Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 1 3 -4 4 6 -5 -4 -3 1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 38 0 12 39 0 0 0 1 3 0 0.89 0.60 2 E -2 2 -2 1 -5 2 4 -4 -2 -5 -5 4 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 2 9 0 6 0 6 34 0 0 0 0 33 0 0 0 10 0 0 0 0 0.80 0.82 3 N -3 -1 7 0 -5 0 0 -3 0 -5 -5 -2 -4 -5 0 -1 -2 -6 -4 -5 0 2 77 3 0 3 7 0 1 0 0 0 0 0 6 2 0 0 0 0 1.44 0.92 4 R -3 4 -2 -3 -5 1 0 -4 0 -5 -3 6 -1 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 21 1 0 0 6 3 0 2 0 3 61 1 0 0 0 2 0 0 0 1.09 0.97 5 V -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -5 -5 3 1 -4 3 -1 -5 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 2 0 0 0 0 0 15 12 0 8 2 0 0 0 0 0 59 0.98 0.97 6 A 1 1 -4 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -1 -1 2 -3 -5 6 -2 -3 -5 -2 -1 11 7 0 0 0 1 1 0 0 3 5 16 0 0 49 2 0 0 1 4 1.08 1.00 7 E 0 -1 1 2 -5 0 6 -3 -1 -5 -3 2 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -2 -3 7 2 6 11 0 3 53 1 1 0 2 11 0 0 0 1 0 0 1 2 0.84 1.00 8 K -2 -1 -1 -4 -4 -1 -1 -4 0 -1 3 5 1 -2 -4 -2 0 -1 -1 -2 1 2 2 0 0 1 3 0 3 3 29 40 3 1 0 2 6 1 2 2 0.53 0.99 9 Q -3 0 -2 -3 -5 8 0 -4 0 -4 -2 -1 1 -5 -1 -2 -3 -4 -1 -4 0 4 0 0 0 82 0 0 2 0 4 0 3 0 2 1 0 0 2 0 1.47 0.93 10 K 0 1 -1 -3 -5 1 1 -2 -3 -5 -4 6 -1 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 6 5 2 0 0 3 7 3 0 0 1 69 2 0 0 1 1 0 0 0 1.04 0.94 11 L -3 -1 -2 -2 -4 1 -2 -5 1 2 4 0 0 3 -5 -4 -2 -4 -2 1 0 3 2 2 0 6 2 0 3 9 43 6 1 14 0 0 1 0 0 7 0.50 0.94 12 F -4 -2 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -1 -2 0 -5 2 8 -6 -3 -4 -1 2 -2 0 3 0 0 0 0 0 0 1 0 5 0 6 80 0 1 0 0 2 1 1.63 0.93 13 Q -3 -1 -1 -2 -1 8 0 -2 -2 -4 -2 -1 -2 -2 -4 -1 -1 -4 -3 -4 0 0 2 1 1 81 0 2 0 0 5 0 0 2 0 2 3 0 0 0 1.41 0.94 14 E 3 2 1 -2 -1 -1 3 -3 -3 -3 -3 2 -3 -5 -2 -1 -1 -5 -4 -1 26 10 7 0 2 1 26 1 0 1 1 15 0 0 2 1 4 0 0 4 0.47 0.94 15 D -1 -3 2 5 -5 0 0 -1 -1 -5 -5 0 -2 1 3 -1 -2 -5 -4 -3 4 0 8 40 0 4 5 3 1 0 0 5 1 7 13 4 1 0 0 1 0.67 0.95 16 N -3 -3 5 5 -4 -2 -1 -1 1 -4 -3 -1 -4 -4 -3 0 -1 -5 -4 -4 1 1 38 36 0 0 3 5 3 1 2 2 0 0 1 5 3 0 0 1 0.94 0.85 17 G -2 -3 0 3 -1 -3 0 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 1 0 4 17 2 0 7 60 0 0 1 1 0 0 0 2 2 0 0 1 1.02 0.86 18 L -3 -1 0 -1 -1 -3 -3 -4 -4 4 3 1 1 0 -4 -3 -1 -4 -3 2 1 3 5 4 2 0 0 1 0 23 25 12 3 3 0 0 4 0 0 14 0.40 0.88 19 P -3 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -1 -3 1 0 8 -2 -3 -4 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 8 0 4 6 76 2 0 0 0 0 1.84 0.88 20 V -2 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -2 -5 2 0 -5 -1 1 -5 -4 -2 -4 -3 6 2 0 0 0 0 0 0 4 0 10 6 0 0 7 0 0 0 0 0 71 1.05 0.95 21 H -2 -3 -2 -4 -5 -1 -3 -4 9 -4 -4 -3 -3 3 -5 -3 -4 4 4 -3 4 0 0 0 0 2 0 0 55 0 0 0 0 13 0 0 0 6 17 1 1.53 0.95 22 L -4 -4 -5 -6 -4 -1 -5 -6 -5 1 6 -4 2 -2 0 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 7 78 0 3 0 4 0 0 0 0 4 1.08 0.95 23 K -3 1 -1 -3 -5 0 -1 -4 -3 -1 -4 7 0 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 3 2 0 0 2 0 0 0 5 0 85 3 0 0 0 0 0 0 0 1.34 0.90 24 G -2 3 -1 -3 -2 -2 -3 6 -2 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 -4 1 -5 -5 2 19 1 1 1 2 0 64 1 0 2 4 1 0 0 2 0 2 0 0 1.12 0.98 25 G -1 -2 -2 -4 -5 -2 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -4 4 -4 -5 3 3 1 0 0 2 0 83 0 0 0 0 0 0 0 2 0 6 0 0 1.59 0.98 26 A 0 -3 -2 -4 -4 -3 -4 1 -4 1 2 -3 -1 0 2 -1 1 -4 0 3 7 1 2 0 0 1 0 10 0 5 19 1 1 4 9 4 8 0 3 25 0.29 0.97 27 T 2 0 -4 -4 -4 -2 -3 0 -4 -1 -1 0 2 0 4 0 0 -5 -4 0 22 6 0 0 0 1 0 7 0 2 6 7 6 4 20 5 7 0 0 6 0.37 0.98 28 D -4 0 0 7 -6 -2 0 -2 0 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 6 3 85 0 0 1 2 3 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.70 0.98 29 N 3 2 1 -2 -4 4 -2 -2 -2 -3 -3 2 -2 -4 -4 -1 -1 -5 -2 1 25 10 6 2 0 20 0 2 1 1 1 14 1 0 0 4 2 0 1 11 0.43 1.02 30 I 0 -4 -4 -5 -4 -4 -4 1 -4 2 1 -4 3 2 2 -3 1 -3 3 1 10 0 0 0 0 0 0 10 0 10 10 0 10 10 10 0 10 0 10 10 0.37 1.00 31 L -3 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 -1 4 -4 3 -2 1 0 -3 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 8 0 8 10 0 0 8 9 0.68 0.78 32 Y -3 -4 0 -4 4 -3 -4 -4 2 -2 -3 -4 -3 4 -5 -1 -3 -1 7 0 0 0 5 0 10 0 0 0 5 0 0 0 0 18 0 5 0 0 49 9 1.07 0.74 33 R -2 5 -1 -4 -4 2 -2 0 0 -3 0 0 2 -4 -4 1 -1 1 -1 -1 3 42 2 0 0 8 0 6 2 0 8 2 7 0 0 10 2 2 2 4 0.56 0.92 34 V 2 -4 -4 -4 1 -3 -4 -2 -4 1 1 -4 2 1 -4 0 4 -4 -3 2 17 0 0 0 3 0 0 2 0 7 13 0 6 7 0 4 26 0 0 15 0.43 0.93 35 T 1 -3 -2 0 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -3 -4 -1 0 6 -5 -4 -2 12 0 0 5 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 3 4 71 0 0 0 1.04 0.87 36 M -1 -4 -4 -5 2 -3 -4 -5 -4 0 0 -4 8 1 -5 -1 0 4 1 0 6 0 0 0 5 0 0 0 0 5 6 0 45 6 0 5 5 5 6 7 0.91 1.06 37 T 2 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1 -4 1 0 -4 2 1 0 1 0 -5 -3 3 17 0 0 0 0 0 0 13 0 9 7 0 5 7 5 10 6 0 0 22 0.35 1.06 38 L -2 -4 -2 -5 2 -4 -4 -2 1 1 5 -4 1 0 -5 -2 0 -4 -3 -1 3 0 2 0 5 0 0 3 3 5 61 0 2 3 0 2 5 0 0 3 0.74 1.09 39 C 0 -1 -3 -4 6 -3 -3 -2 -4 0 -3 -1 -3 -4 -1 2 4 -5 -4 1 6 3 0 0 19 0 0 3 0 5 0 3 0 0 3 14 33 0 0 9 0.69 1.09 40 L 0 -4 -4 -4 -3 -4 -4 1 -4 2 2 -4 0 0 -4 -1 -1 -4 0 4 8 0 0 0 0 0 0 11 0 9 17 0 2 4 0 5 3 0 3 37 0.50 1.10 41 G 1 -2 -4 -2 2 -4 -4 4 -4 1 -1 -4 -1 2 -4 -2 0 -4 -3 2 11 2 0 2 5 0 0 28 0 6 6 0 1 11 0 2 5 0 0 18 0.42 1.10 42 G 0 -1 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -5 -3 0 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -5 6 4 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 3 0 0 4 0 0 0 0 1.60 1.06 43 T 0 -2 -3 -4 2 -3 -2 -4 -4 2 1 -2 2 -4 -4 1 5 -5 -4 1 6 2 0 0 4 0 1 0 0 10 11 2 5 0 0 8 42 0 0 9 0.59 1.07 44 L 2 -4 -4 -4 3 -4 -1 3 -5 1 1 -4 0 1 -4 -2 -1 -5 -4 2 18 0 0 0 8 0 4 20 0 9 13 0 2 5 0 2 4 0 0 15 0.39 1.07 45 Y -3 -2 -1 -5 -1 -3 -3 -1 1 -3 -1 0 1 3 -5 -2 -4 4 7 -3 2 2 3 0 2 0 1 4 2 1 5 6 4 8 0 3 0 4 50 1 1.04 1.15 46 S 3 -4 -1 -2 5 -4 -4 0 -4 -1 -1 -4 1 -2 -4 3 1 -5 -2 0 24 0 3 2 14 0 0 7 0 4 6 0 3 1 0 21 8 0 1 6 0.48 1.16 47 L -1 -5 -5 -6 1 -3 -3 -4 -5 4 3 -5 4 3 -5 -3 -2 -4 -3 2 4 0 0 0 3 1 2 1 0 24 30 0 9 11 0 1 1 0 0 13 0.69 1.16 48 Y -3 -1 -2 -3 -5 -3 -3 -4 1 0 -2 0 -2 3 -5 -3 -1 1 8 -1 1 3 1 1 0 1 1 1 3 5 2 7 1 11 0 1 4 1 51 4 1.07 1.21 49 C 0 -3 0 -1 3 3 2 -3 1 -4 0 -1 1 1 -4 0 1 2 0 -3 8 0 3 2 6 17 12 1 4 0 11 3 3 6 0 7 9 3 3 1 0.30 1.24 50 L -4 -5 -6 -6 -1 -2 -5 -3 -1 2 5 -5 1 0 -3 -5 -1 -4 -2 0 0 0 0 0 1 1 0 2 1 13 65 0 2 4 1 0 3 0 1 5 0.96 1.24 51 G 2 -4 -4 -4 -4 -4 -4 1 -2 -2 0 -4 -2 2 -4 -1 -1 0 6 0 20 0 0 0 0 0 0 10 0 2 8 0 1 8 0 5 3 1 33 6 0.67 1.14 52 W -3 -1 -3 -1 0 2 0 -4 -1 -1 -2 1 5 -1 -4 -1 1 6 -1 1 1 2 1 4 2 9 5 1 2 4 3 9 18 2 0 3 9 13 2 11 0.49 1.18 53 A 5 -4 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -1 -2 0 -3 4 -1 0 -1 -1 2 0 -2 54 0 2 0 0 0 0 0 1 2 8 0 12 2 4 3 2 2 3 1 0.71 1.16 54 S 3 -4 -1 -3 0 -1 -3 1 -4 -2 -4 -3 0 -2 -4 5 -1 -5 -4 -1 22 0 3 0 2 3 0 9 0 2 0 0 3 2 0 50 1 0 0 4 0.76 1.21 55 F -3 -3 -2 -5 -5 1 -4 -5 0 -3 -1 0 3 7 -3 -3 -3 -2 3 0 1 1 2 0 0 9 0 0 2 0 4 5 9 47 1 1 1 0 9 7 0.97 1.22 56 P -1 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -3 -5 -5 -4 -2 -5 -6 8 -2 -3 -6 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 1 0 0 87 2 0 0 0 2 2.39 1.19 57 H -2 1 0 -3 -5 3 -2 -4 3 -5 -5 6 -4 -5 0 -2 -1 -5 -4 -5 3 6 3 0 0 12 0 0 7 0 0 60 0 0 4 2 3 0 0 0 1.07 1.12 58 K -3 2 -2 -3 -5 0 -1 -4 -3 -5 -5 7 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 5 0 0 0 3 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 0.90 K Lambda Standard Ungapped 0.1407 0.3227 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1856 0.3184 PSI Gapped 0.0568 0.2670