Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -2 3 -2 -2 -5 0 1 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 11 0 0 0 2 5 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.63 2 I -2 -4 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -4 5 1 -4 4 -1 1 -1 -1 -4 -1 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 46 10 0 11 1 6 6 2 0 1 11 0.62 0.74 3 K -2 1 -2 -2 -3 2 3 -3 -2 -2 -4 4 -3 2 -3 -1 -2 -4 -1 -1 1 7 0 1 0 9 24 2 0 2 0 34 0 10 0 3 1 0 1 4 0.54 0.80 4 N -2 -1 6 2 -5 2 3 -3 -2 -5 -5 1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -4 2 1 41 11 0 11 20 0 0 0 0 7 0 0 0 2 3 0 0 1 0.84 0.87 5 Y -4 -3 -5 -3 -3 -3 -4 -5 2 1 3 -4 0 3 -5 -2 -3 3 4 0 0 1 0 2 0 1 0 0 6 9 37 0 1 13 0 3 1 4 18 6 0.69 1.01 6 Q -3 3 -2 -2 -5 3 3 -4 2 -4 -4 4 -3 -5 -2 0 -2 0 -4 -1 0 18 0 1 0 12 17 1 5 0 0 30 0 0 2 5 1 1 0 6 0.66 1.03 7 T -2 -3 -1 -3 -3 -2 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -4 -1 0 7 -5 -4 -2 2 0 2 0 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 3 2 87 0 0 0 1.44 1.04 8 A 5 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 2 -2 1 -5 -1 2 57 2 0 0 2 0 0 1 0 1 4 1 0 0 9 0 9 0 2 13 0.76 1.12 9 P -2 -3 -1 -3 -5 -1 -2 1 -4 -5 -4 -2 -5 -6 8 -2 -3 -6 -5 -4 3 1 3 1 0 2 2 10 0 0 1 2 0 0 71 2 0 0 0 1 1.75 1.12 10 F -1 -1 0 -4 2 -3 -5 -3 -1 -2 -1 -3 0 7 -3 -3 -3 -1 4 -1 7 4 4 1 5 1 0 1 1 2 6 1 2 44 1 1 1 0 13 5 0.82 1.12 11 D -4 -4 1 8 -6 -3 0 -2 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -2 -3 -7 -6 -6 0 0 6 88 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.96 1.19 12 S 3 -2 -1 -4 -4 -3 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -3 0 5 2 -2 1 -3 -1 23 2 2 0 0 0 5 0 0 1 2 1 1 4 34 17 1 2 1 5 0.77 1.26 13 R -4 8 -1 -4 -1 0 -1 -5 0 -5 -4 -1 -4 -5 -2 -2 -2 -5 -2 -5 0 82 2 0 1 2 2 0 2 0 1 0 0 0 2 2 2 0 1 0 1.64 1.23 14 F -5 -5 -1 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -3 -1 -5 -3 8 -6 -2 -4 -2 3 -2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 83 0 4 0 0 6 2 1.95 1.26 15 P -2 -3 -4 -4 -5 2 -3 -5 -1 -3 -2 -3 1 -5 8 -2 -1 -6 -5 -3 3 1 0 0 0 9 0 0 2 1 5 0 4 0 69 2 3 0 0 2 1.71 1.26 16 N -3 -3 6 -2 -5 5 -2 -4 -1 -3 -5 -2 -1 0 -2 0 1 -5 1 -2 1 0 43 0 0 25 0 0 1 1 0 1 1 4 2 5 9 0 5 3 0.93 1.26 17 Q 0 -2 -2 -4 2 6 -2 -5 -3 0 -4 -1 2 -1 -2 -1 3 -5 -4 0 7 1 2 0 4 41 0 0 0 5 0 3 5 3 1 2 17 0 0 7 0.73 1.34 18 N -3 0 8 -1 -6 -3 -1 -2 -2 -4 -6 0 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -2 -5 1 4 79 1 0 0 3 2 0 1 0 6 0 0 0 2 0 0 1 0 1.67 1.35 19 Q -2 0 -1 -3 -6 8 0 -5 1 -5 -3 1 1 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -2 3 3 2 0 0 73 2 0 3 0 1 7 4 0 0 0 0 0 0 2 1.53 1.39 20 T 0 -2 0 -2 -4 0 -3 -1 -4 -2 -4 -2 1 -2 -4 0 6 2 -4 -3 6 2 4 1 0 4 0 4 0 2 0 1 4 2 0 4 61 3 0 0 0.97 1.42 21 R -4 6 1 -4 -2 0 -2 -5 -1 -3 -3 4 -2 -5 0 -2 -1 -1 -4 -5 0 44 7 0 1 3 2 0 1 2 2 25 1 0 4 1 3 1 0 0 0.97 1.43 22 N -1 1 5 -3 -5 0 -2 -3 7 -5 -4 -1 -4 -4 -5 -1 0 1 2 -5 5 9 30 0 0 3 2 2 29 0 2 2 0 0 0 3 6 2 7 0 1.00 1.40 23 C -3 -5 -5 -5 10 -5 -5 -1 -5 -4 -4 -5 -4 -1 -5 -1 -1 3 0 -4 0 0 0 0 72 0 0 6 0 0 0 0 0 3 0 4 3 5 3 0 2.24 1.35 24 W -1 -4 -2 -5 2 -4 -2 -3 0 -1 -2 -1 -3 3 -5 -2 -2 9 5 -2 6 0 2 0 5 0 2 2 2 4 2 4 0 13 0 3 2 31 18 3 1.19 1.31 25 Q -1 -3 1 0 -4 6 0 -4 -3 -2 0 -2 0 -2 -4 -1 1 1 -1 0 6 0 6 5 0 34 4 1 0 2 10 0 2 2 0 2 11 2 2 7 0.47 1.31 26 N 0 1 1 -4 3 -3 0 -4 3 1 0 0 3 -3 -4 0 0 5 2 -3 7 7 7 0 7 0 7 0 7 7 7 7 7 0 0 7 7 7 7 0 0.31 1.45 27 Y -4 -4 0 0 3 -3 -4 -5 2 -3 -1 -4 -3 3 -5 -4 -4 -1 8 -3 1 0 5 6 7 0 0 1 5 0 5 0 0 10 0 1 0 0 59 0 1.41 1.20 28 L -1 -1 1 -4 1 -1 -2 -4 0 2 3 -3 3 -3 -1 -3 0 -4 0 2 6 4 9 0 3 3 3 1 2 9 28 0 7 0 3 1 5 0 3 14 0.33 1.20 29 D -3 -3 2 2 4 2 1 1 4 -3 0 -3 3 -4 -3 1 -3 -4 -3 -3 1 0 9 10 9 9 10 10 9 0 10 1 9 0 0 10 1 0 0 1 0.38 1.01 30 F 1 2 -3 -4 -3 -2 -3 -3 4 -3 0 -3 3 2 -4 1 -3 6 3 -3 11 11 0 1 0 0 1 1 10 1 11 1 10 10 1 11 1 10 10 1 0.50 0.90 31 H -2 -2 -1 0 0 0 -3 -4 9 -2 -2 -2 -3 0 -4 -3 -2 -3 4 -2 2 2 2 5 2 3 0 0 52 2 4 2 0 3 0 0 2 0 14 3 1.24 1.13 32 R -2 6 -1 -3 -1 0 -2 -3 3 -4 -1 3 -3 -4 -1 -2 -3 -5 -3 -3 2 49 2 0 1 3 0 2 8 0 6 17 0 0 3 3 0 0 0 2 0.90 1.13 33 C -3 -2 -4 -5 10 -4 -5 -4 0 -3 -3 -4 -3 0 -5 -2 -3 -4 2 -3 1 3 0 0 75 0 0 0 3 0 1 0 0 4 0 3 0 0 7 0 2.20 1.13 34 E -1 -1 -1 -2 -3 1 3 -1 -1 -1 0 1 -1 -2 -3 -1 1 3 0 0 6 2 3 1 0 6 19 5 2 4 11 8 2 1 1 4 11 4 3 7 0.17 0.93 35 K -2 2 0 -2 -3 1 1 -3 1 -3 -3 6 -2 -3 -2 -2 -1 -3 0 -3 2 7 4 1 0 4 9 2 3 1 2 50 1 1 1 2 3 0 4 2 0.70 0.91 36 A 0 1 1 1 3 -3 0 -4 3 0 -1 0 2 -4 -4 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 6 0 7 0 6 7 7 7 6 0 0 7 7 0 6 7 0.20 1.56 37 M -2 -1 -3 -4 0 -3 -3 -4 2 3 2 -2 6 -1 -3 -3 -1 -3 0 1 3 4 1 1 2 1 1 1 5 15 22 3 19 2 1 1 4 0 3 11 0.51 1.28 38 T 1 -1 4 1 -3 0 1 0 -1 -2 -2 0 -3 -3 -2 1 2 -3 -2 -3 11 2 17 6 0 4 10 7 1 2 3 4 1 1 2 12 12 0 1 1 0.28 1.22 39 A 4 2 -1 -1 -3 0 1 -1 0 -2 -2 0 -1 -3 -1 -1 -1 -3 -3 -2 35 11 2 3 0 4 10 4 3 3 4 5 1 1 3 3 4 0 1 3 0.34 1.24 40 K -2 3 1 -1 -2 -1 -1 -3 0 -4 -3 6 -3 -4 -1 -2 -2 0 -4 -4 2 15 5 3 1 2 3 2 3 1 2 52 0 0 2 2 2 2 0 1 0.91 1.39 41 G -2 -3 -2 0 -5 -4 -2 7 -1 -6 -5 -2 -5 -5 -2 -1 -4 -5 -5 -5 2 1 2 4 0 0 3 76 1 0 1 2 0 0 2 4 0 0 0 0 1.50 1.48 42 G -2 -1 -2 2 -5 1 5 2 -3 -4 -4 2 -4 -5 -1 -2 -2 -5 -5 -2 3 3 2 10 0 7 38 14 0 1 1 12 0 0 3 2 2 0 0 3 0.67 1.52 43 D -3 -4 1 6 -5 -3 2 1 -1 -5 -6 0 -5 -6 -4 1 -2 -6 -5 -4 1 0 7 49 0 0 11 9 1 0 0 6 0 0 0 10 1 0 0 1 1.01 1.51 44 V 1 -3 -1 0 -2 -3 0 -4 2 -2 -3 -3 -1 3 0 0 2 1 3 1 11 1 3 5 1 0 6 1 5 2 2 1 1 12 6 7 15 2 10 9 0.28 1.50 45 S 2 -2 -1 0 -4 2 2 -2 -3 -3 -3 1 -4 -3 1 3 0 -5 -1 -3 15 2 3 6 0 10 15 2 0 1 2 7 0 1 8 19 5 0 2 2 0.34 1.50 46 V 0 -1 -2 0 -1 -2 2 -3 -1 -2 -2 0 0 -5 6 -2 -2 -5 -5 1 8 4 1 6 1 1 14 1 2 2 3 5 2 0 35 2 1 0 0 9 0.68 1.52 47 C -3 -2 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -5 -5 -4 0 2 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3.07 1.46 48 E -2 1 0 2 -5 3 4 -3 -1 -5 -4 4 -2 -4 -4 -2 -2 -5 -2 -4 2 6 4 9 0 13 31 2 1 0 2 22 1 1 0 1 2 0 1 1 0.71 1.46 49 W -3 0 -3 -2 -3 2 -2 -2 0 -3 -3 3 -1 1 -2 -2 -2 8 5 -2 1 4 1 2 1 8 1 3 2 2 2 17 2 5 2 2 2 21 20 3 0.87 1.49 50 Y -4 -3 -5 -5 -2 -3 -5 -5 1 -1 0 -3 1 7 -3 -4 -3 -2 6 -3 0 1 0 0 1 1 0 0 4 2 6 2 4 44 1 0 1 0 29 1 1.35 1.49 51 R 0 4 -2 -4 -5 2 -1 -2 1 -4 -3 3 -1 3 -4 -3 -4 5 1 -4 10 21 2 0 0 10 3 3 3 1 1 18 1 13 0 1 0 7 5 0 0.59 1.50 52 R -2 5 1 -1 -1 2 -2 -4 3 -5 -3 3 -4 -2 -4 -2 -2 1 -1 -4 3 32 7 4 2 8 2 1 7 0 3 21 0 2 0 2 3 2 2 1 0.70 1.51 53 V 1 -3 0 -4 0 -2 -3 -4 -1 -1 -2 -4 -1 0 -5 -2 1 1 4 4 12 2 5 1 2 1 1 1 1 2 1 0 2 3 0 3 8 2 16 36 0.57 1.51 54 Y 1 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -5 -2 -3 -3 -4 1 4 -5 -3 -4 -1 8 -1 12 0 0 1 1 0 0 0 0 0 2 0 3 16 0 1 0 0 58 4 1.55 1.51 55 K -2 5 0 -3 -5 2 0 -3 3 -3 -2 4 0 -5 -4 -1 0 -5 -4 -3 3 27 4 0 0 8 5 1 8 1 4 27 2 0 0 3 5 0 0 1 0.70 1.50 56 S 1 -1 -3 0 2 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -5 -4 6 0 -5 -4 -3 10 4 0 4 4 1 2 1 0 1 2 2 1 0 0 62 4 0 0 1 0.92 1.48 57 L -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 4 -1 -4 -3 -3 -4 -4 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 14 64 0 11 1 1 2 1 0 0 2 1.13 1.47 58 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -2 -4 -5 -1 -5 -5 -4 -1 0 -5 -3 0 0 0 0 89 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 3 1 0 0 2.98 1.47 59 P -2 -5 -4 -3 -5 -1 -4 -5 0 -5 -5 -4 -5 -6 8 -3 -2 -6 -5 -2 2 0 0 1 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 84 1 2 0 0 4 2.35 1.44 60 I -1 -3 3 -1 -4 -2 0 0 -1 2 -1 -1 1 -4 -4 2 2 -5 -4 0 4 1 14 4 0 2 7 8 1 15 5 4 4 0 0 15 11 0 0 5 0.27 1.44 61 S 1 -2 -2 2 -5 0 4 -1 0 -2 -5 -2 -4 0 -2 3 -1 -5 -3 -4 14 1 1 11 0 3 25 3 2 3 0 2 0 4 1 26 2 0 1 1 0.54 1.46 62 W -5 -5 -6 -5 -5 -1 -5 -4 -5 -5 -2 -5 -1 -2 -6 -4 -3 12 0 -5 0 0 0 1 0 3 0 1 0 0 3 0 1 1 0 1 1 86 0 0 3.50 1.46 63 V -3 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -2 4 1 -4 0 -2 -5 -4 0 -5 -2 5 1 0 0 0 0 0 0 0 1 24 11 1 2 1 0 1 6 0 1 49 0.98 1.45 64 S -1 -2 0 2 -3 2 5 -3 -2 -5 -4 0 -3 -5 -4 2 0 -6 -5 -4 4 1 3 10 1 10 43 1 0 0 1 4 0 0 0 14 6 0 0 1 0.79 1.46 65 T 1 4 0 0 -5 0 0 -3 0 -4 -4 5 -3 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -4 11 22 5 6 0 3 4 1 2 0 1 38 1 0 0 2 3 0 0 1 0.77 1.46 66 W -5 -5 -5 -7 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -4 -6 -2 2 -6 -5 -5 12 0 -5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 0 1 0 90 1 0 3.76 1.42 67 D -4 -3 4 7 -6 -2 1 -4 0 -6 -6 -2 -3 -4 -4 -2 -1 -6 -5 -5 1 1 19 57 0 1 9 0 3 0 0 2 1 1 0 1 4 0 0 0 1.32 1.41 68 D -2 0 -1 4 -6 -1 6 -1 -3 -5 -5 -1 -5 -6 -4 -2 0 -1 -4 -4 3 4 2 19 0 1 53 4 0 0 0 2 0 0 0 2 5 1 0 1 1.00 1.41 69 R -2 0 -2 -1 -5 7 1 -4 3 -5 -1 0 -2 -4 -4 -3 -4 0 -2 -5 2 4 1 3 0 57 9 1 7 0 6 5 1 0 0 0 0 2 1 0 1.12 1.40 70 R -4 7 -4 -5 -6 0 -2 -3 -2 1 -2 0 -1 -5 -5 -4 -3 -2 -4 0 0 66 0 0 0 3 1 1 1 11 4 3 1 0 0 0 1 1 0 6 1.27 1.43 71 A 3 -1 -3 1 -5 1 5 -2 -1 -5 -4 1 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -3 22 2 0 7 0 6 45 3 1 0 1 8 0 0 0 2 1 0 0 1 0.85 1.43 72 E 1 -1 4 1 -1 1 4 -4 -2 -5 -3 2 -3 -5 -4 -1 -2 -6 -2 -4 12 3 17 8 2 5 32 0 0 0 3 11 0 0 0 3 1 0 2 0 0.62 1.43 73 G -2 -5 0 -2 -2 -4 -4 7 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -5 1 0 3 1 1 0 0 88 0 0 2 1 0 0 0 0 1 0 0 1 1.86 1.42 74 T -2 0 1 -4 -1 -3 -4 -5 2 1 -3 1 1 -4 -3 0 5 -6 -4 -1 2 6 7 0 1 0 0 0 4 9 1 9 4 0 0 7 45 0 0 4 0.71 1.42 75 F -5 -6 -5 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -2 -1 -6 -1 9 -7 -5 -5 3 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 1 85 0 0 0 4 5 0 2.17 1.38 76 P 2 -4 -5 -4 -3 -2 -4 -4 -5 -5 -3 -2 -4 -6 8 -1 -2 0 -4 -4 18 0 0 0 1 1 0 0 0 0 3 2 0 0 69 3 1 2 1 0 1.79 1.32 77 G 1 -4 -2 -2 -3 -4 -4 7 -5 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -1 -3 -5 -2 -1 9 0 1 2 0 0 0 74 0 0 0 1 0 0 0 4 1 0 2 5 1.39 1.28 78 K -3 3 0 0 -6 -1 -1 -4 -2 -5 -5 6 -4 -6 3 0 -2 -6 -5 -5 0 14 5 4 0 1 1 0 0 0 0 52 0 0 15 5 1 0 0 0 1.03 1.21 79 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 -1 1 -5 -5 -3 -5 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 26 0 0 6 0 0 0 0 0 7 1.26 1.14 K Lambda Standard Ungapped 0.1348 0.3218 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1853 0.3166 PSI Gapped 0.0567 0.2670