Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -4 39 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.40 1.09 2 P 0 -5 -1 1 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 -3 -5 -6 7 -2 4 -6 -5 -4 8 0 2 8 0 0 3 2 0 0 0 1 0 0 46 2 28 0 0 0 1.31 1.51 3 L 1 -4 -2 -1 -3 -1 5 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -6 2 1 -3 -6 -4 1 11 0 1 3 1 2 38 6 1 2 3 2 1 0 10 8 1 0 0 10 0.56 1.68 4 G 1 -3 5 -1 -5 -1 0 1 -2 -5 -5 1 -5 -4 2 1 1 -6 -5 -5 11 1 30 3 0 2 7 10 1 0 1 7 0 1 8 11 7 0 0 0 0.58 1.72 5 S -1 0 5 2 -3 0 -2 -1 -1 -6 -5 0 -5 -6 -1 3 0 -6 -5 -4 5 4 26 11 1 3 2 5 1 0 1 7 0 0 3 25 6 0 0 1 0.64 1.79 6 Q -2 -1 1 4 -6 2 5 -2 0 -6 -6 0 -4 -6 -3 -1 -2 -2 -4 -4 4 2 7 26 0 8 32 3 2 0 0 6 0 0 1 5 2 1 1 1 0.81 1.82 7 E -3 0 0 -3 -1 1 -1 -4 8 -3 -2 2 -2 -2 -1 -2 -2 -5 3 -2 2 5 4 1 1 5 4 1 32 2 4 14 1 1 4 3 3 0 10 3 0.81 1.86 8 L -3 -6 -5 -7 -1 -6 -5 -7 -2 7 1 -5 1 0 -5 -4 -3 -6 -4 2 1 0 1 0 1 0 0 0 1 63 12 1 3 3 0 1 1 0 0 11 1.37 1.91 9 R -3 1 5 -2 -1 1 -2 -4 1 -2 -4 3 -3 -4 -3 0 2 -6 -4 -3 1 8 29 1 1 6 2 1 3 3 2 16 0 1 1 7 14 0 0 2 0.64 1.93 10 L -4 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 4 5 -6 -1 0 -5 -5 -4 -1 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 26 56 0 1 3 0 1 0 1 0 11 1.24 1.92 11 R -3 3 -2 -4 -4 -1 -2 -4 0 -4 -5 6 -1 -3 -4 -1 1 -3 -3 -1 1 14 2 0 0 1 1 1 2 1 1 54 2 1 0 3 8 0 1 5 1.03 1.94 12 V -2 -5 -5 -7 -2 -4 -6 -6 -6 3 1 -6 0 0 -6 -4 -3 -2 -3 6 2 0 1 0 1 1 0 0 0 13 11 0 1 3 0 1 1 1 0 65 1.31 1.94 13 Q 1 2 -1 -4 -4 5 -3 -4 -1 0 -2 2 -1 -3 -5 -2 1 -3 -3 2 10 9 3 1 0 23 1 1 2 6 4 12 1 1 0 3 8 0 1 14 0.44 1.91 14 G -1 -3 0 2 1 -3 -1 4 -2 -2 -3 -2 -3 -3 -4 2 0 -1 -2 -3 5 2 4 12 3 1 5 34 1 2 3 2 1 1 1 15 7 1 2 2 0.52 1.85 15 K -1 0 -1 -1 -5 6 0 -2 -1 -3 -4 2 -3 -5 -1 0 -1 -5 -3 -4 5 5 3 3 0 43 5 2 1 1 2 13 1 1 2 7 3 0 1 1 0.84 1.85 16 E -3 -2 2 6 -2 0 2 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -1 -1 -1 -3 -4 2 2 9 46 1 3 14 3 1 1 2 3 1 1 1 4 3 1 1 1 0.89 1.81 17 K -1 1 0 -1 -4 -1 0 5 -3 -3 -4 2 -1 -3 -2 0 -2 1 -3 -3 4 9 5 3 0 2 5 37 1 2 2 14 2 1 2 5 2 2 1 1 0.55 1.70 18 H -1 0 3 2 -1 -1 0 1 3 -4 -4 2 -4 -3 -2 2 0 -4 0 -3 4 6 14 10 1 3 5 11 6 1 2 12 0 1 2 13 5 0 3 1 0.32 1.65 19 Q -1 0 1 0 -5 1 3 -1 -2 -2 -4 1 -2 -2 -2 3 0 -5 -3 -3 4 4 5 5 0 7 19 5 1 2 2 8 1 2 1 25 6 0 1 2 0.38 1.80 20 M -1 -1 -3 -2 -1 0 2 -3 -2 0 -1 -1 2 -2 1 -1 0 -5 -3 4 4 3 1 3 1 3 13 2 1 4 5 5 5 2 8 5 6 0 1 29 0.32 1.73 21 L -2 -2 -3 -2 1 0 -3 -5 0 3 2 -1 1 3 -4 -3 -2 -2 -1 3 3 2 1 2 3 4 1 1 2 16 15 4 4 11 1 2 2 1 2 23 0.43 1.75 22 E -3 1 0 -2 -3 4 1 -2 5 -2 -3 -1 -1 -1 -2 -1 1 -1 2 -1 2 6 3 2 1 17 9 3 15 3 3 4 1 3 2 5 9 1 7 5 0.39 1.67 23 I -4 -4 -5 -6 -1 -5 -5 -5 -2 2 0 -4 1 7 -6 -4 -3 -3 2 1 1 1 0 0 2 0 0 1 1 10 7 1 3 52 0 1 1 0 6 11 1.24 1.80 24 S -1 4 0 -3 -3 -1 -1 -4 -2 -4 -3 5 -2 -3 -2 0 1 -2 -3 -4 4 18 5 1 1 2 3 1 1 1 2 40 1 1 2 8 7 1 1 1 0.73 1.84 25 L -2 -5 -4 -6 -1 -4 -4 -5 -6 5 1 -5 4 -2 -6 -3 -1 -5 -3 5 2 0 1 0 1 1 1 1 0 34 11 0 10 1 0 1 3 0 1 33 1.01 1.84 26 S -3 2 1 -2 -3 -1 -2 -2 1 -5 -4 6 -2 -3 -1 0 -2 -2 -1 -4 2 11 6 2 1 2 2 3 4 1 1 49 1 1 2 6 2 1 2 1 0.85 1.87 27 P -2 5 -1 -3 -3 0 -2 -3 -2 -3 -3 3 3 -3 2 -2 -1 0 -1 -2 3 33 3 1 1 3 1 2 1 1 2 17 9 1 10 3 3 1 2 2 0.67 1.83 28 D -3 -1 3 3 -5 -2 -1 -1 5 -2 -4 -1 -1 -3 -4 1 3 -6 -2 -3 2 4 12 16 0 2 3 4 13 2 1 4 2 1 1 11 21 0 1 1 0.54 1.80 29 S 0 -3 -2 2 -1 -1 0 -3 -2 -2 -3 -1 0 -3 -3 0 5 0 -2 -1 8 1 1 11 2 3 5 1 1 3 2 3 3 1 1 6 40 1 1 4 0.55 1.78 30 P -2 0 -2 -3 0 1 -2 -5 2 -2 -2 2 -4 -3 6 -1 1 -6 -2 -3 3 5 1 1 2 6 3 0 5 3 4 15 0 1 33 5 11 0 1 1 0.70 1.74 31 L -2 -3 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -2 1 5 -5 4 4 -3 -3 -4 -4 -3 -1 3 2 0 0 1 0 0 0 1 5 53 0 9 18 2 2 0 0 0 3 0.98 1.71 32 K -1 2 -1 -1 -1 2 1 0 0 -2 -3 3 -1 -1 -4 3 -2 -1 -4 -2 5 12 2 2 1 8 8 6 2 2 2 19 1 3 0 21 2 1 0 2 0.37 1.80 33 V -2 2 -1 -2 -5 0 0 -2 0 -1 -3 6 -1 -3 -2 -1 0 -1 -4 -1 3 8 3 2 0 3 5 2 2 4 2 46 1 1 2 5 5 1 0 4 0.67 1.80 34 L -1 -2 -5 -6 -4 -2 -5 -3 -5 2 5 -5 2 -1 -1 -3 -2 -5 -4 2 5 2 0 0 0 2 0 2 0 12 49 0 4 2 4 2 2 0 0 11 0.72 1.73 35 M -2 -2 -5 -2 1 0 -2 -3 -4 1 0 1 7 4 -5 -4 -2 -4 1 -1 4 2 0 2 2 4 2 3 0 7 9 8 29 16 0 0 3 0 4 4 0.71 1.87 36 S 0 1 1 2 1 0 1 -1 1 -1 -2 2 0 -1 -5 0 -1 -5 0 -2 7 7 7 11 3 4 10 4 3 4 4 13 3 3 0 7 4 0 3 3 0.17 2.02 37 H 3 0 -1 -1 1 1 -1 -2 2 -2 -2 0 0 -1 -1 0 -1 2 0 0 24 6 3 4 3 6 3 3 5 3 3 6 3 3 3 7 4 3 3 6 0.19 2.00 38 Y -2 -5 -3 -4 2 -5 -5 -4 0 -2 -3 -3 -1 4 -3 -3 -3 1 8 -1 3 0 1 1 5 0 0 1 2 2 2 1 1 13 1 2 1 2 54 4 1.42 1.98 39 E 1 0 -1 -2 7 -1 -1 -1 0 -1 -2 -1 -4 -1 -1 0 -1 2 0 -2 13 5 3 3 25 3 4 6 3 3 4 3 0 3 3 6 3 3 4 3 0.52 1.96 40 E -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 5 6 0.11 1.89 41 A -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 42 M -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 43 G -1 0 1 -1 1 0 -1 4 0 -2 -3 0 0 -1 0 -1 -1 2 -1 -2 5 6 6 4 3 5 4 27 3 3 3 5 3 3 4 5 3 3 3 3 0.25 2.05 44 L -1 -1 -1 -5 2 -1 -2 -1 2 0 2 0 2 0 0 -1 -1 2 0 1 6 3 3 0 4 3 3 4 5 6 20 5 6 3 4 4 3 3 3 11 0.17 2.06 45 S -1 -1 1 2 0 0 0 -2 0 -2 -3 0 -1 -2 2 2 0 -5 -1 -2 5 4 6 13 2 5 7 3 2 2 2 5 2 2 12 18 6 0 2 2 0.25 2.01 46 G -1 0 -1 -2 -5 0 -1 -1 0 1 0 -1 4 0 1 -2 -1 2 1 1 5 6 3 3 0 4 4 6 3 7 8 4 12 4 7 3 4 3 4 8 0.13 2.00 47 H -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 0 0 4 1 -4 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 5 5 0 0.16 1.89 48 K -1 -1 0 0 1 3 -1 -1 1 -2 -2 1 0 -1 -1 2 1 2 -1 -2 6 3 5 5 3 13 4 4 3 3 4 7 3 3 3 17 7 2 3 3 0.18 2.00 49 L -1 -1 -1 -5 1 -1 -4 -2 1 3 2 -2 2 1 -1 -2 1 -5 0 2 4 3 3 0 3 3 0 4 3 15 17 3 5 5 3 3 9 0 3 11 0.25 1.89 50 S -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.12 2.01 51 F 0 -4 -4 -4 4 -3 -4 -4 -3 1 1 -4 3 2 -4 1 -3 5 3 1 10 0 0 0 9 0 1 1 0 10 10 1 9 9 0 10 1 9 9 10 0.49 1.01 52 F -2 1 -2 -2 0 1 -2 -3 1 0 3 -1 2 0 -2 0 -1 1 1 0 3 8 2 2 2 8 2 2 4 4 24 4 5 4 2 6 4 2 4 5 0.17 1.70 53 F -3 -2 -2 -2 2 -4 -3 -3 0 -1 -1 -5 0 7 -2 -2 -2 3 4 -2 2 2 2 2 4 0 2 2 2 2 6 0 2 45 2 3 2 3 11 2 0.94 1.70 54 D -2 0 1 6 -5 -1 1 -2 0 -5 -3 -1 -1 -2 -1 -2 -2 -5 -2 -2 4 4 6 47 0 2 10 2 2 0 2 3 2 2 3 2 2 0 2 4 0.82 1.72 55 G -2 -2 -1 -1 -1 -2 -2 6 -1 -5 -5 -2 -5 -2 -4 -2 -2 2 -2 -5 2 2 3 4 1 2 2 67 2 0 1 2 0 2 0 3 2 3 2 0 1.22 1.67 56 T -2 1 -1 1 0 4 3 -2 0 -1 -3 2 0 -2 -3 -1 -1 -5 -2 -1 2 7 3 9 2 19 16 3 2 4 3 12 3 2 1 4 4 0 1 5 0.36 1.79 57 K -1 5 -2 -2 -2 0 -1 -3 0 -2 -2 1 -1 -2 4 -1 -1 -1 0 -2 4 26 2 2 1 4 5 2 2 2 5 7 1 2 19 4 4 1 3 3 0.47 1.80 58 L -2 -5 -4 -5 0 -2 -5 -4 -5 5 3 -5 1 -1 -3 -3 -2 -5 -2 2 3 0 1 0 2 2 0 1 0 36 28 0 3 2 1 2 2 0 1 15 0.83 1.75 59 S 0 1 4 1 -1 1 0 -1 1 -2 -3 1 -1 -4 -1 1 0 -2 -3 -2 9 8 18 7 1 6 5 4 3 2 3 9 1 1 4 9 5 1 1 3 0.24 1.83 60 G -1 -2 -1 2 -3 -1 3 2 -2 -3 -2 -1 -2 -3 4 -1 -3 -2 -3 -4 5 2 3 10 1 2 19 16 1 1 4 3 1 1 20 4 1 1 1 1 0.46 1.84 61 K -2 -1 3 3 -2 -1 2 -2 0 -3 -4 0 -1 -4 -4 1 3 -1 -2 -4 3 4 16 15 1 3 12 2 2 2 1 5 2 1 0 8 19 1 2 1 0.45 1.82 62 E -2 -1 0 5 -6 4 1 -2 3 -4 -4 0 0 -5 -4 0 -2 -2 -3 -4 3 3 3 34 0 16 8 2 8 1 2 5 2 0 0 7 2 1 1 1 0.72 1.84 63 L -3 -2 -2 -4 -1 -4 -3 -5 -5 -2 -2 -3 -2 -4 -3 0 7 -5 -5 -3 1 2 1 0 1 0 2 0 0 1 3 1 1 1 1 4 78 0 0 1 1.53 1.85 64 P 0 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -3 8 -2 -2 -6 -5 0 9 1 0 0 3 0 0 0 1 3 3 0 0 1 66 3 2 0 0 7 1.68 1.79 65 A 4 -2 -1 3 -1 0 3 -2 -2 -3 -3 2 -3 -3 -4 -1 -1 -6 -3 -2 30 2 3 13 1 3 17 3 1 1 2 10 1 1 1 5 3 0 1 2 0.47 1.84 66 D -2 -3 -1 4 -2 5 3 -3 -1 -5 -4 -2 -1 -2 -2 2 -1 -3 -4 -4 2 1 2 20 1 24 18 2 1 0 2 2 2 2 2 15 4 0 1 1 0.67 1.88 67 L -2 -4 -6 -6 -2 -2 -4 -6 -1 0 6 -4 2 -2 -6 -4 -3 -1 -1 0 3 1 0 0 1 2 1 0 2 3 71 1 4 1 0 1 1 1 2 4 1.14 1.89 68 G -3 -2 1 4 -6 -1 5 4 -2 -5 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -4 -6 -4 -5 2 2 5 21 0 1 33 27 1 1 1 4 1 0 0 1 1 0 1 0 0.93 1.90 69 L -4 -4 -6 -7 -2 -4 -6 -6 -5 1 3 -5 9 -1 -6 -4 -2 -2 -4 -1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 7 25 0 56 2 0 0 2 1 0 3 1.66 1.88 70 E -2 -2 -1 0 -7 1 7 -3 -1 -5 -5 1 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -3 3 2 2 4 0 6 68 1 1 1 1 7 0 0 0 1 1 0 0 2 1.34 1.88 71 S -3 -5 2 7 -6 -3 2 -2 -1 -5 -7 -3 -4 -6 -3 -1 -3 -2 -4 -5 2 0 8 63 0 1 11 3 2 0 0 1 0 0 1 5 1 1 1 1 1.42 1.87 72 G -2 -3 1 2 -6 -2 4 5 -2 -6 -5 -1 -1 -6 -5 -3 -4 -6 -4 -4 2 1 7 10 0 1 29 39 1 0 1 3 2 0 0 1 0 0 1 1 0.95 1.85 73 D -2 -4 -2 8 -3 -3 1 -2 -2 -6 -7 -4 -4 -4 -5 -3 -4 -7 -5 -5 3 0 1 82 1 0 6 2 1 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1.95 1.83 74 L -2 -2 -4 -4 3 0 1 -4 -3 2 -1 -2 2 -2 -4 -1 4 -3 -5 2 2 3 0 1 5 5 10 1 0 13 6 2 5 1 1 3 24 0 0 17 0.45 1.84 75 I -3 -5 -5 -6 -5 -6 -6 -7 -6 7 1 -6 0 -2 -5 -4 -1 -6 -5 2 1 0 1 0 0 0 0 0 0 72 8 0 1 1 0 1 4 0 0 9 1.55 1.81 76 E -3 -3 -1 7 -7 -2 4 -3 -1 -5 -4 -3 -6 -5 -5 -3 -4 -7 -4 -3 1 1 1 55 0 1 31 2 1 0 2 1 0 0 0 1 1 0 1 2 1.44 1.80 77 V 2 -6 -6 -6 1 -5 -5 -5 -6 1 -2 -5 -1 -1 -5 -4 -3 -6 -3 6 18 0 0 0 2 0 0 0 0 5 0 0 1 2 0 0 1 0 0 68 1.32 1.76 78 W -4 -4 -6 -7 -5 -4 -6 -6 -3 -3 -2 -4 6 7 -6 -5 -5 4 5 -2 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 19 51 0 0 0 6 17 2 1.65 1.57 79 G 3 -4 1 -3 -3 -3 -3 4 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 3 -2 -5 -4 -4 32 0 7 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0.87 0.90 K Lambda Standard Ungapped 0.1370 0.3141 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1713 0.3181 PSI Gapped 0.0524 0.2670