Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 -2 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 1.26 0.85 2 A 5 -2 -1 0 -3 3 0 -2 -1 -4 -2 -2 -2 -1 -3 1 -2 -5 -4 -2 52 1 3 6 0 14 5 1 1 0 3 1 1 3 0 8 1 0 0 2 0.60 0.97 3 P 4 -3 -2 4 -4 0 1 -1 -3 -4 -4 -1 -2 -3 1 -1 0 -5 -4 -4 37 0 1 24 0 4 10 4 0 0 0 3 1 1 7 3 5 0 0 0 0.60 0.99 4 A 4 -2 -3 -2 -3 2 -2 -2 -4 -2 3 -2 2 -3 -1 -2 -2 -4 -4 -1 39 2 1 2 0 12 1 2 0 1 28 1 5 0 3 1 2 0 0 2 0.51 1.02 5 N 1 -3 1 0 -5 0 3 -3 -3 -5 -4 0 -4 -5 6 -2 -2 -6 -5 -3 10 0 6 4 0 5 20 1 0 0 1 5 0 0 44 2 1 0 0 1 1.03 1.04 6 A 0 2 -3 -3 -5 1 -2 -2 5 -1 -1 3 4 -4 3 -3 -2 -5 -3 -1 8 11 0 1 0 6 1 2 14 3 6 18 12 0 13 0 2 0 0 4 0.46 1.06 7 V -2 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 4 -5 1 -2 -5 -4 -1 -5 -3 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 48 0 2 0 0 0 2 0 0 42 1.02 1.07 8 T 1 -3 0 4 -4 0 0 -2 -3 -5 -4 0 -4 -5 0 3 1 -6 -5 -4 12 0 2 31 0 4 4 1 0 0 1 5 0 0 5 25 10 0 0 0 0.64 1.09 9 A 0 -3 -3 0 -5 -1 6 -4 -3 -4 -3 -1 -3 -5 4 -3 -3 -5 -5 -4 7 0 0 4 0 1 60 0 0 1 3 1 1 0 22 0 0 0 0 1 1.18 1.09 10 D 0 -3 3 5 -4 -1 -1 -3 -3 -5 -4 0 -4 -5 -4 3 2 -6 -5 -4 7 0 15 31 0 2 3 1 0 0 1 6 0 0 0 23 12 0 0 0 0.72 1.09 11 D -1 -4 2 7 -5 -2 0 -3 -2 -4 -5 -3 -5 -2 -4 0 -2 -5 -1 -5 4 0 7 69 0 0 5 1 0 1 0 0 0 2 0 7 1 0 2 0 1.31 1.09 12 P 1 -2 -3 0 -4 -2 -1 -2 -4 -4 -5 -3 -4 -5 7 -1 -2 -5 -5 -4 15 2 0 5 0 1 4 2 0 1 0 0 0 0 65 4 1 0 0 0 1.57 1.07 13 T 0 -2 0 -3 -4 5 0 -3 -3 -1 -2 -1 0 -4 -3 -1 4 -4 -2 -1 7 0 4 0 0 30 3 1 0 3 4 2 2 0 0 2 36 0 1 3 0.68 1.07 14 A 6 -2 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 95 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.48 1.09 15 I 0 0 -3 -4 -4 4 -1 -4 0 -1 -2 4 0 -4 -4 -2 -1 -5 -4 2 8 3 0 0 0 22 1 1 2 4 2 33 2 0 0 1 3 0 0 18 0.61 1.12 16 A 6 -3 -2 -4 -3 0 -2 0 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -2 2 -1 -5 -4 -2 70 0 2 0 0 3 1 6 0 0 0 2 0 0 1 13 2 0 0 1 0.99 1.11 17 L -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -3 0 0 6 -5 3 -1 -5 -5 -3 -4 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 2 3 3 77 0 6 1 0 0 0 0 1 7 1.16 1.13 18 K -1 -2 3 0 -5 -1 -2 5 1 -6 -6 2 -5 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 3 1 16 5 0 2 1 47 3 0 0 16 0 0 0 6 0 0 0 0 0.91 1.13 19 Y -3 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -3 -1 -4 -3 -4 -3 2 -5 -4 -4 0 9 -4 2 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 90 0 2.27 1.14 20 N -2 2 -1 -4 -4 -3 -3 -5 2 0 -3 3 0 -4 -4 -2 1 -5 -3 5 2 10 3 0 0 0 0 0 7 3 0 18 2 0 0 2 8 0 0 44 0.65 1.15 21 Q 2 -2 1 -1 -4 1 4 -3 5 -3 -3 -2 -2 -4 -1 -1 -1 -5 -3 -3 22 2 7 3 0 5 28 0 18 1 3 1 1 0 3 2 4 0 0 1 0.61 1.14 22 D -2 -2 3 7 -5 -1 0 -3 -1 -4 -4 -1 -2 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -1 3 2 12 61 0 2 3 0 1 0 1 4 1 0 0 1 1 0 0 4 1.13 1.10 23 A 5 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -2 2 -2 -3 -3 -3 -4 -3 1 1 -4 -2 -2 62 0 2 0 0 1 0 2 5 2 1 0 0 0 0 11 9 0 1 2 0.85 1.10 24 T 3 -2 1 -1 -3 -1 -1 -2 -3 -3 -3 1 -3 -4 -1 3 4 -4 -3 -3 25 2 5 3 0 2 2 1 0 1 2 7 0 0 2 21 26 0 0 1 0.52 1.06 25 K -1 1 0 3 -4 2 1 -2 0 -4 -4 4 -3 -3 -3 -1 1 -4 -3 -3 6 5 4 14 0 8 6 3 2 1 1 35 0 1 1 4 8 0 0 1 0.52 1.03 26 S 3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 0 -2 -2 -1 -3 -3 1 2 -4 -3 4 24 1 2 1 0 1 1 3 0 4 2 3 1 0 1 11 12 0 0 34 0.50 1.01 27 E 0 -3 0 6 -4 -1 1 -2 -3 -4 -4 0 -2 -4 -3 1 0 -4 -4 -4 6 1 2 55 0 1 6 1 0 1 1 6 1 0 1 9 6 0 0 1 0.93 1.01 28 R -2 2 -1 2 -3 1 0 -1 3 -3 -3 3 -1 0 -1 -1 0 -3 -2 -2 2 13 3 11 0 6 4 4 9 1 2 22 2 5 2 4 6 0 1 2 0.34 0.92 29 V 3 -1 0 0 -2 -1 0 -2 3 -1 -2 0 -2 -2 1 0 1 -3 -2 0 24 3 5 4 1 1 6 2 8 3 4 5 1 1 6 7 10 0 1 7 0.21 0.80 30 A 2 0 -2 1 -2 -1 -1 -2 -2 -2 0 3 -1 -3 2 0 -1 -3 -2 -2 20 5 1 8 1 2 2 3 1 2 9 22 2 1 9 7 3 0 1 2 0.27 0.81 31 A 3 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -1 0 -2 -1 -1 1 3 -1 -1 -1 3 4 -1 23 2 3 3 0 1 2 4 2 1 5 4 3 13 2 4 3 3 14 5 0.29 0.86 32 A 3 -1 -2 -1 -3 0 -2 -1 0 -3 -3 2 -3 0 4 -1 -1 -3 3 -2 25 3 1 3 0 3 1 3 2 1 2 13 0 3 20 4 3 0 10 1 0.43 0.90 33 R -2 3 -1 -1 -3 0 2 -1 0 -3 -3 5 -2 -2 -2 -1 -1 -2 2 -3 3 13 2 3 1 2 12 4 2 1 3 35 1 1 1 3 2 0 8 2 0.49 0.84 34 P -1 1 -1 -2 -2 1 -1 -2 2 -2 -2 0 -2 3 2 -2 -1 -1 5 -2 5 7 2 2 1 7 4 3 5 3 3 6 1 11 11 2 3 0 21 2 0.37 0.76 35 G 0 -1 -1 1 -2 -1 0 1 -2 -2 -2 2 -2 -2 4 -1 -1 -2 -2 -2 8 2 2 9 1 2 5 12 1 2 4 14 1 2 22 4 3 1 1 3 0.33 0.64 36 L 0 0 1 -1 -2 1 0 -1 0 -2 0 2 0 -2 0 0 1 -2 0 -1 7 5 6 3 1 6 7 6 2 2 12 11 2 2 4 8 8 1 3 5 0.06 0.64 37 P -1 -1 -2 -1 -2 -1 0 -2 4 -2 -2 0 -2 1 5 -1 -1 0 3 -2 6 4 2 3 1 2 5 3 12 2 4 5 1 6 26 3 3 1 10 3 0.48 0.68 38 P 2 -1 0 -1 -3 3 0 0 -2 -2 -2 1 0 -2 1 0 0 -3 -3 0 17 2 5 3 0 15 6 7 1 2 4 8 2 2 7 5 6 0 1 8 0.19 0.92 39 E 3 -2 0 0 -4 -1 4 -1 -3 -3 -4 1 -3 -4 1 0 -1 -4 -4 -2 32 0 4 5 0 1 26 4 0 1 1 9 0 0 6 5 2 0 0 2 0.51 1.06 40 E -1 -4 1 2 -5 -1 0 6 -1 -5 -5 -1 -5 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -5 3 0 6 10 0 2 8 59 1 0 0 3 0 0 0 4 2 0 0 0 1.02 1.13 41 Q -1 -1 0 1 -5 7 2 -4 -2 -5 -5 0 -3 -5 -4 1 -3 -5 -4 -4 4 1 3 6 0 58 12 0 0 0 0 5 0 0 0 10 0 0 0 0 1.14 1.14 42 H -2 2 2 0 -5 1 -2 -4 5 -1 -1 1 -1 1 -4 -2 2 -4 0 -1 3 11 9 5 0 8 1 0 15 3 5 10 2 5 0 1 14 0 2 5 0.35 1.16 43 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.24 1.16 44 A 3 -2 0 2 -4 -3 0 1 1 -3 -2 0 -4 -5 -4 2 0 -5 -4 -3 33 2 4 10 0 0 7 9 3 1 4 5 0 0 0 18 5 0 0 1 0.42 1.16 45 N -3 -2 7 0 -5 -1 -2 -1 1 -5 -4 -1 -4 -5 -4 0 0 -6 -4 -5 1 0 72 3 0 1 1 4 3 0 1 2 0 0 0 4 6 0 0 0 1.42 1.16 46 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.24 1.16 47 Q 2 1 0 -3 -4 5 -2 -2 -3 -2 -1 -1 4 -4 -4 1 -1 -5 -4 -2 21 7 3 1 0 30 0 2 0 2 5 2 13 0 0 11 2 0 0 2 0.57 1.16 48 F -3 -5 -5 -6 -4 -1 -5 -6 -1 -1 4 -5 0 6 -6 -5 -4 0 2 -2 1 0 0 0 0 4 0 0 2 1 44 0 1 41 0 0 0 1 5 1 1.14 1.16 49 M -3 -5 -5 -6 -5 -3 -5 -5 0 0 -2 -5 1 5 -6 -4 -2 6 7 -2 1 0 0 0 0 1 0 0 1 5 1 0 4 25 0 0 2 9 48 2 1.47 1.16 50 Q -1 -1 -2 -2 -4 6 -1 -2 -3 -1 0 2 0 -4 -3 0 1 -4 -4 0 4 1 1 1 0 38 2 3 0 4 9 10 2 0 0 6 11 0 0 7 0.55 1.09 51 A 1 -2 -2 -2 -3 -1 -1 5 -3 -4 -2 -1 -3 -4 3 -1 -2 -4 -4 -3 13 2 1 2 0 2 3 46 0 1 3 4 0 1 14 2 2 0 1 1 0.73 0.97 52 N 0 -2 1 4 -4 -1 2 0 -1 -4 -4 3 -3 -4 0 -1 0 -4 -3 -3 8 1 6 23 0 2 11 6 1 1 1 23 0 1 5 2 6 0 1 1 0.45 0.97 53 V 3 -2 -1 1 -3 0 1 -2 -3 -3 -2 1 -3 -4 3 1 0 -4 -2 -1 25 1 3 8 0 4 9 2 0 1 4 11 0 1 13 9 5 0 1 4 0.32 1.01 54 G 1 -3 0 -1 -3 -3 0 4 -3 -2 -3 -2 -3 -4 -3 1 2 -4 -2 -2 10 1 5 3 0 1 6 39 0 3 2 1 0 0 1 13 12 0 2 2 0.54 1.02 55 E 1 -3 0 5 -4 0 2 0 -3 -4 -4 0 -4 -4 1 0 0 -4 -4 -3 11 1 3 34 0 3 13 8 0 1 1 4 0 0 6 6 6 0 0 2 0.55 1.03 56 G 4 -1 0 1 -3 -1 0 0 -3 -3 -3 1 -3 -4 1 1 0 -4 -3 -2 33 3 3 7 0 1 7 8 0 1 2 9 0 1 6 10 6 0 1 2 0.34 0.96 57 D 1 -2 0 2 -3 1 3 2 -2 -4 -3 0 -3 -4 0 0 0 -4 -3 -3 11 2 4 11 0 5 24 15 0 1 2 5 0 1 5 8 5 0 1 1 0.37 0.96 58 W -2 -2 -1 -3 1 -1 -3 -3 0 -2 -1 -3 0 0 -1 -2 -1 10 4 -1 4 2 4 1 4 3 1 2 2 2 6 1 2 3 3 3 4 38 13 3 1.15 0.90 59 K 1 1 -1 -4 -5 -1 -2 6 -2 -4 -5 0 -4 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -3 11 8 2 0 0 2 3 66 1 1 0 5 0 0 0 0 0 0 0 1 1.15 1.15 60 G 0 -2 -2 -4 -5 -1 -2 4 -4 -5 -4 0 -4 -5 5 -2 0 -5 -1 -3 8 2 2 0 0 3 2 39 0 0 2 5 0 0 29 1 5 0 3 1 0.88 1.15 61 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.24 1.16 62 Q 2 -2 0 -2 -4 4 -2 -2 -3 -3 -4 0 -3 -5 4 1 2 -5 -4 -2 18 1 5 1 0 21 0 3 0 1 0 6 0 0 19 9 13 0 0 3 0.56 1.16 63 L 0 -5 -5 -2 -4 -4 -4 -5 -2 4 4 -5 4 -2 -5 -3 -3 -5 -4 1 7 0 0 3 0 0 0 0 1 25 43 0 9 1 0 1 1 0 0 9 0.81 1.16 64 F -4 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -4 0 0 -5 0 8 -6 -5 -4 -2 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 0 1 83 0 0 0 0 2 4 1.89 1.16 65 P 2 -2 -3 -3 -4 1 -2 2 -4 -5 -5 -1 -4 -5 6 -1 -1 -1 -3 -4 19 1 1 1 0 6 2 18 0 0 0 2 0 0 39 4 4 1 1 0 0.92 1.16 66 G 0 -2 1 1 -5 0 -2 6 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -1 -3 -5 -5 -5 5 2 6 7 0 4 1 68 0 0 0 2 0 0 0 2 1 0 0 0 1.24 1.16 67 K -3 1 1 -2 -5 -1 -2 -1 0 -4 -4 6 -3 -1 0 -2 -3 -5 -1 0 0 6 6 2 0 2 1 5 2 0 0 59 0 2 5 1 0 0 3 7 0.86 1.12 68 L 0 -1 -2 -1 -4 4 0 -4 0 -2 3 -2 -2 -2 -3 1 -1 -4 -1 0 9 4 1 3 0 20 4 0 2 0 28 1 0 1 1 14 4 0 2 6 0.34 1.09 69 I -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 -2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 1.57 1.16 70 N 4 -2 4 -2 -4 -2 0 -3 1 -5 -5 -1 -4 -5 -1 2 -1 -5 -2 -3 34 2 25 1 0 0 5 0 4 0 0 4 0 0 2 19 1 0 1 1 0.67 1.16 71 V 5 -2 0 -2 -4 -3 -1 1 -4 -3 -3 -3 -4 -5 3 0 -1 -5 -4 0 48 2 4 1 0 0 3 9 0 1 1 1 0 0 16 5 3 0 0 7 0.68 1.16 72 N 1 0 4 2 0 1 2 0 -3 -5 -4 3 -2 -5 -3 -1 -2 -6 -5 -4 10 3 19 10 2 6 12 7 0 0 1 24 1 0 0 3 2 0 0 0 0.52 1.16 73 G -1 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -5 4 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.04 1.16 74 W -5 -5 -6 -7 -5 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -4 -1 -6 -5 -5 12 3 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 8 0 3.76 1.16 75 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.24 1.16 76 A 1 -2 3 0 -4 1 -2 -3 -3 -3 -3 -1 -1 -3 -3 4 1 0 -4 0 10 1 14 4 0 8 0 0 0 1 1 4 1 1 1 40 8 1 0 6 0.54 1.14 77 S 5 -4 -3 -4 -3 -3 -2 -1 -4 -2 -4 -3 -3 -4 -3 4 -1 -5 0 0 52 0 0 0 0 0 2 3 0 1 0 0 0 0 0 31 2 0 3 6 0.87 1.14 78 W -5 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -5 2 -4 -4 -5 -4 2 -6 -5 -5 11 6 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 6 0 0 0 60 31 0 2.69 1.14 79 T 3 -4 0 -4 -3 -2 -3 -3 -4 -1 -2 -2 -1 -4 -4 1 3 -5 -4 3 32 0 5 0 0 1 1 0 0 2 1 2 1 0 0 10 19 0 0 26 0.59 1.12 80 L 2 0 -3 -4 -5 1 -2 -3 -1 -4 -1 5 0 -5 4 -2 -2 -5 -4 -4 17 4 0 0 0 5 1 1 1 0 7 41 2 0 19 0 1 0 0 0 0.77 1.09 81 K -2 4 -3 -3 -5 1 -2 -3 -3 -5 -4 6 -1 -5 -4 -3 -3 -5 -1 -4 1 25 0 0 0 5 0 1 0 0 1 63 2 0 0 0 0 0 2 0 1.26 1.05 82 A 5 -3 -3 -3 -3 -1 -1 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 3 1 0 -5 -4 -3 64 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 17 8 5 0 0 0 0.97 0.95 83 G 4 -4 -2 -3 -3 -3 -3 6 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 40 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.66 K Lambda Standard Ungapped 0.1296 0.3154 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1750 0.3177 PSI Gapped 0.0536 0.2670