Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 4 -1 -5 -4 0 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 8 0.86 0.72 2 S 2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -3 1 -5 -3 6 1 -5 -4 -3 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 74 5 0 0 0 1.14 1.03 3 A 4 -4 -3 -3 -4 -1 3 -2 -2 -4 -3 -2 5 -5 -4 2 -1 -5 -4 -2 38 0 0 0 0 2 18 1 1 0 0 1 17 0 0 18 3 0 0 1 0.75 1.27 4 A 5 -4 -3 -4 -3 -2 -1 -3 -2 -4 -3 -1 -4 -3 -4 4 0 -5 -4 -2 47 0 0 0 0 1 4 0 1 0 2 3 0 1 0 35 4 0 0 3 0.84 1.24 5 K 2 -3 -3 -4 -4 -3 -1 -3 3 -1 -3 0 -1 -4 -3 3 0 -5 -2 3 17 0 1 0 0 0 5 2 8 3 1 6 1 0 0 23 6 0 1 26 0.46 1.30 6 G 0 0 -3 -4 -5 -1 0 4 3 -4 -5 3 -4 -5 -4 0 -2 -5 -3 0 8 4 0 0 0 2 7 36 7 1 0 20 0 0 0 6 2 0 1 6 0.63 1.30 7 D 2 -3 -2 2 -5 1 3 1 6 -4 -5 0 -4 -4 -4 -1 0 -6 -4 -4 20 1 1 11 0 4 19 9 18 1 1 6 0 1 0 4 5 0 0 1 0.57 1.33 8 H -4 -2 -2 2 -6 0 1 -3 10 -4 -6 -3 -3 -4 -5 -3 -4 -5 -1 -6 0 1 0 10 0 2 7 2 76 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 2.15 1.35 9 G 5 -4 -2 1 -4 -3 -1 3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 0 1 -3 -5 -5 -3 46 0 1 8 0 1 4 25 0 1 0 1 0 0 4 9 1 0 0 1 0.82 1.37 10 G 3 0 -1 -3 -5 -1 4 1 2 -3 -4 2 -4 -5 -4 -2 -3 -5 1 -1 22 5 3 1 0 1 24 12 6 2 1 13 0 0 0 1 1 0 4 4 0.46 1.41 11 T 2 -1 -1 0 -3 1 5 1 2 -2 -5 0 -4 -5 -2 0 -2 -5 -2 -4 14 3 2 4 0 6 34 10 4 2 0 6 0 0 2 7 2 0 2 1 0.51 1.38 12 G 0 -4 -1 -2 -4 0 2 3 -4 -2 -4 -3 -4 -5 -4 2 4 -5 -5 -3 8 0 2 2 0 4 12 23 0 2 1 0 0 0 0 15 31 0 0 1 0.67 1.38 13 A 4 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -2 -4 -1 -3 -1 3 -2 -4 2 2 1 -1 -1 37 1 0 0 0 3 3 2 0 3 1 3 9 1 0 14 15 2 3 3 0.54 1.38 14 R -1 3 0 2 -1 0 1 -1 1 -5 -3 4 -3 -5 0 0 -2 -3 -4 -4 5 18 3 10 1 4 10 5 4 0 2 23 0 0 5 6 2 0 0 1 0.44 1.38 15 T -3 1 -3 -4 -1 -1 -2 -4 -4 0 3 2 5 -1 -3 -2 3 -4 -3 -2 1 8 0 0 1 2 2 1 0 4 29 13 13 2 1 3 18 0 0 2 0.48 1.25 16 W -5 -5 -6 -6 -5 -1 -3 -5 -1 -5 -4 -5 -4 0 -6 -5 -5 13 1 -5 0 0 0 0 0 3 2 0 2 0 0 0 0 3 0 0 0 86 3 0 3.49 1.35 17 R -4 5 -1 -3 -6 0 2 -4 -3 -5 -4 5 -2 -5 -4 -2 -2 0 -4 -5 0 34 2 0 0 3 11 0 0 0 1 43 1 0 0 2 1 1 0 0 1.12 1.32 18 F 1 1 0 -4 -5 -2 -3 -2 -4 1 -1 5 -1 -1 -3 -1 -1 -5 -4 -2 12 8 5 0 0 1 0 2 0 8 6 39 1 2 1 3 4 0 0 2 0.47 1.38 19 L -3 -5 -4 -5 -4 -5 -5 -4 -5 5 4 -5 0 -1 -2 -5 -3 -5 -4 1 1 0 1 0 0 0 0 1 0 40 36 0 2 1 2 0 1 0 0 7 0.88 1.37 20 T -2 -4 -1 -4 0 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -4 1 -4 5 5 -5 -4 -3 2 0 2 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 6 0 40 39 0 0 0 0.94 1.39 21 F -3 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 2 1 -3 0 5 -4 -4 -4 2 6 -2 2 0 0 0 1 0 0 2 1 12 13 1 2 25 1 0 0 2 28 1 0.85 1.36 22 G 0 -3 -4 -5 1 -4 -4 -1 -3 -2 1 -4 1 5 -5 -3 -3 1 5 1 7 1 0 0 3 0 0 5 0 1 14 0 4 22 0 2 1 1 19 9 0.54 1.35 23 L 1 -4 -4 -5 -1 -4 -3 1 -5 2 1 -4 0 -2 -4 -2 -2 -5 -4 5 13 0 0 0 1 0 1 12 0 10 11 0 2 2 0 3 2 0 0 36 0.46 1.36 24 A 4 -3 -4 -4 5 -4 -4 0 -4 1 -2 -2 0 -4 -4 -1 0 -4 -2 1 36 1 0 0 11 0 0 8 0 8 2 2 3 0 0 4 4 0 2 9 0.45 1.34 25 L -1 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -5 4 3 -4 2 1 -1 -4 -2 -4 -3 2 4 0 0 0 1 0 0 1 0 24 29 0 5 6 4 0 2 0 0 13 0.55 1.35 26 P -3 -5 -4 -4 -1 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -2 -5 8 -1 0 1 -5 -3 1 0 0 0 1 0 0 2 0 2 3 0 1 0 66 4 6 2 0 2 1.59 1.43 27 S 2 -2 -4 -3 6 -2 -5 3 -5 -1 0 -4 0 -3 -5 1 -3 -5 -1 0 17 2 0 1 19 2 0 21 0 3 8 0 2 1 0 10 1 0 2 6 0.51 1.47 28 V -2 -5 -2 -6 4 -5 -5 -3 -6 3 2 -5 2 -4 -5 -2 1 -5 -4 4 2 0 2 0 7 0 0 2 0 19 15 0 6 0 0 3 9 0 0 28 0.60 1.48 29 A 3 -5 -4 -3 0 -4 -3 3 -5 2 0 -4 -1 -4 -5 -2 -1 -5 -5 1 26 0 0 1 2 0 1 24 0 13 11 0 1 0 0 2 3 0 0 9 0.46 1.48 30 L -1 -5 -5 -5 -1 -4 -3 -3 -5 2 3 -5 1 -1 -5 -2 -2 -4 2 4 6 0 0 0 1 0 2 3 0 9 30 0 3 2 0 2 3 0 7 25 0.47 1.43 31 C 2 -5 -2 -5 7 -2 -4 -1 -5 -1 -1 -4 1 0 -5 0 2 -5 -1 1 18 0 1 0 19 2 0 6 0 2 4 0 4 5 0 7 11 0 2 11 0.47 1.56 32 T 2 0 -4 -5 0 -2 -4 1 -5 -1 -1 -4 5 0 -5 1 2 1 0 -1 15 5 0 0 2 2 0 12 0 4 4 0 16 4 0 9 12 2 4 4 0.32 1.61 33 L 0 -2 -1 -6 1 -5 -5 -6 -4 2 2 -5 -3 1 -6 -5 -4 4 5 2 7 3 4 0 2 0 0 0 0 12 21 0 0 5 0 0 0 4 18 16 0.57 1.61 34 N -2 -4 6 -2 -5 -2 -4 -3 0 -3 -3 0 -1 -2 -2 -1 -2 4 2 0 4 0 42 1 0 2 0 2 2 2 2 5 2 1 2 4 2 6 8 7 0.70 1.58 35 S 3 -2 -2 -2 3 -1 0 -2 -4 -1 -1 -3 0 -1 -4 0 0 -5 -4 2 23 2 2 2 5 3 8 3 0 3 7 0 2 2 0 8 6 0 0 17 0.22 1.51 36 W -3 -1 -4 -6 -1 -2 -5 -5 0 -1 -1 -2 0 3 -5 -1 -3 5 8 -1 2 3 1 0 2 2 0 0 2 3 6 2 2 12 0 4 1 8 45 4 1.16 1.72 37 L -1 -1 -2 -3 -5 -2 2 -2 -1 0 4 0 2 -2 -5 -2 -2 -5 -2 -1 5 3 2 1 0 1 15 3 2 5 40 6 6 1 0 2 2 0 1 4 0.47 1.78 38 H -3 -2 -1 -1 -6 -1 1 -1 8 -4 -4 3 -3 -3 -5 -1 -3 5 0 -4 2 1 2 3 0 2 9 6 33 1 1 16 1 1 0 5 2 7 3 1 0.87 1.78 39 S 2 -2 0 -2 -2 -1 2 -3 5 -4 -3 1 0 -2 -1 1 -2 4 -2 -3 15 2 4 2 1 3 15 1 12 1 3 8 3 1 3 11 2 5 1 1 0.31 1.75 40 G 0 -1 1 0 -2 2 3 1 5 -6 -6 1 -1 -6 0 -1 -2 -6 -4 -5 8 2 6 4 1 10 17 10 15 0 0 9 2 0 4 3 2 0 0 0 0.44 1.68 41 H -3 -2 -1 0 -6 0 0 -2 10 -6 -6 -1 -1 -5 0 -2 -5 -6 -2 -6 2 1 2 4 0 3 6 3 61 0 0 4 2 0 4 3 0 0 0 0 1.63 1.70 42 R -2 2 -2 -2 -6 1 1 0 7 -3 -3 -2 -1 0 1 -3 -3 6 0 -4 3 11 1 3 0 6 8 6 22 1 2 2 1 3 7 1 1 11 2 1 0.60 1.78 43 E -2 -1 -1 2 -6 0 5 -3 5 -6 -6 2 -5 -6 1 -1 -2 -6 -4 -3 3 2 2 9 0 3 33 2 13 0 0 10 0 0 8 3 2 0 0 2 0.67 1.69 44 R -1 4 -2 -2 -6 0 0 -1 7 -6 -4 -2 -4 -2 1 -2 -3 2 0 -5 5 19 2 2 0 4 6 6 30 0 2 2 0 2 7 3 2 2 2 0 0.74 1.67 45 P -2 -1 -1 -1 -5 0 2 -2 1 -4 -1 -1 0 -5 5 -2 -1 5 -4 -2 3 4 3 3 0 4 13 3 3 0 7 4 3 0 23 3 4 9 0 4 0.43 1.67 46 A 1 1 0 0 1 1 4 -4 -4 -1 -5 2 -4 -5 1 0 -1 -6 -5 -2 10 8 4 6 3 6 24 0 0 4 0 11 0 0 6 6 4 0 0 4 0.35 1.66 47 F -2 2 -2 -2 -5 0 -1 -5 6 -1 -2 -2 -4 5 -1 -2 -1 1 2 -2 3 11 2 3 0 5 4 0 16 3 3 3 0 20 4 3 4 2 6 3 0.47 1.84 48 I -2 -1 -4 -2 -5 -1 -2 -3 0 2 -1 -1 1 -4 4 -1 0 -5 -1 3 3 3 0 3 0 3 2 2 3 13 6 3 3 0 18 4 5 0 3 20 0.33 1.82 49 P 2 -1 0 0 -5 0 1 -2 1 -2 -3 0 -4 -1 5 -3 -2 -5 -1 -2 17 3 4 5 0 3 9 3 3 3 2 6 0 3 26 0 2 0 2 2 0.42 1.85 50 Y -4 0 0 -5 2 -4 -5 -6 -2 0 -1 -4 -3 1 0 -4 -4 5 8 -1 0 5 5 0 5 0 0 0 0 5 5 0 0 5 5 0 0 8 48 5 1.09 1.39 51 H -1 -1 -1 -1 1 0 2 -2 1 -5 -3 -1 -4 -1 6 0 -1 -6 -4 -5 4 3 3 4 3 3 13 4 3 0 3 3 0 3 33 5 3 0 0 0 0.56 1.39 52 H -4 -1 -3 -4 -5 -3 -2 -5 8 -4 -4 -1 -4 2 -5 -2 -4 -2 7 -4 0 3 0 0 0 0 2 0 35 0 0 3 0 8 0 2 0 0 38 0 1.39 1.23 53 L -4 -4 -2 -4 -4 2 -2 -5 -4 1 4 -4 6 -1 -3 -2 -3 -4 -3 -2 0 0 2 0 0 12 2 0 0 8 43 0 18 1 1 2 0 0 0 0 0.70 1.23 54 R -1 4 5 -3 2 -2 -3 -2 2 -4 -3 0 -4 -3 -2 -1 -2 -4 3 -4 4 27 25 0 4 0 0 3 5 0 2 5 0 0 2 3 2 0 9 0 0.58 1.20 55 I -3 1 -4 -4 -4 -2 -4 -5 -4 6 1 0 1 -1 -4 -2 0 -4 0 1 1 9 0 0 0 2 0 1 0 43 14 6 3 2 0 3 5 0 3 8 0.64 1.20 56 R -2 7 -3 -4 0 -1 -3 -4 -3 -1 -3 1 0 -4 -4 0 -3 -5 -4 -4 3 68 0 0 2 2 0 1 0 4 2 4 3 0 0 9 0 0 0 0 1.24 1.20 57 T -2 -2 3 0 -4 0 -1 -2 -1 -3 -3 0 -1 -1 1 1 4 -5 -4 0 3 2 16 4 0 4 2 3 2 1 2 5 1 3 7 11 29 0 0 6 0.42 1.23 58 K -2 2 -2 -3 -5 2 -2 -3 -1 -5 -5 7 -4 -5 -1 -2 -2 -5 -4 -3 1 8 1 0 0 10 0 2 1 0 0 66 0 0 3 1 2 0 0 1 1.17 1.21 59 P 1 2 1 1 -5 -1 -1 -3 -4 -3 -5 1 -5 -6 6 -2 -2 -6 -5 -5 13 12 6 9 0 2 2 1 0 2 0 9 0 0 40 2 2 0 0 0 0.92 1.23 60 F -5 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 0 -3 -1 -6 0 8 -6 -4 -4 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 5 0 2 72 0 1 0 2 11 6 1.71 1.23 61 S -3 -5 -4 -4 -1 -2 -4 -5 -4 -5 -4 -4 -3 3 8 -1 -4 0 -1 -5 1 0 0 0 1 2 0 0 0 0 1 0 1 12 74 4 0 1 3 0 1.93 1.15 62 W -5 -2 -6 -7 0 -5 -5 -5 -5 -5 -2 -5 -4 1 -6 -5 -5 12 1 -5 0 3 0 0 2 0 0 0 0 0 3 0 0 5 0 0 0 86 2 0 3.37 1.15 63 G -2 0 0 -3 -5 -3 -3 7 -4 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -5 -5 1 6 4 0 0 0 1 77 0 0 1 5 0 0 1 1 1 0 0 0 1.40 1.07 64 D -2 -3 0 7 0 -2 1 -2 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -1 -2 -3 -5 -4 -4 2 0 3 72 3 0 7 3 0 0 1 1 0 0 3 1 1 0 0 1 1.38 1.01 65 G -1 -3 -2 1 -5 -4 -4 7 -4 -6 -5 -3 -5 -5 -3 -1 -3 0 -5 -5 4 1 0 9 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 1 4 0 2 0 0 1.41 1.04 66 N -3 -1 6 4 -5 0 0 -3 -1 -3 -2 1 0 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 0 2 41 21 0 4 3 0 1 1 4 8 3 0 1 6 1 0 0 2 0.78 1.04 67 H -4 2 1 -2 2 -1 -1 -4 8 -5 -3 4 -4 -3 -1 -2 -3 -5 -1 -5 0 9 7 2 5 2 2 0 40 0 2 25 0 1 3 1 1 0 1 0 1.06 1.10 68 T -1 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -1 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -1 3 6 1 -4 -3 2 1 0 0 0 0 1 5 0 1 0 0 0 0 3 26 59 2 0 0 1.04 1.09 69 F -2 -3 -6 -6 -4 -3 -5 -6 -3 0 6 -5 0 1 -2 -5 -4 1 -3 0 2 2 0 0 0 1 0 0 1 2 80 0 1 4 2 0 0 2 0 4 1.13 1.11 70 F -5 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -2 0 -3 -2 9 -6 -4 -4 0 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 5 2 0 86 0 1 0 1 1 3 1.90 1.08 71 H -4 -2 -3 -4 -5 -1 0 -4 9 -5 -5 -3 -4 2 -5 -4 -4 8 2 -5 0 2 0 0 0 1 5 1 60 0 0 0 0 8 0 0 0 18 4 0 1.83 1.05 72 N -4 -3 8 -1 0 -2 -2 -2 0 -5 -6 -2 -4 -5 -4 -1 0 -6 -2 -5 0 0 85 0 3 0 1 1 2 0 0 1 0 0 0 2 5 0 1 0 1.69 1.04 73 P -2 -3 -3 1 -5 -3 -1 -3 -2 -5 -3 1 -4 -6 7 2 -2 -6 -5 -4 2 0 0 8 0 0 3 1 1 0 2 9 0 0 53 18 1 0 0 0 1.25 1.06 74 R -2 0 0 0 -2 -1 0 -4 8 -3 -4 2 0 -3 -3 -2 -3 -3 1 -2 2 5 3 6 1 2 7 1 43 2 0 16 3 1 1 2 0 0 4 3 0.94 1.11 75 V -2 -2 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 1 -1 -1 1 -1 -4 -2 2 1 1 5 2 2 1 0 0 1 2 0 0 5 2 3 3 1 0 2 14 2 4 55 0.70 1.05 76 N -4 -3 8 1 -5 1 -2 -3 -2 -6 -6 -2 -4 -5 -4 -2 -1 -6 -2 -5 0 0 88 4 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 0 1.80 1.03 77 P 3 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -2 1 -2 -1 -3 -2 -1 5 -3 -3 0 4 -3 24 4 0 0 0 0 0 2 4 2 8 0 1 2 32 0 0 1 18 1 0.78 0.95 78 L -3 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -1 -2 1 5 -4 -1 -2 0 -4 -1 -4 -3 1 0 0 2 0 0 0 0 5 1 7 66 0 0 0 4 0 4 0 0 10 0.81 0.92 79 P -3 -2 -4 -4 -5 -3 -3 -4 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