 9 0.91 1.91 78 K 3 -1 1 -2 1 2 3 -3 -2 -3 -2 0 -2 -3 -4 0 -1 -6 -4 1 27 3 6 2 3 11 17 1 1 1 3 5 1 1 0 6 4 0 0 9 0.41 1.89 79 A 2 1 0 3 -3 2 4 -3 -2 -3 -4 1 -3 -6 -4 0 -1 -6 -5 -2 17 7 3 13 1 7 26 2 1 2 1 8 0 0 0 6 3 0 0 3 0.52 1.87 80 E -2 0 -2 1 -6 3 6 -5 -1 -6 -4 -1 -3 -2 -4 -2 -1 -3 0 -4 3 5 1 7 0 13 53 0 1 0 1 3 1 2 1 2 4 0 4 1 1.01 1.86 81 G -3 2 4 -1 -2 -2 -3 1 0 -2 1 -3 1 -1 -5 -2 0 3 3 -1 2 10 21 3 1 1 1 12 2 2 13 1 4 3 0 2 5 4 10 4 0.39 1.82 82 A 0 -1 -2 2 -1 -1 3 1 -2 -4 -5 -1 -5 -4 5 -2 -1 -3 -1 -3 9 3 1 10 1 3 20 10 1 1 1 4 0 1 27 2 3 0 2 1 0.63 1.82 83 D -2 0 2 4 -4 0 1 3 1 -5 -5 0 -2 -2 -3 -1 -2 -1 -1 -6 3 4 10 27 0 4 9 20 4 0 1 5 1 2 1 4 2 1 3 0 0.57 1.85 84 I -3 -1 -3 -6 -2 -5 -3 -4 -3 1 4 -2 0 5 -3 -5 -4 -2 -2 2 1 4 2 0 1 0 2 1 0 8 38 3 2 23 1 0 0 1 1 11 0.75 1.80 85 T 0 2 -1 -1 -5 3 0 -4 -1 -2 -3 3 -4 1 -5 0 3 -5 -3 -4 6 10 3 3 0 14 7 1 2 3 3 15 0 5 0 8 21 0 1 1 0.44 1.78 86 I -3 -6 -6 -7 2 -6 -6 -7 -6 4 2 -6 -1 4 -6 -5 -4 -5 1 4 1 0 0 0 4 0 0 0 0 27 17 0 1 15 0 0 0 0 4 32 1.04 1.76 87 I -1 1 -5 -4 -5 0 2 -6 -2 4 -1 -2 -1 1 -5 -4 -1 3 -1 3 4 9 0 1 0 3 14 0 1 25 6 1 1 5 0 0 4 3 2 21 0.52 1.68 88 L -4 -5 -6 -7 0 -5 -6 -7 -6 3 5 -4 -2 4 -6 -5 -3 -4 -1 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 14 52 1 0 17 0 0 1 0 1 11 1.07 1.61 89 S 3 -3 4 4 -4 -3 -2 1 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 3 -2 -6 -5 -4 26 0 20 22 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0.77 1.07 K Lambda Standard Ungapped 0.1313 0.3150 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1724 0.3174 PSI Gapped 0.0528 0.2670