Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 0 6 3 -5 -4 -3 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 62 21 0 0 0 0.97 0.89 2 T 2 1 -1 -3 -4 -1 0 2 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -3 5 0 -5 -4 -4 14 6 2 0 0 2 5 12 0 0 0 2 0 0 0 52 5 0 0 0 0.74 1.00 3 A 4 -2 -3 -3 0 -1 -2 -3 -4 -2 0 0 -2 -2 -2 2 1 -5 -4 1 32 1 0 1 2 3 1 0 0 0 12 6 0 1 2 16 10 0 0 13 0.38 1.03 4 L -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 0 -2 -5 -2 -3 -2 -2 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 16 71 0 1 0 0 3 1 1 1 2 1.05 1.09 5 A 3 -2 -4 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -4 -3 -3 0 -5 5 0 3 -5 -5 -1 29 2 0 0 0 2 2 1 0 0 2 0 3 0 30 5 20 0 0 3 0.81 1.11 6 K -2 1 -3 -3 -6 -1 -1 -1 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -4 -5 3 5 0 0 0 0 2 4 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 1.13 7 P -3 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -1 9 -2 -2 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 93 2 2 0 0 0 2.61 1.15 8 Q -2 -1 -3 -3 -5 8 0 -5 -3 -4 -3 0 0 -5 0 -3 -2 -5 -4 1 1 2 0 0 0 68 2 0 0 0 2 5 2 0 4 0 1 0 0 13 1.27 1.15 9 M -4 -2 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -5 -1 3 -4 9 0 -5 -4 -2 -4 -3 -1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1 29 0 60 3 0 1 1 0 0 2 1.53 1.21 10 R -4 7 -3 -2 3 1 -3 -2 6 -6 -4 1 -4 -5 -5 -3 -4 1 -1 -5 0 58 0 1 6 5 0 2 18 0 1 5 0 0 0 0 0 2 1 0 1.30 1.21 11 G -2 -2 1 1 -5 -4 -4 7 -2 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 0 -5 -6 1 2 6 10 0 0 0 77 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1.55 1.21 12 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 0 1 -2 -5 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 85 0 1 4 3 0 0 0 0 2 1.33 1.18 13 L -3 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -6 6 -2 6 -5 -1 0 -3 -4 -4 -1 0 -2 2 0 1 0 0 0 0 0 17 0 71 0 0 3 1 1 0 1 2 0 1.18 1.27 14 A 5 -2 2 -2 -4 -1 -3 -1 1 -2 -1 0 -1 -1 -4 -1 -1 -5 -4 -2 45 2 11 1 0 3 0 4 4 2 7 6 2 3 0 4 3 0 0 2 0.49 1.27 15 R 1 3 -2 -2 -5 -1 -2 -4 0 -5 -5 5 -2 -5 -4 3 -2 0 -2 -4 14 15 1 2 0 2 1 0 2 0 0 38 1 0 0 21 1 1 2 0 0.74 1.27 16 R -3 5 -3 -4 2 3 -3 -5 5 -5 -4 1 -4 0 -4 -1 -1 1 2 -3 2 31 0 0 5 14 0 0 15 0 0 8 0 4 0 4 4 2 6 1 0.73 1.27 17 L -2 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -5 4 4 -5 1 -3 -3 -2 1 -5 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 23 48 0 3 0 2 3 8 0 0 5 0.77 1.27 18 R -4 6 -3 -4 -2 1 -2 -5 -3 -2 -3 4 -1 -1 -1 -3 -1 3 -4 -4 0 38 0 0 1 6 1 0 0 2 3 30 2 3 3 0 3 5 0 0 0.90 1.27 19 F -4 4 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -4 0 -3 3 -2 6 -5 -4 -3 -3 -2 -1 0 25 1 0 0 0 0 1 0 7 1 17 1 36 0 0 1 0 0 4 0.86 1.25 20 H -4 -2 5 -2 -5 1 -3 -2 9 -6 -4 -3 -4 -4 -5 -2 -2 1 -1 -5 0 1 25 1 0 6 0 2 51 0 1 0 0 0 0 1 1 2 1 0 1.46 1.27 21 I -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -3 -5 5 4 -5 0 1 -5 -4 0 -4 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 2 0 31 36 0 2 6 0 0 6 0 0 7 0.71 1.27 22 V 0 -3 -5 -5 -4 -4 -5 -1 -5 3 -1 -1 -1 -2 1 -3 -2 -5 -4 5 9 1 0 0 0 0 0 5 0 18 4 3 1 1 6 1 2 0 0 41 0.56 1.27 23 G -1 -2 -4 -4 -4 -4 -1 4 -5 4 -1 -4 0 -3 -5 -1 -3 -5 -2 2 3 2 0 0 0 0 4 33 0 22 5 0 2 1 0 4 0 0 1 14 0.50 1.27 24 A 5 -4 -4 -4 1 -3 -2 0 1 -3 -3 -4 1 -5 -4 1 0 -5 -4 -1 55 0 0 0 3 0 2 6 3 1 2 0 4 0 0 8 4 0 0 4 0.67 1.27 25 F -1 -5 -5 -5 2 -5 -5 -2 -5 1 1 -5 0 6 -5 -1 -1 -3 -1 1 5 0 0 0 4 0 0 3 0 6 14 0 2 38 0 6 3 0 0 9 0.63 1.27 26 M 0 -5 -4 -5 1 -4 -5 1 -5 3 -1 -4 1 -2 -1 -1 3 -5 -4 3 9 0 0 0 3 0 0 10 0 18 5 0 3 1 4 3 16 0 0 20 0.35 1.27 27 V -2 -4 -2 -5 -4 -4 -2 -5 -4 0 4 -4 1 2 -5 -2 0 -4 -3 3 4 0 2 0 0 0 3 0 0 4 36 0 3 9 0 3 6 0 0 22 0.48 1.29 28 S 3 -4 -3 -2 4 -3 -3 -1 -4 -2 -3 -3 -3 -1 -1 4 0 -4 -1 -1 24 0 0 1 7 0 0 3 0 2 2 0 0 3 3 33 6 0 2 3 0.47 1.29 29 L 0 -4 -4 -5 0 -4 -4 -1 -5 1 4 -4 1 1 -3 -3 1 4 -3 1 8 0 0 0 2 0 0 5 0 5 35 0 3 5 1 0 9 6 0 10 0.40 1.29 30 G -1 1 -4 -5 0 -2 -2 4 -5 1 -1 -4 0 0 -5 0 -1 -5 -4 1 4 8 0 0 2 2 2 34 0 9 6 0 2 3 0 7 4 0 0 8 0.38 1.44 31 F 2 -2 -1 -2 4 -4 -2 0 -4 0 0 -4 -3 2 -4 0 1 -5 -4 2 16 3 3 3 8 0 3 9 0 5 8 0 0 8 0 6 7 0 0 15 0.19 1.39 32 A 4 0 -4 -4 4 -3 -4 1 -4 -3 -2 -3 1 -4 0 -1 0 -5 -4 -1 38 6 0 0 8 0 0 12 0 0 4 0 4 0 4 4 7 0 0 5 0.45 1.36 33 T 2 -4 -1 0 0 1 -4 -2 -4 1 0 -4 2 1 -2 0 1 -5 -4 1 15 0 4 6 2 6 0 3 0 8 7 0 6 6 2 7 9 0 0 11 0.14 1.44 34 F 3 -5 -5 -5 0 -4 -5 -2 -4 -1 2 -4 -1 4 -5 0 -2 -4 1 -1 31 0 0 0 2 0 0 3 0 3 17 0 1 20 0 6 2 0 4 3 0.48 1.33 35 Y -4 -4 -2 -5 3 -1 -4 -5 0 -1 1 -4 1 4 -5 -2 -1 6 5 -1 0 0 2 0 6 3 0 0 2 3 16 0 3 18 0 3 4 9 18 4 0.58 1.23 36 K -1 1 0 -3 2 1 0 -4 2 -4 -1 5 1 -4 -4 -3 -3 -4 2 -4 4 5 5 0 5 5 5 0 6 0 7 37 4 0 0 0 0 0 8 0 0.47 1.11 37 F -3 -4 -4 -4 -4 2 -3 -5 -3 2 1 -3 4 2 -4 1 1 -3 3 1 0 0 0 0 0 10 0 0 0 10 10 0 10 10 0 10 10 0 10 10 0.30 1.00 38 A 2 -4 -4 -2 0 -4 -4 4 -4 -2 2 -4 -1 3 -5 -3 -1 -4 0 -2 19 1 0 2 2 0 0 27 0 1 20 0 1 15 0 1 3 0 2 2 0.46 1.13 39 V -2 -3 -5 -5 1 -3 -5 -4 4 1 1 -4 -1 0 -5 -4 -2 -4 1 5 3 1 0 0 3 1 0 1 9 4 12 0 1 3 0 0 1 0 4 53 0.73 1.13 40 A 4 -4 2 -4 4 -2 -4 0 -4 0 -4 -2 -2 -4 -4 -1 0 2 0 0 36 0 13 0 8 2 0 7 0 4 0 2 1 0 0 3 6 3 3 8 0.42 1.08 41 E -2 0 2 4 -6 1 5 -3 -3 -4 -2 -1 -1 -5 -4 -3 -3 -6 -5 -5 2 4 11 23 0 4 44 2 0 1 5 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0.86 1.08 42 K 1 -1 -1 -4 -5 2 -2 -2 0 -3 -5 -1 -4 -2 7 -1 -2 -5 -2 -1 11 3 3 0 0 11 1 2 2 1 0 3 0 2 51 3 1 0 2 4 1.09 1.04 43 R -4 7 -3 -3 -6 0 1 -2 1 -5 -5 2 -4 -4 -4 -3 -2 -4 1 -5 0 64 0 0 0 3 8 2 3 0 0 11 0 0 0 0 2 0 6 0 1.23 1.04 44 K -2 2 -2 -2 -5 0 1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -4 -3 -2 -5 -4 -3 2 10 1 1 0 2 6 0 0 0 0 68 0 0 0 0 1 0 0 1 1.08 1.04 45 K -1 3 1 -2 -5 4 0 -3 -1 -4 -4 5 -1 -5 -3 -2 -1 -4 -4 -3 3 14 6 0 0 18 5 1 1 0 1 43 1 0 0 1 2 0 0 2 0.80 0.97 46 A 4 2 1 -1 -3 -1 -1 1 -1 -1 -3 2 -3 -4 -2 -2 -1 -4 -4 -1 35 10 8 2 0 2 2 10 1 4 2 13 0 0 1 1 3 0 0 5 0.37 0.97 47 Y -2 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 2 -3 0 1 1 1 -4 -3 -3 -1 8 -2 3 0 0 0 1 0 0 1 4 0 8 8 3 3 0 1 0 0 63 3 1.29 0.97 48 A 4 0 -2 -3 4 -1 1 1 -3 -4 -4 0 -3 -4 -1 -1 0 -4 -4 -2 45 5 2 0 8 1 12 8 0 0 1 5 0 0 3 2 6 0 0 2 0.53 0.96 49 D -3 1 2 6 -5 2 4 -2 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -2 -4 2 8 8 41 0 9 23 2 0 0 1 0 0 0 0 1 2 0 1 0 0.88 0.97 50 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -3 -2 0 0 -2 8 -5 -2 -4 -2 2 -3 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 8 8 0 71 0 4 0 0 3 0 1.40 0.97 51 Y -4 -4 -4 -5 1 -3 -4 -5 -1 -3 0 -4 -3 0 -4 -3 -1 5 9 -3 1 0 0 0 3 0 0 1 0 0 8 0 0 0 0 1 4 8 71 0 1.64 0.97 52 R -2 5 -2 -3 -4 3 -1 -3 -2 -4 -3 5 -3 -4 -3 0 -1 -4 -4 -4 3 30 0 0 0 16 0 1 0 0 3 35 0 0 0 6 3 0 0 1 0.84 0.94 53 N -3 -1 7 0 -5 -1 -3 1 1 -5 -5 0 -4 -5 -4 -1 3 -5 -2 -4 0 2 53 3 0 2 0 8 4 0 0 4 0 0 0 2 20 0 2 0 1.01 1.01 54 Y -4 -4 -4 -1 -2 -4 -4 -5 2 -4 -3 -4 1 1 3 -4 -4 -1 9 -4 0 0 0 4 1 0 0 0 4 0 1 0 4 3 14 0 0 0 70 0 1.60 1.00 55 D -4 -4 2 7 -5 -3 -1 -2 -1 -2 -5 -3 -5 -6 -4 -2 0 -6 -5 -5 0 0 8 78 0 0 0 2 1 4 0 0 0 0 0 1 6 0 0 0 1.52 0.97 56 S 3 -4 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -4 -1 -3 -3 2 -2 4 4 -1 -5 -4 -1 22 0 0 0 1 1 0 0 0 5 0 0 6 1 19 39 2 0 0 3 0.71 0.97 57 M -2 2 1 1 -4 0 1 -5 1 0 -1 -1 7 -3 -4 -3 -1 -5 -4 0 2 12 6 8 0 3 11 0 4 4 2 2 39 0 0 0 2 0 0 6 0.67 0.97 58 K 0 1 -2 0 -5 -1 0 -4 -3 -4 -4 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -1 10 3 1 5 0 1 4 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 5 1.09 0.97 59 D -1 -3 0 7 -5 0 2 -3 -1 -5 -6 -3 -5 -5 -4 1 -2 -6 -3 -5 6 0 2 61 0 3 14 1 1 0 0 0 0 0 0 11 1 0 1 0 1.17 0.97 60 F -4 -5 1 -5 -5 -5 -5 -5 -3 -2 0 -5 -2 8 -6 -3 -4 -1 3 -2 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 77 0 1 0 0 7 1 1.62 0.97 61 E -2 -1 0 2 -6 2 6 -4 -1 -5 -4 0 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -2 -3 2 1 5 7 0 8 63 0 1 0 1 4 1 0 0 2 0 0 1 2 1.01 0.95 62 E 0 5 -1 0 -5 0 4 -4 -3 -1 -4 0 -3 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -2 10 34 2 3 0 2 36 0 0 5 0 2 0 0 0 1 3 0 0 3 0.75 0.93 63 M -3 -1 -4 -5 -1 -3 -4 -5 -4 0 0 -1 10 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 4 0 0 1 0 0 0 0 2 2 4 88 0 0 0 0 0 0 0 1.81 0.95 64 R -2 6 1 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -4 -3 4 2 -5 -4 -2 0 -5 -2 -2 1 49 6 0 0 0 0 0 0 0 1 25 6 0 0 2 7 0 1 2 0.95 0.95 65 K 0 2 0 0 -5 0 3 -4 -3 -5 -5 6 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -4 7 7 3 4 0 2 21 0 0 0 0 52 0 0 0 3 0 0 0 0 0.89 0.94 66 A 6 -2 -2 -4 -3 -3 -3 1 -4 -3 -1 0 -1 -4 0 -1 -1 -5 -4 -2 67 1 1 0 0 0 0 8 0 0 6 6 1 0 4 1 2 0 0 2 0.80 0.94 67 G -2 -4 -2 -3 -1 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -4 0 0 0 1 1 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 1 1.74 0.88 68 I -3 -1 -4 -5 -3 -4 -5 -6 -4 5 2 -4 0 -2 -5 -3 -2 -4 2 4 0 4 1 0 0 0 0 0 0 37 21 0 1 0 0 1 1 0 8 26 0.76 0.88 69 F -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -4 -4 -2 1 -5 3 8 -6 -4 -4 -1 1 -1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 14 0 8 75 0 0 0 0 0 2 1.51 0.86 70 Q -2 0 -2 1 -5 7 2 -4 1 -5 -5 1 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -2 -4 2 3 0 7 0 61 12 0 4 0 0 6 0 0 0 4 1 0 2 0 1.08 0.87 71 S -1 -2 -1 -2 0 -2 -2 -1 -3 -5 -5 -1 -4 -5 0 6 -1 -5 -4 -4 1 1 1 0 2 0 0 3 0 0 0 1 0 0 4 87 0 0 0 0 1.18 0.86 72 A 3 -4 -4 -4 6 -3 -4 -2 -4 -1 -3 -3 -2 -4 -4 0 2 -5 -4 3 33 0 0 0 21 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 3 14 0 0 25 0.76 0.80 73 K -3 4 -2 -2 -5 1 1 -3 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 23 0 0 0 5 5 0 0 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.64 K Lambda Standard Ungapped 0.1372 0.3291 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1956 0.3168 PSI Gapped 0.0599 0.2670