Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 3 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 5 4 -5 -3 -2 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 32 0 0 0 0.79 0.64 2 P -1 -3 -4 -3 -5 -2 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -5 8 0 -3 -6 -5 -4 3 1 0 0 0 2 3 0 0 0 3 0 0 0 82 7 0 0 0 0 2.01 0.71 3 D -4 -3 2 7 -6 -2 2 -3 -3 -5 -6 -2 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 10 79 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.55 0.77 4 F -4 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 9 -6 -4 -3 -1 1 -2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 2 0 0 2 1.89 0.79 5 H -4 -1 -1 -1 -5 -1 -2 -4 10 -5 -5 -3 -4 -3 -4 -3 -4 -4 2 -5 0 2 0 3 0 1 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 2.11 0.79 6 D -1 -4 0 7 -5 -2 0 -1 -3 -5 -5 -3 -1 -5 -4 0 -3 -6 -3 -5 4 0 2 78 0 0 3 3 0 0 0 0 2 0 0 6 0 0 1 0 1.38 0.79 7 K -3 1 1 -2 -5 0 0 -4 -3 -5 -5 7 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 0 2 5 0 0 1 3 0 0 0 0 86 0 0 0 0 2 0 0 0 1.31 0.79 8 Y -4 -4 -4 -3 0 -3 -4 -4 2 -3 -3 -4 2 1 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 2 3 0 0 1 4 0 0 0 5 1 0 0 0 0 80 0 1.63 0.79 9 G -2 -4 0 -1 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 3 4 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.27 0.75 10 N -3 -2 7 0 -4 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -4 -3 0 1 -5 -4 -4 0 0 63 4 0 0 0 0 0 2 4 3 2 0 0 5 7 0 0 0 0.93 0.75 11 A 3 -4 -3 -4 -3 -3 -3 0 -4 0 -1 -3 2 -3 0 -1 2 -4 -4 2 32 0 0 0 0 0 0 8 0 6 4 0 5 0 5 3 16 0 0 13 0.32 0.77 12 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -5 3 1 -4 4 -3 -2 -4 -1 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 1 0 0 18 7 0 10 0 2 0 3 0 0 49 0.69 0.79 13 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 2 1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 80 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0.99 0.79 14 A 5 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 1 0 -3 -2 -2 -3 -2 0 -4 -3 2 51 0 0 0 0 0 0 1 0 9 8 0 0 1 0 0 4 0 0 17 0.52 0.79 15 S -1 -1 0 -2 0 -2 0 4 -3 -4 -5 -1 -4 -3 -3 5 -2 -5 -4 -4 1 2 2 1 2 0 5 28 0 1 0 2 0 1 0 45 0 0 0 0 0.59 0.79 16 G -2 -2 -3 -3 -4 -3 -1 7 -4 -5 -2 -2 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -4 1 2 0 0 0 0 4 75 0 0 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.79 17 A 4 -3 -3 -1 -1 -3 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -2 0 -3 1 3 -4 -3 0 40 0 0 3 1 0 0 1 0 1 6 0 0 4 0 9 18 0 0 5 0.36 0.79 18 T 2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 2 -1 -3 -1 -2 0 -1 5 -4 -3 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 11 6 0 1 1 4 2 41 0 0 7 0.42 0.77 19 F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -3 -1 0 -4 -2 7 -4 -1 -3 -2 0 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 1 5 1 0 56 1 6 1 0 0 12 0.84 0.77 20 C -2 -1 -3 -4 10 -3 -4 -1 1 -3 -3 -3 -3 1 -4 -1 -2 -3 0 -3 1 3 0 1 55 0 1 5 3 1 1 1 0 6 1 4 1 0 4 1 1.18 0.77 21 V -1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 4 0 -3 1 2 -3 -1 1 -3 -2 4 4 1 0 1 0 0 1 1 0 22 6 1 3 8 1 3 8 0 0 28 0.33 0.77 22 A 4 -3 -3 -3 1 -3 -3 1 -3 -1 0 -3 -2 -3 -3 1 0 -3 -3 1 37 1 1 1 3 1 1 8 0 3 8 1 0 0 1 8 5 0 0 9 0.25 0.75 23 V 1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 0 -4 1 -1 -3 0 -3 -3 0 2 -4 -3 4 14 1 0 1 0 0 1 8 0 6 5 1 3 0 1 5 16 0 0 27 0.25 0.85 24 W -3 -2 -4 -4 0 -3 -4 -1 -3 -4 -3 -4 -3 0 -4 -1 -3 11 3 -4 1 2 0 1 2 0 1 4 0 1 1 1 0 3 1 4 1 59 7 1 1.86 0.85 25 V 1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 0 -4 2 -1 -3 1 -2 -3 0 4 0 -3 2 10 1 0 1 0 0 1 7 0 10 5 1 3 2 1 5 25 1 0 17 0.23 0.85 26 Y -3 -3 -3 -4 4 -3 -3 -4 4 2 1 -3 -2 3 -4 1 -3 -3 3 1 1 1 0 1 10 0 1 1 10 11 11 1 0 10 1 11 1 0 10 11 0.33 0.90 27 M 1 -2 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -1 -1 -2 0 -1 0 -2 4 -4 1 3 13 2 0 0 0 0 0 2 0 2 4 2 2 2 5 0 27 0 4 21 0.24 0.92 28 A 3 -4 -4 -4 5 -4 -4 -1 -4 0 1 -4 1 -4 -4 0 1 -4 -4 -1 29 0 0 0 12 0 0 4 0 5 13 0 4 0 0 5 10 0 0 3 0.31 0.93 29 T -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 0 -1 1 -3 -4 -3 -1 6 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 8 0 0 0 0 67 0 0 0 0.85 0.93 30 Q -3 0 0 -3 -5 7 0 -4 2 -5 -5 0 -3 -5 0 -1 -3 -4 -4 -5 0 4 3 0 0 66 3 0 4 0 0 2 0 0 4 5 0 0 0 0 1.09 0.93 31 I -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 3 -2 -4 -2 2 -4 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 40 13 0 9 0 0 3 16 0 4 3 0.59 0.93 32 G -2 0 -2 0 -4 -3 -2 6 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -1 -2 -3 -4 -5 -5 0 7 0 5 0 0 1 75 0 0 0 2 0 0 3 0 0 0 0 0 1.12 0.63 33 I -3 -2 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 7 1 -2 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 72 8 2 1 0 0 0 1 0 0 6 0.86 0.63 34 E -1 -2 -1 0 -4 1 6 -2 -2 -3 -4 1 -2 -4 -3 -2 0 -4 -4 -1 4 0 1 1 0 4 60 2 0 1 0 10 1 0 0 0 6 0 0 5 0.70 0.62 35 W -4 -1 -4 -5 2 -3 -4 -1 1 -4 -2 -4 -3 -1 -5 -4 -4 12 0 -4 0 5 0 0 5 0 0 6 4 0 4 0 0 0 0 0 0 71 0 0 2.20 0.62 36 N -3 -2 8 1 -4 -2 -2 0 0 -1 -5 -2 -4 -4 -4 -1 -2 -5 0 -4 0 0 79 5 0 0 0 4 1 5 0 0 0 0 0 1 0 0 4 0 1.21 0.62 37 P -3 -4 -5 -5 0 -2 -4 -5 -4 0 5 -4 1 0 3 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 68 0 1 4 17 0 0 0 0 7 0.83 0.62 38 S 0 -3 -1 -2 0 -2 -2 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -1 6 0 -5 -3 -3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 1 2 92 0 0 0 0 1.05 0.62 39 P -1 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -5 8 -1 -3 -5 -4 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 89 3 0 0 0 0 2.21 0.60 40 V 0 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 2 -1 -4 -1 0 -4 -3 -2 -4 -3 6 5 0 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 85 0.98 0.62 41 G 0 -2 -2 -3 -1 -3 -4 7 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -5 -3 5 2 0 0 1 0 0 84 0 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 3 1.35 0.62 42 R -3 7 -2 -3 -5 1 -1 -4 -2 -5 -4 2 -3 -5 -4 0 -2 -5 -3 -4 0 79 0 0 0 5 0 0 0 0 0 9 0 0 0 5 2 0 0 0 1.28 0.62 43 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 1 -2 -4 -3 -1 -5 -3 6 5 0 0 0 0 0 0 0 0 13 3 0 3 0 0 0 2 0 0 75 0.93 0.62 44 T -1 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -3 1 -2 -2 1 -4 -3 0 7 -4 -3 -1 1 4 2 0 0 3 0 0 0 9 0 0 4 0 0 0 77 0 0 0 0.93 0.62 45 P -2 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -1 -3 -4 -5 8 -1 -2 -5 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 85 4 2 0 0 0 2.07 0.62 46 K -2 2 -2 -2 -5 1 0 -3 -2 -3 -4 7 -1 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 4 0 0 0 4 1 0 0 2 0 87 1 0 0 0 0 0 0 0 1.19 0.62 47 E -2 -1 -2 0 -5 1 7 -4 -2 -5 -5 0 -4 -5 1 0 -2 -5 -4 -4 1 1 0 2 0 2 79 0 0 0 0 4 0 0 6 5 0 0 0 0 1.14 0.61 48 W -4 -4 -6 -6 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -3 0 -6 -5 -4 13 1 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.44 0.56 49 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 4 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 0.48 K Lambda Standard Ungapped 0.1353 0.3207 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1898 0.3171 PSI Gapped 0.0581 0.2670